Result of FASTA (ccds) for pF1KE2390
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE2390, 501 aa
  1>>>pF1KE2390 501 - 501 aa - 501 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4173+/-0.000699; mu= 18.1356+/- 0.042
 mean_var=75.1189+/-15.196, 0's: 0 Z-trim(110.9): 77  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.147979
 statistics sampled from 11885 (11965) to 11885 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.368), width:  16
 Scan time:  3.560

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17        ( 501) 3400 735.0 4.5e-212
CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2          ( 517) 1290 284.6 1.8e-76
CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2           ( 517) 1268 279.9 4.8e-75
CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2          ( 502) 1148 254.2 2.4e-67
CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17         ( 493) 1103 244.6 1.8e-64
CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 498)  777 175.0 1.7e-43
CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1          ( 502)  732 165.4 1.3e-40
CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 505)  676 153.5 5.2e-37
CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8         ( 479)  663 150.7 3.4e-36
CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8          ( 529)  649 147.7 2.9e-35
CCDS13517.1 CHRNA4 gene_id:1137|Hs108|chr20        ( 627)  580 133.0 9.1e-31
CCDS6134.1 CHRNB3 gene_id:1142|Hs108|chr8          ( 458)  565 129.7 6.5e-30
CCDS53964.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15        ( 489)  547 125.9 9.9e-29
CCDS64856.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8         ( 514)  534 123.2   7e-28
CCDS33331.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2         ( 482)  532 122.7   9e-28
CCDS6135.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8          ( 494)  526 121.4 2.2e-27
CCDS2261.1 CHRNA1 gene_id:1134|Hs108|chr2          ( 457)  513 118.6 1.4e-26
CCDS32184.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 412)  469 109.2 8.9e-24
CCDS10027.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 502)  469 109.3   1e-23
CCDS53924.1 CHRNA7 gene_id:1139|Hs108|chr15        ( 531)  469 109.3 1.1e-23
CCDS42008.1 CHRFAM7A gene_id:89832|Hs108|chr15     ( 321)  453 105.7 7.8e-23
CCDS10304.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 468)  441 103.3 6.2e-22
CCDS7745.1 CHRNA10 gene_id:57053|Hs108|chr11       ( 450)  424 99.6 7.4e-21
CCDS3459.1 CHRNA9 gene_id:55584|Hs108|chr4         ( 479)  416 98.0 2.6e-20
CCDS53710.1 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11         ( 463)  366 87.3 4.1e-17
CCDS8365.2 HTR3A gene_id:3359|Hs108|chr11          ( 484)  366 87.3 4.2e-17
CCDS3250.1 HTR3C gene_id:170572|Hs108|chr3         ( 447)  324 78.3   2e-14
CCDS76786.1 CHRNA5 gene_id:1138|Hs108|chr15        ( 160)  315 76.1 3.3e-14
CCDS58868.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3        ( 456)  320 77.4 3.6e-14
CCDS3251.1 HTR3E gene_id:285242|Hs108|chr3         ( 471)  319 77.2 4.3e-14
CCDS58392.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15        ( 231)  293 71.5 1.1e-12
CCDS8364.1 HTR3B gene_id:9177|Hs108|chr11          ( 441)  272 67.2 4.3e-11


>>CCDS11106.1 CHRNB1 gene_id:1140|Hs108|chr17             (501 aa)
 initn: 3400 init1: 3400 opt: 3400  Z-score: 3920.9  bits: 735.0 E(32554): 4.5e-212
Smith-Waterman score: 3400; 100.0% identity (100.0% similar) in 501 aa overlap (1-501:1-501)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGLIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGLIL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE2 AQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNNND
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNNND
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE2 GNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSEVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSEVS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE2 LQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFYLI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFYLI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE2 IRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLADKVPE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLADKVPE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE2 TSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLYLRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 TSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLYLRL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE2 KRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLRRFI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLRRFI
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE2 DGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTS
              430       440       450       460       470       480

              490       500 
pF1KE2 VGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
       :::::::::::::::::::::
CCDS11 VGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
              490       500 

>>CCDS33400.1 CHRNG gene_id:1146|Hs108|chr2               (517 aa)
 initn: 1046 init1: 607 opt: 1290  Z-score: 1486.2  bits: 284.6 E(32554): 1.8e-76
Smith-Waterman score: 1290; 42.0% identity (69.7% similar) in 509 aa overlap (4-501:6-506)

                 10        20        30        40        50        
pF1KE2   MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
            : ::.::  :.. :  :..: . : ::   :...:: ..:::.. .: : ::. :
CCDS33 MHGGQGPLLLLL-LLAVCL--GAQGRNQEERLLADLMQNYDPNLRPAERDSDVVNVSLKL
               10           20        30        40        50       

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
        :..::::::..: ..:.:.....: :::: ::: ...:.  ::. .  :: ::.:: ::
CCDS33 TLTNLISLNEREEALTTNVWIEMQWCDYRLRWDPRDYEGLWVLRVPSTMVWRPDIVLENN
        60        70        80        90       100       110       

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
        :: :.:::  .:.:: :: . : ::.:.::.:::.:::::::::::...:.: .:...:
CCDS33 VDGVFEVALYCNVLVSPDGCIYWLPPAIFRSACSISVTYFPFDWQNCSLIFQSQTYSTNE
       120       130       140       150       160       170       

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
       ..:: .   :::  . : :   .: :::.: : :.:....  :. :  ..:. .:.:.::
CCDS33 IDLQLSQ-EDGQTIEWIFIDPEAFTENGEWAIQHRPAKMLLDPAAP--AQEAGHQKVVFY
       180        190       200       210       220         230    

      240       250       260       270        280       290       
pF1KE2 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
       :.:.::::::..:.::::.::. .::.. .::  :: .:  ..: .::. ::::.:.: :
CCDS33 LLIQRKPLFYVINIIAPCVLISSVAILIHFLPAKAGGQKCTVAINVLLAQTVFLFLVAKK
          240       250       260       270       280       290    

       300       310       320       330       340       350       
pF1KE2 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
       ::::: .::.: ::: : .:.. . :. .:::::.  ::::::.:   ::..:.. ::  
CCDS33 VPETSQAVPLISKYLTFLLVVTILIVVNAVVVLNVSLRSPHTHSMARGVRKVFLRLLPQL
          300       310       320       330       340       350    

       360        370       380        390       400       410     
pF1KE2 LRLK-RPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGT-DEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPD
       ::.. ::     ..    . .. .:::.  : .:  .  : :..:: . .:    : :  
CCDS33 LRMHVRPLAPAAVQDTQSRLQNGSSGWSITTGEEVALCLPRSELLFQQWQR--QGLVAAA
          360       370       380       390       400         410  

         420       430               440       450       460       
pF1KE2 LRRFIDGPNRAVALL--------PELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
       :...  ::. ... .        : ..  : . . ::   ..:   :  .:.: .:. :.
CCDS33 LEKLEKGPELGLSQFCGSLKQAAPAIQACVEACNLIACARHQQSHFDNGNEEWFLVGRVL
            420       430       440       450       460       470  

       470       480       490       500            
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP           
       ::. . ... .   ::  ::: : :.  :  :::           
CCDS33 DRVCFLAMLSLFICGTAGIFLMAHYNRVPALPFPGDPRPYLPSPD
            480       490       500       510       

>>CCDS2494.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2                (517 aa)
 initn: 1214 init1: 491 opt: 1268  Z-score: 1460.8  bits: 279.9 E(32554): 4.8e-75
Smith-Waterman score: 1268; 40.6% identity (70.5% similar) in 508 aa overlap (7-501:5-503)

               10        20        30          40        50        
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFS--GYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
             .. :: :.:  . :  : . : :: ..::.  ::.. .::. .  . : :...:
CCDS24   MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALAL
                 10        20        30        40        50        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
        :..::::.: .: ..:.:...  ::: ::.:.  :  .:. ::.  . ::::..:: ::
CCDS24 TLSNLISLKEVEETLTTNVWIEHGWTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENN
       60        70        80        90       100       110        

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
       :::.:... . .:.:   : : : ::.:.:::: :.:::::::::::.. ::: .: ..:
CCDS24 NDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKE
      120       130       140       150       160       170        

      180       190             200       210       220       230  
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIH------EGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREG-Q
       ..:  .:  :.. ..   ..      :: : :::.:::.:.:.:.     :::.  .. .
CCDS24 ITL--SLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEG-FTENGEWEIVHRPARVNV---DPRAPLDSPS
      180         190       200        210       220          230  

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
       ::.. ::::::::::::..:...::.::.... .::::: :.::: ...: .::. .:::
CCDS24 RQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFL
            240       250       260       270       280       290  

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
       ::.. ..: ::...:.: :.:.: :::::. :.. :.:::.: :.: :: .   :...:.
CCDS24 LLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFL
            300       310       320       330       340       350  

             360       370         380       390       400         
pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHC--SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPN-RFQ
       . ::  :...::  .    : :      : . :.   ..:::. :  ::..: : . :  
CCDS24 ETLPELLHMSRPAED---GPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHG
            360          370       380       390       400         

      410       420        430       440       450       460       
pF1KE2 PELSAPDLRRFIDGPNRAVA-LLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
               ::   . ..:   :. ::. .:.. ..:. ....:....  :..:. :: .:
CCDS24 LARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTV
     410       420       430       440       450       460         

       470       480       490       500               
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP              
       ::: :..      :::  :::...:. :::.:::              
CCDS24 DRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
     470       480       490       500       510       

>>CCDS58754.1 CHRND gene_id:1144|Hs108|chr2               (502 aa)
 initn: 1125 init1: 491 opt: 1148  Z-score: 1322.6  bits: 254.2 E(32554): 2.4e-67
Smith-Waterman score: 1203; 39.8% identity (68.3% similar) in 508 aa overlap (7-501:5-488)

               10        20        30          40        50        
pF1KE2 MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFS--GYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
             .. :: :.:  . :  : . : :: ..::.  ::.. .::. .  . : :...:
CCDS58   MEGPVLTLGLLAALAVCGSWGLNEEERLIRHLFQEKGYNKELRPVAHKEESVDVALAL
                 10        20        30        40        50        

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
        :..::::.               ::: ::.:.  :  .:. ::.  . ::::..:: ::
CCDS58 TLSNLISLG---------------WTDNRLKWNAEEFGNISVLRLPPDMVWLPEIVLENN
       60                       70        80        90       100   

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
       :::.:... . .:.:   : : : ::.:.:::: :.:::::::::::.. ::: .: ..:
CCDS58 NDGSFQISYSCNVLVYHYGFVYWLPPAIFRSSCPISVTYFPFDWQNCSLKFSSLKYTAKE
           110       120       130       140       150       160   

      180       190             200       210       220       230  
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIH------EGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREG-Q
       ..:  .:  :.. ..   ..      :: : :::.:::.:.:.:.     :::.  .. .
CCDS58 ITL--SLKQDAKENRTYPVEWIIIDPEG-FTENGEWEIVHRPARVNV---DPRAPLDSPS
             170       180        190       200          210       

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
       ::.. ::::::::::::..:...::.::.... .::::: :.::: ...: .::. .:::
CCDS58 RQDITFYLIIRRKPLFYIINILVPCVLISFMVNLVFYLPADSGEKTSVAISVLLAQSVFL
       220       230       240       250       260       270       

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
       ::.. ..: ::...:.: :.:.: :::::. :.. :.:::.: :.: :: .   :...:.
CCDS58 LLISKRLPATSMAIPLIGKFLLFGMVLVTMVVVICVIVLNIHFRTPSTHVLSEGVKKLFL
       280       290       300       310       320       330       

             360       370         380       390       400         
pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPERDLMPEPPHC--SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPN-RFQ
       . ::  :...::  .    : :      : . :.   ..:::. :  ::..: : . :  
CCDS58 ETLPELLHMSRPAED---GPSPGALVRRSSSLGYISKAEEYFLLKSRSDLMFEKQSERHG
       340       350          360       370       380       390    

      410       420        430       440       450       460       
pF1KE2 PELSAPDLRRFIDGPNRAVA-LLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVV
               ::   . ..:   :. ::. .:.. ..:. ....:....  :..:. :: .:
CCDS58 LARRLTTARRPPASSEQAQQELFNELKPAVDGANFIVNHMRDQNNYNEEKDSWNRVARTV
          400       410       420       430       440       450    

       470       480       490       500               
pF1KE2 DRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP              
       ::: :..      :::  :::...:. :::.:::              
CCDS58 DRLCLFVVTPVMVVGTAWIFLQGVYNQPPPQPFPGDPYSYNVQDKRFI
          460       470       480       490       500  

>>CCDS11058.1 CHRNE gene_id:1145|Hs108|chr17              (493 aa)
 initn: 986 init1: 625 opt: 1103  Z-score: 1270.8  bits: 244.6 E(32554): 1.8e-64
Smith-Waterman score: 1217; 39.9% identity (69.3% similar) in 499 aa overlap (3-500:5-487)

                 10        20        30        40        50        
pF1KE2   MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRVRVSVGL
           : ..:.::: ::     :: :.. : :: ..::..:: . ::.::  : : .:. .
CCDS11 MARAPLGVLLLLGLLGR----GV-GKNEELRLYHHLFNNYDPGSRPVREPEDTVTISLKV
               10             20        30        40        50     

       60        70        80        90       100       110        
pF1KE2 ILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLLNN
        :..:::::::.: ..:.:.. ..: ::::...  .  ::..::. .: ::::..:: ::
CCDS11 TLTNLISLNEKEETLTTSVWIGIDWQDYRLNYSKDDFGGIETLRVPSELVWLPEIVLENN
          60        70        80        90       100       110     

      120       130       140       150       160       170        
pF1KE2 NDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDSSE
        ::.: :: : .:.:   ::: : ::.:::: :...:::::::::::...: : .:.. :
CCDS11 IDGQFGVAYDANVLVYEGGSVTWLPPAIYRSVCAVEVTYFPFDWQNCSLIFRSQTYNAEE
         120       130       140       150       160       170     

      180       190       200       210       220       230        
pF1KE2 VSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVIFY
       : .  ..  ::.  ..: :   .. :::.: :   :. . .  :    :  :.  .::. 
CCDS11 VEFTFAVDNDGKTINKIDIDTEAYTENGEWAIDFCPGVIRRHHGGATDG-PGET-DVIYS
         180       190       200       210       220         230   

      240       250       260       270        280       290       
pF1KE2 LIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAG-EKMGLSIFALLTLTVFLLLLADK
       ::::::::::..:.:.::.::. :......:: .:: .:  .:: .::. ::::.:.:.:
CCDS11 LIIRRKPLFYVINIIVPCVLISGLVLLAYFLPAQAGGQKCTVSINVLLAQTVFLFLIAQK
           240       250       260       270       280       290   

       300       310       320       330       340       350       
pF1KE2 VPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPLY
       .::::::::.. ..:.:.::..:. :.  :.:::. .:.: :: :   .:..... ::  
CCDS11 IPETSLSVPLLGRFLIFVMVVATLIVMNCVIVLNVSQRTPTTHAMSPRLRHVLLELLPRL
           300       310       320       330       340       350   

       360       370       380       390       400       410       
pF1KE2 LRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPKPNRFQPELSAPDLR
       :  . : ::      ::. .: . :    ..: ...:: :...:    . :   .:    
CCDS11 LG-SPPPPEAPRAASPPRRAS-SVGLLLRAEELILKKPRSELVFEGQRHRQGTWTAA---
            360       370        380       390       400           

       420       430       440       450       460       470       
pF1KE2 RFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFII
        : .. . :.   ::.:  :......:.. ..::       ::  .. ..: . .:. ..
CCDS11 -FCQSLGAAA---PEVRCCVDAVNFVAESTRDQEATGEEVSDWVRMGNALDNICFWAALV
       410          420       430       440       450       460    

       480       490       500      
pF1KE2 FTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP     
       . :::. .::: : ..  :  :.      
CCDS11 LFSVGSSLIFLGAYFNRVPDLPYAPCIQP
          470       480       490   

>>CCDS10306.1 CHRNB4 gene_id:1143|Hs108|chr15             (498 aa)
 initn: 1226 init1: 564 opt: 777  Z-score: 894.6  bits: 175.0 E(32554): 1.7e-43
Smith-Waterman score: 1294; 41.3% identity (68.6% similar) in 516 aa overlap (3-500:5-493)

                 10        20        30          40        50      
pF1KE2   MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSG--YDSSVRPAREVGDRVRVSV
           :. .:..: :: .    . : ..:: .: . :..   :.. .:::   .. . ...
CCDS10 MRRAPSLVLFFLVALCG--RGNCRVANAEEKLMDDLLNKTRYNNLIRPATSSSQLISIKL
               10          20        30        40        50        

         60        70        80        90       100       110      
pF1KE2 GLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVVLL
        : ::::::.::... :.:.:.:  :::::::.:. ....:.. ::: :. .::::.:: 
CCDS10 QLSLAQLISVNEREQIMTTNVWLKQEWTDYRLTWNSSRYEGVNILRIPAKRIWLPDIVLY
       60        70        80        90       100       110        

        120       130       140       150       160       170      
pF1KE2 NNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSYDS
       :: ::...:..  ...: :.::: : ::.::.:.:.:.: ::::: ::::. : :..:: 
CCDS10 NNADGTYEVSVYTNLIVRSNGSVLWLPPAIYKSACKIEVKYFPFDQQNCTLKFRSWTYDH
      120       130       140       150       160       170        

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE2 SEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQEVI
       .:... . . : ..  .        :  .:.:.:.  :.:    : ::      .  .: 
CCDS10 TEIDM-VLMTPTASMDD--------FTPSGEWDIVALPGRRTVNPQDP------SYVDVT
      180        190               200       210             220   

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE2 FYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLLAD
       . .::.:::::: .:.: ::.: :::::.::::: : :::: : : .::.:: ::::.. 
CCDS10 YDFIIKRKPLFYTINLIIPCVLTTLLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTFFLLLISK
           230       240       250       260       270       280   

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE2 KVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKLPL
        :: :::.::.: :::::::::::::.. :: :::.::::: :: :  ::.. :.:::: 
CCDS10 IVPPTSLDVPLIGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPSTHTMAPWVKRCFLHKLPT
           290       300       310       320       330       340   

        360          370                 380       390       400   
pF1KE2 YLRLKRPKPERD---LMPEPPHC----------SSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLFPK
       .: .::: :. .    .:    :          .::.. .:  .. ::.   :..    .
CCDS10 FLFMKRPGPDSSPARAFPPSKSCVTKPEATATSTSPSNFYG--NSMYFVN--PASAASKS
           350       360       370       380         390           

           410        420       430       440       450       460  
pF1KE2 PNRFQPELSAPDLRRF-IDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQF
       :    : .. :  : : . . .:   .  ...:.. ..:.::........ ... :::..
CCDS10 PAGSTP-VAIP--RDFWLRSSGR---FRQDVQEALEGVSFIAQHMKNDDEDQSVVEDWKY
     400          410          420       430       440       450   

            470       480       490         500     
pF1KE2 VAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATY--HLPPPDPFP    
       :::::::::::.:..   .::. .::   .  :     :.     
CCDS10 VAMVVDRLFLWVFMFVCVLGTVGLFLPPLFQTHAASEGPYAAQRD
           460       470       480       490        

>>CCDS1070.1 CHRNB2 gene_id:1141|Hs108|chr1               (502 aa)
 initn: 1292 init1: 539 opt: 732  Z-score: 842.6  bits: 165.4 E(32554): 1.3e-40
Smith-Waterman score: 1269; 42.7% identity (66.8% similar) in 506 aa overlap (3-493:7-484)

                   10        20        30          40        50    
pF1KE2     MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLF--SGYDSSVRPAREVGDRVRV
             : :::. .: :   :  :: :...: :: :.:.  : :.. .::: . .. : :
CCDS10 MARRCGPVALLLGFGLL--RLCSGVWGTDTEERLVEHLLDPSRYNKLIRPATNGSELVTV
               10          20        30        40        50        

           60        70        80        90       100       110    
pF1KE2 SVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPDVV
       .. . ::::::..:... :.:.:.:  :: ::::.: : : :.. ..:. .. .::::::
CCDS10 QLMVSLAQLISVHEREQIMTTNVWLTQEWEDYRLTWKPEEFDNMKKVRLPSKHIWLPDVV
       60        70        80        90       100       110        

          120       130       140       150       160       170    
pF1KE2 LLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSYSY
       : :: :: ..:..  ..::: :::. : ::.::.:.:.:.: .:::: ::::: : :..:
CCDS10 LYNNADGMYEVSFYSNAVVSYDGSIFWLPPAIYKSACKIEVKHFPFDQQNCTMKFRSWTY
      120       130       140       150       160       170        

          180       190       200       210       220       230    
pF1KE2 DSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGREGQRQE
       : .:..:          ..:.      :  .:.:.:.  :.:  . : :      .   .
CCDS10 DRTEIDLVL--------KSEV-ASLDDFTPSGEWDIVALPGRRNENPDD------STYVD
      180               190        200       210             220   

          240       250       260       270       280       290    
pF1KE2 VIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFLLLL
       . . .::::::::: .:.: ::.::: :::.::::: : :::: : : .::.:::::::.
CCDS10 ITYDFIIRRKPLFYTINLIIPCVLITSLAILVFYLPSDCGEKMTLCISVLLALTVFLLLI
           230       240       250       260       270       280   

          300       310       320       330       340       350    
pF1KE2 ADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFIHKL
       .  :: :::.::.. :::::::::::::.. :: :::.::::: :: :  ::. .:..::
CCDS10 SKIVPPTSLDVPLVGKYLMFTMVLVTFSIVTSVCVLNVHHRSPTTHTMAPWVKVVFLEKL
           290       300       310       320       330       340   

          360       370       380             390        400       
pF1KE2 PLYLRLKRPKPERDLMPEPPHCSSPGSGWGR------GTDEYFIRKPP-SDFLFPKPNRF
       :  : ...:.          ::.       :      :.   :.:. : .:      :: 
CCDS10 PALLFMQQPRH---------HCARQRLRLRRRQREREGAGALFFREAPGADSCTCFVNRA
           350                360       370       380       390    

       410          420       430          440       450       460 
pF1KE2 QPELSAPDLRRF---IDGPNRAVALLPE---LREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQ
       . .  :  .      . ::.:.    :    :::.:... .:: ... ..: ....:::.
CCDS10 SVQGLAGAFGAEPAPVAGPGRSGE--PCGCGLREAVDGVRFIADHMRSEDDDQSVSEDWK
          400       410         420       430       440       450  

             470       480       490       500           
pF1KE2 FVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP          
       .::::.:::::: :..    ::. .::.  ..                  
CCDS10 YVAMVIDRLFLWIFVFVCVFGTIGMFLQPLFQNYTTTTFLHSDHSAPSSK
            460       470       480       490       500  

>>CCDS10305.1 CHRNA3 gene_id:1136|Hs108|chr15             (505 aa)
 initn: 529 init1: 529 opt: 676  Z-score: 777.9  bits: 153.5 E(32554): 5.2e-37
Smith-Waterman score: 1175; 37.4% identity (67.0% similar) in 506 aa overlap (1-488:12-496)

                          10        20        30        40         
pF1KE2            MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVG
                  ..:  ::.::      : : .:.:::: :: :.::  :.  .::. .:.
CCDS10 MGSGPLSLPLALSPPRLLLLLLL---SLLPVARASEAEHRLFERLFEDYNEIIRPVANVS
               10        20           30        40        50       

      50        60        70        80        90       100         
pF1KE2 DRVRVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVW
       : : .   . ..::....: .. : :...:   :.::.:.:.:... : . .:. :...:
CCDS10 DPVIIHFEVSMSQLVKVDEVNQIMETNLWLKQIWNDYKLKWNPSDYGGAEFMRVPAQKIW
        60        70        80        90       100       110       

     110       120       130       140       150       160         
pF1KE2 LPDVVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVF
        ::.:: ::  :.:.:    .....  : : : ::.:..:::.:.:::::::.::::: :
CCDS10 KPDIVLYNNAVGDFQVDDKTKALLKYTGEVTWIPPAIFKSSCKIDVTYFPFDYQNCTMKF
       120       130       140       150       160       170       

     170       180       190       200       210       220         
pF1KE2 SSYSYDSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGR-
       .:.:::.....:   .: .        ..   . :.:.: ::. :.       : . .  
CCDS10 GSWSYDKAKIDLVL-IGSS--------MNLKDYWESGEWAIIKAPGY----KHDIKYNCC
       180       190                200       210           220    

      230       240       250       260       270       280        
pF1KE2 EGQRQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLT
       :    .. . : ::: :::: .:.: ::.::..:...::::: : :::. : : .::.::
CCDS10 EEIYPDITYSLYIRRLPLFYTINLIIPCLLISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLT
          230       240       250       260       270       280    

      290       300       310       320       330       340        
pF1KE2 VFLLLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQ
       ::::.... .: ::: .:.: .::.:::..::.:....: :::.:.:.: :: :: ::. 
CCDS10 VFLLVITETIPSTSLVIPLIGEYLLFTMIFVTLSIVITVFVLNVHYRTPTTHTMPSWVKT
          290       300       310       320       330       340    

      350       360       370                 380       390        
pF1KE2 IFIHKLPLYLRLKRPKPERDLMPEP-P---------HCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSD
       .:.. ::  . . ::  ..    .: :         .: : . .  .:  : .   : .:
CCDS10 VFLNLLPRVMFMTRPTSNEGNAQKPRPLYGAELSNLNCFSRAES--KGCKEGY---PCQD
          350       360       370       380         390            

      400              410       420       430       440       450 
pF1KE2 FLFP-------KPNRFQPELSAPDLRRFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQE
        .         : . :. .:.  .  . .:.     :: ::..:...:..:::.... :.
CCDS10 GMCGYCHHRRIKISNFSANLTRSSSSESVDAVLSLSALSPEIKEAIQSVKYIAENMKAQN
     400       410       420       430       440       450         

             460       470       480       490       500 
pF1KE2 DHDALKEDWQFVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
       .   ...::..::::.::.:::.: .   .::  .::             
CCDS10 EAKEIQDDWKYVAMVIDRIFLWVFTLVCILGTAGLFLQPLMAREDA    
     460       470       480       490       500         

>>CCDS56536.1 CHRNA6 gene_id:8973|Hs108|chr8              (479 aa)
 initn: 1082 init1: 479 opt: 663  Z-score: 763.3  bits: 150.7 E(32554): 3.4e-36
Smith-Waterman score: 1084; 36.1% identity (65.7% similar) in 496 aa overlap (4-488:12-469)

                       10        20        30        40        50  
pF1KE2         MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAREVGDRV
                  :.: . : .. .:.  :  :  .: :: .:::: :.. .::...:.: :
CCDS56 MLTSKGQGFLHGGLCLWLCVF-TPFFKGCVGCATEERLFHKLFSHYNQFIRPVENVSDPV
               10        20         30        40        50         

             60        70        80        90       100       110  
pF1KE2 RVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAESVWLPD
        :   . ..:: ..                :.::.: ::: :.:::..::. :...: ::
CCDS56 TVHFEVAITQLANVI---------------WNDYKLRWDPMEYDGIETLRVPADKIWKPD
      60        70                       80        90       100    

            120       130       140       150       160       170  
pF1KE2 VVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCTMVFSSY
       .:: ::  :.:.:    ..... .: . : ::.:..::: ...:.:::: :::.. :.:.
CCDS56 IVLYNNAVGDFQVEGKTKALLKYNGMITWTPPAIFKSSCPMDITFFPFDHQNCSLKFGSW
          110       120       130       140       150       160    

            180       190       200       210       220        230 
pF1KE2 SYDSSEVSLQTGLGPDGQGHQEIHIHEGTFIENGQWEIIHKPSRLIQPPGDPRGGR-EGQ
       .::..:..:   .:      ... ...  : ::..::::   .       : . .  :  
CCDS56 TYDKAEIDLLI-IG------SKVDMND--FWENSEWEIIDASGY----KHDIKYNCCEEI
          170              180         190           200       210 

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE2 RQEVIFYLIIRRKPLFYLVNVIAPCILITLLAIFVFYLPPDAGEKMGLSIFALLTLTVFL
         .. . . ::: :.:: .:.: ::..:..:...::::: : :::. : : .::.:::::
CCDS56 YTDITYSFYIRRLPMFYTINLIIPCLFISFLTVLVFYLPSDCGEKVTLCISVLLSLTVFL
             220       230       240       250       260       270 

             300       310       320       330       340       350 
pF1KE2 LLLADKVPETSLSVPIIIKYLMFTMVLVTFSVILSVVVLNLHHRSPHTHQMPLWVRQIFI
       :.... .: ::: ::.. .::.:::..::.:....: :::.:.:.: :: :: ::. .:.
CCDS56 LVITETIPSTSLVVPLVGEYLLFTMIFVTLSIVVTVFVLNIHYRTPTTHTMPRWVKTVFL
             280       290       300       310       320       330 

             360                 370       380       390       400 
pF1KE2 HKLPLYLRLKRPKPE----------RDLMPEPPHCSSPGSGWGRGTDEYFIRKPPSDFLF
       . ::  : .. :  .          : :  .: . .  . :  :   : : .   :. : 
CCDS56 KLLPQVLLMRWPLDKTRGTGSDAVPRGLARRPAKGKLASHGEPRHLKECF-HCHKSNELA
             340       350       360       370       380        390

             410       420       430       440       450       460 
pF1KE2 PKPNRFQPELSAPDLRRFIDGPNRAVALLPELREVVSSISYIARQLQEQEDHDALKEDWQ
        .  :    ::   :.  ... ...    ::...:..:...::.... ...   ...::.
CCDS56 TSKRR----LSHQPLQWVVENSEHS----PEVEDVINSVQFIAENMKSHNETKEVEDDWK
                  400       410           420       430       440  

             470       480       490       500 
pF1KE2 FVAMVVDRLFLWTFIIFTSVGTLVIFLDATYHLPPPDPFP
       .:::::::.:::.:::    ::  .::             
CCDS56 YVAMVVDRVFLWVFIIVCVFGTAGLFLQPLLGNTGKS   
            450       460       470            

>>CCDS6059.1 CHRNA2 gene_id:1135|Hs108|chr8               (529 aa)
 initn: 1225 init1: 548 opt: 649  Z-score: 746.5  bits: 147.7 E(32554): 2.9e-35
Smith-Waterman score: 1202; 40.0% identity (67.8% similar) in 487 aa overlap (17-488:49-521)

                             10        20        30        40      
pF1KE2               MTPGALLMLLGALGAPLAPGVRGSEAEGRLREKLFSGYDSSVRPAR
                                     :  :   .:.: :: ..:: ::.  .::. 
CCDS60 LLLTPAGGEEAKRPPPRAPGDPLSSPSPTALPQGGSHTETEDRLFKHLFRGYNRWARPVP
       20        30        40        50        60        70        

         50        60        70        80        90       100      
pF1KE2 EVGDRVRVSVGLILAQLISLNEKDEEMSTKVYLDLEWTDYRLSWDPAEHDGIDSLRITAE
       ...: : :  :: .::::...::.. :.:.:.:  ::.::.: :.:..  .: :::. .:
CCDS60 NTSDVVIVRFGLSIAQLIDVDEKNQMMTTNVWLKQEWSDYKLRWNPTDFGNITSLRVPSE
       80        90       100       110       120       130        

        110       120       130       140       150       160      
pF1KE2 SVWLPDVVLLNNNDGNFDVALDISVVVSSDGSVRWQPPGIYRSSCSIQVTYFPFDWQNCT
        .:.::.:: :: ::.: :.   .. . : :.:.: ::.::.:::::.::.:::: ::: 
CCDS60 MIWIPDIVLYNNADGEFAVTHMTKAHLFSTGTVHWVPPAIYKSSCSIDVTFFPFDQQNCK
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