Result of FASTA (ccds) for pF1KB6876
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6876, 200 aa
  1>>>pF1KB6876 200 - 200 aa - 200 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1236+/-0.000964; mu= 15.2135+/- 0.058
 mean_var=82.3110+/-15.767, 0's: 0 Z-trim(106.5): 81  B-trim: 5 in 1/48
 Lambda= 0.141366
 statistics sampled from 8942 (9024) to 8942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.664), E-opt: 0.2 (0.277), width:  16
 Scan time:  1.950

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17         ( 200) 1318 278.1 2.4e-75
CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2          ( 193)  697 151.5 3.2e-37
CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1             ( 193)  688 149.6 1.1e-36
CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8          ( 193)  674 146.8 8.2e-36
CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2           ( 191)  615 134.7 3.4e-32
CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1          ( 191)  609 133.5   8e-32
CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9           ( 190)  573 126.2 1.3e-29
CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9          ( 172)  522 115.7 1.6e-26
CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2        ( 230)  432 97.5 6.7e-21
CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2         ( 256)  432 97.5 7.3e-21
CCDS7524.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10        ( 220)  431 97.3 7.5e-21
CCDS7525.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10        ( 225)  431 97.3 7.6e-21
CCDS41562.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10       ( 252)  431 97.3 8.3e-21
CCDS7522.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10        ( 270)  431 97.4 8.7e-21
CCDS7521.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10        ( 285)  431 97.4   9e-21
CCDS64313.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5        ( 188)  427 96.4 1.2e-20
CCDS4374.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5         ( 216)  427 96.4 1.3e-20
CCDS34285.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5        ( 225)  427 96.5 1.3e-20
CCDS34286.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5        ( 227)  427 96.5 1.3e-20
CCDS47035.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4        ( 188)  425 96.0 1.6e-20
CCDS43215.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4        ( 216)  425 96.0 1.7e-20
CCDS43217.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4        ( 225)  425 96.1 1.8e-20
CCDS3428.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4         ( 229)  425 96.1 1.8e-20
CCDS43216.1 KCNIP4 gene_id:80333|Hs108|chr4        ( 250)  425 96.1 1.9e-20
CCDS7523.1 KCNIP2 gene_id:30819|Hs108|chr10        ( 227)  413 93.6 9.8e-20
CCDS4865.1 GUCA1B gene_id:2979|Hs108|chr6          ( 200)  391 89.1   2e-18
CCDS4864.1 GUCA1A gene_id:2978|Hs108|chr6          ( 201)  384 87.7 5.4e-18
CCDS2954.1 GUCA1C gene_id:9626|Hs108|chr3          ( 209)  325 75.6 2.3e-14
CCDS64312.1 KCNIP1 gene_id:30820|Hs108|chr5        ( 241)  286 67.7 6.4e-12


>>CCDS11151.1 RCVRN gene_id:5957|Hs108|chr17              (200 aa)
 initn: 1318 init1: 1318 opt: 1318  Z-score: 1466.0  bits: 278.1 E(32554): 2.4e-75
Smith-Waterman score: 1318; 100.0% identity (100.0% similar) in 200 aa overlap (1-200:1-200)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
              130       140       150       160       170       180

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
       ::::::::::::::::::::
CCDS11 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
              190       200

>>CCDS1671.1 HPCAL1 gene_id:3241|Hs108|chr2               (193 aa)
 initn: 667 init1: 510 opt: 697  Z-score: 781.8  bits: 151.5 E(32554): 3.2e-37
Smith-Waterman score: 697; 50.8% identity (84.6% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-192)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::...:  :  :.:..:. ::.:...::  ::..::::::::..: ..:..:::.:::  
CCDS16 MGKQNS-KLRPEVLQDLRENTEFTDHELQEWYKGFLKDCPTGHLTVDEFKKIYANFFPYG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       : . .:.::::.::.: :::.::.:..::: .:. :: .:::.::::.::.:::: ::..
CCDS16 DASKFAEHVFRTFDTNGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISRS
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
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CCDS16 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDP
     120       130         140       150       160       170       

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :.::.: .:.....     
CCDS16 SIVRLLQCDPSSASQF    
       180       190       

>>CCDS370.1 HPCA gene_id:3208|Hs108|chr1                  (193 aa)
 initn: 660 init1: 499 opt: 688  Z-score: 771.8  bits: 149.6 E(32554): 1.1e-36
Smith-Waterman score: 688; 51.3% identity (83.1% similar) in 195 aa overlap (1-195:1-192)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::...:  :  :.:..:. ::.::: ::  ::..:::::::: .. ..:..:::.:::  
CCDS37 MGKQNS-KLRPEMLQDLRENTEFSELELQEWYKGFLKDCPTGILNVDEFKKIYANFFPYG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       : . .:.::::.::.: :::.::.:..::: .:. :. .::: ::::.::.:::: ::..
CCDS37 DASKFAEHVFRTFDTNSDGTIDFREFIIALSVTSRGRLEQKLMWAFSMYDLDGNGYISRE
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.::::.::.::..  .:  .:.::.:::::.:::.. .  :.: ::. .:::.:. .. 
CCDS37 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDP
     120       130         140       150       160       170       

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :.::.: .:.....     
CCDS37 SIVRLLQCDPSSASQF    
       180       190       

>>CCDS6292.1 NCALD gene_id:83988|Hs108|chr8               (193 aa)
 initn: 624 init1: 469 opt: 674  Z-score: 756.4  bits: 146.8 E(32554): 8.2e-36
Smith-Waterman score: 674; 50.0% identity (82.6% similar) in 190 aa overlap (1-190:1-187)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::...:  :  :....:  .: :.:.:.  ::..::.:::.:......:..::..:::  
CCDS62 MGKQNS-KLRPEVMQDLLESTDFTEHEIQEWYKGFLRDCPSGHLSMEEFKKIYGNFFPYG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       : . .:.::::.::.: :::.::.:..::: .:. :: .:::.::::.::.:::: ::: 
CCDS62 DASKFAEHVFRTFDANGDGTIDFREFIIALSVTSRGKLEQKLKWAFSMYDLDGNGYISKA
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.::::.::.::..  .:  .:.::.:::::.:::.. .  : : ::. .:::.:. .. 
CCDS62 EMLEIVQAIYKMVS--SVMKMPEDESTPEKRTEKIFRQMDTNRDGKLSLEEFIRGAKSDP
     120       130         140       150       160       170       

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :.::.: .:          
CCDS62 SIVRLLQCDPSSAGQF    
       180       190       

>>CCDS1689.1 VSNL1 gene_id:7447|Hs108|chr2                (191 aa)
 initn: 583 init1: 583 opt: 615  Z-score: 691.4  bits: 134.7 E(32554): 3.4e-32
Smith-Waterman score: 615; 45.8% identity (79.2% similar) in 192 aa overlap (1-192:1-191)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::...:  :. :..:.:  .:.:.:.:: .::..::::::.::.. ..::..:.::::  
CCDS16 MGKQNS-KLAPEVMEDLVKSTEFNEHELKQWYKGFLKDCPSGRLNLEEFQQLYVKFFPYG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       : . .:::.::.::.: :::.::.:.. :: .:. :. .:::.:::..::.::.: :.. 
CCDS16 DASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSITSRGSFEQKLNWAFNMYDLDGDGKITRV
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.:::. ::.::.    .  . .:  :::.:..::.. . :: ::..:  :: :.. .. 
CCDS16 EMLEIIEAIYKMVGTVIMMKMNEDGLTPEQRVDKIFSKMDKNKDDQITLDEFKEAAKSDP
     120       130       140       150       160       170         

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :. :.: . ::        
CCDS16 SIVLLLQCDIQK        
     180       190         

>>CCDS441.1 HPCAL4 gene_id:51440|Hs108|chr1               (191 aa)
 initn: 600 init1: 600 opt: 609  Z-score: 684.8  bits: 133.5 E(32554): 8e-32
Smith-Waterman score: 609; 45.8% identity (78.1% similar) in 192 aa overlap (1-192:1-191)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::...:  :. :.::.:  ::.:::.:: .::..::::::.: .. ..::..: ::::  
CCDS44 MGKTNS-KLAPEVLEDLVQNTEFSEQELKQWYKGFLKDCPSGILNLEEFQQLYIKFFPYG
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       : . .:::.::.::.: :::.::.:.. :: .:. :. .:::.::: .::.::.: :.. 
CCDS44 DASKFAQHAFRTFDKNGDGTIDFREFICALSVTSRGSFEQKLNWAFEMYDLDGDGRITRL
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.:::. ::.::.    .  . .:  ::..:..::.: . .. ::..: .:: :.. .. 
CCDS44 EMLEIIEAIYKMVGTVIMMRMNQDGLTPQQRVDKIFKKMDQDKDDQITLEEFKEAAKSDP
     120       130       140       150       160       170         

              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :. :.: . ::        
CCDS44 SIVLLLQCDMQK        
     180       190         

>>CCDS6932.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9                (190 aa)
 initn: 573 init1: 421 opt: 573  Z-score: 645.2  bits: 126.2 E(32554): 1.3e-29
Smith-Waterman score: 573; 45.2% identity (76.1% similar) in 188 aa overlap (1-188:1-185)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
       ::.:.:  :. :..:::  .: :.:.:. .::..:.::::.:..    ::.:: .:::  
CCDS69 MGKSNS-KLKPEVVEELTRKTYFTEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIYKQFFPFG
                10        20        30        40        50         

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pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       ::  .:  ::  :: : :: ..:.:.. :: .:. :  ..::.:::.:::.:..: :..:
CCDS69 DPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRN
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pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.:.:: ::..:.   ..  ::..:::::::...:. .. :: : ::: .:: ::. :. 
CCDS69 EMLDIVDAIYQMVG--NTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADP
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              190       200
pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :.. ...            
CCDS69 SIVQALSLYDGLV       
       180       190       

>>CCDS78448.1 NCS1 gene_id:23413|Hs108|chr9               (172 aa)
 initn: 530 init1: 384 opt: 522  Z-score: 589.5  bits: 115.7 E(32554): 1.6e-26
Smith-Waterman score: 522; 44.8% identity (76.4% similar) in 165 aa overlap (24-188:5-167)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPTGRITQQQFQSIYAKFFPDT
                              .:.:. .::..:.::::.:..    ::.:: .:::  
CCDS78                    MATITEKEVQQWYKGFIKDCPSGQLDAAGFQKIYKQFFPFG
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pF1KB6 DPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQKLEWAFSLYDVDGNGTISKN
       ::  .:  ::  :: : :: ..:.:.. :: .:. :  ..::.:::.:::.:..: :..:
CCDS78 DPTKFATFVFNVFDENKDGRIEFSEFIQALSVTSRGTLDEKLRWAFKLYDLDNDGYITRN
              50        60        70        80        90       100 

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pF1KB6 EVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGKNDDDKLTEKEFIEGTLANK
       :.:.:: ::..:.   ..  ::..:::::::...:. .. :: : ::: .:: ::. :. 
CCDS78 EMLDIVDAIYQMVG--NTVELPEEENTPEKRVDRIFAMMDKNADGKLTLQEFQEGSKADP
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pF1KB6 EILRLIQFEPQKVKEKMKNA
        :.. ...            
CCDS78 SIVQALSLYDGLV       
     160       170         

>>CCDS33245.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2             (230 aa)
 initn: 380 init1: 358 opt: 432  Z-score: 488.7  bits: 97.5 E(32554): 6.7e-21
Smith-Waterman score: 432; 35.8% identity (74.3% similar) in 179 aa overlap (12-189:51-227)

                                  10        20        30        40 
pF1KB6                    MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPT
                                     : :..:: .:::...:: : :..: ..:::
CCDS33 VLKQFGILEPISMEDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPT
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pF1KB6 GRITQQQFQSIYAKFFPDTDPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQK
       : . .. :. :::.:::. :  .::. .: .::.. .:.. :...:..: .   : ...:
CCDS33 GLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEK
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pF1KB6 LEWAFSLYDVDGNGTISKNEVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGK
       :.:::.:::.. .: :.:.:.: :. .:. :.  .   .: .:  .: ...:.... . .
CCDS33 LKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILRED--APAEHVERFFEKMDR
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pF1KB6 NDDDKLTEKEFIEGTLANKEILRLIQ-FEPQKVKEKMKNA
       :.:  .: .::.:.   ...:.  .: ::           
CCDS33 NQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI        
      200       210       220       230        

>>CCDS2013.1 KCNIP3 gene_id:30818|Hs108|chr2              (256 aa)
 initn: 380 init1: 358 opt: 432  Z-score: 488.1  bits: 97.5 E(32554): 7.3e-21
Smith-Waterman score: 432; 35.8% identity (74.3% similar) in 179 aa overlap (12-189:77-253)

                                  10        20        30        40 
pF1KB6                    MGNSKSGALSKEILEELQLNTKFSEEELCSWYQSFLKDCPT
                                     : :..:: .:::...:: : :..: ..:::
CCDS20 LVKWILSSTAPQGSDSSDSELELSTVRHQPEGLDQLQAQTKFTKKELQSLYRGFKNECPT
         50        60        70        80        90       100      

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pF1KB6 GRITQQQFQSIYAKFFPDTDPKAYAQHVFRSFDSNLDGTLDFKEYVIALHMTTAGKTNQK
       : . .. :. :::.:::. :  .::. .: .::.. .:.. :...:..: .   : ...:
CCDS20 GLVDEDTFKLIYAQFFPQGDATTYAHFLFNAFDADGNGAIHFEDFVVGLSILLRGTVHEK
        110       120       130       140       150       160      

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pF1KB6 LEWAFSLYDVDGNGTISKNEVLEIVMAIFKMITPEDVKLLPDDENTPEKRAEKIWKYFGK
       :.:::.:::.. .: :.:.:.: :. .:. :.  .   .: .:  .: ...:.... . .
CCDS20 LKWAFNLYDINKDGYITKEEMLAIMKSIYDMMGRHTYPILRED--APAEHVERFFEKMDR
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pF1KB6 NDDDKLTEKEFIEGTLANKEILRLIQ-FEPQKVKEKMKNA
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CCDS20 NQDGVVTIEEFLEACQKDENIMSSMQLFENVI        
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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