Result of FASTA (ccds) for pF1KB5481
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5481, 453 aa
  1>>>pF1KB5481 453 - 453 aa - 453 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3872+/-0.000915; mu= 17.2901+/- 0.055
 mean_var=60.2955+/-11.970, 0's: 0 Z-trim(104.9): 10  B-trim: 6 in 1/49
 Lambda= 0.165170
 statistics sampled from 8121 (8128) to 8121 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.25), width:  16
 Scan time:  2.810

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16        ( 453) 2887 696.5 1.5e-200
CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7           ( 489)  443 114.1 3.3e-25
CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3          ( 480)  370 96.7 5.6e-20
CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9         ( 525)  311 82.6   1e-15


>>CCDS10601.1 UQCRC2 gene_id:7385|Hs108|chr16             (453 aa)
 initn: 2887 init1: 2887 opt: 2887  Z-score: 3714.1  bits: 696.5 E(32554): 1.5e-200
Smith-Waterman score: 2887; 100.0% identity (100.0% similar) in 453 aa overlap (1-453:1-453)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 AYRNALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLGVSHPVLKQVAEQFLNM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGDSLVHAAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 RGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450   
pF1KB5 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NADIINAAKKFVSGQKSMAASGNLGHTPFVDEL
              430       440       450   

>>CCDS5730.1 PMPCB gene_id:9512|Hs108|chr7                (489 aa)
 initn: 267 init1: 190 opt: 443  Z-score: 566.1  bits: 114.1 E(32554): 3.3e-25
Smith-Waterman score: 443; 24.7% identity (60.4% similar) in 437 aa overlap (21-448:41-475)

                         10        20        30        40        50
pF1KB5           MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGLVIA
                                     ....: : . .  .  . . : : .:: .:
CCDS57 SSAARRRLWGFSESLLIRGAAGRSLYFGENRLRSTQAATQVVLNVPETRVTCLESGLRVA
               20        30        40        50        60        70

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 SLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVGGKL
       : ..   .  .::.: ::::::. .: ::.:.:.  .   ::  :.. .   :: .:..:
CCDS57 SEDSGLSTCTVGLWIDAGSRYENEKNNGTAHFLEHMAFKGTKKRSQLDLELEIENMGAHL
               80        90       100       110       120       130

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 SVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQNPQ
       .. ..::. .: .. .  :.   .:.: ..     . . :.   .  .  .   .  : :
CCDS57 NAYTSREQTVYYAKAFSKDLPRAVEILADIIQNSTLGEAEIERERGVILREMQEVETNLQ
              140       150       160       170       180       190

              180        190       200       210       220         
pF1KB5 THVIENLHAAAYRN-ALANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMALIGLG-VSHP
         :.. :::.::.: ::.  .  :   : ... ..:  .. .:. . :..: . : ::: 
CCDS57 EVVFDYLHATAYQNTALGRTILGPTENIKSISRKDLVDYITTHYKGPRIVLAAAGGVSHD
              200       210       220       230       240       250

      230           240       250       260        270       280   
pF1KB5 VLKQVAE-QF---LNMRGGLGLSGAKANYRGGEIREQNGD-SLVHAAFVAESAVAGSAEA
        : ..:. .:   :  . :   .    .. :.::: ..    :.: :...:..  .  ..
CCDS57 ELLDLAKFHFGDSLCTHKGEIPALPPCKFTGSEIRVRDDKMPLAHLAIAVEAVGWAHPDT
              260       270       280       290       300       310

           290        300       310       320       330       340  
pF1KB5 NAFSVLQHVLGAGPH-VKRGSNTTSHLHQAVAKATQQPFDVSAFNASYSDSGLFGIYTIS
         . : . ..:   .    : : .:.: : . ...    . ..::.::.:.::.:.: . 
CCDS57 ICLMVANTLIGNWDRSFGGGMNLSSKLAQLTCHGNLC-HSFQSFNTSYTDTGLWGLYMVC
              320       330       340        350       360         

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB5 QATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSVESSECFLEEVGSQALV
       ......:..... ..   .   ......:  :.: ::...:.....:  . :..: : : 
CCDS57 ESSTVADMLHVVQKEWMRLCT-SVTESEVARARNLLKTNMLLQLDGSTPICEDIGRQMLC
     370       380       390        400       410       420        

            410       420       430        440       450           
pF1KB5 AGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQK-SMAASGNLGHTPFVDEL        
        .  .:   .  .::.:    : ..  :.. ... ..:: : . . :             
CCDS57 YNRRIPIPELEARIDAVNAETIREVCTKYIYNRSPAIAAVGPIKQLPDFKQIRSNMCWLR
      430       440       450       460       470       480        

CCDS57 D
        

>>CCDS2774.1 UQCRC1 gene_id:7384|Hs108|chr3               (480 aa)
 initn: 190 init1: 190 opt: 370  Z-score: 472.2  bits: 96.7 E(32554): 5.6e-20
Smith-Waterman score: 379; 23.7% identity (57.6% similar) in 469 aa overlap (2-448:15-466)

                            10        20        30        40       
pF1KB5              MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAPPQPQDLEFTKLPNGL
                     ..: ::    :  .:  .: ...::. : :     . . . : :::
CCDS27 MAASVVCRAATAGAQVLLRA---RRSPALLRTPALRSTATFAQALQFVPETQVSLLDNGL
               10        20           30        40        50       

        50        60        70        80        90       100       
pF1KB5 VIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLLRLTSSLTTKGASSFKITRGIEAVG
        .:: .. .:.  .:..: .:::.:  .: :. ..:.  .   ::.  .  . . .:..:
CCDS27 RVASEQSSQPTCTVGVWIDVGSRFETEKNNGAGYFLEHLAFKGTKNRPGSALEKEVESMG
        60        70        80        90       100       110       

       110       120       130       140       150       160       
pF1KB5 GKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWEVADLQPQLKIDKAVAFQ
       ..:.. .:::. :: .. :  :.   .:.: ...    ..       . :.. .. : ..
CCDS27 AHLNAYSTREHTAYYIKALSKDLPKAVELLGDIVQNCSLE-------DSQIEKERDVILR
       120       130       140       150              160       170

       170              180        190       200       210         
pF1KB5 NPQTH------VIEN-LHAAAYRNA-LANPLYCPDYRIGKVTSEELHYFVQNHFTSARMA
       . : .      :. : :::.:.... ::. .  :.  . :..  .:  ....:. . ::.
CCDS27 EMQENDASMRDVVFNYLHATAFQGTPLAQAVEGPSENVRKLSRADLTEYLSTHYKAPRMV
              180       190       200       210       220       230

     220        230       240       250               260          
pF1KB5 LIGLG-VSHPVLKQVAEQFLNMRGGLGLSGAK--------ANYRGGEIREQNGDSL--VH
       : . : : :  : ..:.. :   ::.  . :.          . :.:::... :.:  .:
CCDS27 LAAAGGVEHQQLLDLAQKHL---GGIPWTYAEDAVPTLTPCRFTGSEIRHRD-DALPFAH
              240       250          260       270        280      

      270       280       290       300        310        320      
pF1KB5 AAFVAESAVAGSAEANAFSVLQHVLGAGPHVKRGS-NTTSHLHQ-AVAKATQQPFDVSAF
       .:...:.   .: .  :..: . ..:    .  :. . .: : . :::.   : :..  :
CCDS27 VAIAVEGPGWASPDNVALQVANAIIGHYDCTYGGGVHLSSPLASGAVANKLCQSFQT--F
        290       300       310       320       330       340      

        330       340       350       360       370       380      
pF1KB5 NASYSDSGLFGIYTISQATAAGDVIKAAYNQVKTIAQGNLSNTDVQAAKNKLKAGYLMSV
       .  :...::.: . . .     :.. .  .:   .   . ....:  .:: :. . .  .
CCDS27 SICYAETGLLGAHFVCDRMKIDDMMFVLQGQWMRLCT-SATESEVARGKNILRNALVSHL
          350       360       370       380        390       400   

        390       400       410       420       430        440     
pF1KB5 ESSECFLEEVGSQALVAGSYMPPSTVLQQIDSVANADIINAAKKFVSGQ-KSMAASGNLG
       ...    :..: . :. :  .: .   ..:  :  . . .  .:..  :  ..:. : . 
CCDS27 DGTTPVCEDIGRSLLTYGRRIPLAEWESRIAEVDASVVREICSKYIYDQCPAVAGYGPIE
           410       420       430       440       450       460   

         450            
pF1KB5 HTPFVDEL         
       . :              
CCDS27 QLPDYNRIRSGMFWLRF
           470       480

>>CCDS35180.1 PMPCA gene_id:23203|Hs108|chr9              (525 aa)
 initn: 215 init1: 128 opt: 311  Z-score: 395.6  bits: 82.6 E(32554): 1e-15
Smith-Waterman score: 485; 25.1% identity (56.6% similar) in 479 aa overlap (9-453:29-506)

                                   10        20        30          
pF1KB5                     MKLLTRAGSFSRFYSLKVAPKVKATAAPAGAP-P------
                                   .. :: :  . :..  ..   :.: :      
CCDS35 MAAVVLAATRLLRGSGSWGCSRLRFGPPAYRRFSSGGAYPNIPLSSPLPGVPKPVFATVD
               10        20        30        40        50        60

              40        50        60        70        80         90
pF1KB5 -QPQ-DLEFTKLPNGLVIASLENYSPVSRIGLFIKAGSRYEDFSNLGTTHLL-RLTSSLT
        : . . . : : ::: .:: ....    .:..:..:::::     : .:.: .:. : :
CCDS35 GQEKFETKVTTLDNGLRVASQNKFGQFCTVGILINSGSRYEAKYLSGIAHFLEKLAFSST
               70        80        90       100       110       120

              100       110       120       130       140       150
pF1KB5 TKGASSFKITRGIEAVGGKLSVTATRENMAYTVECLRGDVDILMEFLLNVTTAPEFRRWE
       ..  :. .:   .:  ::  .  ..:..  :.:      .: .. .: .:.  :..   :
CCDS35 ARFDSKDEILLTLEKHGGICDCQTSRDTTMYAVSADSKGLDTVVALLADVVLQPRLTDEE
              130       140       150       160       170       180

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pF1KB5 V--ADLQPQLKIDKAVAFQNPQTHVIENLHAAAYR-NALANPLYCPDYRIGKVTSEELHY
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