Result of FASTA (ccds) for pF1KB7613
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7613, 303 aa
  1>>>pF1KB7613 303 - 303 aa - 303 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5624+/-0.000916; mu= -0.4999+/- 0.053
 mean_var=272.5080+/-61.824, 0's: 0 Z-trim(113.2): 576  B-trim: 3 in 1/50
 Lambda= 0.077693
 statistics sampled from 13071 (13832) to 13071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.76), E-opt: 0.2 (0.425), width:  16
 Scan time:  2.870

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12           ( 303) 2058 243.8 1.2e-64
CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7            ( 326) 1396 169.6 2.8e-42
CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17          ( 305)  801 102.9 3.2e-22
CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10           ( 297)  787 101.3 9.2e-22
CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12           ( 298)  743 96.4 2.8e-20
CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 360)  721 94.0 1.8e-19
CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 748)  708 92.9 7.9e-19
CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 770)  708 92.9   8e-19
CCDS81254.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 779)  708 92.9 8.1e-19
CCDS44042.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 780)  708 92.9 8.1e-19
CCDS72684.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 782)  708 92.9 8.1e-19
CCDS81253.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1       ( 783)  708 92.9 8.1e-19
CCDS72683.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1          ( 795)  708 93.0 8.2e-19
CCDS47748.1 CDK5 gene_id:1020|Hs108|chr7           ( 292)  651 86.1 3.5e-17
CCDS3999.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5            ( 346)  650 86.0 4.3e-17
CCDS44300.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1          ( 474)  639 85.0 1.2e-16
CCDS1454.1 CDK18 gene_id:5129|Hs108|chr1           ( 504)  639 85.0 1.3e-16
CCDS9061.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12          ( 523)  637 84.8 1.5e-16
CCDS53819.1 CDK17 gene_id:5128|Hs108|chr12         ( 523)  637 84.8 1.5e-16
CCDS32514.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16         ( 272)  630 83.7 1.7e-16
CCDS14276.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 496)  619 82.7   6e-16
CCDS48101.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 502)  619 82.8 6.1e-16
CCDS55408.1 CDK16 gene_id:5127|Hs108|chrX          ( 570)  619 82.8 6.6e-16
CCDS5462.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7           (1452)  627 84.2 6.6e-16
CCDS5461.1 CDK13 gene_id:8621|Hs108|chr7           (1512)  627 84.2 6.8e-16
CCDS45666.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17        (1481)  624 83.8 8.5e-16
CCDS11337.1 CDK12 gene_id:51755|Hs108|chr17        (1490)  624 83.8 8.5e-16
CCDS11224.2 NLK gene_id:51701|Hs108|chr17          ( 527)  591 79.6 5.5e-15
CCDS6879.1 CDK9 gene_id:1025|Hs108|chr9            ( 372)  572 77.3 1.9e-14
CCDS75398.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 583)  575 77.9   2e-14
CCDS4516.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6             ( 623)  575 77.9 2.1e-14
CCDS75399.1 MAK gene_id:4117|Hs108|chr6            ( 648)  575 77.9 2.2e-14
CCDS4949.1 ICK gene_id:22858|Hs108|chr6            ( 632)  567 77.0   4e-14
CCDS2350.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2          ( 384)  559 75.9 5.4e-14
CCDS58746.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 400)  559 75.9 5.5e-14
CCDS58747.1 CDK15 gene_id:65061|Hs108|chr2         ( 429)  559 76.0 5.8e-14
CCDS75628.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 340)  553 75.2 7.9e-14
CCDS75627.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 423)  553 75.3 9.1e-14
CCDS5619.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7           ( 451)  553 75.3 9.5e-14
CCDS75626.1 CDK14 gene_id:5218|Hs108|chr7          ( 469)  553 75.3 9.8e-14
CCDS35060.1 CDK20 gene_id:23552|Hs108|chr9         ( 346)  545 74.3 1.5e-13
CCDS14090.1 MAPK11 gene_id:5600|Hs108|chr22        ( 364)  513 70.7 1.9e-12
CCDS4815.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6          ( 360)  503 69.6   4e-12
CCDS4816.1 MAPK14 gene_id:1432|Hs108|chr6          ( 360)  498 69.0 5.9e-12
CCDS42437.1 MAPK4 gene_id:5596|Hs108|chr18         ( 587)  496 69.0 9.5e-12
CCDS10147.1 MAPK6 gene_id:5597|Hs108|chr15         ( 721)  495 69.0 1.2e-11
CCDS83002.1 CDK7 gene_id:1022|Hs108|chr5           ( 253)  483 67.2 1.5e-11
CCDS33184.1 CDKL4 gene_id:344387|Hs108|chr2        ( 315)  484 67.4 1.6e-11
CCDS11206.1 MAPK7 gene_id:5598|Hs108|chr17         ( 816)  483 67.7 3.3e-11
CCDS47265.1 CDKL3 gene_id:51265|Hs108|chr5         ( 455)  473 66.3 4.8e-11


>>CCDS8953.1 CDK4 gene_id:1019|Hs108|chr12                (303 aa)
 initn: 2058 init1: 2058 opt: 2058  Z-score: 1274.0  bits: 243.8 E(32554): 1.2e-64
Smith-Waterman score: 2058; 100.0% identity (100.0% similar) in 303 aa overlap (1-303:1-303)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALTPVVVTLWY
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 RAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS89 DVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEG
              250       260       270       280       290       300

          
pF1KB7 NPE
       :::
CCDS89 NPE
          

>>CCDS5628.1 CDK6 gene_id:1021|Hs108|chr7                 (326 aa)
 initn: 1370 init1: 1242 opt: 1396  Z-score: 872.6  bits: 169.6 E(32554): 2.8e-42
Smith-Waterman score: 1396; 70.2% identity (88.0% similar) in 299 aa overlap (2-299:9-304)

                      10        20         30        40        50  
pF1KB7        MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARD-PHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPIS
               : ..:: ::::: :::: :.::::  ..:.::::: ::: .:     :.:.:
CCDS56 MEKDGLCRADQQYECVAEIGEGAYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEE---GMPLS
               10        20        30        40        50          

             60        70        80        90       100       110  
pF1KB7 TVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGL
       :.::::.::.::.:::::::::.:::..:::::: :.::::::::::: :::::.: ::.
CCDS56 TIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGV
        60        70        80        90       100       110       

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 PAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMALT
       :.:::::.: :.::::::::.. .:::::::.::::::.: .::::::::::::.:::::
CCDS56 PTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALT
       120       130       140       150       160       170       

            180       190       200       210       220       230  
pF1KB7 PVVVTLWYRAPEVLLQSTYATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGL
        ::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::: :.:..::::::.:.:::
CCDS56 SVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGL
       180       190       200       210       220       230       

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 PPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQH
       : :.::::::.::: ::  .. .:... : ...: : .:::. ::::: :::::. ::.:
CCDS56 PGEEDWPRDVALPRQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSH
       240       250       260       270       280       290       

            300                     
pF1KB7 SYLHKDEGNPE                  
        :..  :                      
CCDS56 PYFQDLERCKENLDSHLPPSQNTSELNTA
       300       310       320      

>>CCDS11736.1 CDK3 gene_id:1018|Hs108|chr17               (305 aa)
 initn: 726 init1: 277 opt: 801  Z-score: 512.5  bits: 102.9 E(32554): 3.2e-22
Smith-Waterman score: 886; 45.5% identity (73.1% similar) in 301 aa overlap (6-302:4-293)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
            .. : .:: :.::.::::.. ..:..::::..:.        :.: ...::..::
CCDS11   MDMFQKVEKIGEGTYGVVYKAKNRETGQLVALKKIRLDLEM---EGVPSTAIREISLL
                 10        20        30        40           50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
       ..:.   :::.:::.::  . :     :. :::: ..:::. :.:..:   :: . ::. 
CCDS11 KELK---HPNIVRLLDVVHNER-----KLYLVFEFLSQDLKKYMDSTPGSELPLHLIKSY
             60        70             80        90       100       

              130       140       150       160        170         
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLW
       . :.:.:..: :.. ..::::::.:.:..  :..::::::::: ..  . . :  :::::
CCDS11 LFQLLQGVSFCHSHRVIHRDLKPQNLLINELGAIKLADFGLARAFGVPLRTYTHEVVTLW
       110       120       130       140       150       160       

     180       190        200       210       220       230        
pF1KB7 YRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDW
       :::::.:: :  :.: ::.::.:::::::  :: :: :.:: ::: .:: ..: : :: :
CCDS11 YRAPEILLGSKFYTTAVDIWSIGCIFAEMVTRKALFPGDSEIDQLFRIFRMLGTPSEDTW
       170       180       190       200       210       220       

      240         250       260       270       280       290      
pF1KB7 PRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLH
       :  ..::  .:.::    . .. .::..:  : .::...: ..: .::.:  :: : :. 
CCDS11 PGVTQLPDYKGSFPKWTRKGLEEIVPNLEPEGRDLLMQLLQYDPSQRITAKTALAHPYFS
       230       240       250       260       270       280       

        300              
pF1KB7 KDEGNPE           
       . : .:            
CCDS11 SPEPSPAARQYVLQRFRH
       290       300     

>>CCDS44408.1 CDK1 gene_id:983|Hs108|chr10                (297 aa)
 initn: 611 init1: 217 opt: 787  Z-score: 504.2  bits: 101.3 E(32554): 9.2e-22
Smith-Waterman score: 787; 43.2% identity (70.9% similar) in 296 aa overlap (6-296:4-288)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
            :  . .:: :.::.:::.:   .:. ::.:..:. .   :   .: ...::..::
CCDS44   MEDYTKIEKIGEGTYGVVYKGRHKTTGQVVAMKKIRLESEEEG---VPSTAIREISLL
                 10        20        30        40           50     

               70        80        90       100       110          
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPG-LPAETIKD
       ..:.   :::.: :.::       .. .. :.:: ...::. :::. ::   . .  .:.
CCDS44 KELR---HPNIVSLQDVLM-----QDSRLYLIFEFLSMDLKKYLDSIPPGQYMDSSLVKS
             60        70             80        90       100       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 LMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQMAL-TPVVVTL
        . :.:.:. : :.  ..::::::.:.:. . ::.::::::::: ..  . . :  ::::
CCDS44 YLYQILQGIVFCHSRRVLHRDLKPQNLLIDDKGTIKLADFGLARAFGIPIRVYTHEVVTL
       110       120       130       140       150       160       

      180       190        200       210       220       230       
pF1KB7 WYRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDD
       :::.::::: :. :.::::.::.: ::::.  .:::: :.:: ::: .::  .: : .. 
CCDS44 WYRSPEVLLGSARYSTPVDIWSIGTIFAELATKKPLFHGDSEIDQLFRIFRALGTPNNEV
       170       180       190       200       210       220       

       240         250       260       270       280       290     
pF1KB7 WPRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYL
       ::.  ::   ...::   :  . : : ...:.: .:: .:: ..: ::::.  ::.: :.
CCDS44 WPEVESLQDYKNTFPKWKPGSLASHVKNLDENGLDLLSKMLIYDPAKRISGKMALNHPYF
       230       240       250       260       270       280       

         300     
pF1KB7 HKDEGNPE  
       .         
CCDS44 NDLDNQIKKM
       290       

>>CCDS8898.1 CDK2 gene_id:1017|Hs108|chr12                (298 aa)
 initn: 781 init1: 261 opt: 743  Z-score: 477.5  bits: 96.4 E(32554): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 833; 45.2% identity (71.1% similar) in 301 aa overlap (6-302:4-292)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALL
            .. : .:: :.::.:::::.  .:. ::::..:. .      :.: ...::..::
CCDS88   MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTET---EGVPSTAIREISLL
                 10        20        30        40           50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 RRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDL
       ..:.   :::.:.:.::  :     : :. :::: . :::. ..: .   :.:   ::. 
CCDS88 KELN---HPNIVKLLDVIHT-----ENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSY
             60        70             80        90       100       

              130       140       150       160        170         
pF1KB7 MRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVKLADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLW
       . :.:.:: : :.. ..::::::.:.:... :..::::::::: ..  . . :  :::::
CCDS88 LFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLW
       110       120       130       140       150       160       

     180       190        200       210       220       230        
pF1KB7 YRAPEVLLQSTY-ATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDW
       :::::.::   : .: ::.::.:::::::  :. :: :.:: ::: .::  .: : :  :
CCDS88 YRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVW
       170       180       190       200       210       220       

      240         250       260       270       280       290      
pF1KB7 PRDVSLP--RGAFPPRGPRPVQSVVPEMEESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLH
       :  .:.:  . .::  . .  ..::: ..:.: .:: .:: ..:.:::::  :: : .. 
CCDS88 PGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFF-
       230       240       250       260       270       280       

        300        
pF1KB7 KDEGNPE     
       .:  .:      
CCDS88 QDVTKPVPHLRL
        290        

>>CCDS10984.2 CDK10 gene_id:8558|Hs108|chr16              (360 aa)
 initn: 579 init1: 190 opt: 721  Z-score: 463.2  bits: 94.0 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 721; 41.7% identity (69.9% similar) in 302 aa overlap (2-297:35-325)

                                            10        20        30 
pF1KB7                              MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHF
                                     .....: . .:: :.:: ::.::: .. ..
CCDS10 DLECEQIRLKCIRKEGFFTVPPEHRLGRCRSVKEFEKLNRIGEGTYGIVYRARDTQTDEI
           10        20        30        40        50        60    

              40        50        60        70        80        90 
pF1KB7 VALKSVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTL
       ::::.::. .      :.:::..::..:: ::.   :::.:.: .: . .. .   .. :
CCDS10 VALKKVRMDKEKD---GIPISSLREITLLLRLR---HPNIVELKEVVVGNHLE---SIFL
           70           80        90          100       110        

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB7 VFEHVDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSG
       :. . .::: . :.. : :   :. .: .. : ::::..:: : :.:::::  :.:.:. 
CCDS10 VMGYCEQDLASLLENMPTPFSEAQ-VKCIVLQVLRGLQYLHRNFIIHRDLKVSNLLMTDK
         120       130        140       150       160       170    

             160       170        180        190       200         
pF1KB7 GTVKLADFGLARIYSYQMA-LTPVVVTLWYRAPEVLL-QSTYATPVDMWSVGCIFAEMFR
       : :: ::::::: :.  .  .:: ::::::::::.::  .: .: .:::.::::.::.. 
CCDS10 GCVKTADFGLARAYGVPVKPMTPKVVTLWYRAPELLLGTTTQTTSIDMWAVGCILAELLA
          180       190       200       210       220       230    

     210       220       230       240        250       260        
pF1KB7 RKPLFCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPRDVSLPR-GAFPPRGPRPVQSV---VPEME
       ..::. :.::  :.  : .:.: : :. ::   .::  : .  :  .: ...    : . 
CCDS10 HRPLLPGTSEIHQIDLIVQLLGTPSENIWPGFSKLPLVGQYSLR-KQPYNNLKHKFPWLS
          240       250       260       270        280       290   

         270       280       290       300                         
pF1KB7 ESGAQLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEGNPE                      
       :.: .::  .. ..:.:: .:   :. ::...                            
CCDS10 EAGLRLLHFLFMYDPKKRATAGDCLESSYFKEKPLPCEPELMPTFPHHRNKRAAPATSEG
           300       310       320       330       340       350   

CCDS10 QSKRCKP
           360

>>CCDS72682.1 CDK11B gene_id:984|Hs108|chr1               (748 aa)
 initn: 337 init1: 226 opt: 708  Z-score: 451.5  bits: 92.9 E(32554): 7.9e-19
Smith-Waterman score: 708; 40.6% identity (69.5% similar) in 298 aa overlap (6-297:391-678)

                                        10        20        30     
pF1KB7                          MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALK
                                     .. . .:  :.::.::.:.: .. ..::::
CCDS72 PDSPALSPIELKQELPKYLPALQGCRSVEEFQCLNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALK
              370       380       390       400       410       420

          40        50        60        70        80        90     
pF1KB7 SVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEH
        ... .   :   .::...::.  .  :.: .:::.: . .. . :  :   :. .:...
CCDS72 RLKMEKEKEG---FPITSLREINTI--LKA-QHPNIVTVREIVVGSNMD---KIYIVMNY
              430          440          450       460          470 

         100       110       120       130       140       150     
pF1KB7 VDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVK
       :..::.. ..    : ::.: .: :: :.:::.  :: : :.:::::  :.:.. .: .:
CCDS72 VEHDLKSLMETMKQPFLPGE-VKTLMIQLLRGVKHLHDNWILHRDLKTSNLLLSHAGILK
             480       490        500       510       520       530

         160        170       180       190        200       210   
pF1KB7 LADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLWYRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPL
       ..:::::: :.  . : :::::::::::::.:: .  :.: ::::::::::.:.. .:::
CCDS72 VGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTLWYRAPELLLGAKEYSTAVDMWSVGCIFGELLTQKPL
              540       550       560       570       580       590

           220       230       240       250       260             
pF1KB7 FCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPE----MEESGA
       : :.:: ::..:.:  .: : :  ::    ::       . .: ...  .    . ..: 
CCDS72 FPGKSEIDQINKVFKDLGTPSEKIWPGYSELPAVKKMTFSEHPYNNLRKRFGALLSDQGF
              600       610       620       630       640       650

     270       280       290       300                             
pF1KB7 QLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEGNPE                          
       .:. ..::. : .::::  .:.: :...                                
CCDS72 DLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPAKSEQQRVKRGTSPRPPE
              660       670       680       690       700       710

>>CCDS44043.1 CDK11A gene_id:728642|Hs108|chr1            (770 aa)
 initn: 345 init1: 234 opt: 708  Z-score: 451.4  bits: 92.9 E(32554): 8e-19
Smith-Waterman score: 708; 40.6% identity (69.1% similar) in 298 aa overlap (6-297:413-700)

                                        10        20        30     
pF1KB7                          MATSRYEPVAEIGVGAYGTVYKARDPHSGHFVALK
                                     .. . .:  :.::.::.:.: .. ..::::
CCDS44 PDSPALLPIELKQELPKYLPALQGCRSVEEFQCLNRIEEGTYGVVYRAKDKKTDEIVALK
            390       400       410       420       430       440  

          40        50        60        70        80        90     
pF1KB7 SVRVPNGGGGGGGLPISTVREVALLRRLEAFEHPNVVRLMDVCATSRTDREIKVTLVFEH
        ... .   :   .::...::.  .  :.: .:::.: . .. . :  :   :. .:...
CCDS44 RLKMEKEKEG---FPITSLREINTI--LKA-QHPNIVTVREIVVGSNMD---KIYIVMNY
            450          460          470       480          490   

         100       110       120       130       140       150     
pF1KB7 VDQDLRTYLDKAPPPGLPAETIKDLMRQFLRGLDFLHANCIVHRDLKPENILVTSGGTVK
       :..::.. ..    : ::.: .: :: :.:::.  :: : :.:::::  :.:.. .: .:
CCDS44 VEHDLKSLMETMKQPFLPGE-VKTLMIQLLRGVKHLHDNWILHRDLKTSNLLLSHAGILK
           500       510        520       530       540       550  

         160        170       180       190        200       210   
pF1KB7 LADFGLARIYSYQM-ALTPVVVTLWYRAPEVLLQST-YATPVDMWSVGCIFAEMFRRKPL
       ..:::::: :.  . : :::::: ::::::.:: .  :.: ::::::::::.:.. .:::
CCDS44 VGDFGLAREYGSPLKAYTPVVVTQWYRAPELLLGAKEYSTAVDMWSVGCIFGELLTQKPL
            560       570       580       590       600       610  

           220       230       240       250       260             
pF1KB7 FCGNSEADQLGKIFDLIGLPPEDDWPRDVSLPRGAFPPRGPRPVQSVVPE----MEESGA
       : :::: ::..:.:  .: : :  ::    ::       . .: ...  .    . ..: 
CCDS44 FPGNSEIDQINKVFKELGTPSEKIWPGYSELPVVKKMTFSEHPYNNLRKRFGALLSDQGF
            620       630       640       650       660       670  

     270       280       290       300                             
pF1KB7 QLLLEMLTFNPHKRISAFRALQHSYLHKDEGNPE                          
       .:. ..::. : .::::  .:.: :...                                
CCDS44 DLMNKFLTYFPGRRISAEDGLKHEYFRETPLPIDPSMFPTWPAKSEQQRVKRGTSPRPPE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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