Result of FASTA (omim) for pF1KB3240
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB3240, 873 aa
  1>>>pF1KB3240 873 - 873 aa - 873 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5747+/-0.000424; mu= 19.2963+/- 0.027
 mean_var=186.5704+/-37.679, 0's: 0 Z-trim(117.1): 32  B-trim: 38 in 1/56
 Lambda= 0.093897
 statistics sampled from 28811 (28843) to 28811 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.671), E-opt: 0.2 (0.338), width:  16
 Scan time:  9.610

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_009153 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeobox ( 873) 5719 788.0       0
NP_001017926 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeo ( 873) 5719 788.0       0
XP_005250893 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837)  600 94.5 2.2e-18
XP_005250894 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837)  600 94.5 2.2e-18
NP_055758 (OMIM: 609185) zinc fingers and homeobox ( 837)  600 94.5 2.2e-18
XP_011515234 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837)  600 94.5 2.2e-18
XP_011515233 (OMIM: 609185) PREDICTED: zinc finger ( 837)  600 94.5 2.2e-18
XP_016883227 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956)  511 82.6   1e-14
XP_011527022 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956)  511 82.6   1e-14
XP_016883226 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 956)  511 82.6   1e-14
NP_055850 (OMIM: 609598) zinc fingers and homeobox ( 956)  511 82.6   1e-14
XP_011527019 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527007 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_005260400 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527006 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527005 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527015 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_006723811 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527008 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527009 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527003 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527020 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_006723812 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527016 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527013 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527004 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_016883225 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_005260398 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527011 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
XP_011527010 (OMIM: 609598) PREDICTED: zinc finger ( 969)  511 82.6   1e-14
NP_065885 (OMIM: 608119) homeobox and leucine zipp ( 550)  258 48.0 0.00015


>>NP_009153 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeoboxes p  (873 aa)
 initn: 5719 init1: 5719 opt: 5719  Z-score: 4198.7  bits: 788.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5719; 100.0% identity (100.0% similar) in 873 aa overlap (1-873:1-873)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB3 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 TGKICKKTPEQLHMLKSAFVRTQWPSPEEYDKLAKESGLARTDIVSWFGDTRYAWKNGNL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB3 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 KWYYYYQSANSSSMNGLSSLRKRGRGRPKGRGRGRPRGRPRGSKRINNWDRGPSLIKFKT
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB3 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 GTAILKDYYLKHKFLNEQDLDELVNKSHMGYEQVREWFAERQRRSELGIELFEENEEEDE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870   
pF1KB3 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_009 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
              850       860       870   

>>NP_001017926 (OMIM: 604764) zinc fingers and homeoboxe  (873 aa)
 initn: 5719 init1: 5719 opt: 5719  Z-score: 4198.7  bits: 788.0 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 5719; 100.0% identity (100.0% similar) in 873 aa overlap (1-873:1-873)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB3 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MASRRKSTTPCMVLASEQDPDLELISDLDEGPPVLTPVENTRAESISSDEEVHESVDSDN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB3 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QQNKKVEGGYECKYCTFQTPDLNMFTFHVDSEHPNVVLNSSYVCVECNFLTKRYDALSEH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB3 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEVSSSGISISK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB3 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPDREEIVENPSSSASESNTSTSIVN
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB3 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RIHPSTASTVVTPAAVLPGLAQVITAVSAQQNSNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB3 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKIWFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB3 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HTVPQTITVIPTHISTGSNGLPSILQTCQIVGQPGLVLTQVAGTNTLPVTAPIALTVAGV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB3 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSQNNIQKSQVPAAQPTAETKPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB3 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VSYLKNQFPHDSEIIRLMKITGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIII
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB3 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DSSDETTESPTVGTAQPKQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB3 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRAQTKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGETSPADESGAPKSGS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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NP_001 VIDDQEEDEEETDDSDTWEPPRHVKRKLSKSDD
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       . .. :..:.             .   :..:. .:.   : ::.::: .:.:.   ::.:
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       ::.:  ..:..:::::::..:.. :.: .:. ::.:.:::..::::::.::.::::::::
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       .:.::::...:: ::::.:....  .   : ::::   :::.:: .::::::.. .:   
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XP_011 KKTKEQIAHLKASFLQSQFPDDAEVYRLIEVTGLARSEIKKWFSDHRYRCQRG-----IV
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XP_011 HITSESL------AKDQL----AIAASRHGRTYHAYPDFAPQKFKEKTQGQVKILEDSFL
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XP_011 LAESDSDCVPAEAGQA
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XP_016 TDGSTLANGHRSTLDGYLYSCKYCDFRSHDMTQFVGHMNSEHTDFNKDPTFVCSGCSFLA
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pF1KB3 KRYDALSEHNLKYHPGEENFKLTMVKRNNQTIFEQTINDLTFDGSFVKEENAEQAESTEV
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XP_016 KTPEGLSLHNATCHSGEASFVWNVAKPDNHVVVEQSIPESTSTPDLAGEPSAEGADG---
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pF1KB3 SSSGISISKTPIMKMMKNKVENKRIAVHHNSVEDVPEEKENEIKPD----REEIVENPSS
        .. : :.::::::.::.:.: :.:   :.  :.:: .  .:  :     . :. :.  :
XP_016 -QAEIIITKTPIMKIMKGKAEAKKI---HTLKENVPSQPVGEALPKLSTGEMEVREGDHS
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pF1KB3 ----SASESNTSTSIVNRIHPSTASTVVTPAAVLP-GLAQVIT-----AVSAQQN-----
           ..  :..:.: ..  : ...  . : . ::: :.:: ..      : ::..     
XP_016 FINGAVPVSQASASSAKNPHAANGPLIGT-VPVLPAGIAQFLSLQQQPPVHAQHHVHQPL
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pF1KB3 --SNLIPKVLIPVNSIPTYNAALDNNPLLLNTYNKFPYPTMSEITVLSAQAKYTEEQIKI
         .. .:::.::..::::::::.:.: .: :...:::::: .:.  :.. .:: :::.::
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pF1KB3 WFSAQRLKHGVSWTPEEVEEARRKQFNGTVHTVPQ-TITVIPTHISTGSNGLPSILQTC-
       ::.:::::.:.::.:::.:.::.:.:: ....::: ::::. : . ......  ..:.  
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pF1KB3 --QIVGQP-----GLVLTQVAGTNTLPVTA-PIALTVAGVPSQNNIQKSQVPAAQPTAET
         ..::::     ::..::   .: : .:. :. :::..::.: ..   ..  .. :. .
XP_016 PGHVVGQPEGTGGGLLVTQPLMANGLQATSSPLPLTVTSVPKQPGVAPINTVCSNTTSAV
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pF1KB3 KPATAAVPTSQSVKHETALVNPDSFGIRAKKTKEQLAELKVSYLKNQFPHDSEIIRLMKI
       : ..::     .    :. .  :.   . ::..:::. :: :. .:::: .::. .: :.
XP_016 KVVNAAQSLLTACPSITSQAFLDASIYKNKKSHEQLSALKGSFCRNQFPGQSEVEHLTKV
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pF1KB3 TGLTKGEIKKWFSDTRYNQRNSKSNQCLHLNNDSSTTIIIDSSDETTESP----------
       :::.  :..::::: ::. :: :... . . .: :. :::::  :.. ::          
XP_016 TGLSTREVRKWFSDRRYHCRNLKGSRAM-IPGDHSS-IIIDSVPEVSFSPSSKVPEVTCI
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pF1KB3 -TVGT--AQP---KQSWNPFPDFTPQKFKEKTAEQLRVLQASFLNSSVLTDEELNRLRAQ
        :..:  ..:   .:::.  ::::: :.::.. ::::.:..:: .. .  ::::.:::..
XP_016 PTTATLATHPSAKRQSWHQTPDFTPTKYKERAPEQLRALESSFAQNPLPLDEELDRLRSE
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pF1KB3 TKLTRREIDAWFTEKKKSKALKEEKMEIDESNAGSSKEEAGE------------------
       ::.::::::.::.:..: :.  ::  . .: ::.. .:::.:                  
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