Result of FASTA (omim) for pF1KE0002
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0002, 579 aa
  1>>>pF1KE0002 579 - 579 aa - 579 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1020+/-0.00029; mu= 12.7358+/- 0.018
 mean_var=146.3545+/-29.474, 0's: 0 Z-trim(122.3): 26  B-trim: 0 in 0/56
 Lambda= 0.106016
 statistics sampled from 40065 (40091) to 40065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.774), E-opt: 0.2 (0.47), width:  16
 Scan time:  9.640

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precurs ( 555) 1566 250.9   8e-66
NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4  ( 556) 1388 223.7 1.3e-57
XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 433) 1193 193.8 9.9e-49
NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Hom ( 558) 1005 165.1 5.4e-40
XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1  ( 486)  819 136.6 1.8e-31
XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 324)  593 101.9 3.4e-21
XP_016875924 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 565)  514 90.0 2.2e-17
NP_004457 (OMIM: 602446) glypican-5 precursor [Hom ( 572)  514 90.0 2.2e-17
XP_011519356 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 480)  512 89.7 2.4e-17
XP_011519362 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 443)  491 86.4 2.1e-16
XP_016875925 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_011519358 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_011519360 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_016875926 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_011519359 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_011519357 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
XP_011519361 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5  ( 444)  491 86.4 2.1e-16
NP_004475 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican-3  ( 580)  459 81.6 7.7e-15
XP_016884902 (OMIM: 194070,300037,312870) PREDICTE ( 486)  437 78.2 6.9e-14
NP_001158089 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 603)  409 74.0 1.6e-12
NP_001158091 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 526)  360 66.4 2.6e-10
NP_001158090 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 564)  359 66.3   3e-10


>>NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precursor [  (555 aa)
 initn: 1067 init1: 593 opt: 1566  Z-score: 1302.7  bits: 250.9 E(85289): 8e-66
Smith-Waterman score: 1566; 45.5% identity (77.0% similar) in 508 aa overlap (6-511:11-504)

                    10        20        30        40        50     
pF1KE0      MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALIS
                 ::: ::: :     :. :...:. :::.:.::. ::.:.::  ::   :.
NP_005 MPSWIGAVILPLLGLLLSL-----PA-GADVKA-RSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIA
               10             20          30        40        50   

          60        70        80        90       100       110     
pF1KE0 GEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEML
       :::::.::::::::..: :..: ....  :..:::... :.  :...::.:::::: :.:
NP_005 GEHLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELL
            60        70        80        90       100       110   

         120       130       140       150       160       170     
pF1KE0 SVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVF
         :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  .. .:.. : ::::.::::.:
NP_005 ENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF
           120       130       140       150       160       170   

         180       190       200       210       220       230     
pF1KE0 PLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGR
        :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:..:.::...:::.::::: .::
NP_005 QLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGR
           180       190           200       210       220         

         240       250       260       270       280        290    
pF1KE0 NVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWS
       .:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..:::.... :. .:.
NP_005 EVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWN
     230       240       250       260       270       280         

          300       310       320       330       340       350    
pF1KE0 NYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA
        ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.::: :: : :.::
NP_005 LFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPA
     290       300       310       320       330       340         

           360       370       380       390       400       410   
pF1KE0 -RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVC
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NP_005 LRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTIC
     350         360       370       380       390       400       

           420       430       440       450       460       470   
pF1KE0 GDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQ
        :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: . ::.  :.. . 
NP_005 KDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMA
       410       420        430       440       450       460      

           480       490       500       510       520       530   
pF1KE0 LRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRD
       ::. : ..:.:  :.:.. ::.....::::.:.   ::                      
NP_005 LRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRRE
        470       480       490       500       510       520      

           540       550       560       570         
pF1KE0 GSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
                                                     
NP_005 VDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR                 
        530       540       550                      

>>NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 prec  (556 aa)
 initn: 1250 init1: 474 opt: 1388  Z-score: 1155.6  bits: 223.7 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 1388; 42.6% identity (74.7% similar) in 479 aa overlap (29-505:27-499)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
                                   ..::.:.:..  ..:.. :  :   :.:.::.
NP_001   MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
                 10        20        30        40        50        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
       .:::  ::::.: :..   ...  :...: .. . :  ..:.:..:::::: :.:  :..
NP_001 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
       60        70        80        90       100       110        

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
       ::...: ..::.:: :.. .:. :: .:. .:  .. .:.. : ::::.::::.: :.. 
NP_001 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
      120       130       140       150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
       :: :  .:: :.:. . .    :.:::: ::.:.::.::..::::.:.::: .. .:::.
NP_001 QYHFTDEYLECVSKYTEQ----LKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
      180       190           200       210       220       230    

              250       260       270       280        290         
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
       .  :  .  :..::...: :  :::. .. :: ..: :..::::...: :. .:.:..:.
NP_001 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRR
       .:..:..:.:::..: . . : ::::...: .:.::..:: .::: :::: :.:: :  :
NP_001 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
          300       310       320       330       340       350    

      360       370       380       390       400       410        
pF1KE0 APPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRM
       .      ..:.      ::::::::::.: ::: ...:.: . . ::. :  .::.: ::
NP_001 SISESAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERM
          360        370       380       390       400       410   

      420       430       440       450       460       470        
pF1KE0 AADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAAT
       ::  . :   ::.: :..:::  :.:.. :.: ::::..::.: ::.   :. . ::. :
NP_001 AAGNGNED-DCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMT
           420        430       440       450       460       470  

      480       490       500       510       520       530        
pF1KE0 ARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGK
       ..::.:  :.:.:  : ....:: :.:                                 
NP_001 SKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGV
            480       490       500       510       520       530  

>>XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican  (485 aa)
 initn: 851 init1: 420 opt: 1333  Z-score: 1110.9  bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)

            50        60        70        80        90       100   
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
                                     :..: ....  :..:::... :.  :...:
XP_016                              MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
                                            10        20        30 

           110       120       130       140       150       160   
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
       :.:::::: :.:  :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  .. .:.. :
XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
              40        50        60        70        80        90 

           170       180       190       200       210       220   
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
        ::::.::::.: :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
             100       110       120           130       140       

           230       240       250       260       270       280   
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
       ::.::::: .::.:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
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pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
       :.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
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pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
       :: :: : :.:: :. :. :  :. .  .   . ::::::::::.: ::: ...:.:   
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
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       .  :. :  :.: :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
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        ::.  :.. . ::. : ..:.:  :.:.. ::.....::::.:.   ::          
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XP_016                              MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
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       :.:::::: :.:  :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  .. .:.. :
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        ::::.::::.: :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:..:.::...:
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       ::.::::: .::.:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
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       :.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
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       :: :: : :.:: :. :. :  :. .  .   . ::::::::::.: ::: ...:.:   
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
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       .  :. :  :.: :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
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XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR                 
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>>XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican  (485 aa)
 initn: 851 init1: 420 opt: 1333  Z-score: 1110.9  bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
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XP_011                              MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
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       :.:::::: :.:  :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  .. .:.. :
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        ::::.::::.: :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:..:.::...:
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pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
       ::.::::: .::.:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_011 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
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       :.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_011 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
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       :: :: : :.:: :. :. :  :. .  .   . ::::::::::.: ::: ...:.:   
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pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
       .  :. :  :.: :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_011 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
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XP_011 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
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XP_011 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR                 
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>>XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican  (485 aa)
 initn: 851 init1: 420 opt: 1333  Z-score: 1110.9  bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)

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XP_016                              MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
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pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
       :.:::::: :.:  :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  .. .:.. :
XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
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pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
        ::::.::::.: :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
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pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
       ::.::::: .::.:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
       150       160       170       180       190       200       

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pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
       :.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
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pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
       :: :: : :.:: :. :. :  :. .  .   . ::::::::::.: ::: ...:.:   
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
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             410       420       430       440       450       460 
pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
       .  :. :  :.: :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
         330       340       350        360       370       380    

             470       480       490       500       510       520 
pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
        ::.  :.. . ::. : ..:.:  :.:.. ::.....::::.:.   ::          
XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
          390       400       410       420       430       440    

             530       540       550       560       570         
pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
                                                                 
XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR                 
          450       460       470       480                      

>>XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican  (433 aa)
 initn: 700 init1: 420 opt: 1193  Z-score: 995.9  bits: 193.8 E(85289): 9.9e-49
Smith-Waterman score: 1193; 44.2% identity (76.3% similar) in 389 aa overlap (125-511:1-382)

          100       110       120       130       140       150    
pF1KE0 FLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGE
                                     .: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:  
XP_016                               MFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTG
                                             10        20        30

          160       170       180       190       200       210    
pF1KE0 SGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLR
       .. .:.. : ::::.::::.: :..::: :  ::: :.:.    :: .:.:::: ::.:.
XP_016 GNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLK
               40        50        60        70            80      

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE0 LQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQG
       .:.::...:::.::::: .::.:.... ::  . :: .:::... :: :::.:.. ::..
XP_016 IQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNN
         90       100       110       120       130       140      

          280        290       300       310       320       330   
pF1KE0 FCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQE
       .::::..:::.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .::
XP_016 YCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQE
        150       160       170       180       190       200      

           340       350        360       370       380       390  
pF1KE0 NSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVW
       :: .:::.::: :: : :.:: :. :. :  :. .  .   . ::::::::::.: ::: 
XP_016 NSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVT
        210       220       230         240       250       260    

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE0 ELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVN
       ...:.:   .  :. :  :.: :  ..: .: :   ::.: ...:::: ... . ..:.:
XP_016 DIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQIN
          270       280       290        300       310       320   

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE0 NPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDW
       :::. :: . ::.  :.. . ::. : ..:.:  :.:.. ::.....::::.:.   :: 
XP_016 NPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDV
           330       340       350       360       370       380   

            520       530       540       550       560       570  
pF1KE0 MAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSA
                                                                   
XP_016 CPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR          
           390       400       410       420       430             

>>NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Homo sa  (558 aa)
 initn: 1281 init1: 544 opt: 1005  Z-score: 839.0  bits: 165.1 E(85289): 5.4e-40
Smith-Waterman score: 1340; 41.1% identity (70.6% similar) in 506 aa overlap (23-527:23-513)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
                             :. :. .:::.:.::. ::.:.::. .: : :::::::
NP_002 MELRARGWWLLCAAAALVACARGDPASKSRSCGEVRQIYGAKGFSLSDVPQAEISGEHLR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
       .::: ::::.:: :. :  ...: ..  ..::.  :   ::.. :.::. : ..:. ...
NP_002 ICPQGYTCCTSEMEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQLRSFDDHFQHLLNDSER
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
       .:   :  ..:.::.:.:  :  :.:.:: .:  ..  :..:::.:::.::::.:  :::
NP_002 TLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQLHP
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
       :  .: ::: ::.. : .    :.:::..::.:::. ::..::::.::::: .. .:: .
NP_002 QLLLPDDYLDCLGKQAEA----LRPFGEAPRELRLRATRAFVAARSFVQGLGVASDVVRK
              190           200       210       220       230      

              250       260       270       280        290         
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
       . .::..  ::.:.:.:. :  : :::.  ::  .: ::..:::.... :. .: : ::.
NP_002 VAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLANQADLDAEWRNLLDS
        240       250       260       270       280       290      

     300       310       320       330       340       350         
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPARNRRA
       .....::. :  . : .  :. . ..:..  ::.:   ..:.:.: :: :   :    ..
NP_002 MVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQGCGNPKVNP----QG
        300       310       320       330       340       350      

     360       370       380       390       400       410         
pF1KE0 PPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMA
       : :.:.  :  . .. .::: .  :: :..:: : . .:  .. ::  :  :.:...   
NP_002 PGPEEKRRR--GKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDFWISLPGTLCSEKMAL
            360         370          380       390       400       

     420       430       440       450       460       470         
pF1KE0 ADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATA
       . :: .   ::.: .:::::: :.: . :.:.::::..:: . ::.  :.. .::.  : 
NP_002 STASDDR--CWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDMTIRQQIMQLKIMTN
       410         420       430       440       450       460     

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE0 RMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKG
       :...:  :.:.: :::..:.::::.:.   ::  .  :.  .   : :            
NP_002 RLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQE
         470       480       490       500       510       520     

     540       550       560       570         
pF1KE0 GGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
                                               
NP_002 GQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR       
         530       540       550               

>>XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1 isof  (486 aa)
 initn: 1030 init1: 311 opt: 819  Z-score: 686.0  bits: 136.6 E(85289): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 1103; 38.9% identity (69.0% similar) in 455 aa overlap (74-527:2-441)

            50        60        70        80        90       100   
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
                                     :. :  ...: ..  ..::.  :   ::..
XP_011                              MEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQ
                                            10        20        30 

           110       120       130       140       150       160   
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
        :.::. : ..:. ....:   :  ..:.::.:.:  :  :.:.:: .:  ..  :..::
XP_011 LRSFDDHFQHLLNDSERTLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETL
              40        50        60        70        80        90 

           170       180       190       200       210       220   
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
       :.:::.::::.:  ::::  .: ::: ::.. : .    :.:::..::.:::. ::..::
XP_011 AEFWARLLERLFKQLHPQLLLPDDYLDCLGKQAEA----LRPFGEAPRELRLRATRAFVA
             100       110       120           130       140       

           230       240       250       260       270       280   
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
       ::.::::: .. .:: .. .::..  ::.:.:.:. :  : :::.  ::  .: ::..::
XP_011 ARSFVQGLGVASDVVRKVAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGC
       150       160       170       180       190       200       

            290       300       310       320       330       340  
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
       :.... :. .: : ::......::. :  . : .  :. . ..:..  ::.:   ..:.:
XP_011 LANQADLDAEWRNLLDSMVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKV
       210       220       230       240       250       260       

            350       360       370       380       390       400  
pF1KE0 FQECGPPDPVPARNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMR
       .: :: :   :    ..: :.:.  :  . .. .::: .  :: :..:: : . .:  ..
XP_011 IQGCGNPKVNP----QGPGPEEKRRR--GKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQ
       270           280         290       300          310        

            410       420       430       440       450       460  
pF1KE0 GFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASG
        ::  :  :.:...   . :: .   ::.: .:::::: :.: . :.:.::::..:: . 
XP_011 DFWISLPGTLCSEKMALSTASDDR--CWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITK
      320       330       340         350       360       370      

            470       480       490       500       510       520  
pF1KE0 PDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPAR
       ::.  :.. .::.  : :...:  :.:.: :::..:.::::.:.   ::  .  :.  . 
XP_011 PDMTIRQQIMQLKIMTNRLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSS
        380       390       400       410       420       430      

            530       540       550       560       570         
pF1KE0 PPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
         : :                                                    
XP_011 SSRTPLTHALPGLSEQEGQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR       
        440       450       460       470       480             

>>XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican  (324 aa)
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