seq1 = pF1KE2705.tfa, 1200 bp
seq2 = pF1KE2705/gi568815581r_41423746.tfa (gi568815581r:41423746_41628247), 204502 bp

>pF1KE2705 1200
>gi568815581r:41423746_41628247 (Chr17)

(complement)

1-420  (100001-100420)   99% ->
421-503  (102975-103057)   98% ->
504-660  (103249-103405)   100% ->
661-822  (103708-103869)   100% ->
823-948  (103980-104105)   100% ->
949-1200  (104251-104502)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTTCCTACAGCTATCGCCAGTCGTCGGCCACGTCGTCCTTCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTTCCTACAGCTATCGCCAGTCGTCGGCCACGTCGTCCTTCGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGGCGGCGGCTCCGTGCGTTTTGGGCCGGGGGTCGCTTTTCGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 CCTGGGCGGCGGCTCCGTGCGTTTTGGGCCGGGGGTCGCCTTTCGCGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCATTCACGGGGGCTCCGGCGGCCGCGGCGTATCCGTGTCCTCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCATTCACGGGGGCTCCGGCGGCCGCGGCGTATCCGTGTCCTCCGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTTTGTGTCCTCGTCCTCCTCGGGGGGCTACGGCGGCGGCTACGGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100151 CGCTTTGTGTCCTCGTCCTCCTCGGGGGCCTACGGCGGCGGCTACGGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTCCTGACCGCGTCCGACGGGCTGCTGGCGGGCAACGAGAAGCTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGTCCTGACCGCGTCCGACGGGCTGCTGGCGGGCAACGAGAAGCTAACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCAGAACCTCAACGACCGCCTGGCTTCCTACCTGGACAAGGTGCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCAGAACCTCAACGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGACAAGGTGCGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGGCGGCCAACGGCGAGCTAGAGGTGAAGATCCGCGACTGGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGGCGGCCAACGGCGAGCTAGAGGTGAAGATCCGCGACTGGTACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAAGCAGGGGCCTGGGCCCTCCCGCGACTACAGCCACTACTACACGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAAGCAGGGGCCTGGGCCCTCCCGCGACTACAGCCACTACTACACGACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCCAGGACCTGCGGGACAAG         ATTCTTGGTGCCACCATTGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100401 TCCAGGACCTGCGGGACAAGGTG...CAGATTCTTGGTGCCACCATTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACTCCAGGATTGTCCTGCAGATCGACAACGCCCGTCTGGCTGCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 102996 AACTCCAGGATTGTCCTGCAGATCGACAATGCCCGTCTGGCTGCAGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTTCCGAACCAA         GTTTGAGACGGAACAGGCTCTGCGCATGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103046 CTTCCGAACCAAGTG...AAGGTTTGAGACGGAACAGGCTCTGCGCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCGTGGAGGCCGACATCAACGGCCTGCGCAGGGTGCTGGATGAGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103278 GCGTGGAGGCCGACATCAACGGCCTGCGCAGGGTGCTGGATGAGCTGACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGCCAGGACCGACCTGGAGATGCAGATCGAAGGCCTGAAGGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103328 CTGGCCAGGACCGACCTGGAGATGCAGATCGAAGGCCTGAAGGAAGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGCCTACCTGAAGAAGAACCATGAGGAG         GAAATCAGTACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103378 GGCCTACCTGAAGAAGAACCATGAGGAGGTG...CAGGAAATCAGTACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGAGGGGCCAAGTGGGAGGCCAGGTCAGTGTGGAGGTGGATTCCGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103721 TGAGGGGCCAAGTGGGAGGCCAGGTCAGTGTGGAGGTGGATTCCGCTCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGCACCGATCTCGCCAAGATCCTGAGTGACATGCGAAGCCAATATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103771 GGCACCGATCTCGCCAAGATCCTGAGTGACATGCGAAGCCAATATGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATGGCCGAGCAGAACCGGAAGGATGCTGAAGCCTGGTTCACCAGCCGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103821 CATGGCCGAGCAGAACCGGAAGGATGCTGAAGCCTGGTTCACCAGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    823         ACTGAAGAATTGAACCGGGAGGTCGCTGGCCACACGGAGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103871 TA...CAGACTGAAGAATTGAACCGGGAGGTCGCTGGCCACACGGAGCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTCCAGATGAGCAGGTCCGAGGTTACTGACCTGCGGCGCACCCTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104022 CTCCAGATGAGCAGGTCCGAGGTTACTGACCTGCGGCGCACCCTTCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTTGAGATTGAGCTGCAGTCACAGCTGAGCATG         AAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104072 TCTTGAGATTGAGCTGCAGTCACAGCTGAGCATGGTA...CAGAAAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCTTGGAAGACACACTGGCAGAAACGGAGGCGCGCTTTGGAGCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104258 CCTTGGAAGACACACTGGCAGAAACGGAGGCGCGCTTTGGAGCCCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCGCATATCCAGGCGCTGATCAGCGGTATTGAAGCCCAGCTGGGCGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104308 GCGCATATCCAGGCGCTGATCAGCGGTATTGAAGCCCAGCTGGGCGATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCGAGCTGATAGTGAGCGGCAGAATCAGGAGTACCAGCGGCTCATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104358 GCGAGCTGATAGTGAGCGGCAGAATCAGGAGTACCAGCGGCTCATGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCAAGTCGCGGCTGGAGCAGGAGATTGCCACCTACCGCAGCCTGCTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104408 TCAAGTCGCGGCTGGAGCAGGAGATTGCCACCTACCGCAGCCTGCTCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1156 GGACAGGAAGATCACTACAACAATTTGTCTGCCTCCAAGGTCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104458 GGACAGGAAGATCACTACAACAATTTGTCTGCCTCCAAGGTCCTC