Result of FASTA (ccds) for pF1KB6863
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6863, 179 aa
  1>>>pF1KB6863 179 - 179 aa - 179 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5861+/-0.00112; mu= 11.0303+/- 0.068
 mean_var=84.7188+/-18.543, 0's: 0 Z-trim(103.7): 139  B-trim: 552 in 2/47
 Lambda= 0.139343
 statistics sampled from 7338 (7518) to 7338 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.606), E-opt: 0.2 (0.231), width:  16
 Scan time:  1.310

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2          ( 179) 1187 248.5 1.6e-66
CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10        ( 179) 1010 212.9 8.4e-56
CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2         ( 142)  941 199.0 1.1e-51
CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17       ( 179)  762 163.1 8.6e-41
CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1             ( 181)  607 131.9 2.1e-31
CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12            ( 181)  598 130.1 7.3e-31
CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 181)  582 126.9 6.8e-30
CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3             ( 180)  569 124.3 4.1e-29
CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7            ( 180)  560 122.5 1.4e-28
CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14            ( 175)  550 120.4 5.7e-28
CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 574)  503 111.4   1e-24
CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10            ( 182)  486 107.6 4.4e-24
CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11            ( 184)  484 107.2 5.8e-24
CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3          ( 192)  454 101.2 3.9e-22
CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5          ( 569)  450 100.7 1.6e-21
CCDS73510.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12           ( 135)  434 97.0 4.9e-21
CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13        ( 196)  428 95.9 1.5e-20
CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7          ( 200)  426 95.5   2e-20
CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3           ( 186)  423 94.9 2.9e-20
CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5           ( 546)  423 95.3 6.7e-20
CCDS13533.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 201)  417 93.7 7.1e-20
CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2          ( 192)  413 92.9 1.2e-19
CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2         ( 201)  413 92.9 1.2e-19
CCDS46630.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 173)  370 84.2 4.4e-17
CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17          ( 201)  370 84.3   5e-17
CCDS68172.1 ARFRP1 gene_id:10139|Hs108|chr20       ( 154)  347 79.6 9.9e-16
CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3          ( 186)  307 71.6   3e-13
CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1         ( 186)  297 69.6 1.2e-12
CCDS55770.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11           ( 157)  291 68.3 2.5e-12
CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3        ( 428)  273 65.0 6.6e-11


>>CCDS2195.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2               (179 aa)
 initn: 1187 init1: 1187 opt: 1187  Z-score: 1307.6  bits: 248.5 E(32554): 1.6e-66
Smith-Waterman score: 1187; 100.0% identity (100.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170         
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS21 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
              130       140       150       160       170         

>>CCDS7131.1 ARL5B gene_id:221079|Hs108|chr10             (179 aa)
 initn: 1010 init1: 1010 opt: 1010  Z-score: 1115.3  bits: 212.9 E(32554): 8.4e-56
Smith-Waterman score: 1010; 79.9% identity (95.0% similar) in 179 aa overlap (1-179:1-179)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
       ::..:...: :: .:::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::..::
CCDS71 MGLIFAKLWSLFCNQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFLMNEVVHTSPTIGSNVEEIVVKNT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
       .::::::::::::::::::::.::::.:.:::: ::::...:.::::.::::::::::..
CCDS71 HFLMWDIGGQESLRSSWNTYYSNTEFIILVVDSIDRERLAITKEELYRMLAHEDLRKAAV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170         
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::::::::.: :::.::::..: :.::::: ::::.:::::::::::::::: ::. .:
CCDS71 LIFANKQDMKGCMTAAEISKYLTLSSIKDHPWHIQSCCALTGEGLCQGLEWMTSRIGVR
              130       140       150       160       170         

>>CCDS46425.1 ARL5A gene_id:26225|Hs108|chr2              (142 aa)
 initn: 941 init1: 941 opt: 941  Z-score: 1041.7  bits: 199.0 E(32554): 1.1e-51
Smith-Waterman score: 941; 100.0% identity (100.0% similar) in 142 aa overlap (38-179:1-142)

        10        20        30        40        50        60       
pF1KB6 IWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNTRFLMWDI
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46                               MNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNTRFLMWDI
                                             10        20        30

        70        80        90       100       110       120       
pF1KB6 GGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGLLIFANKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGLLIFANKQ
               40        50        60        70        80        90

       130       140       150       160       170         
pF1KB6 DVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 DVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
              100       110       120       130       140  

>>CCDS45664.1 ARL5C gene_id:390790|Hs108|chr17            (179 aa)
 initn: 788 init1: 762 opt: 762  Z-score: 845.8  bits: 163.1 E(32554): 8.6e-41
Smith-Waterman score: 762; 65.1% identity (84.6% similar) in 175 aa overlap (1-175:1-175)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
       :: :....  .:..::: :::::::: :::::::.:  :::::  ::::::::::.. .:
CCDS45 MGQLIAKLMSIFGNQEHTVIIVGLDNEGKTTILYRFLTNEVVHMCPTIGSNVEEIILPKT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
       .:.::::   :.:   :::::.::::.:.:.:::::.:. .:::::::::::: :. :..
CCDS45 HFFMWDIVRPEALSFIWNTYYSNTEFIILVIDSTDRDRLLTTREELYKMLAHEALQDASV
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170         
pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::::::::::. : ..:::.:: :..::::.::::.::::: :::   :.:: :.    
CCDS45 LIFANKQDVKDSMRMVEISHFLTLSTIKDHSWHIQGCCALTREGLPARLQWMESQAAAN
              130       140       150       160       170         

>>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1                  (181 aa)
 initn: 592 init1: 592 opt: 607  Z-score: 677.4  bits: 131.9 E(32554): 2.1e-31
Smith-Waterman score: 607; 48.9% identity (80.9% similar) in 178 aa overlap (1-177:1-178)

               10         20        30        40        50         
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
       :: .:. ... ::...: ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: .  .:
CCDS15 MGNIFANLFKGLFGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
         : .::.:::...:  :  :. ::. .: ::::.::::.. .::::..:::...:: : 
CCDS15 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::.::::::. . :..:::.. : : :.. ..:.::: :: .:.:: .::.:. ..:.  
CCDS15 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQ
              130       140       150       160       170       180

CCDS15 K
        

>>CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12                 (181 aa)
 initn: 588 init1: 588 opt: 598  Z-score: 667.6  bits: 130.1 E(32554): 7.3e-31
Smith-Waterman score: 598; 48.9% identity (79.8% similar) in 178 aa overlap (1-177:1-178)

               10         20        30        40        50         
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
       :: .:  . . :....: ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: .  .:
CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
         : .::.:::...:  :  :. ::. .: ::::.::::.. .::::..:::...:: : 
CCDS87 ISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::.::::::. . :..:::.. : : :.. ..:.::: :: .:.:: .::.:. ..::  
CCDS87 LLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLANQLKNK
              130       140       150       160       170       180

CCDS87 K
        

>>CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12                (181 aa)
 initn: 586 init1: 568 opt: 582  Z-score: 650.2  bits: 126.9 E(32554): 6.8e-30
Smith-Waterman score: 582; 48.9% identity (76.7% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)

               10         20        30        40        50         
pF1KB6 MGILFTRIWR-LFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
       :: .:. :.  ::. .: ...:.:::.::::::::.....::: : :::: ::: .. .:
CCDS44 MGGFFSSIFSSLFGTREMRILILGLDGAGKTTILYRLQVGEVVTTIPTIGFNVETVTYKN
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
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CCDS44 LKFQVWDLGGQTSIRPYWRCYYSNTDAVIYVVDSCDRDRIGISKSELVAMLEEEELRKAI
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       :..::::::... :: .:... : : ..::..:.:    :  : :: ...::..  :: :
CCDS44 LVVFANKQDMEQAMTSSEMANSLGLPALKDRKWQIFKTSATKGTGLDEAMEWLVETLKSR
              130       140       150       160       170       180

CCDS44 Q
        

>>CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3                  (180 aa)
 initn: 561 init1: 561 opt: 569  Z-score: 636.1  bits: 124.3 E(32554): 4.1e-29
Smith-Waterman score: 569; 46.1% identity (77.2% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)

                10        20        30        40        50         
pF1KB6 MGILFTRIW-RLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
       ::. .. .. :::.... ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: .  .:
CCDS28 MGLTISSLFSRLFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
         : .::.:::. .:  :. :. ::. .: ::::.:::::. . .:: :::  ..:: : 
CCDS28 ICFTVWDVGGQDRIRPLWKHYFQNTQGLIFVVDSNDRERIQEVADELQKMLLVDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::.::::::. . :...:... : : :.... :..:: ::  : :: .::.:. ..:. :
CCDS28 LLLFANKQDLPNAMAISEMTDKLGLQSLRNRTWYVQATCATQGTGLYEGLDWLSNELSKR
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7                 (180 aa)
 initn: 537 init1: 523 opt: 560  Z-score: 626.3  bits: 122.5 E(32554): 1.4e-28
Smith-Waterman score: 560; 45.0% identity (75.6% similar) in 180 aa overlap (1-179:1-180)

                10        20        30        40        50         
pF1KB6 MGILFTRIW-RLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINN
       ::.  . .. :.:.... ....:::: ::::::::.....:.: : :::: ::: .  .:
CCDS34 MGLTVSALFSRIFGKKQMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKN
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB6 TRFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAG
         : .::.:::...:  :  :. ::. .: ::::.::::.. . .:: ::: ...:: : 
CCDS34 ICFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVQESADELQKMLQEDELRDAV
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 LLIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
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CCDS34 LLVFANKQDMPNAMPVSELTDKLGLQHLRSRTWYVQATCATQGTGLYDGLDWLSHELSKR
              130       140       150       160       170       180

>>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14                 (175 aa)
 initn: 530 init1: 514 opt: 550  Z-score: 615.6  bits: 120.4 E(32554): 5.7e-28
Smith-Waterman score: 550; 44.1% identity (76.8% similar) in 177 aa overlap (1-177:1-174)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGILFTRIWRLFNHQEHKVIIVGLDNAGKTTILYQFSMNEVVHTSPTIGSNVEEIVINNT
       :: ....:   :...: .....::: ::::::::...... : : ::.: ::: .. .:.
CCDS96 MGKVLSKI---FGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNV
                  10        20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 RFLMWDIGGQESLRSSWNTYYTNTEFVIVVVDSTDRERISVTREELYKMLAHEDLRKAGL
       .: .::.:::...:  :  :::.:. .: ::: .::.::. .:.::....  ...: : .
CCDS96 KFNVWDVGGQDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAII
        60        70        80        90       100       110       

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pF1KB6 LIFANKQDVKECMTVAEISQFLKLTSIKDHQWHIQACCALTGEGLCQGLEWMMSRLKIR
       ::::::::. . :   ::.. : :: :.:..:..:  :: .:.:: .:: :. :  :  
CCDS96 LIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS 
       120       130       140       150       160       170      




179 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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