Result of FASTA (ccds) for pF1KB6406
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6406, 335 aa
  1>>>pF1KB6406 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8271+/-0.00101; mu= 8.4274+/- 0.060
 mean_var=84.4227+/-17.703, 0's: 0 Z-trim(104.8): 19  B-trim: 0 in 0/48
 Lambda= 0.139587
 statistics sampled from 8095 (8104) to 8095 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.618), E-opt: 0.2 (0.249), width:  16
 Scan time:  2.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6129.1 POLB gene_id:5423|Hs108|chr8            ( 335) 2196 452.2 2.8e-127
CCDS7513.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10          ( 575)  653 141.5 1.6e-33
CCDS76332.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10         ( 300)  622 135.2 6.6e-32
CCDS34625.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7          ( 494)  346 79.6 5.8e-15
CCDS44465.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10          ( 508)  281 66.5 5.2e-11
CCDS7447.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10           ( 509)  281 66.5 5.2e-11


>>CCDS6129.1 POLB gene_id:5423|Hs108|chr8                 (335 aa)
 initn: 2196 init1: 2196 opt: 2196  Z-score: 2398.5  bits: 452.2 E(32554): 2.8e-127
Smith-Waterman score: 2196; 100.0% identity (100.0% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 KLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 KLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 TLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 FRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 FRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGETKFMGVCQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 LGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS61 LGVTGVAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE
              310       320       330     

>>CCDS7513.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10               (575 aa)
 initn: 582 init1: 207 opt: 653  Z-score: 715.2  bits: 141.5 E(32554): 1.6e-33
Smith-Waterman score: 653; 34.2% identity (67.5% similar) in 345 aa overlap (2-333:245-573)

                                            10        20        30 
pF1KB6                              MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQ
                                     :..:: ...:.  ::. :  ::   :  : 
CCDS75 ISGHYPTSLEGDCEPSPAPAVLDKWVCAQPSSQKATNHNLH--ITEKLEVLA---KAYSV
          220       230       240       250         260            

                40        50        60        70        80         
pF1KB6 AIHKYNA--YRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIR
          :. :  : :: ... .. . . :  :: ..::.: ..:::: :.: .:.::::..: 
CCDS75 QGDKWRALGYAKAINALKSFHKPVTSYQEACSIPGIGKRMAEKIIEILESGHLRKLDHI-
     270       280       290       300       310       320         

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB6 QDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKR
        ...   ..... . : : ..:. . ..:...:::.: .. .:. .: ::::...:: .:
CCDS75 -SESVPVLELFSNIWGAGTKTAQMWYQQGFRSLEDIR-SQASLTTQQAIGLKHYSDFLER
       330       340       350       360        370       380      

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB6 IPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPK
       .::::  .... : . ..  .:  . ..:::.:::  . ::.:::.:::    .. ..  
CCDS75 MPREEATEIEQTVQKAAQAFNSGLLCVACGSYRRGKATCGDVDVLITHP----DGRSHRG
        390       400       410       420       430           440  

     210       220       230            240       250       260    
pF1KB6 LLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGET-----KFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIRLIPKDQ
       .. .....:..  :.:: : . :      :..:::.::. . .    :::.:: ..: ..
CCDS75 IFSRLLDSLRQEGFLTDDLVSQEENGQQQKYLGVCRLPGPGRR----HRRLDIIVVPYSE
            450       460       470       480           490        

          270       280       290       300             310        
pF1KB6 YYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGV------AGEPLPVDSEKD
       . :..::::::  ::..::: :  ::....:...    : ..       :. ::. .:::
CCDS75 FACALLYFTGSAHFNRSMRALAKTKGMSLSEHALSTAVVRNTHGCKVGPGRVLPTPTEKD
      500       510       520       530       540       550        

      320       330     
pF1KB6 IFDYIQWKYREPKDRSE
       .:  .   :::: .:  
CCDS75 VFRLLGLPYREPAERDW
      560       570     

>>CCDS76332.1 POLL gene_id:27343|Hs108|chr10              (300 aa)
 initn: 565 init1: 207 opt: 622  Z-score: 686.2  bits: 135.2 E(32554): 6.6e-32
Smith-Waterman score: 622; 35.4% identity (69.4% similar) in 291 aa overlap (54-333:19-298)

            30        40        50        60        70        80   
pF1KB6 NFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLR
                                     :.  :: ..::.: ..:::: :.: .:.::
CCDS76             MLMHHQKYLQRFLGGKREKKQKEACSIPGIGKRMAEKIIEILESGHLR
                           10        20        30        40        

            90       100       110       120       130       140   
pF1KB6 KLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYF
       ::..:  ...   ..... . : : ..:. . ..:...:::.: .. .:. .: ::::..
CCDS76 KLDHI--SESVPVLELFSNIWGAGTKTAQMWYQQGFRSLEDIR-SQASLTTQQAIGLKHY
       50          60        70        80         90       100     

           150       160       170       180       190       200   
pF1KB6 GDFEKRIPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSE
       .:: .:.::::  .... : . ..  .:  . ..:::.:::  . ::.:::.:::.  :.
CCDS76 SDFLERMPREEATEIEQTVQKAAQAFNSGLLCVACGSYRRGKATCGDVDVLITHPDGRSH
         110       120       130       140       150       160     

           210       220       230            240       250        
pF1KB6 STKQPKLLHQVVEQLQKVHFITDTLSKGET-----KFMGVCQLPSKNDEKEYPHRRIDIR
             .. .....:..  :.:: : . :      :..:::.::. . .    :::.:: 
CCDS76 RG----IFSRLLDSLRQEGFLTDDLVSQEENGQQQKYLGVCRLPGPGRR----HRRLDII
             170       180       190       200       210           

      260       270       280       290       300             310  
pF1KB6 LIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHALEKGFTINEYTIRPLGVTGV------AGEPLP
       ..: ... :..::::::  ::..::: :  ::....:...    : ..       :. ::
CCDS76 VVPYSEFACALLYFTGSAHFNRSMRALAKTKGMSLSEHALSTAVVRNTHGCKVGPGRVLP
       220       230       240       250       260       270       

            320       330     
pF1KB6 VDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE
       . .:::.:  .   :::: .:  
CCDS76 TPTEKDVFRLLGLPYREPAERDW
       280       290       300

>>CCDS34625.1 POLM gene_id:27434|Hs108|chr7               (494 aa)
 initn: 365 init1: 324 opt: 346  Z-score: 382.2  bits: 79.6 E(32554): 5.8e-15
Smith-Waterman score: 398; 24.8% identity (60.2% similar) in 359 aa overlap (3-334:144-493)

                                           10           20         
pF1KB6                             MSKRKAPQETLNGGITD---MLTELANFEKNV
                                     .: .:    : :...   .:.: :.:: . 
CCDS34 PVPVECRHRLEVAGPRKGPLSPAWMPAYACQRPTPLTHHNTGLSEALEILAEAAGFEGSE
           120       130       140       150       160       170   

      30        40        50        60        70        80         
pF1KB6 SQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIR
       .. .    .. .::::.   :  . . .. . ::  : . .. ..:.:  :  ...:..:
CCDS34 GRLL----TFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGVCEEVERVR
               180       190       200       210       220         

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB6 QDDTSSSINFLTRVSGIGPSAARKFVDEGIKTLEDLRKNEDKLNHHQRIGLKYFGDFEKR
       ...  ......:.. :.: ..: ..  ::..::.:::.. .::...:. ::..  :.   
CCDS34 RSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLREQPQKLTQQQKAGLQHHQDLSTP
     230       240       250       260       270       280         

     150       160       170       180       190       200         
pF1KB6 IPREEMLQMQDIVLNEVKKVDSEYIATVCGSFRRGAESSGDMDVLLTHPSFTSESTKQPK
       . : ..  .:..: . : ..     .:. :.::::  .. :.: :.:::.  .:.   :.
CCDS34 VLRSDVDALQQVVEEAVGQALPGATVTLTGGFRRGKLQGHDVDFLITHPKEGQEAGLLPR
     290       300       310       320       330       340         

     210            220       230               240             250
pF1KB6 LLHQVVEQ-----LQKVHFITDTLSK-GETKFMGV-----C--QLPSK------NDEKEY
       .. .. .:      :. :   .. .. .. . : .     :  .::.       .. .  
CCDS34 VMCRLQDQGLILYHQHQHSCCESPTRLAQQSHMDAFERSFCIFRLPQPPGAAVGGSTRPC
     350       360       370       380       390       400         

                 260       270       280        290        300     
pF1KB6 PHR---RIDIRLIPKDQYYCGVLYFTGSDIFNKNMRAHAL-EKGFTINEYTI-RPLGVTG
       :     :.:. . : .:.  ..: .::: .:....:  .  :::. .: . .  :   : 
CCDS34 PSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWLNSHGLFDPEQKTF
     410       420       430       440       450       460         

         310       320       330     
pF1KB6 VAGEPLPVDSEKDIFDYIQWKYREPKDRSE
            . . ::.::: ..  .:  :..:. 
CCDS34 -----FQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA
          470       480       490    

>>CCDS44465.1 DNTT gene_id:1791|Hs108|chr10               (508 aa)
 initn: 103 init1:  66 opt: 281  Z-score: 311.2  bits: 66.5 E(32554): 5.2e-11
Smith-Waterman score: 317; 24.1% identity (60.0% similar) in 345 aa overlap (17-334:173-507)

                             10        20        30        40      
pF1KB6               MSKRKAPQETLNGGITDMLTELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVI
                                     :.:.:  .:..: .. .    .. .::::.
CCDS44 PPIAVQKISQYACQRRTTLNNCNQIFTDAFDILAENCEFRENEDSCV----TFMRAASVL
            150       160       170       180           190        

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB6 AKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEKIRQDDTSSSINFLTRVSGI
        . :  : :  ... .: .:.:.   :.:..  :.  ... . .:.  .:....: : :.
CCDS44 KSLPFTIISMKDTEGIPCLGSKVKGIIEEIIEDGESSEVKAVLNDERYQSFKLFTSVFGV
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        110       120       130        140       150       160     
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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