Result of FASTA (omim) for pF1KE0371
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0371, 562 aa
  1>>>pF1KE0371 562 - 562 aa - 562 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0376+/-0.000324; mu= 21.1724+/- 0.020
 mean_var=74.5341+/-15.170, 0's: 0 Z-trim(116.3): 18  B-trim: 0 in 0/55
 Lambda= 0.148558
 statistics sampled from 27344 (27361) to 27344 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.668), E-opt: 0.2 (0.321), width:  16
 Scan time:  9.390

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_835454 (OMIM: 607827) otopetrin-2 [Homo sapiens ( 562) 3792 822.1       0
XP_011523781 (OMIM: 607827) PREDICTED: otopetrin-2 ( 562) 3792 822.1       0
NP_819056 (OMIM: 607806) otopetrin-1 [Homo sapiens ( 612)  871 196.1 2.8e-49
XP_011523046 (OMIM: 607828) PREDICTED: otopetrin-3 ( 567)  556 128.5 5.5e-29
NP_001258934 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 2  ( 578)  556 128.5 5.6e-29
NP_839947 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 1 [Ho ( 596)  556 128.6 5.7e-29


>>NP_835454 (OMIM: 607827) otopetrin-2 [Homo sapiens]     (562 aa)
 initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792  Z-score: 4389.7  bits: 822.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_835 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
              490       500       510       520       530       540

              550       560  
pF1KE0 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
       ::::::::::::::::::::::
NP_835 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
              550       560  

>>XP_011523781 (OMIM: 607827) PREDICTED: otopetrin-2 iso  (562 aa)
 initn: 3792 init1: 3792 opt: 3792  Z-score: 4389.7  bits: 822.1 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 3792; 100.0% identity (100.0% similar) in 562 aa overlap (1-562:1-562)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 MSEELAQGPKESPPAPRAGPREVWKKGGRLLSVLLAVNVLLLACTLISGGAFNKVAVYDT
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAGPIWLRGGLVLFGICTLIMDVF
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAKDCVHVHLDLTWCGLMFTLTTN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LAIWMAAVVDESVHQSHSYSSSHSNASHARLISDQHADNPVGGDSCLCSTAVCQIFQQGY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHSHTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCLGLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHH
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE0 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQDLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE0 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHTLSACPPNPGLVSPSPSDQREAVAI
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE0 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 VSTPRSQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNIC
              490       500       510       520       530       540

              550       560  
pF1KE0 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
       ::::::::::::::::::::::
XP_011 LPFGIFYRMHAVSSLLEVYVLS
              550       560  

>>NP_819056 (OMIM: 607806) otopetrin-1 [Homo sapiens]     (612 aa)
 initn: 1148 init1: 362 opt: 871  Z-score: 1005.8  bits: 196.1 E(85289): 2.8e-49
Smith-Waterman score: 1121; 34.2% identity (64.4% similar) in 585 aa overlap (11-559:40-609)

                                   10        20         30         
pF1KE0                     MSEELAQGPKESPPAPRAGPRE-VWKKGGRLLSVLLAVNV
                                     :::   :.: :  : .: ...::   .. :
NP_819 SPRAAASASVAGSSGPAACSPPSSSAPRSPESPAPRRGGVRASVPQKLAEMLSSQYGLIV
      10        20        30        40        50        60         

      40        50        60        70        80        90         
pF1KE0 LLLACTLISGGAFNKVAVYDTDVFALLTAMMLLATLWILFYLLRTVRCPCAVPYRDAHAG
       .. .  :. . : . ..:  .:.. .:::.:::  ::.:.:. :.         .:.:::
NP_819 FVAGLLLLLAWAVHAAGVSKSDLLCFLTALMLLQLLWMLWYVGRSSAHRRLFRLKDTHAG
      70        80        90       100       110       120         

     100       110       120       130       140       150         
pF1KE0 PIWLRGGLVLFGICTLIMDVFKTGYYSSFFECQSAIKILHPLIQAVFVIIQTYFLWVSAK
         ::::...::.. :.:.  .: ::. .: :: :: . . :. ..: ...:.::::  ::
NP_819 AGWLRGSITLFAVITVILGCLKIGYFIGFSECLSATEGVFPVTHSVHTLLQVYFLWGHAK
     130       140       150       160       170       180         

     160       170       180       190         200       210       
pF1KE0 DCVHVHLDLTWCGLMFTLTTNLAIWMAAVVDESVHQ--SHSYSSSHSNASHARLISDQHA
       : ..    :   :.. .. ::: .:  .:..:: ::   :.      . ..   . :.: 
NP_819 DIIQSFKTLERFGVIHSVFTNLLLWANGVLNESKHQLNEHKERLITLGFGNITTVLDDH-
     190       200       210       220       230       240         

       220       230        240       250       260       270      
pF1KE0 DNPVGGDSCLCST-AVCQIFQQGYFYLYPFNIEYSLFASTMLYVMWKNVGRFLASTPGHS
        .:    .: :.  ..:  ...: .:::::::::...:::::::.:::.:: . :   :.
NP_819 -TP----QCNCTPPTLCTAISHGIYYLYPFNIEYQILASTMLYVLWKNIGRKVDS---HQ
       250           260       270       280       290          300

        280       290       300       310       320       330      
pF1KE0 HTPTPVSLFRETFFAGPVLGLLLFVVGLAVFIIYEVQVSGDGSRTRQALVIYYSFNIVCL
       :    ...  .  ..: :::: .... .:: ..: .... . .....::...: . :. :
NP_819 HQK--MQFKSDGVMVGAVLGLTVLAATIAVVVVYLIHIGRSKTKSESALIMFYLYAITLL
                310       320       330       340       350        

        340       350       360       370       380       390      
pF1KE0 GLTTLVSLSGSIIYRFDRRAMDHHKNPTRTLDVALLMGAALGQYAISYYSIVAVVAGTPQ
        :   ..:.:  :::.:....:. :::.: ::  ::.:.: :.. ::. ::.:.. .  .
NP_819 MLMGAAGLAGIRIYRIDEKSLDESKNPARKLDSDLLVGTASGSWLISWGSILAILCAEGH
      360       370       380       390       400       410        

        400       410       420       430       440       450      
pF1KE0 DLLAGLNLTHALLMIAQHTFQNMFIIESLHRGPPGAEPHSTHPKEPCQDLTFTNLDALHT
          .  :: ...: :... .::.::.::.:: :     . ..  .  . .:  : ...  
NP_819 PRYTWYNLPYSILAIVEKYIQNLFIFESIHREP----EKLSEDIQTLRVVTVCNGNTMPL
      420       430       440       450           460       470    

        460          470                                 480       
pF1KE0 LSACPPNPGL---VSPSPSD---------------------QREAV-----AIVSTPR--
        :.:: . :.   :.:. .:                     :.:.      . :  ::  
NP_819 ASSCPKSGGVARDVAPQGKDMPPAANGNVCMRESHDKEEEKQEESSWGGSPSPVRLPRFL
          480       490       500       510       520       530    

          490       500       510       520       530       540    
pF1KE0 -SQWRRQCLKDISLFLLLCNVILWIMPAFGARPHFSNTVEVDFYGYSLWAVIVNICLPFG
        .. .:. :..:. ::.:::. ::: :::: ::...: .:   .:.  : ..::. .::.
NP_819 QGNAKRKVLRNIAAFLFLCNISLWIPPAFGCRPEYDNGLEEIVFGFEPWIIVVNLAMPFS
          540       550       560       570       580       590    

          550       560  
pF1KE0 IFYRMHAVSSLLEVYVLS
       :::::::..::.:::   
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>>NP_839947 (OMIM: 607828) otopetrin-3 isoform 1 [Homo s  (596 aa)
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562 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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