Result of FASTA (ccds) for pF1KE1055
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE1055, 1580 aa
  1>>>pF1KE1055 1580 - 1580 aa - 1580 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8138+/-0.00111; mu= 4.8146+/- 0.066
 mean_var=358.1720+/-78.236, 0's: 0 Z-trim(112.9): 727  B-trim: 772 in 2/51
 Lambda= 0.067769
 statistics sampled from 12731 (13586) to 12731 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.417), width:  16
 Scan time:  6.580

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7            (1580) 10745 1066.3       0
CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2           (1586) 2499 260.1   4e-68
CCDS53806.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          (1065) 1291 141.8 1.1e-32
CCDS8940.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12           (1106) 1285 141.3 1.7e-32
CCDS53807.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12          ( 978) 1259 138.7 9.1e-32
CCDS6451.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9         ( 775)  803 94.0 2.1e-18
CCDS43784.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9        ( 930)  803 94.1 2.3e-18
CCDS582.1 GLIS1 gene_id:148979|Hs108|chr1          ( 620)  765 90.1 2.3e-17
CCDS10511.1 GLIS2 gene_id:84662|Hs108|chr16        ( 524)  696 83.3 2.2e-15
CCDS9494.2 ZIC5 gene_id:85416|Hs108|chr13          ( 663)  619 75.9 4.8e-13
CCDS43160.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 334)  610 74.7 5.6e-13
CCDS54653.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 372)  610 74.7   6e-13
CCDS54652.1 ZIC4 gene_id:84107|Hs108|chr3          ( 384)  610 74.8 6.2e-13
CCDS3136.1 ZIC1 gene_id:7545|Hs108|chr3            ( 447)  606 74.4 8.9e-13
CCDS14663.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX           ( 467)  600 73.9 1.4e-12
CCDS9495.1 ZIC2 gene_id:7546|Hs108|chr13           ( 532)  600 73.9 1.5e-12
CCDS83494.1 ZIC3 gene_id:7547|Hs108|chrX           ( 457)  584 72.3   4e-12


>>CCDS5465.1 GLI3 gene_id:2737|Hs108|chr7                 (1580 aa)
 initn: 10745 init1: 10745 opt: 10745  Z-score: 5693.6  bits: 1066.3 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 10745; 99.9% identity (100.0% similar) in 1580 aa overlap (1-1580:1-1580)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE1 MEAQSHSSTTTEKKKVENSIVKCSTRTDVSEKAVASSTTSNEDESPGQTYHRERRNAITM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MEAQSHSSTTTEKKKVENSIVKCSTRTDVSEKAVASSTTSNEDESPGQTYHRERRNAITM
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE1 QPQNVQGLSKVSEEPSTSSDERASLIKKEIHGSLPHVAEPSVPYRGTVFAMDPRNGYMEP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QPQNVQGLSKVSEEPSTSSDERASLIKKEIHGSLPHVAEPSVPYRGTVFAMDPRNGYMEP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE1 HYHPPHLFPAFHPPVPIDARHHEGRYHYDPSPIPPLHMTSALSSSPTYPDLPFIRISPHR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HYHPPHLFPAFHPPVPIDARHHEGRYHYDPSPIPPLHMTSALSSSPTYPDLPFIRISPHR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE1 NPAAASESPFSPPHPYINPYMDYIRSLHSSPSLSMISATRGLSPTDAPHAGVSPAEYYHQ
       ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NPTAASESPFSPPHPYINPYMDYIRSLHSSPSLSMISATRGLSPTDAPHAGVSPAEYYHQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE1 MALLTGQRSPYADIIPSAATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MALLTGQRSPYADIIPSAATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE1 DHSFDLQTMIRTSPNSLVTILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DHSFDLQTMIRTSPNSLVTILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE1 QQILSRQQSLGSAFGHSPPLIHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QQILSRQQSLGSAFGHSPPLIHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE1 SAVSSTGDPMHNKRSKIKPDEDLPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SAVSSTGDPMHNKRSKIKPDEDLPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYET
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE1 NCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 NCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRH
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE1 TGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRT
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE1 HSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 HSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE1 QSRSPGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QSRSPGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPI
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE1 SNYSNSGLELPLTDGGSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNYSNSGLELPLTDGGSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKL
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE1 ERLKQVNGMFPRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGPMTLLPGRSDLSGVDVTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 ERLKQVNGMFPRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGPMTLLPGRSDLSGVDVTM
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE1 LNMLNRRDSSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPIST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 LNMLNRRDSSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPIST
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE1 DASRRSSEASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGGPPPTPLPNMERMSLKTRLALL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DASRRSSEASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGGPPPTPLPNMERMSLKTRLALL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE1 GDALEPGVALPPVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQPHDAPGHGVRRASDPVRTGSEGLALPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GDALEPGVALPPVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQPHDAPGHGVRRASDPVRTGSEGLALPR
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE1 VPRFSSLSSCNPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNFHSSPCPPSITENVTLESLTM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VPRFSSLSSCNPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNFHSSPCPPSITENVTLESLTM
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE1 DADANLNDEDFLPDDVVQYLNSQNQAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGDFDAPGLPDSHAG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 DADANLNDEDFLPDDVVQYLNSQNQAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGDFDAPGLPDSHAG
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      1160      1170      1180      1190      1200
pF1KE1 QQFHALEQPCPEGSKTDLPIQWNEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QQFHALEQPCPEGSKTDLPIQWNEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVH
             1150      1160      1170      1180      1190      1200

             1210      1220      1230      1240      1250      1260
pF1KE1 PQNPLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PQNPLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNR
             1210      1220      1230      1240      1250      1260

             1270      1280      1290      1300      1310      1320
pF1KE1 QPVAPGALDGACGAGIQASKLKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMVNGMQNQDPVGQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 QPVAPGALDGACGAGIQASKLKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMVNGMQNQDPVGQ
             1270      1280      1290      1300      1310      1320

             1330      1340      1350      1360      1370      1380
pF1KE1 GYLAHQLLGDSMQHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPESCLPGAHGMGSQPSSLAVV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GYLAHQLLGDSMQHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPESCLPGAHGMGSQPSSLAVV
             1330      1340      1350      1360      1370      1380

             1390      1400      1410      1420      1430      1440
pF1KE1 RGYQPCASFGGSRRQAMPRDSLALQSGQLSDTSQTCRVNGIKMEMKGQPHPLCSNLQNYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RGYQPCASFGGSRRQAMPRDSLALQSGQLSDTSQTCRVNGIKMEMKGQPHPLCSNLQNYS
             1390      1400      1410      1420      1430      1440

             1450      1460      1470      1480      1490      1500
pF1KE1 GQFYDQTVGFSQQDTKAGSFSISDASCLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTVDSLDSHDLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GQFYDQTVGFSQQDTKAGSFSISDASCLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTVDSLDSHDLE
             1450      1460      1470      1480      1490      1500

             1510      1520      1530      1540      1550      1560
pF1KE1 GVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALSMSTTNMAIG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 GVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALSMSTTNMAIG
             1510      1520      1530      1540      1550      1560

             1570      1580
pF1KE1 DMSSLLTSLAEESKFLAVMQ
       ::::::::::::::::::::
CCDS54 DMSSLLTSLAEESKFLAVMQ
             1570      1580

>>CCDS33283.1 GLI2 gene_id:2736|Hs108|chr2                (1586 aa)
 initn: 3335 init1: 1220 opt: 2499  Z-score: 1336.5  bits: 260.1 E(32554): 4e-68
Smith-Waterman score: 4118; 48.0% identity (69.0% similar) in 1567 aa overlap (124-1563:51-1569)

           100       110       120       130       140       150   
pF1KE1 LPHVAEPSVPYRGTVFAMDPRNGYMEPHYHPPHLFPAFHPPVPIDARHHEGRYHYDPSPI
                                     : ::.: :: :.::: ::.::::::.:  .
CCDS33 EAAGFPDPGKKASPLVVAAAAAAAVAAQGVPQHLLPPFHAPLPIDMRHQEGRYHYEPHSV
               30        40        50        60        70        80

           160       170       180       190       200        210  
pF1KE1 PPLHMTSALSSSPTYPDLPFIRISPHRNPAAASESPFSPPHPYINPYMD-YIRSLHSSPS
         .:   :::.::.  :. .::.:::  ::. .::::. ::::.::.:. :.::.::::.
CCDS33 HGVHGPPALSGSPVISDISLIRLSPH--PAGPGESPFNAPHPYVNPHMEHYLRSVHSSPT
               90       100         110       120       130        

            220                    230       240       250         
pF1KE1 LSMISATRGLSPTDA-------------PHAGVSPAEYYHQMALLTGQRSPYADIIPSAA
       ::::::.:::::.:.             :  :..:..:::::.:..:. .::.:.. ...
CCDS33 LSMISAARGLSPADVAQEHLKERGLFGLPAPGTTPSDYYHQMTLVAGHPAPYGDLLMQSG
      140       150       160       170       180       190        

     260        270       280       290       300       310        
pF1KE1 TAGTGAIHM-EYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLSDHSFDLQTMIRTSPNSLV
        :.. : :. .::. .: .::::::.. : ::::.:::::::: :.::: ::::::::::
CCDS33 GAAS-APHLHDYLNPVDVSRFSSPRVTPRLSRKRALSISPLSDASLDLQRMIRTSPNSLV
      200        210       220       230       240       250       

      320       330       340       350       360       370        
pF1KE1 TILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGHSP
       . .:::::::.::::::::::.:.:::..: .   ::.   .:::::.:..:::::::.:
CCDS33 AYINNSRSSSAASGSYGHLSAGALSPAFTFPHPINPVA---YQQILSQQRGLGSAFGHTP
       260       270       280       290          300       310    

      380       390       400          410       420       430     
pF1KE1 PLIHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGP---SESSQNKPTSESAVSSTGDPMH-NKR
       :::.:.::: .:.:.       .:.:.::.    :...::: .:::::::: .:.  .::
CCDS33 PLIQPSPTFLAQQPMALTSINATPTQLSSSSNCLSDTNQNKQSSESAVSSTVNPVAIHKR
          320       330       340       350       360       370    

            440          450         460                470        
pF1KE1 SKIK--PDEDLP-SPGA--RGQ--QEQPEGTTL---------VKEEGDKDESKQEPEV-I
       ::.:  :.   : :: :  .::   .   : .:         .::. :.:. ::: :: :
CCDS33 SKVKTEPEGLRPASPLALTQGQVSGHGSCGCALPLSQEQLADLKEDLDRDDCKQEAEVVI
          380       390       400       410       420       430    

       480       490       500       510       520       530       
pF1KE1 YETNCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHM
       :::::::: :..:.::::::::::::.:::::::::::::  :.::::::::::::::::
CCDS33 YETNCHWEDCTKEYDTQEQLVHHINNEHIHGEKKEFVCRWQACTREQKPFKAQYMLVVHM
          440       450       460       470       480       490    

       540       550       560       570       580       590       
pF1KE1 RRHTGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQ
       ::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RRHTGEKPHKCTFEGCSKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQ
          500       510       520       530       540       550    

       600       610       620       630       640       650       
pF1KE1 NRTHSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSG
       ::::::::::.::::::::::::::::::::::::::.::::::::.:.: : :  ...:
CCDS33 NRTHSNEKPYICKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKKQRNDVHLRTPLLKENG
          560       570       580       590       600       610    

       660       670       680       690       700       710       
pF1KE1 SHSQSRSPGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQ
       .   .  :: :      :. . :.:..  :.::.:...:.:.    : :::.::::::. 
CCDS33 DSEAGTEPGGP------ESTEASSTSQAVEDCLHVRAIKTESSGLCQSSPGAQSSCSSEP
          620             630       640       650       660        

       720         730       740        750       760       770    
pF1KE1 SPISNYSN--SGLELPLTDGGSIGDLSAIDETPI-MDSTISTATTALALQARRNPAGTKW
       ::...  :  ::.:.: :  ::.:::.:.:.::   :..  .: .: .:: :.. .  . 
CCDS33 SPLGSAPNNDSGVEMPGTGPGSLGDLTALDDTPPGADTSALAAPSAGGLQLRKHMTTMHR
      670       680       690       700       710       720        

          780       790       800       810       820         830  
pF1KE1 MEHVKLERLKQVNGMFPRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGG--PMTLLPGR--
       .:..: :.::...      .:    .   . :: :.:.  .:  . ::  :  :::.   
CCDS33 FEQLKKEKLKSLKDSCSWAGPTPHTRNTKLPPLPGSGSILENFSGSGGGGPAGLLPNPRL
      730       740       750       760       770       780        

              840        850       860       870       880         
pF1KE1 SDLSGVDVTMLNMLN-RRDSSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQ-AEGRPQN
       :.::. .::::..:. :::::.::.::::  ::::::::: ::::::::::  . :::.:
CCDS33 SELSASEVTMLSQLQERRDSSTSTVSSAYTVSRRSSGISPYFSSRRSSEASPLGAGRPHN
      790       800       810       820       830       840        

      890       900       910       920       930       940        
pF1KE1 VSVADSYDPISTDASRRSSEASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGGPPPTPLPNM
       .: :::::::::::::::::::: .:  .::.::::::: :.::::::::::::::::..
CCDS33 ASSADSYDPISTDASRRSSEASQCSGGSGLLNLTPAQQYSLRAKYAAATGGPPPTPLPGL
      850       860       870       880       890       900        

      950       960       970            980       990         1000
pF1KE1 ERMSLKTRLALLGDALEPGVALP-----PVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQP---HDAPGH
       :::::.:::::: ::  :  .::     :. .::: ::: ..:.:.    :   :.::: 
CCDS33 ERMSLRTRLALL-DA--PERTLPAGCPRPL-GPRRGSDGPTYGHGHAGAAPAFPHEAPGG
      910       920          930        940       950       960    

             1010      1020      1030      1040      1050      1060
pF1KE1 GVRRASDPVRTGSEGLALPRVPRFSSLSSCNPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNF
       :.::::::::   ..:.:::: :: :  . ::  .   :..:.: ::..   .:: .:. 
CCDS33 GARRASDPVRR-PDALSLPRVQRFHSTHNVNPGPLPPCADRRGLRLQSHPSTDGGLARGA
          970        980       990      1000      1010      1020   

             1070      1080             1090       1100      1110  
pF1KE1 HSSPCPPSITENVTLESLTM-------DADANLNDEDF-LPDDVVQYLNSQNQAGYEQHF
       .: : ::::.:::..:...        .:: .: ..:. ::::::::.... ... ..  
CCDS33 YS-PRPPSISENVAMEAVAAGVDGAGPEADLGLPEDDLVLPDDVVQYIKAHASGALDEGT
           1030      1040      1050      1060      1070      1080  

           1120      1130              1140      1150              
pF1KE1 PSALPDDSKVPHGPGDFDAPGL--------PDSHAGQQFHALEQPCPEG-------SKTD
        .. : .:        . .:::         ::..: .   :   :  :       .:..
CCDS33 GQVYPTESTGFSDNPRLPSPGLHGQRRMVAADSNVGPSAPML-GGCQLGFGAPSSLNKNN
           1090      1100      1110      1120       1130      1140 

      1160      1170      1180      1190      1200      1210       
pF1KE1 LPIQWNEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVHPQNPLRSGPAGGYQTLG
       .:.::::::::..:  .:..:  : :  ::       ....:  :.:   :   ::.  :
CCDS33 MPVQWNEVSSGTVDALASQVK--P-PPFPQ-------GNLAVVQQKPAF-GQYPGYSPQG
            1150      1160                1170      1180       1190

      1220      1230      1240      1250      1260          1270   
pF1KE1 ENSNPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNRQPVA----PGALDG---
        ...: :: .  . : .: ::. .     :     .: . : :::::    ::       
CCDS33 LQASP-GGLDSTQPHLQPRSGAPS-----QGIPRVNYMQQL-RQPVAGSQCPGMTTTMSP
              1200      1210           1220       1230      1240   

              1280      1290      1300      1310         1320      
pF1KE1 -ACGAGIQASKLKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMVNGMQNQ---DPVGQGYLAHQ
        :: . ..  .:. . ..:. .:.  .    : .  : . . .:..   ::. .:   :.
CCDS33 HACYGQVHP-QLSPSTISGALNQFPQSCSNMPAKP-GHLGHPQQTEVAPDPTTMGN-RHR
          1250       1260      1270       1280      1290       1300

         1330            1340      1350      1360                  
pF1KE1 LLG--DSM------QHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPESCLPGAHG---------
        ::  ::        ::  . : ::     .. :. . .: : : ::. .          
CCDS33 ELGVPDSALAGVPPPHPVQSYP-QQSHHLAASMSQEGYHQVP-SLLPARQPGFMEPQTGP
             1310      1320       1330      1340       1350        

    1370      1380        1390        1400          1410           
pF1KE1 MGSQPSSLAVVRGYQPC--ASFGGSR--RQAMPRDSLALQSGQ----LSDTSQTCRV--N
       ::   .....:.   :   .  :  :  : .. . . :  .:.    . ....: ..  .
CCDS33 MGVATAGFGLVQPRPPLEPSPTGRHRGVRAVQQQLAYARATGHAMAAMPSSQETAEAVPK
     1360      1370      1380      1390      1400      1410        

    1420         1430       1440      1450         1460            
pF1KE1 GIKMEMKG---QPHPL-CSNLQNYSGQFYDQTVGFSQQD---TKAGSFSI------SDAS
       :   .: .   :: :   ..  ..:  .:   . . .::    . :: ..      .  .
CCDS33 GAMGNMGSVPPQPPPQDAGGAPDHSMLYYYGQIHMYEQDGGLENLGSCQVMRSQPPQPQA
     1420      1430      1440      1450      1460      1470        

       1470      1480      1490      1500      1510      1520      
pF1KE1 CLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTVDSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPS
       :     : . . : :::.:::.::::   :. ::. :::::::.::::::::.:::::::
CCDS33 C---QDSIQPQPLPSPGVNQVSSTVD---SQLLEAPQIDFDAIMDDGDHSSLFSGALSPS
        1480      1490      1500         1510      1520      1530  

       1530      1540      1550      1560      1570      1580
pF1KE1 IIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALSMSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKFLAVMQ
       ....::..:::::::: :: .:..  . .:::.::::                 
CCDS33 LLHSLSQNSSRLTTPRNSLTLPSIPAGISNMAVGDMSSMLTSLAEESKFLNMMT
           1540      1550      1560      1570      1580      

>>CCDS53806.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12               (1065 aa)
 initn: 1461 init1: 1138 opt: 1291  Z-score: 700.3  bits: 141.8 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 1828; 36.3% identity (53.5% similar) in 1315 aa overlap (289-1576:37-1061)

      260       270       280       290       300       310        
pF1KE1 ATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLSDHSFDLQTMIRTSPNSLV
                                     ..::.:::::::: :.::::.:::::.:::
CCDS53 PPPISSYGEPCCLRPLPSQGAPSVGTEVKLTKKRALSISPLSDASLDLQTVIRTSPSSLV
         10        20        30        40        50        60      

      320       330       340       350       360       370        
pF1KE1 TILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGHSP
       ...: :: .: . ::::::: ...::.:.:     :.... ::.            : ::
CCDS53 AFIN-SRCTSPG-GSYGHLSIGTMSPSLGF-----PAQMN-HQK------------GPSP
         70          80        90             100                  

      380        390       400       410       420       430       
pF1KE1 PL-IHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKI
        . ..:     . :   :    . :   : ::  . : :   .  :.         . . 
CCDS53 SFGVQPCGPHDSARG--G----MIPHPQSRGPFPTCQLKSELDMLVG---------KCRE
        110       120             130       140                150 

       440        450       460       470       480       490      
pF1KE1 KPDE-DLPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREFDTQEQ
       .: : :. ::.. : :.   :    .:. ...: :.::: .:::.:.:.::..:::.:::
CCDS53 EPLEGDMSSPNSTGIQDPLLGMLDGREDLEREE-KREPESVYETDCRWDGCSQEFDSQEQ
             160       170       180        190       200       210

        500       510       520       530       540       550      
pF1KE1 LVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKA
       ::::::..:::::.:::::.:  :::: .:::::::::::::::::::::::::::: :.
CCDS53 LVHHINSEHIHGERKEFVCHWGGCSRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCRKS
              220       230       240       250       260       270

        560       570       580       590       600       610      
pF1KE1 YSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTK
       ::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS53 YSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEHEGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKLPGCTK
              280       290       300       310       320       330

        620       630       640       650       660       670      
pF1KE1 RYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQGALGEQ
       ::::::::::::::::::.:::::..:::  : :  :  :  . . .  : :        
CCDS53 RYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKRHRGD-GPLPRAPSISTVEPKREREGGPI-------
              340       350        360       370       380         

        680       690       700       710       720         730    
pF1KE1 QDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSN--SGLELPLTD
                :::    . .  :  :  :::::.::::::..:: .. .:  ::.:.  . 
CCDS53 ---------REES---RLTVPEGAMKPQPSPGAQSSCSSDHSPAGSAANTDSGVEMTGNA
                        390       400       410       420       430

          740       750       760       770       780       790    
pF1KE1 GGSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMFPRLN
       :::  :::..:: : .      : :.:.   :        .:...:..:.:       : 
CCDS53 GGSTEDLSSLDEGPCI------AGTGLSTLRR--------LENLRLDQLHQ-------LR
              440             450               460                

          800       810       820       830       840       850    
pF1KE1 PILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGPMTLLPGRSDLSGVDVTMLNMLNRRDSSASTI
       ::              ::.. .  ::.   : .  :    :  :.    :.::.::.:.:
CCDS53 PI--------------GTRGLKLPSLSHTGTTVSRRV---GPPVS----LERRSSSSSSI
     470                     480       490              500        

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pF1KE1 SSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPISTDASRRSSEASQSDG
       ::::  :::::  ::                         . : :   .  ::       
CCDS53 SSAYTVSRRSSLASP-------------------------FPPGSPPENGASS-------
      510       520                                530             

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pF1KE1 LPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGG-PPPTPLPNMERMSLKTRLALLGDALEPGVALPPV
       ::.:.   :::.: :.:.::.: ::   ::   ...:..              :. .:: 
CCDS53 LPGLM---PAQHYLLRARYASARGGGTSPTAASSLDRIG--------------GLPMPPW
        540          550       560       570                       

           980       990      1000       1010      1020      1030  
pF1KE1 HAPRRCSDGGAHGYGRRHLQPHDAPGHGV-RRASDPVRTGSEGLALPRVPRFSSLSSC--
       ..              :   :   :. :: ::::::......  :  :: ::.::. :  
CCDS53 RS--------------RAEYPGYNPNAGVTRRASDPAQAADRP-APARVQRFKSLG-CVH
     580                     590       600        610       620    

             1040      1050      1060      1070      1080          
pF1KE1 NPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNFHSSPCPPSITENVTLESLTMDAD-------
       .::..: ..       ::.  :    :     :: :::::::.....  .. .       
CCDS53 TPPTVAGGG-------QNFD-PYLPTSVY---SPQPPSITENAAMDARGLQEEPEVGTSM
           630               640          650       660       670  

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KE1 --ANLNDE-DFLPDDVVQYLNSQNQAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGDFDAPGLPDSHAG
         ..::   :: : :.. : . .. :.     : .    ...: :::       : .. :
CCDS53 VGSGLNPYMDFPPTDTLGYGGPEGAAAE----PYGARGPGSLPLGPG-------PPTNYG
            680       690       700           710              720 

             1150      1160        1170      1180      1190        
pF1KE1 QQFHALEQPCPEGSKTDLPIQ--WNEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMV
        .      :::. ..   : :  :.:  : :.   . :   :     :. . .:    . 
CCDS53 PN------PCPQQASYPDPTQETWGEFPSHSGLYPGPKALGGTYSQCPRLEHYG---QVQ
                   730       740       750       760          770  

     1200        1210      1220      1230      1240      1250      
pF1KE1 VHPQN--PLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGN
       :.:..  :. :  .:    :  :..:  :: :      :    :    . :: . :::  
CCDS53 VKPEQGCPVGSDSTGLAPCL--NAHPSEGPPH------PQPLFS---HYPQP-SPPQY--
            780       790         800                810           

       1260      1270      1280      1290      1300       1310     
pF1KE1 CLNRQPVAPGALDGACGAGIQASKLKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMV-NGMQNQ
        :.  : .    :   .       . : : . : :::.  :     .:   .. .:   .
CCDS53 -LQSGPYTQPPPDYLPSEPRPCLDFDS-PTH-STGQLKAQLVCNYVQSQQELLWEGGGRE
       820       830       840         850       860       870     

        1320        1330      1340      1350      1360        1370 
pF1KE1 DPVGQ--GYLAHQLLGDSMQHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPE--SCLPGAHGMG
       :  .:  .: . ..:: :.  :.             : . .: : ::     ::. :  :
CCDS53 DAPAQEPSYQSPKFLGGSQVSPS------------RAKAPVNTY-GPGFGPNLPN-HKSG
         880       890                   900        910        920 

            1380      1390      1400      1410      1420      1430 
pF1KE1 SQPSSLAVVRGYQPCASFGGSRRQAMPRDSLALQSGQLSDTSQTCRVNGIKMEMKGQPHP
       : :.     ...   :. .. :  : ::         :     ::  . .:.   :  .:
CCDS53 SYPTPSPCHENFVVGANRASHRAAAPPR---------LLPPLPTCY-GPLKV---GGTNP
             930       940                950        960           

            1440      1450      1460      1470      1480      1490 
pF1KE1 LCSNLQNYSGQFYDQTVGFSQQDTKAGSFSISDASCLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTV
        :.. .          ::                   : :  :    :  :  .:: . .
CCDS53 SCGHPE----------VGR------------------LGGGPA----LYPPPEGQVCNPL
      970                                   980           990      

            1500      1510      1520      1530      1540      1550 
pF1KE1 DSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALS
       ::::   :...:.:: ::.:. .       .:::   ..   ::..  ::  : : :   
CCDS53 DSLD---LDNTQLDFVAILDEPQ-------GLSPPPSHDQRGSSGH--TPPPSGP-P---
       1000         1010             1020      1030         1040   

            1560      1570      1580
pF1KE1 MSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKFLAVMQ
           :::.:.:: :: ::  :..::    
CCDS53 ----NMAVGNMSVLLRSLPGETEFLNSSA
                 1050      1060     

>>CCDS8940.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12                (1106 aa)
 initn: 1493 init1: 1138 opt: 1285  Z-score: 696.9  bits: 141.3 E(32554): 1.7e-32
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pF1KE1 FSPPHPYINPYMDYIRSLHSSPSLSMISATRGLSPTDAPHAG---VSPAEYYHQMALLTG
                                     : :    :: .:   .:   . ::  :..:
CCDS89            MFNSMTPPPISSYGEPCCLRPLPSQGAPSVGTEGLSGPPFCHQANLMSG
                          10        20        30        40         

        250       260       270       280       290       300      
pF1KE1 QRSPYADIIPSAATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLSDHSFDL
        .: :.   :.  : .            ..  ::::: ... ..::.:::::::: :.::
CCDS89 PHS-YG---PARETNSC----------TEGPLFSSPRSAVKLTKKRALSISPLSDASLDL
      50            60                  70        80        90     

        310       320       330       340       350       360      
pF1KE1 QTMIRTSPNSLVTILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSR
       ::.:::::.:::...: :: .: . ::::::: ...::.:.:     :.... ::.    
CCDS89 QTVIRTSPSSLVAFIN-SRCTSPG-GSYGHLSIGTMSPSLGF-----PAQMN-HQK----
         100       110         120       130            140        

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pF1KE1 QQSLGSAFGHSPPL-IHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSS
               : :: . ..:     . :   :    . :   : ::  . : :   .  :. 
CCDS89 --------GPSPSFGVQPCGPHDSARG--G----MIPHPQSRGPFPTCQLKSELDMLVG-
                   150       160             170       180         

         430       440        450       460       470       480    
pF1KE1 TGDPMHNKRSKIKPDE-DLPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHW
               . . .: : :. ::.. : :.   :    .:. ...: :.::: .:::.:.:
CCDS89 --------KCREEPLEGDMSSPNSTGIQDPLLGMLDGREDLEREE-KREPESVYETDCRW
              190       200       210       220        230         

          490       500       510       520       530       540    
pF1KE1 EGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEK
       .::..:::.:::::::::..:::::.:::::.:  :::: .:::::::::::::::::::
CCDS89 DGCSQEFDSQEQLVHHINSEHIHGERKEFVCHWGGCSRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEK
     240       250       260       270       280       290         

          550       560       570       580       590       600    
pF1KE1 PHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNE
       ::::::::: :.::::::::::::::::::::.::::::.::::::::::::::::::::
CCDS89 PHKCTFEGCRKSYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEHEGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNE
     300       310       320       330       340       350         

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       ::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::..:::  : :  :  :  . . . 
CCDS89 KPYVCKLPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTKRHRGD-GPLPRAPSISTVEPKRER
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pF1KE1 PGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYS
        : :                 :::    . .  :  :  :::::.::::::..:: .. .
CCDS89 EGGPI----------------REES---RLTVPEGAMKPQPSPGAQSSCSSDHSPAGSAA
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pF1KE1 N--SGLELPLTDGGSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLER
       :  ::.:.  . :::  :::..:: : .      : :.:.   :        .:...:..
CCDS89 NTDSGVEMTGNAGGSTEDLSSLDEGPCI------AGTGLSTLRR--------LENLRLDQ
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pF1KE1 LKQVNGMFPRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGPMTLLPGRSDLSGVDVTMLN
       :.:       : ::              ::.. .  ::.   : .  :    :  :.   
CCDS89 LHQ-------LRPI--------------GTRGLKLPSLSHTGTTVSRR---VGPPVS---
                510                     520       530              

            850       860       870       880       890       900  
pF1KE1 MLNRRDSSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPISTDA
        :.::.::.:.:::::  :::::  ::                         . : :   
CCDS89 -LERRSSSSSSISSAYTVSRRSSLASP-------------------------FPPGSPPE
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pF1KE1 SRRSSEASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATGG-PPPTPLPNMERMSLKTRLALLG
       .  ::       ::.:.   :::.: :.:.::.: ::   ::   ...:..         
CCDS89 NGASS-------LPGLM---PAQHYLLRARYASARGGGTSPTAASSLDRIG---------
                   580          590       600       610            

             970       980       990      1000       1010      1020
pF1KE1 DALEPGVALPPVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQPHDAPGHGV-RRASDPVRTGSEGLALPR
            :. .:: ..              :   :   :. :: ::::::......  :  :
CCDS89 -----GLPMPPWRS--------------RAEYPGYNPNAGVTRRASDPAQAADRP-APAR
                620                     630       640        650   

             1030        1040      1050      1060      1070        
pF1KE1 VPRFSSLSSC--NPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEGGQSRNFHSSPCPPSITENVTLESL
       : ::.::. :  .::..: ..       ::.  :    :     :: :::::::..... 
CCDS89 VQRFKSLG-CVHTPPTVAGGG-------QNFD-PYLPTSV---YSPQPPSITENAAMDAR
           660        670               680          690       700 

     1080                1090      1100      1110      1120        
pF1KE1 TMDAD---------ANLNDE-DFLPDDVVQYLNSQNQAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGD
        .. .         ..::   :: : :.. : . .. :.     : .    ...: ::: 
CCDS89 GLQEEPEVGTSMVGSGLNPYMDFPPTDTLGYGGPEGAAAE----PYGARGPGSLPLGPG-
             710       720       730       740           750       

     1130      1140      1150      1160        1170      1180      
pF1KE1 FDAPGLPDSHAGQQFHALEQPCPEGSKTDLPIQ--WNEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVP
             : .. : .      :::. ..   : :  :.:  : :.   . :   :     :
CCDS89 ------PPTNYGPN------PCPQQASYPDPTQETWGEFPSHSGLYPGPKALGGTYSQCP
              760             770       780       790       800    

       1190      1200        1210      1220      1230      1240    
pF1KE1 QTRAFGFCNGMVVHPQN--PLRSGPAGGYQTLGENSNPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAF
       . . .:    . :.:..  :. :  .:    :  :..:  :: :      :    :    
CCDS89 RLEHYG---QVQVKPEQGCPVGSDSTGLAPCL--NAHPSEGPPH------PQPLFS---H
          810          820       830         840                850

         1250      1260      1270      1280      1290      1300    
pF1KE1 HEQPCKAPQYGNCLNRQPVAPGALDGACGAGIQASKLKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNES
       . :: . :::   :.  : .    :   .       . : : . : :::.  :     .:
CCDS89 YPQP-SPPQY---LQSGPYTQPPPDYLPSEPRPCLDFDS-PTH-STGQLKAQLVCNYVQS
                  860       870       880         890       900    

          1310      1320        1330      1340      1350      1360 
pF1KE1 AGSMV-NGMQNQDPVGQ--GYLAHQLLGDSMQHPGAGRPGQQMLGQISATSHINIYQGPE
          .. .:   .:  .:  .: . ..:: :.  :.             : . .: : :: 
CCDS89 QQELLWEGGGREDAPAQEPSYQSPKFLGGSQVSPS------------RAKAPVNTY-GPG
          910       920       930                   940        950 

              1370      1380      1390      1400      1410         
pF1KE1 --SCLPGAHGMGSQPSSLAVVRGYQPCASFGGSRRQAMPRDSLALQSGQLSDTSQTCRVN
           ::. :  :: :.     ...   :. .. :  : ::         :     ::  .
CCDS89 FGPNLPN-HKSGSYPTPSPCHENFVVGANRASHRAAAPPR---------LLPPLPTCY-G
              960       970       980       990                1000

    1420      1430      1440      1450      1460      1470         
pF1KE1 GIKMEMKGQPHPLCSNLQNYSGQFYDQTVGFSQQDTKAGSFSISDASCLLQGTSAKNSEL
        .:.   :  .: :.. .          ::                   : :  :    :
CCDS89 PLKV---GGTNPSCGHPE----------VGR------------------LGGGPA----L
                1010                                  1020         

    1480      1490      1500      1510      1520      1530         
pF1KE1 LSPGANQVTSTVDSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDHSSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLT
         :  .:: . .::::   :...:.:: ::.:. .       .:::   ..   ::..  
CCDS89 YPPPEGQVCNPLDSLD---LDNTQLDFVAILDEPQ-------GLSPPPSHDQRGSSGH--
        1030      1040         1050             1060      1070     

    1540      1550      1560      1570      1580
pF1KE1 TPRASLPFPALSMSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKFLAVMQ
       ::  : : :       :::.:.:: :: ::  :..::    
CCDS89 TPPPSGP-P-------NMAVGNMSVLLRSLPGETEFLNSSA
          1080              1090      1100      

>>CCDS53807.1 GLI1 gene_id:2735|Hs108|chr12               (978 aa)
 initn: 1448 init1: 1138 opt: 1259  Z-score: 683.8  bits: 138.7 E(32554): 9.1e-32
Smith-Waterman score: 1653; 35.7% identity (52.5% similar) in 1231 aa overlap (377-1576:2-974)

        350       360       370       380       390         400    
pF1KE1 SFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGHSPPLIHPAPTFPTQRPIP--GIPTVLNPVQ
                                     :: :  ::     . : :  :.    .: .
CCDS53                              MSPSLGFPAQMNHQKGPSPSFGVQPC-GPHD
                                            10        20         30

             410       420       430       440        450       460
pF1KE1 VSSG---PSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKIKPDE-DLPSPGARGQQEQPEGTTL
        . :   :  .:.. :     ..:  : :   . . .: : :. ::.. : :.   :   
CCDS53 SARGGMIPHPQSRG-PFPTCQLKSELD-MLVGKCREEPLEGDMSSPNSTGIQDPLLGMLD
               40         50         60        70        80        

              470       480       490       500       510       520
pF1KE1 VKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKEFVCRWLDC
        .:. ...: :.::: .:::.:.:.::..:::.:::::::::..:::::.:::::.:  :
CCDS53 GREDLEREE-KREPESVYETDCRWDGCSQEFDSQEQLVHHINSEHIHGERKEFVCHWGGC
       90        100       110       120       130       140       

              530       540       550       560       570       580
pF1KE1 SREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEH
       ::: .:::::::::::::::::::::::::::: :.::::::::::::::::::::.:::
CCDS53 SRELRPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCRKSYSRLENLKTHLRSHTGEKPYMCEH
       150       160       170       180       190       200       

              590       600       610       620       630       640
pF1KE1 EGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTK
       :::.::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::
CCDS53 EGCSKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKLPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPDAHVTK
       210       220       230       240       250       260       

              650       660       670       680       690       700
pF1KE1 KQRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKP
       ..:::  : :  :  :  . . .  : :                 :::    . .  :  
CCDS53 RHRGD-GPLPRAPSISTVEPKREREGGPI----------------REES---RLTVPEGA
       270        280       290                          300       

              710       720         730       740       750        
pF1KE1 MTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSN--SGLELPLTDGGSIGDLSAIDETPIMDSTISTAT
       :  :::::.::::::..:: .. .:  ::.:.  . :::  :::..:: : .      : 
CCDS53 MKPQPSPGAQSSCSSDHSPAGSAANTDSGVEMTGNAGGSTEDLSSLDEGPCI------AG
       310       320       330       340       350             360 

      760       770       780       790       800       810        
pF1KE1 TALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMFPRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTC
       :.:.   :        .:...:..:.:       : ::              ::.. .  
CCDS53 TGLSTLRR--------LENLRLDQLHQ-------LRPI--------------GTRGLKLP
                     370       380                            390  

      820       830       840       850       860       870        
pF1KE1 SLGGPMTLLPGRSDLSGVDVTMLNMLNRRDSSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSE
       ::.   : .  :    :  :.    :.::.::.:.:::::  :::::  ::         
CCDS53 SLSHTGTTVSRRV---GPPVS----LERRSSSSSSISSAYTVSRRSSLASP---------
            400          410           420       430               

      880       890       900       910       920       930        
pF1KE1 ASQAEGRPQNVSVADSYDPISTDASRRSSEASQSDGLPSLLSLTPAQQYRLKAKYAAATG
                       . : :   .  ::       ::.:.   :::.: :.:.::.: :
CCDS53 ----------------FPPGSPPENGASS-------LPGLM---PAQHYLLRARYASARG
                        440              450          460       470

       940       950       960       970       980       990       
pF1KE1 G-PPPTPLPNMERMSLKTRLALLGDALEPGVALPPVHAPRRCSDGGAHGYGRRHLQPHDA
       :   ::   ...:..              :. .:: ..              :   :   
CCDS53 GGTSPTAASSLDRIG--------------GLPMPPWRS--------------RAEYPGYN
              480                     490                     500  

      1000       1010      1020      1030        1040      1050    
pF1KE1 PGHGV-RRASDPVRTGSEGLALPRVPRFSSLSSC--NPPAMATSAEKRSLVLQNYTRPEG
       :. :: ::::::......  :  :: ::.::. :  .::..: ..       ::.  :  
CCDS53 PNAGVTRRASDPAQAADRP-APARVQRFKSLG-CVHTPPTVAGGG-------QNFD-PYL
            510       520        530        540               550  

         1060      1070      1080                1090      1100    
pF1KE1 GQSRNFHSSPCPPSITENVTLESLTMDAD---------ANLNDE-DFLPDDVVQYLNSQN
         :     :: :::::::.....  .. .         ..::   :: : :.. : . ..
CCDS53 PTSVY---SPQPPSITENAAMDARGLQEEPEVGTSMVGSGLNPYMDFPPTDTLGYGGPEG
               560       570       580       590       600         

         1110      1120      1130      1140      1150      1160    
pF1KE1 QAGYEQHFPSALPDDSKVPHGPGDFDAPGLPDSHAGQQFHALEQPCPEGSKTDLPIQ--W
        :.     : .    ...: :::       : .. : .      :::. ..   : :  :
CCDS53 AAAE----PYGARGPGSLPLGPG-------PPTNYGPN------PCPQQASYPDPTQETW
     610           620              630             640       650  

           1170      1180      1190      1200        1210      1220
pF1KE1 NEVSSGSADLSSSKLKCGPRPAVPQTRAFGFCNGMVVHPQN--PLRSGPAGGYQTLGENS
       .:  : :.   . :   :     :. . .:    . :.:..  :. :  .:    :  :.
CCDS53 GEFPSHSGLYPGPKALGGTYSQCPRLEHYG---QVQVKPEQGCPVGSDSTGLAPCL--NA
            660       670       680          690       700         

             1230      1240      1250      1260      1270      1280
pF1KE1 NPYGGPEHLMLHNSPGSGTSGNAFHEQPCKAPQYGNCLNRQPVAPGALDGACGAGIQASK
       .:  :: :      :    :    . :: . :::   :.  : .    :   .       
CCDS53 HPSEGPPH------PQPLFS---HYPQP-SPPQY---LQSGPYTQPPPDYLPSEPRPCLD
       710             720           730          740       750    

             1290      1300       1310      1320        1330       
pF1KE1 LKSTPMQGSGGQLNFGLPVAPNESAGSMV-NGMQNQDPVGQ--GYLAHQLLGDSMQHPGA
       . : : . : :::.  :     .:   .. .:   .:  .:  .: . ..:: :.  :. 
CCDS53 FDS-PTH-STGQLKAQLVCNYVQSQQELLWEGGGREDAPAQEPSYQSPKFLGGSQVSPS-
           760        770       780       790       800       810  

      1340      1350      1360        1370      1380      1390     
pF1KE1 GRPGQQMLGQISATSHINIYQGPE--SCLPGAHGMGSQPSSLAVVRGYQPCASFGGSRRQ
                   : . .: : ::     ::. :  :: :.     ...   :. .. :  
CCDS53 -----------RAKAPVNTY-GPGFGPNLPN-HKSGSYPTPSPCHENFVVGANRASHRAA
                        820        830        840       850        

        1400      1410      1420      1430      1440      1450     
pF1KE1 AMPRDSLALQSGQLSDTSQTCRVNGIKMEMKGQPHPLCSNLQNYSGQFYDQTVGFSQQDT
       : ::         :     ::  . .:.   :  .: :.. .          ::      
CCDS53 APPR---------LLPPLPTCY-GPLKV---GGTNPSCGHPE----------VGR-----
      860                870           880                 890     

        1460      1470      1480      1490      1500      1510     
pF1KE1 KAGSFSISDASCLLQGTSAKNSELLSPGANQVTSTVDSLDSHDLEGVQIDFDAIIDDGDH
                    : :  :    :  :  .:: . .::::   :...:.:: ::.:. . 
CCDS53 -------------LGGGPA----LYPPPEGQVCNPLDSLD---LDNTQLDFVAILDEPQ-
                               900       910          920          

        1520      1530      1540      1550      1560      1570     
pF1KE1 SSLMSGALSPSIIQNLSHSSSRLTTPRASLPFPALSMSTTNMAIGDMSSLLTSLAEESKF
             .:::   ..   ::..  ::  : : :       :::.:.:: :: ::  :..:
CCDS53 ------GLSPPPSHDQRGSSGH--TPPPSGP-P-------NMAVGNMSVLLRSLPGETEF
           930       940         950               960       970   

        1580
pF1KE1 LAVMQ
       :    
CCDS53 LNSSA
            

>>CCDS6451.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9              (775 aa)
 initn: 715 init1: 480 opt: 803  Z-score: 444.1  bits: 94.0 E(32554): 2.1e-18
Smith-Waterman score: 962; 36.1% identity (56.6% similar) in 618 aa overlap (262-836:120-699)

             240       250       260       270       280       290 
pF1KE1 VSPAEYYHQMALLTGQRSPYADIIPSAATAGTGAIHMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRK
                                     :: . :  :     : : :: :  .  :.:
CCDS64 GLDLGDLLSLPPGTSMSSNSVSNSLPSYLFGTESSHSPY----PSPRHSSTRSHSARSKK
      90       100       110       120           130       140     

             300        310       320           330       340      
pF1KE1 RTLSISPLSDH-SFDLQTMIRTSPNSLVTILNNSRSS----SSASGSYGHLSASAISPAL
       :.::.:::::  ..:..:.:::::.:::. .:.::.:    :     :::.    ..   
CCDS64 RALSLSPLSDGIGIDFNTIIRTSPTSLVAYINGSRASPANLSPQPEVYGHF----LGVRG
         150       160       170       180       190           200 

        350       360       370        380       390        400    
pF1KE1 SFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLG-SAFGHSPPLIHPAPTFPTQRPIPGI-PTVLNPVQ
       :   .  ::    .. .:    .:.  :.:..  : :       :    :. : ..: . 
CCDS64 SCIPQPRPVP-GSQKGVLVAPGGLALPAYGEDGALEHERMQ---QLEHGGLQPGLVNHMV
             210        220       230       240          250       

           410            420        430       440        450      
pF1KE1 VSSG-PSESSQNK-----PTSESAVSSTGD-PMHNKRSKIKPDEDLPSP-GARGQQEQPE
       :. : :. .::.         :   .:: : :       . :    : :  :... ..::
CCDS64 VQHGLPGPDSQSAGLFKTERLEEFPGSTVDLPPAPPLPPLPPPPGPPPPYHAHAHLHHPE
       260       270       280       290       300       310       

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE1 ----GTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKE
           .  :.  ..  :.. .   .  .  :.:  :.  .: ::.::.::.. ::  .: :
CCDS64 LGPHAQQLALPQATLDDDGEMDGIGGKHCCRWIDCSALYDQQEELVRHIEKVHIDQRKGE
       320       330       340       350       360       370       

             520       530       540       550       560       570 
pF1KE1 -FVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHT
        :.: :  : :. :::.:.: :..::: :.::::.::::::: ::.::::::: ::::::
CCDS64 DFTCFWAGCPRRYKPFNARYKLLIHMRVHSGEKPNKCTFEGCEKAFSRLENLKIHLRSHT
       380       390       400       410       420       430       

             580       590       600       610       620       630 
pF1KE1 GEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTV
       :::::.:.: ::.:::::.::::::: ::: . :::.:.:::::::::::::::::::. 
CCDS64 GEKPYLCQHPGCQKAFSNSSDRAKHQ-RTHLDTKPYACQIPGCTKRYTDPSSLRKHVKAH
       440       450       460        470       480       490      

             640                     650        660        670     
pF1KE1 HGPEAHVTKKQRG--DIHP------------RPPP-PRDSGSHSQ-SRSPGRPTQGALGE
        . : .. :: :.  ..::            .:   :::.....  .:::: :     . 
CCDS64 SSKEQQARKKLRSSTELHPDLLTDCLTVQSLQPATSPRDAAAEGTVGRSPG-PGPDLYSA
        500       510       520       530       540        550     

         680       690       700       710       720       730     
pF1KE1 QQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLELPLTDG
           :: .:.      . .:   .:. :.::::     . : ::     : . .::    
CCDS64 PIFSSNYSSRSGTA--AGAVPPPHPV-SHPSPGH----NVQGSP----HNPSSQLP----
         560         570        580           590           600    

         740       750       760       770       780       790     
pF1KE1 GSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMF-----
            :.:.:     .    .: .   .. :: :: .. .....    .: .:       
CCDS64 ----PLTAVDAGA--ERFAPSAPSPHHISPRRVPAPSSILQRTQPPYTQQPSGSHLKSYQ
                    610       620       630       640       650    

              800       810       820         830       840        
pF1KE1 PRLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGP--MTLLPGRSDLSGVDVTMLNMLNRRD
       :. :  . :..  :  . :   : .. :    :  . ..:  :. : :            
CCDS64 PETNSSFQPNGIHVHGFYG---QLQKFCPPHYPDSQRIVPPVSSCSVVPSFEDCLVPTSM
          660       670          680       690       700       710 

      850       860       870       880       890       900        
pF1KE1 SSASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPISTDASRRSSE
                                                                   
CCDS64 GQASFDVFHRAFSTHSGITVYDLPSSSSSLFGESLRSGAEDATFLQISTVDRCPSQLSSV
             720       730       740       750       760       770 

>>CCDS43784.1 GLIS3 gene_id:169792|Hs108|chr9             (930 aa)
 initn: 715 init1: 480 opt: 803  Z-score: 443.1  bits: 94.1 E(32554): 2.3e-18
Smith-Waterman score: 971; 31.7% identity (53.3% similar) in 857 aa overlap (76-836:45-854)

          50        60        70        80        90       100     
pF1KE1 PGQTYHRERRNAITMQPQNVQGLSKVSEEPSTSSDERASLIKKEIHGSLPHVAEPSVPYR
                                     ::::   ::: .. .: ..:  .       
CCDS43 GTPQGPRMVSGHHIPAIRAHSGTPGPSPCGSTSSPTMASLANN-LHLKMPSGG-------
           20        30        40        50         60             

         110       120       130              140       150        
pF1KE1 GTVFAMDPRNGYMEPHYHPPHLFPAFH------PPVPI-DARHHEGRYHYDP------SP
           .: :.:.  : . : : : :  .      :   . .:    : .   :      ::
CCDS43 ----GMAPQNNVAESRIHLPALSPRRQMLTNGKPRFQVTQAGGMSGSHTLKPKQQEFGSP
             70        80        90       100       110       120  

            160       170                      180       190       
pF1KE1 IPPLHMTSALSSSPTYPDL-------------PFI--RISPHRNPAAASESPFSPPHPYI
       .::    .::. .:   ..             :..  :..    ::.   .  .   : .
CCDS43 FPPNPGKGALGFGPQCKSIGKGSCNNLVVTSSPMMVQRLGLISPPASQVSTACNQISPSL
            130       140       150       160       170       180  

       200        210           220       230          240         
pF1KE1 NPYMDYIR-SLHSSPSLSMIS----ATRGLSPTDAPHAGVSPAEY---YHQMALLTGQRS
       .  :.    ..  : . :.::    :.  :: :..  :.    :.   :. .  :... :
CCDS43 QRAMNAANLNIPPSDTRSLISRESLASTTLSLTESQSASSMKQEWSQGYRALPSLSNHGS
            190       200       210       220       230       240  

     250             260          270         280             290  
pF1KE1 P----YADII--PSAATAGTGAIHME---YLHAMDSTR--FSSPRLS------ARPSRKR
             .:..  : ... .....      :: . .:..  . ::: :      :: :.::
CCDS43 QNGLDLGDLLSLPPGTSMSSNSVSNSLPSYLFGTESSHSPYPSPRHSSTRSHSAR-SKKR
            250       260       270       280       290        300 

            300        310       320           330       340       
pF1KE1 TLSISPLSDH-SFDLQTMIRTSPNSLVTILNNSRSS----SSASGSYGHLSASAISPALS
       .::.:::::  ..:..:.:::::.:::. .:.::.:    :     :::.    ..   :
CCDS43 ALSLSPLSDGIGIDFNTIIRTSPTSLVAYINGSRASPANLSPQPEVYGHF----LGVRGS
             310       320       330       340       350           

       350       360       370        380       390        400     
pF1KE1 FTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLG-SAFGHSPPLIHPAPTFPTQRPIPGI-PTVLNPVQV
          .  ::    .. .:    .:.  :.:..  : :       :    :. : ..: . :
CCDS43 CIPQPRPVP-GSQKGVLVAPGGLALPAYGEDGALEHERMQ---QLEHGGLQPGLVNHMVV
       360        370       380       390          400       410   

          410            420        430       440        450       
pF1KE1 SSG-PSESSQNK-----PTSESAVSSTGD-PMHNKRSKIKPDEDLPSP-GARGQQEQPE-
       . : :. .::.         :   .:: : :       . :    : :  :... ..:: 
CCDS43 QHGLPGPDSQSAGLFKTERLEEFPGSTVDLPPAPPLPPLPPPPGPPPPYHAHAHLHHPEL
           420       430       440       450       460       470   

           460       470       480       490       500       510   
pF1KE1 ---GTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREFDTQEQLVHHINNDHIHGEKKE-
          .  :.  ..  :.. .   .  .  :.:  :.  .: ::.::.::.. ::  .: : 
CCDS43 GPHAQQLALPQATLDDDGEMDGIGGKHCCRWIDCSALYDQQEELVRHIEKVHIDQRKGED
           480       490       500       510       520       530   

            520       530       540       550       560       570  
pF1KE1 FVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTG
       :.: :  : :. :::.:.: :..::: :.::::.::::::: ::.::::::: :::::::
CCDS43 FTCFWAGCPRRYKPFNARYKLLIHMRVHSGEKPNKCTFEGCEKAFSRLENLKIHLRSHTG
           540       550       560       570       580       590   

            580       590       600       610       620       630  
pF1KE1 EKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVH
       ::::.:.: ::.:::::.::::::: ::: . :::.:.:::::::::::::::::::.  
CCDS43 EKPYLCQHPGCQKAFSNSSDRAKHQ-RTHLDTKPYACQIPGCTKRYTDPSSLRKHVKAHS
           600       610        620       630       640       650  

            640                     650        660        670      
pF1KE1 GPEAHVTKKQRG--DIHP------------RPPP-PRDSGSHSQ-SRSPGRPTQGALGEQ
       . : .. :: :.  ..::            .:   :::.....  .:::: :     .  
CCDS43 SKEQQARKKLRSSTELHPDLLTDCLTVQSLQPATSPRDAAAEGTVGRSPG-PGPDLYSAP
            660       670       680       690       700        710 

        680       690       700       710       720       730      
pF1KE1 QDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLELPLTDGG
          :: .:.      . .:   .:. :.::::     . : ::     : . .::     
CCDS43 IFSSNYSSRSGTA--AGAVPPPHPV-SHPSPGH----NVQGSP----HNPSSQLP-----
             720         730        740               750          

        740       750       760       770       780       790      
pF1KE1 SIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMF-----P
           :.:.:     .    .: .   .. :: :: .. .....    .: .:       :
CCDS43 ---PLTAVDAG--AERFAPSAPSPHHISPRRVPAPSSILQRTQPPYTQQPSGSHLKSYQP
            760         770       780       790       800       810

             800       810       820         830       840         
pF1KE1 RLNPILPPKAPAVSPLIGNGTQSNNTCSLGGP--MTLLPGRSDLSGVDVTMLNMLNRRDS
       . :  . :..  :  . :   : .. :    :  . ..:  :. : :             
CCDS43 ETNSSFQPNGIHVHGFYG---QLQKFCPPHYPDSQRIVPPVSSCSVVPSFEDCLVPTSMG
              820          830       840       850       860       

     850       860       870       880       890       900         
pF1KE1 SASTISSAYLSSRRSSGISPCFSSRRSSEASQAEGRPQNVSVADSYDPISTDASRRSSEA
                                                                   
CCDS43 QASFDVFHRAFSTHSGITVYDLPSSSSSLFGESLRSGAEDATFLQISTVDRCPSQLSSVY
       870       880       890       900       910       920       

>>CCDS582.1 GLIS1 gene_id:148979|Hs108|chr1               (620 aa)
 initn: 612 init1: 481 opt: 765  Z-score: 425.1  bits: 90.1 E(32554): 2.3e-17
Smith-Waterman score: 788; 41.7% identity (60.3% similar) in 348 aa overlap (344-679:71-398)

           320       330       340       350       360       370   
pF1KE1 PNSLVTILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSA
                                     :  : . ::  .:  . . : : : :: . 
CCDS58 LGSEPSSGLGLQPETHLPEGSLKRCCVLGLPPTSPASSSPCASSDVTSIIRSSQTSLVTC
               50        60        70        80        90       100

             380       390       400       410       420       430 
pF1KE1 FG--HSPPLIHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMH
        .  .::::       :..:  :: :.       :.   :.: .  . ..:     .:  
CCDS58 VNGLRSPPLTGDLGG-PSKRARPG-PA-------STDSHEGSLQLEACRKASFLKQEPAD
              110        120               130       140       150 

             440        450       460       470       480       490
pF1KE1 NKRSKIKPDED-LPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCARE
       .    . : .. :: :   .:   : : .:    :    .     :  .  :.:  :   
CCDS58 EFSELFGPHQQGLPPPYPLSQ--LPPGPSL----GGLGLGLAGRVVAGRQACRWVDCCAA
             160       170             180       190       200     

              500       510        520       530       540         
pF1KE1 FDTQEQLVHHINNDHIHGEKKE-FVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCT
       .. ::.::.::...::  .: : :.: :  : :. :::.:.: :..::: :.::::.:: 
CCDS58 YEQQEELVRHIEKSHIDQRKGEDFTCFWAGCVRRYKPFNARYKLLIHMRVHSGEKPNKCM
         210       220       230       240       250       260     

     550       560       570       580       590       600         
pF1KE1 FEGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVC
       ::::.::.::::::: :::::::::::.:.: ::.:::::.::::::: ::: . :::.:
CCDS58 FEGCSKAFSRLENLKIHLRSHTGEKPYLCQHPGCQKAFSNSSDRAKHQ-RTHLDTKPYAC
         270       280       290       300       310        320    

     610       620       630       640       650               660 
pF1KE1 KIPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGS--------HSQ
       .::::.::::::::::::::.  . : .: ::    .:  :    :  .        :..
CCDS58 QIPGCSKRYTDPSSLRKHVKAHSAKEQQVRKK----LHAGPDTEADVLTECLVLQQLHTS
          330       340       350           360       370       380

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pF1KE1 SRSPGRPTQGALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPIS
       ..  .   .:. :  :.:                                          
CCDS58 TQLAASDGKGGCGLGQELLPGVYPGSITPHNGLASGLLPPAHDVPSRHHPLDATTSSHHH
              390       400       410       420       430       440

>>CCDS10511.1 GLIS2 gene_id:84662|Hs108|chr16             (524 aa)
 initn: 246 init1: 246 opt: 696  Z-score: 389.6  bits: 83.3 E(32554): 2.2e-15
Smith-Waterman score: 708; 38.5% identity (62.2% similar) in 312 aa overlap (354-652:33-335)

           330       340       350       360       370       380   
pF1KE1 SRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFTYSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGHSPPLIHP
                                     : .:: .  ... . . ::  :  :  .  
CCDS10 SLDEPLDLKLSITKLRAAREKRERTLGVVRPRALHRELGLVDDSPTPGSP-GSPPSGFLL
             10        20        30        40        50         60 

           390            400       410       420       430        
pF1KE1 APTFPTQ-----RPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKIK
          :: .        : .   :.: .  ..:. ::. .:  ..  .    :  .  . ..
CCDS10 NSKFPEKVEGRFSAAPLVDLSLSPPSGLDSPNGSSSLSPERQGNGDLPPVPSASDFQPLR
              70        80        90       100       110       120 

      440              450       460       470       480       490 
pF1KE1 PDEDLPS------P-GARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREF
         . .::      : :. :  . : .. :.  . ::  : . : .  .  :.:  : . :
CCDS10 YLDGVPSSFQFFLPLGSGGALHLPASSFLTPPK-DKCLSPDLP-LPKQLVCRWAKCNQLF
             130       140       150        160        170         

             500       510        520       530       540       550
pF1KE1 DTQEQLVHHINNDHIHGEKKE-FVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTF
       .  ..:: :.:. :.. ::   . :.:  :.:. . :.:.: ...:.: ::.::::.:  
CCDS10 ELLQDLVDHVNDYHVKPEKDAGYCCHWEGCARHGRGFNARYKMLIHIRTHTNEKPHRCPT
     180       190       200       210       220       230         

              560       570       580       590       600       610
pF1KE1 EGCTKAYSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCK
         :.:..::::::: : ::::::::::: .::::: .::.::: :: .:::  .::: ::
CCDS10 --CSKSFSRLENLKIHNRSHTGEKPYVCPYEGCNKRYSNSSDRFKH-TRTHYVDKPYYCK
       240       250       260       270       280        290      

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pF1KE1 IPGCTKRYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSGSHSQSRSPGRPTQ
       .::: ::::::::::::.:. ::    :...:.  .. ::::                  
CCDS10 MPGCHKRYTDPSSLRKHIKA-HG--HFVSHEQQELLQLRPPPKPPLPAPDGGPYVSGAQI
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pF1KE1 GALGEQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQPSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLEL
                                                                   
CCDS10 IIPNPAALFGGPGLPGLPLPLAPGPLDLSALACGNGGGSGGGGGMGPGLPGPVLPLNLAK
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>>CCDS9494.2 ZIC5 gene_id:85416|Hs108|chr13               (663 aa)
 initn: 481 init1: 402 opt: 619  Z-score: 347.7  bits: 75.9 E(32554): 4.8e-13
Smith-Waterman score: 716; 27.6% identity (51.0% similar) in 681 aa overlap (60-722:47-655)

      30        40        50        60         70        80        
pF1KE1 SEKAVASSTTSNEDESPGQTYHRERRNAITMQP-QNVQGLSKVSEEPSTSSDERASLIKK
                                     .:: ::. :.  ..  :.  :. ::.. . 
CCDS94 YGPDCVVLMEPPLSKRNPPALRLADLATAQVQPLQNMTGFPALAGPPA-HSQLRAAVAHL
         20        30        40        50        60         70     

       90         100       110       120       130       140      
pF1KE1 EIH--GSLPHVAEPSVPYRGTVFAMDPRNGYMEPHYHPPHLFPAFHPPVPIDARHHEGRY
       ...  :. : ::  ..:     .:.    : . :   : . ::: :: .:  : .  .  
CCDS94 RLRDLGADPGVA--TTPLGPEHMAQASTLG-LSP---PSQAFPA-HPEAPAAAARAAALV
          80          90       100           110        120        

        150       160       170       180       190       200      
pF1KE1 HYDPSPIPPLHMTSALSSSPTYPDLPFIRISPHRNPAAASESPFSPPHPYINPYMDYIRS
        .  .   :    :. ...:. :  :    .:   :   . ::  :: :   : ..   .
CCDS94 AHPGAGSYPCGGGSS-GAQPSAPPPP----AP---PLPPTPSPPPPPPPPPPPALSGYTT
      130       140        150              160       170       180

        210       220       230       240       250       260      
pF1KE1 LHSSPSLSMISATRGLSPTDAPHAGVSPAEYYHQMALLTGQRSPYADIIPSAATAGTGAI
        .:. . :  ..           ....::  .:   :   :::  ..  :.  .    . 
CCDS94 TNSGGGGSSGKGHSRDFVLRRDLSATAPAAAMHGAPLGGEQRSGTGS--PQHPAPPPHSA
              190       200       210       220         230        

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pF1KE1 HMEYLHAMDSTRFSSPRLSARPSRKRTLSISPLSD--HSFDLQTMIR-----TSPNSLVT
        : .. :  :  ...:  :. :.   .:  .: .   :   :. ..:     ..  . . 
CCDS94 GM-FISA--SGTYAGPDGSGGPALFPALHDTPGAPGGHPHPLNGQMRLGLAAAAAAAAAE
      240          250       260       270       280       290     

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pF1KE1 ILNNSRSSSSASGSYGHLSASAISPALSFT-YSSAPVSLHMHQQILSRQQSLGSAFGH-S
       . . ..   .  .. .: .: : . : ..  :... ..:..     .   . :  . : .
CCDS94 LYGRAEPPFAPRSGDAHYGAVAAAAAAALHGYGAVNLNLNLAAAAAAAAAGPGPHLQHHA
         300       310       320       330       340       350     

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pF1KE1 PPLIHPAPTFPTQRPIPGIPTVLNPVQVSSGPSESSQNKPTSESAVSSTGDPMHNKRSKI
       ::   : :  :.:.:    : . .    ..:     . .: ..  . .  ::  .. . .
CCDS94 PPPAPPPPPAPAQHPHQHHPHLPG----AAGAFLRYMRQPIKQELICKWIDP--DELAGL
         360       370           380       390       400           

       440       450       460       470       480       490       
pF1KE1 KPDEDLPSPGARGQQEQPEGTTLVKEEGDKDESKQEPEVIYETNCHWEGCAREFDTQEQL
        :    : :        : :       : :      :            :.. : :...:
CCDS94 PPPPPPPPP---PPPPPPAG-------GAK------P------------CSKTFGTMHEL
     410          420                    430                   440 

       500        510       520       530       540       550      
pF1KE1 VHHINNDHIHG-EKKEFVCRWLDCSREQKPFKAQYMLVVHMRRHTGEKPHKCTFEGCTKA
       :.:.. .:. : :..  :: : :: :: :::::.: :. :.: ::::::  : : :: :.
CCDS94 VNHVTVEHVGGPEQSSHVCFWEDCPREGKPFKAKYKLINHIRVHTGEKPFPCPFPGCGKV
             450       460       470       480       490       500 

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pF1KE1 YSRLENLKTHLRSHTGEKPYVCEHEGCNKAFSNASDRAKHQNRTHSNEKPYVCKIPGCTK
       ..: :::: : :.::::::. :: .::.. :.:.::: :: ...:...::: ::: :: :
CCDS94 FARSENLKIHKRTHTGEKPFKCEFDGCDRKFANSSDRKKH-SHVHTSDKPYYCKIRGCDK
             510       520       530       540        550       560

        620       630       640       650        660        670    
pF1KE1 RYTDPSSLRKHVKTVHGPEAHVTKKQRGDIHPRPPPPRDSG-SHSQSRSP-GRPTQGALG
        :: :::::::.:                :: . :::  .  ..:.  .: : : . .: 
CCDS94 SYTHPSSLRKHMK----------------IHCKSPPPSPGPLGYSSVGTPVGAPLSPVLD
              570                       580       590       600    

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pF1KE1 EQQDLSNTTSKREECLQVKTVKAEKPMTSQ---PSPGGQSSCSSQQSPISNYSNSGLELP
         .. :.: : .   :.   :   .   :.   :: .: .: . ..   .:         
CCDS94 PARSHSSTLSPQVTNLNEWYVCQASGAPSHLHTPSSNGTTSETEDEEIYGNPEVVRTIH 
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pF1KE1 LTDGGSIGDLSAIDETPIMDSTISTATTALALQARRNPAGTKWMEHVKLERLKQVNGMFP




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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