Result of FASTA (omim) for pF1KB7685
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7685, 348 aa
  1>>>pF1KB7685 348 - 348 aa - 348 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8470+/-0.000461; mu= 11.9230+/- 0.028
 mean_var=292.9128+/-60.623, 0's: 0 Z-trim(118.3): 1909  B-trim: 122 in 1/54
 Lambda= 0.074939
 statistics sampled from 28896 (31166) to 28896 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.726), E-opt: 0.2 (0.365), width:  16
 Scan time:  8.580

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_005249352 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513109 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513114 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_665916 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN doma ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001128687 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_016866685 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_005249353 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513115 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513113 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513111 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_112161 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN doma ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001230170 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
XP_011513110 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001128688 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 406) 1193 142.6 1.4e-33
NP_001186409 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
XP_016866756 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
NP_006290 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN doma ( 394) 1139 136.8 7.8e-32
XP_011513180 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 526) 1139 137.0 9.1e-32
NP_008896 (OMIM: 194534) zinc finger protein 24 is ( 368) 1098 132.3 1.6e-30
XP_005258398 (OMIM: 194534) PREDICTED: zinc finger ( 368) 1098 132.3 1.6e-30
XP_011513319 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 565) 1079 130.5 8.4e-30
NP_001309215 (OMIM: 609600) zinc finger protein 39 ( 335)  919 112.9   1e-24
XP_006722495 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335)  919 112.9   1e-24
XP_016881177 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335)  919 112.9   1e-24
NP_001309219 (OMIM: 609600) zinc finger protein 39 ( 335)  919 112.9   1e-24
XP_016881176 (OMIM: 609600) PREDICTED: zinc finger ( 335)  919 112.9   1e-24
NP_001305012 (OMIM: 611272) zinc finger protein wi ( 766)  919 113.5 1.6e-24
XP_016867412 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 766)  919 113.5 1.6e-24
XP_016867413 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 766)  919 113.5 1.6e-24
NP_001186408 (OMIM: 602246) zinc finger and SCAN d ( 445)  824 102.8 1.5e-21
XP_011513178 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 577)  824 103.0 1.7e-21
XP_011513177 (OMIM: 602246) PREDICTED: zinc finger ( 583)  819 102.5 2.5e-21
NP_665699 (OMIM: 609600) zinc finger protein 396 i ( 333)  806 100.7 4.9e-21
XP_006715281 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 390)  660 85.0   3e-16
NP_001229824 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 390)  660 85.0   3e-16
XP_005249480 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 405)  660 85.0 3.1e-16
XP_006715279 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 509)  660 85.2 3.5e-16
XP_016866809 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 509)  660 85.2 3.5e-16
NP_077819 (OMIM: 612791) zinc finger protein with  ( 538)  660 85.2 3.6e-16
XP_006715278 (OMIM: 612791) PREDICTED: zinc finger ( 538)  660 85.2 3.6e-16
NP_001229823 (OMIM: 612791) zinc finger protein wi ( 538)  660 85.2 3.6e-16
NP_443155 (OMIM: 615254) SCAN domain-containing pr (1325)  646 84.3 1.6e-15
NP_001230172 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247)  630 81.4 2.3e-15
NP_001230171 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247)  630 81.4 2.3e-15
NP_001230173 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN d ( 247)  630 81.4 2.3e-15
NP_115723 (OMIM: 609601) zinc finger protein 397 i ( 275)  627 81.2   3e-15
XP_011512891 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390)  625 81.2 4.2e-15
NP_001291435 (OMIM: 611643) zinc finger protein wi ( 390)  625 81.2 4.2e-15
XP_016866333 (OMIM: 611643) PREDICTED: zinc finger ( 390)  625 81.2 4.2e-15
XP_016881531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 534)  627 81.6 4.2e-15


>>XP_005249352 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_005    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_005 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_005 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_005 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_005 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_005 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_005 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_011513109 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_011    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_011 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_011 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_011513114 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_011    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_011 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_011 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>NP_665916 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN domain-c  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
NP_665    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
NP_665 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
NP_665 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
NP_665 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
NP_665 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
NP_665 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

NP_665 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>NP_001128687 (OMIM: 610794) zinc finger and SCAN domai  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
NP_001    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
NP_001 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
NP_001 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
NP_001 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
NP_001 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
NP_001 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

NP_001 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_016866685 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_016    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_016 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_016 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_016 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_016 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_016 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_016 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_005249353 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_005    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_005 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_005 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_005 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_005 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_005 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_005 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_011513115 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_011    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_011 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_011 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_011513113 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_011    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_011 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_011 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      

>>XP_011513111 (OMIM: 610794) PREDICTED: zinc finger and  (406 aa)
 initn: 2760 init1: 561 opt: 1193  Z-score: 723.9  bits: 142.6 E(85289): 1.4e-33
Smith-Waterman score: 1193; 51.3% identity (76.2% similar) in 349 aa overlap (8-348:5-351)

               10         20        30        40        50         
pF1KB7 MTTALEPEDQKGLLIIKAE-DHYWGQDSSSQKCSPHRRELYRQHFRKLCYQDAPGPREAL
              :.:  : :.:.: :  : :..  .  .   .:  :: ::..:::..:::::::
XP_011    MASTEEQYDLKIVKVEEDPIWDQETHLRGNNFSGQEASRQLFRQFCYQETPGPREAL
                  10        20        30        40        50       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 TQLWELCRQWLRPECHTKEQILDLLVLEQFLSILPKDLQAWVRAHHPETGEEAVTVLEDL
       ..: :::.:::::: :::::::.::::::::.:::..:::::: ::::.:::::.:.:::
XP_011 SRLRELCHQWLRPEIHTKEQILELLVLEQFLTILPEELQAWVREHHPESGEEAVAVVEDL
        60        70        80        90       100       110       

     120       130        140       150       160          170     
pF1KB7 ERELDEPGKQVPGNSE-RRDILMDKLAPLGRPYESLTVQLHPKKTQLEQEA---GKPQRN
       :.::.:::.:.: . . . ..:.. .  :    :   .::.:  :::. :.    . :..
XP_011 EQELSEPGNQAPDHEHGHSEVLLEDVEHLKVKQEPTDIQLQPMVTQLRYESFCLHQFQEQ
       120       130       140       150       160       170       

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB7 GDKTRTKNEELFQKEDMPKDKEFLGEINDRLNKDTPQHPKSKDIIENEGRSEWQQRE---
         ..  .:.:: .:... :. : ::.  ..:..:.    : ..  . ....: :: .   
XP_011 DGESIPENQELASKQEILKEMEHLGD--SKLQRDVSLDSKYRETCKRDSKAEKQQAHSTG
       180       190       200         210       220       230     

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 RRRYKCDECGKSFSHSSDLSKHRRTHTGEKPYKCDECGKAFIQRSHLIGHHRVHTGVKPY
       .::..:.::::::..:: : .:.: :::::::.:.:::::: .:: :  :.: ::: :::
XP_011 ERRHRCNECGKSFTKSSVLIEHQRIHTGEKPYECEECGKAFSRRSSLNEHRRSHTGEKPY
         240       250       260       270       280       290     

            300       310       320       330       340            
pF1KB7 KCKECGKDFSGRTGLIQHQRIHTGEKPYECDECGRPFRVSSALIRHQRIHTANKLY    
       .:::::: ::. .:: .:.:::::::::::  ::. : .:: :..::::::..: :    
XP_011 QCKECGKAFSASNGLTRHRRIHTGEKPYECKVCGKAFLLSSCLVQHQRIHTGEKRYQCRE
         300       310       320       330       340       350     

XP_011 CGKAFIQNAGLFQHLRVHTGEKPYQCSQCSKLFSKRTLLKKHQKIHTGERP
         360       370       380       390       400      




348 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 21:34:39 2016 done: Fri Nov  4 21:34:41 2016
 Total Scan time:  8.580 Total Display time:  0.020

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com