Result of FASTA (ccds) for pF1KE3504
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3504, 863 aa
  1>>>pF1KE3504     863 - 863 aa - 863 aa
Library: human.CCDS.faa
  18921897 residues in 33420 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1029+/-0.000864; mu= 16.6922+/- 0.052
 mean_var=78.7932+/-15.886, 0's: 0 Z-trim(107.2): 75  B-trim: 4 in 1/49
 Lambda= 0.144487
 statistics sampled from 9480 (9551) to 9480 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.647), E-opt: 0.2 (0.286), width:  16
 Scan time:  1.810

The best scores are:                                      opt bits E(33420)
CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs109|chr3           ( 863) 5891 1238.1       0
CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12          ( 858) 3301 698.2 1.7e-200
CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12          ( 835) 2713 575.6 1.3e-163


>>CCDS3235.1 USP13 gene_id:8975|Hs109|chr3                (863 aa)
 initn: 5891 init1: 5891 opt: 5891  Z-score: 6631.1  bits: 1238.1 E(33420):    0
Smith-Waterman score: 5891; 100.0% identity (100.0% similar) in 863 aa overlap (1-863:1-863)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRGASGGALPKRRNSKIFLDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRGASGGALPKRRNSKIFLDL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 DTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALVTIACDAVLSSKSPYRKQDPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 DTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALVTIACDAVLSSKSPYRKQDPD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 TWENELPVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TWENELPVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGKWFFDSSG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 GNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGIDMLHMHG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 TENGLQDNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 TENGLQDNDIKLRVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVMQAIFSIPEF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 QRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQVMKEEHKPQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 QNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEER
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSDVFRFLVEER
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 IQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPLPELVRAKIP
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 FSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 FSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFGLDWVPKKFD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 VSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPSDIDESSVMQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPSDIDESSVMQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 LAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGAASAGASVFG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 ASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE3 ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDH
              790       800       810       820       830       840

              850       860   
pF1KE3 KVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
       :::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
              850       860   

>>CCDS41743.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12               (858 aa)
 initn: 3463 init1: 1583 opt: 3301  Z-score: 3713.3  bits: 698.2 E(33420): 1.7e-200
Smith-Waterman score: 3598; 60.6% identity (84.0% similar) in 862 aa overlap (26-863:7-858)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS41                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                  10        20        30        40 

               70        80        90       100         110        
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
       :::.::::::.::...::::: :::: ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... .
CCDS41 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
              50        60        70        80        90       100 

      120       130       140       150       160           170    
pF1KE3 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
        ..   ::. . .: ....:.::.::. :::  ..  :: .:    : : .:.::. :  
CCDS41 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
             110       120       130       140       150       160 

          180        190       200       210       220       230   
pF1KE3 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
       :::. ..:..:.  :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
CCDS41 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
             170       180       190       200       210       220 

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE3 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
        .::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
CCDS41 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
             230       240       250       260       270       280 

           300       310         320       330       340       350 
pF1KE3 DMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
       :::.:. :.. . . .: .  :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
CCDS41 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
             290       300       310       320       330       340 

             360       370       380       390       400       410 
pF1KE3 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
       :..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.
CCDS41 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
             350       360       370       380       390       400 

             420       430       440       450       460       470 
pF1KE3 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
       :   :.:  :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..
CCDS41 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
               410       420       430       440       450         

             480       490       500       510       520       530 
pF1KE3 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
       ::::::::.:.:  :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :
CCDS41 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
     460       470       480       490       500       510         

             540       550       560       570       580       590 
pF1KE3 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
       ::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
CCDS41 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
     520       530       540       550       560       570         

             600       610       620       630       640           
pF1KE3 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLM---NQLI
       :::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :  :    :.  
CCDS41 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKGSLGFYGNEDE
     580       590       600       610       620       630         

               650         660       670       680       690       
pF1KE3 D---------PSD--IDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEP
       :         :..  .::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..:
CCDS41 DSFCSPHFSSPTSPMLDESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDP
     640       650       660       670       680       690         

       700       710       720       730       740       750       
pF1KE3 DFAEPLTMPGYGGAASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNL
       :::.:: .:: .: .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.:
CCDS41 DFANPLILPGSSGPGSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSL
     700       710       720              730       740       750  

       760       770       780        790       800       810      
pF1KE3 ERALDWIFSHPEFEEDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMG
       :::.:::::: . . :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.:::::::::
CCDS41 ERAVDWIFSHID-DLDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMG
            760        770       780       790       800       810 

        820       830       840       850       860   
pF1KE3 TSTMSGHYICHIKKEGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
       :::: :::.::::::::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
CCDS41 TSTMCGHYVCHIKKEGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
             820       830       840       850        

>>CCDS31733.1 USP5 gene_id:8078|Hs109|chr12               (835 aa)
 initn: 3402 init1: 1580 opt: 2713  Z-score: 3051.1  bits: 575.6 E(33420): 1.3e-163
Smith-Waterman score: 3606; 61.1% identity (84.7% similar) in 848 aa overlap (26-863:7-835)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MQRRGALFGMPGGSGGRKMAAGDIGELLVPHMPTIRVPRSGDRVYKNECAFSYDSPNSEG
                                : :.  .::::::..::::.:.:::::.:.:.:::
CCDS31                    MAELSEEALLSVLPTIRVPKAGDRVHKDECAFSFDTPESEG
                                  10        20        30        40 

               70        80        90       100         110        
pF1KE3 GLYVCMNTFLAFGREHVERHFRKTGQSVYMHLKRHVREKVRG-ASG-GALPKRRNSKIFL
       :::.::::::.::...::::: :::: ::.::.:  : : .  :.: :  :... ... .
CCDS31 GLYICMNTFLGFGKQYVERHFNKTGQRVYLHLRRTRRPKEEDPATGTGDPPRKKPTRLAI
              50        60        70        80        90       100 

      120       130       140       150       160           170    
pF1KE3 DLDTDDDLNSDDYEYEDEAKLVIFPDHYEIALPNIEELPALV----TIACDAVLSSKSPY
        ..   ::. . .: ....:.::.::. :::  ..  :: .:    : : .:.::. :  
CCDS31 GVEGGFDLSEEKFELDEDVKIVILPDYLEIARDGLGGLPDIVRDRVTSAVEALLSADSAS
             110       120       130       140       150       160 

          180        190       200       210       220       230   
pF1KE3 RKQDPDTWENEL-PVSKYANNLTQLDNGVRIPPSGWKCARCDLRENLWLNLTDGSVLCGK
       :::. ..:..:.  :::.: .: :::: .:::: ::::..::.::::::::::::.:::.
CCDS31 RKQEVQAWDGEVRQVSKHAFSLKQLDNPARIPPCGWKCSKCDMRENLWLNLTDGSILCGR
             170       180       190       200       210       220 

           240       250       260       270       280       290   
pF1KE3 WFFDSSGGNGHALEHYRDMGYPLAVKLGTITPDGADVYSFQEEEPVLDPHLAKHLAHFGI
        .::.::::.::.::::. ::::::::::::::::::::..:.. :::: ::.::.::::
CCDS31 RYFDGSGGNNHAVEHYRETGYPLAVKLGTITPDGADVYSYDEDDMVLDPSLAEHLSHFGI
             230       240       250       260       270       280 

           300       310         320       330       340       350 
pF1KE3 DMLHMHGTENGLQDNDIKL--RVSEWEVIQESGTKLKPMYGPGYTGLKNLGNSCYLSSVM
       :::.:. :.. . . .: .  :..:::.:::::. :::..::::::..::::::::.::.
CCDS31 DMLKMQKTDKTMTELEIDMNQRIGEWELIQESGVPLKPLFGPGYTGIRNLGNSCYLNSVV
             290       300       310       320       330       340 

             360       370       380       390       400       410 
pF1KE3 QAIFSIPEFQRAYVGNLPRIFDYSPLDPTQDFNTQMTKLGHGLLSGQYSKPPVKSELIEQ
       :..::::.::: :: .: .::. .: ::::::.::..:::::::::.::::  .:   :.
CCDS31 QVLFSIPDFQRKYVDKLEKIFQNAPTDPTQDFSTQVAKLGHGLLSGEYSKPVPESGDGER
             350       360       370       380       390       400 

             420       430       440       450       460       470 
pF1KE3 VMKEEHKPQQNGISPRMFKAFVSKSHPEFSSNRQQDAQEFFLHLVNLVERNRIGSENPSD
       :   :.:  :.::.::::::...:.:::::.:::::::::::::.:.::::  .::::..
CCDS31 V--PEQKEVQDGIAPRMFKALIGKGHPEFSTNRQQDAQEFFLHLINMVERNCRSSENPNE
               410       420       430       440       450         

             480       490       500       510       520       530 
pF1KE3 VFRFLVEERIQCCQTRKVRYTERVDYLMQLPVAMEAATNKDELIAYELTRREAEANRRPL
       ::::::::.:.:  :.::.::.::::.::::: :.:: ::.::. ::  .:.:: ..  :
CCDS31 VFRFLVEEKIKCLATEKVKYTQRVDYIMQLPVPMDAALNKEELLEYEEKKRQAEEEKMAL
     460       470       480       490       500       510         

             540       550       560       570       580       590 
pF1KE3 PELVRAKIPFSACLQAFSEPENVDDFWSSALQAKSAGVKTSRFASFPEYLVVQIKKFTFG
       ::::::..:::.::.:.. ::.::::::.::::::..:::.::::::.:::.::::::::
CCDS31 PELVRAQVPFSSCLEAYGAPEQVDDFWSTALQAKSVAVKTTRFASFPDYLVIQIKKFTFG
     520       530       540       550       560       570         

             600       610       620       630       640       650 
pF1KE3 LDWVPKKFDVSIDMPDLLDINHLRARGLQPGEEELPDISPPIVIPDDSKDRLMNQLIDPS
       :::::::.::::.::. :::..::. ::::::::::::.::.: ::. :  ..       
CCDS31 LDWVPKKLDVSIEMPEELDISQLRGTGLQPGEEELPDIAPPLVTPDEPKAPML-------
     580       590       600       610       620       630         

             660       670       680       690       700       710 
pF1KE3 DIDESSVMQLAEMGFPLEACRKAVYFTGNMGAEVAFNWIIVHMEEPDFAEPLTMPGYGGA
         ::: ..::.:::::..:::::::.::: :::.:.::.. ::..::::.:: .:: .: 
CCDS31 --DESVIIQLVEMGFPMDACRKAVYYTGNSGAEAAMNWVMSHMDDPDFANPLILPGSSGP
              640       650       660       670       680       690

             720       730       740       750       760       770 
pF1KE3 ASAGASVFGASGLDNQPPEEIVAIITSMGFQRNQAIQALRATNNNLERALDWIFSHPEFE
       .:..:..       . :::. :. :.::::.:.::..:::::::.::::.:::::: . .
CCDS31 GSTSAAA-------DPPPEDCVTTIVSMGFSRDQALKALRATNNSLERAVDWIFSHID-D
                     700       710       720       730       740   

             780        790       800       810       820       830
pF1KE3 EDSDFVIEM-ENNANANIISEAKPEGPRVKDGSGTYELFAFISHMGTSTMSGHYICHIKK
        :.. .... :. . :. :::. : ::.:.:: : :.::::::::::::: :::.:::::
CCDS31 LDAEAAMDISEGRSAADSISESVPVGPKVRDGPGKYQLFAFISHMGTSTMCGHYVCHIKK
            750       760       770       780       790       800  

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pF1KE3 EGRWVIYNDHKVCASERPPKDLGYMYFYRRIPS
       :::::::::.::::::.:::::::.:::.:. :
CCDS31 EGRWVIYNDQKVCASEKPPKDLGYIYFYQRVAS
            810       820       830     




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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