Result of FASTA (omim) for pF1KB7769
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7769, 450 aa
  1>>>pF1KB7769 450 - 450 aa - 450 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.8429+/-0.000387; mu= -4.9948+/- 0.024
 mean_var=484.2221+/-106.801, 0's: 0 Z-trim(125.1): 946  B-trim: 2506 in 1/58
 Lambda= 0.058284
 statistics sampled from 46830 (48086) to 46830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.837), E-opt: 0.2 (0.564), width:  16
 Scan time: 11.860

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
XP_016880500 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548)  713 74.2 9.7e-13
XP_016880499 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548)  713 74.2 9.7e-13
XP_016880498 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548)  713 74.2 9.7e-13
XP_016880497 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 548)  713 74.2 9.7e-13
NP_001290211 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 548)  713 74.2 9.7e-13
XP_016880496 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549)  703 73.4 1.7e-12
XP_011522304 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549)  703 73.4 1.7e-12
NP_653281 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 is ( 549)  703 73.4 1.7e-12
NP_001290210 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 ( 549)  703 73.4 1.7e-12
XP_016880495 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger ( 549)  703 73.4 1.7e-12
NP_932172 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734)  688 72.2   5e-12
NP_003413 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1 iso ( 734)  688 72.2   5e-12
XP_011525566 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 764)  688 72.3 5.2e-12
XP_005259261 (OMIM: 194550) PREDICTED: myeloid zin ( 775)  688 72.3 5.2e-12
XP_011524532 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553)  601 64.8 6.7e-10
XP_011524531 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553)  601 64.8 6.7e-10
XP_006722621 (OMIM: 609601) PREDICTED: zinc finger ( 553)  601 64.8 6.7e-10
NP_001253962 (OMIM: 194550) myeloid zinc finger 1  ( 290)  559 60.9 5.1e-09
NP_005732 (OMIM: 604191) zinc finger protein 263 [ ( 683)  566 62.0 5.9e-09
XP_011520646 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 683)  566 62.0 5.9e-09
XP_006720896 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 598)  556 61.0 9.7e-09
XP_011513319 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 565)  549 60.4 1.4e-08
NP_001156863 (OMIM: 603978) zinc finger and SCAN d ( 611)  549 60.5 1.5e-08
XP_016867017 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611)  549 60.5 1.5e-08
XP_011513317 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611)  549 60.5 1.5e-08
XP_011513316 (OMIM: 603978) PREDICTED: zinc finger ( 611)  549 60.5 1.5e-08
NP_001273983 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527)  547 60.2 1.5e-08
NP_001333509 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 527)  547 60.2 1.5e-08
NP_001333510 (OMIM: 601260) zinc finger protein wi ( 563)  547 60.3 1.6e-08
XP_011514861 (OMIM: 601260) PREDICTED: zinc finger ( 563)  547 60.3 1.6e-08
NP_003430 (OMIM: 601260) zinc finger protein with  ( 563)  547 60.3 1.6e-08
XP_016858080 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 567)  534 59.2 3.4e-08
NP_116141 (OMIM: 613911) zinc finger protein 496 i ( 587)  534 59.2 3.4e-08
XP_006720895 (OMIM: 604191) PREDICTED: zinc finger ( 644)  534 59.2 3.7e-08
NP_862829 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN doma ( 491)  491 55.5 3.8e-07
XP_011525219 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491)  491 55.5 3.8e-07
XP_006723255 (OMIM: 165260) PREDICTED: zinc finger ( 491)  491 55.5 3.8e-07
NP_001308045 (OMIM: 165260) zinc finger and SCAN d ( 491)  491 55.5 3.8e-07
XP_016867410 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838)  491 55.8 5.3e-07
XP_016867409 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838)  491 55.8 5.3e-07
XP_016867411 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 838)  491 55.8 5.3e-07
NP_055384 (OMIM: 611272) zinc finger protein with  ( 839)  488 55.5 6.3e-07
XP_016867408 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 839)  488 55.5 6.3e-07
NP_001305011 (OMIM: 611272) zinc finger protein wi ( 839)  488 55.5 6.3e-07
NP_659570 (OMIM: 611272) zinc finger protein with  ( 839)  488 55.5 6.3e-07
XP_016867407 (OMIM: 611272) PREDICTED: zinc finger ( 839)  488 55.5 6.3e-07
XP_016858079 (OMIM: 613911) PREDICTED: zinc finger ( 618)  469 53.7 1.6e-06
XP_011520948 (OMIM: 601473) PREDICTED: zinc finger ( 500)  461 53.0 2.2e-06
XP_011529693 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510)  460 52.9 2.4e-06
XP_005262526 (OMIM: 314997) PREDICTED: zinc finger ( 510)  460 52.9 2.4e-06


>>XP_016880500 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (548 aa)
 initn: 886 init1: 433 opt: 713  Z-score: 349.7  bits: 74.2 E(85289): 9.7e-13
Smith-Waterman score: 713; 35.0% identity (56.6% similar) in 449 aa overlap (19-450:34-462)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
                                     :  :::::  :: : :: ..::.:.: .::
XP_016 DLGQALGLLPSLAKAEDSQFSESDAALQEELSSPETARQLFRQFRYQVMSGPHETLKQLR
            10        20        30        40        50        60   

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB7 ELCCQWLQPEAHSKEQMLEMLVLEQFLGTLPPEIQAWVRGQRPGSPEEAAALVEGLQHDP
       .:: ::::::.:.:::.::.:.:::::  :: ::: ::: : ::: :::..:::.:. ::
XP_016 KLCFQWLQPEVHTKEQILEILMLEQFLTILPGEIQMWVRKQCPGSGEEAVTLVESLKGDP
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      110       120       130       140       150        160       
pF1KB7 GQLLGWITAHVLKQEVLPAAQKTEEPLGSPHPSGTVESPGEG-PQDTRIEGSVQ-----L
        .:  ::. .:: :..:  ..: : :       : ::   :  ::.  .:.: .     :
XP_016 QRLWQWISIQVLGQDIL--SEKMESP---SCQVGEVEPHLEVVPQELGLENSSSGPGELL
           130       140            150       160       170        

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
       :  :::: ..... .  .: :  :.  :     :.  ..:. :   ::.:  :: .::: 
XP_016 SHIVKEESDTEAELALAASQP--ARLEERLIRDQD-LGASLLPAAPQEQWRQLDSTQKEQ
      180       190         200       210        220       230     

            230       240       250       260       270       280  
pF1KB7 YWDAMLEKYGTVVSLGLPPHQPEAQAQSELGMLLTGTGVCRSLRSGNESEGPPGCPEAQP
       ::: ::: :: .:: :.   . .   . :.:  :.:  .       ::.   : :   . 
XP_016 YWDLMLETYGKMVSGGISHPKSDLTNSIEFGEELAGIYL-----HVNEKIPRPTCIGDRQ
         240       250       260       270            280       290

            290       300       310         320             330    
pF1KB7 PQGPGPAAWEGLSGAATPAPTVRPGTPPVPTQPT--PAETRLEPAA------TPRKPYTC
        .       :.         . . ..  ::.: .     :. ::.        :.   . 
XP_016 ENDKENLNLENHRDQELLHASCQ-ASGEVPSQASLRGFFTEDEPGCFGEGENLPEALQNI
              300       310        320       330       340         

          340       350       360       370         380       390  
pF1KB7 EQCGRGFDWKSVFVIHHRTHTSGPGVQSPGLATGESTEK--PPQGEVAFPHHPRRSLTGP
       .. : : . .     ..:   .  : . :.  .:: .      . :..   .::  ..  
XP_016 QDEGTGEQLSP----QERISEKQLGQHLPNPHSGEMSTMWLEEKRETSQKGQPRAPMA--
     350       360           370       380       390       400     

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pF1KB7 RSYP-CEECGCSFSWKSQLVIHRKSHTGQRRHFCSDCGRAFDWKSQLVIHRKGHRPEVP 
       .. : :.::: .:  .:::..:...:::.    :. : .::  .:..: :.. :  : : 
XP_016 QKLPTCRECGKTFYRNSQLIFHQRTHTGETYFQCTICKKAFLRSSDFVKHQRTHTGEKPC
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XP_016 KCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPICEKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCSH
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>>XP_016880499 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (548 aa)
 initn: 886 init1: 433 opt: 713  Z-score: 349.7  bits: 74.2 E(85289): 9.7e-13
Smith-Waterman score: 713; 35.0% identity (56.6% similar) in 449 aa overlap (19-450:34-462)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
                                     :  :::::  :: : :: ..::.:.: .::
XP_016 DLGQALGLLPSLAKAEDSQFSESDAALQEELSSPETARQLFRQFRYQVMSGPHETLKQLR
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pF1KB7 ELCCQWLQPEAHSKEQMLEMLVLEQFLGTLPPEIQAWVRGQRPGSPEEAAALVEGLQHDP
       .:: ::::::.:.:::.::.:.:::::  :: ::: ::: : ::: :::..:::.:. ::
XP_016 KLCFQWLQPEVHTKEQILEILMLEQFLTILPGEIQMWVRKQCPGSGEEAVTLVESLKGDP
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pF1KB7 GQLLGWITAHVLKQEVLPAAQKTEEPLGSPHPSGTVESPGEG-PQDTRIEGSVQ-----L
        .:  ::. .:: :..:  ..: : :       : ::   :  ::.  .:.: .     :
XP_016 QRLWQWISIQVLGQDIL--SEKMESP---SCQVGEVEPHLEVVPQELGLENSSSGPGELL
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            170       180       190       200       210       220  
pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
       :  :::: ..... .  .: :  :.  :     :.  ..:. :   ::.:  :: .::: 
XP_016 SHIVKEESDTEAELALAASQP--ARLEERLIRDQD-LGASLLPAAPQEQWRQLDSTQKEQ
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pF1KB7 YWDAMLEKYGTVVSLGLPPHQPEAQAQSELGMLLTGTGVCRSLRSGNESEGPPGCPEAQP
       ::: ::: :: .:: :.   . .   . :.:  :.:  .       ::.   : :   . 
XP_016 YWDLMLETYGKMVSGGISHPKSDLTNSIEFGEELAGIYL-----HVNEKIPRPTCIGDRQ
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pF1KB7 PQGPGPAAWEGLSGAATPAPTVRPGTPPVPTQPT--PAETRLEPAA------TPRKPYTC
        .       :.         . . ..  ::.: .     :. ::.        :.   . 
XP_016 ENDKENLNLENHRDQELLHASCQ-ASGEVPSQASLRGFFTEDEPGCFGEGENLPEALQNI
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          340       350       360       370         380       390  
pF1KB7 EQCGRGFDWKSVFVIHHRTHTSGPGVQSPGLATGESTEK--PPQGEVAFPHHPRRSLTGP
       .. : : . .     ..:   .  : . :.  .:: .      . :..   .::  ..  
XP_016 QDEGTGEQLSP----QERISEKQLGQHLPNPHSGEMSTMWLEEKRETSQKGQPRAPMA--
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pF1KB7 RSYP-CEECGCSFSWKSQLVIHRKSHTGQRRHFCSDCGRAFDWKSQLVIHRKGHRPEVP 
       .. : :.::: .:  .:::..:...:::.    :. : .::  .:..: :.. :  : : 
XP_016 QKLPTCRECGKTFYRNSQLIFHQRTHTGETYFQCTICKKAFLRSSDFVKHQRTHTGEKPC
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XP_016 KCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPICEKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCSH
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>>XP_016880498 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (548 aa)
 initn: 886 init1: 433 opt: 713  Z-score: 349.7  bits: 74.2 E(85289): 9.7e-13
Smith-Waterman score: 713; 35.0% identity (56.6% similar) in 449 aa overlap (19-450:34-462)

                           10        20        30        40        
pF1KB7             MPSPLGPPCLPVMDPETTLEEPETARLRFRGFCYQEVAGPREALARLR
                                     :  :::::  :: : :: ..::.:.: .::
XP_016 DLGQALGLLPSLAKAEDSQFSESDAALQEELSSPETARQLFRQFRYQVMSGPHETLKQLR
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>>NP_001290211 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 iso  (548 aa)
 initn: 886 init1: 433 opt: 713  Z-score: 349.7  bits: 74.2 E(85289): 9.7e-13
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NP_001 KCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPICEKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCSH
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>>XP_016880496 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (549 aa)
 initn: 752 init1: 433 opt: 703  Z-score: 345.1  bits: 73.4 E(85289): 1.7e-12
Smith-Waterman score: 703; 34.9% identity (56.4% similar) in 450 aa overlap (19-450:34-463)

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XP_016 DLGQALGLLPSLAKAEDSQFSESDAALQEELSSPETARQLFRQFRYQVMSGPHETLKQLR
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pF1KB7 ELCCQWLQPEAHSKEQMLEMLVLEQFLGTLPPEIQAWVRGQRPGSPEEAAALVEGLQHDP
       .:: ::::::.:.:::.::.:.:::::  :: ::: ::: : ::: :::..:::.:. ::
XP_016 KLCFQWLQPEVHTKEQILEILMLEQFLTILPGEIQMWVRKQCPGSGEEAVTLVESLKGDP
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pF1KB7 GQLLGWITAHVLKQEVLPAAQKTEEPLGSPHPSGTVESPGEG-PQDTRIEGSVQ-----L
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XP_016 QRLWQWISIQVLGQDIL--SEKMESP---SCQVGEVEPHLEVVPQELGLENSSSGPGELL
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pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
       :  :::: ..... .  .: :  :.  :     :.  ..:. :   ::.:  :: .::: 
XP_016 SHIVKEESDTEAELALAASQP--ARLEERLIRDQD-LGASLLPAAPQEQWRQLDSTQKEQ
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        .. : :.::: .:  .:::..:...:::.    :. : .::  .:..: :.. :  : :
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>>XP_011522304 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (549 aa)
 initn: 752 init1: 433 opt: 703  Z-score: 345.1  bits: 73.4 E(85289): 1.7e-12
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       ::: ::: :: .::  :.   . .   . :.:  :.:  .       ::.   : :   .
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pF1KB7 PPQGPGPAAWEGLSGAATPAPTVRPGTPPVPTQPT--PAETRLEPAA------TPRKPYT
         .       :.         . . ..  ::.: .     :. ::.        :.   .
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pF1KB7 PRSYP-CEECGCSFSWKSQLVIHRKSHTGQRRHFCSDCGRAFDWKSQLVIHRKGHRPEVP
        .. : :.::: .:  .:::..:...:::.    :. : .::  .:..: :.. :  : :
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>>NP_653281 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 isofor  (549 aa)
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pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
       :  :::: ..... .  .: :  :.  :     :.  ..:. :   ::.:  :: .::: 
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>>NP_001290210 (OMIM: 194524) zinc finger protein 18 iso  (549 aa)
 initn: 752 init1: 433 opt: 703  Z-score: 345.1  bits: 73.4 E(85289): 1.7e-12
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       .:: ::::::.:.:::.::.:.:::::  :: ::: ::: : ::: :::..:::.:. ::
NP_001 KLCFQWLQPEVHTKEQILEILMLEQFLTILPGEIQMWVRKQCPGSGEEAVTLVESLKGDP
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NP_001 QRLWQWISIQVLGQDIL--SEKMESP---SCQVGEVEPHLEVVPQELGLENSSSGPGELL
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pF1KB7 SCSVKEEPNVDGQEVAPSSPPLAAQSPEGHHGHQEPASTSFHPPRIQEEWGLLDRSQKEL
       :  :::: ..... .  .: :  :.  :     :.  ..:. :   ::.:  :: .::: 
NP_001 SHIVKEESDTEAELALAASQP--ARLEERLIRDQD-LGASLLPAAPQEQWRQLDSTQKEQ
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pF1KB7 YWDAMLEKYGTVVS-LGLPPHQPEAQAQSELGMLLTGTGVCRSLRSGNESEGPPGCPEAQ
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pF1KB7 PPQGPGPAAWEGLSGAATPAPTVRPGTPPVPTQPT--PAETRLEPAA------TPRKPYT
         .       :.         . . ..  ::.: .     :. ::.        :.   .
NP_001 QENDKENLNLENHRDQELLHASCQ-ASGEVPSQASLRGFFTEDEPGCFGEGENLPEALQN
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pF1KB7 CEQCGRGFDWKSVFVIHHRTHTSGPGVQSPGLATGESTEK--PPQGEVAFPHHPRRSLTG
        .. : : . .     ..:   .  : . :.  .:: .      . :..   .::  .. 
NP_001 IQDEGTGEQLSP----QERISEKQLGQHLPNPHSGEMSTMWLEEKRETSQKGQPRAPMA-
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pF1KB7 PRSYP-CEECGCSFSWKSQLVIHRKSHTGQRRHFCSDCGRAFDWKSQLVIHRKGHRPEVP
        .. : :.::: .:  .:::..:...:::.    :. : .::  .:..: :.. :  : :
NP_001 -QKLPTCRECGKTFYRNSQLIFHQRTHTGETYFQCTICKKAFLRSSDFVKHQRTHTGEKP
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NP_001 CKCDYCGKGFSDFSGLRHHEKIHTGEKPYKCPICEKSFIQRSNFNRHQRVHTGEKPYKCS
           470       480       490       500       510       520   

>>XP_016880495 (OMIM: 194524) PREDICTED: zinc finger pro  (549 aa)
 initn: 752 init1: 433 opt: 703  Z-score: 345.1  bits: 73.4 E(85289): 1.7e-12
Smith-Waterman score: 703; 34.9% identity (56.4% similar) in 450 aa overlap (19-450:34-463)

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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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