Result of FASTA (ccds) for pF1KB7355
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7355, 1088 aa
  1>>>pF1KB7355 1088 - 1088 aa - 1088 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8674+/-0.00119; mu= 18.2357+/- 0.071
 mean_var=59.2944+/-11.759, 0's: 0 Z-trim(99.4): 33  B-trim: 2 in 1/48
 Lambda= 0.166559
 statistics sampled from 5714 (5723) to 5714 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.512), E-opt: 0.2 (0.176), width:  16
 Scan time:  4.070

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5       (1088) 7138 1724.5       0
CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8          (1087) 5027 1217.2       0


>>CCDS34287.1 RANBP17 gene_id:64901|Hs108|chr5            (1088 aa)
 initn: 7138 init1: 7138 opt: 7138  Z-score: 9256.4  bits: 1724.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 7138; 100.0% identity (100.0% similar) in 1088 aa overlap (1-1088:1-1088)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 LLAATCLSKLVSRVSPLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGWF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LLAATCLSKLVSRVSPLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGWF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 EVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATSF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 EVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATSF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 RDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 RDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESAD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 DLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPERA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 DLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPERA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 KYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 KYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIAN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 FTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDSV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 AIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 AIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYSG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 VTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPRC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 VTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPRC
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 CNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 CNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNLK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 YWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 YWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLSD
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 FRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFNNNFKQEDVKRMLIGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 FRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFNNNFKQEDVKRMLIGL
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 ARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQNR
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 SQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALKSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SQRLNFDVSSPNGILLFREASKMVCTYGNQILSLGSLSKDQIYPMKLKGISICYSALKSA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 LCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQDHM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 LCGNYVSFGVFKLYGDNHFDNVLQAFVKMLLSVSHSDLLQYRKLSQSYYPLLECLTQDHM
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 SFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRCRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 SFIINLEPPVLMYVLTSISEGLTTLDTVVSSSCCTSLDYIVTYLFKHIAKEGKKPLRCRE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 ATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSELR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ATQAGQRLLHFMQQNPDVLQQMMSVLMNTIVFEDCRNQWSVSRPLLGLILLNEKYFSELR
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB7 ASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGNTE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS34 ASLINSQPLPKQEVLAQCFRNLMEGVEQNLSVKNRDRFTQNLSVFRRDVAEALRSDGNTE
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

               
pF1KB7 PCSLDMMS
       ::::::::
CCDS34 PCSLDMMS
               

>>CCDS47818.1 XPO7 gene_id:23039|Hs108|chr8               (1087 aa)
 initn: 3513 init1: 3004 opt: 5027  Z-score: 6514.9  bits: 1217.2 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5027; 66.8% identity (90.1% similar) in 1090 aa overlap (1-1088:1-1087)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MALHFQSLAELEVLCTHLYIGTDLTQRIEAEKALLELIDSPECLSKCQLLLEQGTTSYAQ
       :: : ::::.:: :: .::  :: : :..:::::.:. .::.::::::::::.:..::.:
CCDS47 MADHVQSLAQLENLCKQLYETTDTTTRLQAEKALVEFTNSPDCLSKCQLLLERGSSSYSQ
               10        20        30        40        50        60

               70         80        90       100       110         
pF1KB7 LLAATCLSKLVSRVS-PLPVEQRMDIRNYILNYVASQPKLAPFVIQALIQVIAKITKLGW
       :::::::.:::::.. :::.:::.:::::.:::.:..:::: :: :::::. :.::::::
CCDS47 LLAATCLTKLVSRTNNPLPLEQRIDIRNYVLNYLATRPKLATFVTQALIQLYARITKLGW
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 FEVQKDQFVFREIIADVKKFLQGTVEHCIIGVIILSELTQEMNLVDYSRPSAKHRKIATS
       :. :::..:::. :.:: .::: .::.::::: :::.::.:.: .: ..: .::::::.:
CCDS47 FDCQKDDYVFRNAITDVTRFLQDSVEYCIIGVTILSQLTNEINQADTTHPLTKHRKIASS
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 FRDTSLKDVLVLACSLLKEVFAKPLNLQDQCQQNLVMQVLKLVLNCLNFDFIGSSADESA
       :::.:: :...:.:.:::.. .: :::.:. :..:.::.:::. :::::::::.:.:::.
CCDS47 FRDSSLFDIFTLSCNLLKQASGKNLNLNDESQHGLLMQLLKLTHNCLNFDFIGTSTDESS
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 DDLCTVQIPTTWRTIFLEPETLDLFFNLYHSLPPLLSQLALSCLVQFASTRRSLFNSPER
       ::::::::::.::. ::.  ::.:::.::::.:: .: :.::::::.::.::::::. ::
CCDS47 DDLCTVQIPTSWRSAFLDSSTLQLFFDLYHSIPPSFSPLVLSCLVQIASVRRSLFNNAER
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 AKYLGNLIKGVKRILENPQGLSDPGNYHEFCRFLARLKTNYQLGELVMVKEYPEVIRLIA
       ::.:..:. ::::::::::.::::.:::::::.:::::.:::::::: :..:::::::::
CCDS47 AKFLSHLVDGVKRILENPQSLSDPNNYHEFCRLLARLKSNYQLGELVKVENYPEVIRLIA
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 NFTITSLQHWEFAPNSVHYLLTLWQRMVASVPFVKSTEPHLLDTYAPEITKAFITSRLDS
       :::.:::::::::::::::::.::::..::::.::.::::.:.::.::.:::.:::::.:
CCDS47 NFTVTSLQHWEFAPNSVHYLLSLWQRLAASVPYVKATEPHMLETYTPEVTKAYITSRLES
              370       380       390       400       410       420

     420       430       440       450       460       470         
pF1KB7 VAIVVRDHLDDPLDDTATVFQQLEQLCTVSRCEYEKTCALLVQLFDQNAQNYQKLLHPYS
       : :..:: :.:::.::. : :::.:: :..:::::::::::::::::.::.::.::.  :
CCDS47 VHIILRDGLEDPLEDTGLVQQQLDQLSTIGRCEYEKTCALLVQLFDQSAQSYQELLQSAS
              430       440       450       460       470       480

     480       490       500       510       520       530         
pF1KB7 GVTVDITIQEGRLAWLVYLVGTVVGGRLTYTSTDEHDAMDGELSCRVFQLISLMDTGLPR
       .  .::..:::::.::::..:.:.:::....::::.::::::: :::.::..: :. : .
CCDS47 ASPMDIAVQEGRLTWLVYIIGAVIGGRVSFASTDEQDAMDGELVCRVLQLMNLTDSRLAQ
              490       500       510       520       530       540

     540       550       560       570       580       590         
pF1KB7 CCNEKIELAILWFLDQFRKTYVGDQLQRTSKVYARMSEVLGITDDNHVLETFMTKIVTNL
         :::.:::.: :..:::: :.:::.:..::.: :.:::::..:.. :: .:. ::.:::
CCDS47 AGNEKLELAMLSFFEQFRKIYIGDQVQKSSKLYRRLSEVLGLNDETMVLSVFIGKIITNL
              550       560       570       580       590       600

     600       610       620       630       640       650         
pF1KB7 KYWGRYEPVISRTLQFLNDLSVGYILLKKLVKIDAVKFMLKNHTSEHFPFLGISDNHSLS
       ::::: ::. :.:::.:::::.::  ..::::..::.:::.::::::: ::::... .:.
CCDS47 KYWGRCEPITSKTLQLLNDLSIGYSSVRKLVKLSAVQFMLNNHTSEHFSFLGINNQSNLT
              610       620       630       640       650       660

     660       670       680       690       700        710        
pF1KB7 DFRCRTTFYTALTRLLMVDLGEDEDEFENFMLPLTVAFETVLQIFN-NNFKQEDVKRMLI
       :.:::::::::: ::::::::::::..:.::::::.:::.: :.:. :.:.....:: :.
CCDS47 DMRCRTTFYTALGRLLMVDLGEDEDQYEQFMLPLTAAFEAVAQMFSTNSFNEQEAKRTLV
              670       680       690       700       710       720

      720       730       740       750       760       770        
pF1KB7 GLARDLRGIAFALNTKTSYTMLFDWMYPTYLPLLQNAVERWYGEPTCTTPILKLMAELMQ
       ::.:::::::::.:.:::. :::.:.::.:.:.:: :.: :: .:.::::.:::::::..
CCDS47 GLVRDLRGIAFAFNAKTSFMMLFEWIYPSYMPILQRAIELWYHDPACTTPVLKLMAELVH
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