Result of FASTA (ccds) for
pF1KB6563
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6563, 374 aa
1>>>pF1KB6563 374 - 374 aa - 374 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4470+/-0.000844; mu= 15.4777+/- 0.051
mean_var=66.8530+/-13.150, 0's: 0 Z-trim(106.0): 53 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.156861
statistics sampled from 8706 (8759) to 8706 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16
Scan time: 2.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12104.1 GNA15 gene_id:2769|Hs108|chr19 ( 374) 2502 575.2 3.2e-164
CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 ( 359) 1229 287.1 1.6e-77
CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 ( 359) 1218 284.6 9e-77
CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 ( 355) 1188 277.9 9.9e-75
CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 354) 883 208.8 5.9e-54
CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 355) 877 207.5 1.5e-53
CCDS802.1 GNAI3 gene_id:2773|Hs108|chr1 ( 354) 874 206.8 2.4e-53
CCDS47625.1 GNAT3 gene_id:346562|Hs108|chr7 ( 354) 873 206.6 2.8e-53
CCDS2812.1 GNAT1 gene_id:2779|Hs108|chr3 ( 350) 871 206.1 3.8e-53
CCDS10757.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 869 205.7 5.3e-53
CCDS803.1 GNAT2 gene_id:2780|Hs108|chr1 ( 354) 864 204.5 1.2e-52
CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 377) 847 200.7 1.8e-51
CCDS10756.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 843 199.8 3.1e-51
CCDS11851.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 458) 834 197.8 1.6e-50
CCDS13804.1 GNAZ gene_id:2781|Hs108|chr22 ( 355) 826 195.9 4.5e-50
CCDS42892.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 379) 821 194.8 1e-49
CCDS11852.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 381) 818 194.1 1.7e-49
CCDS46624.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 380) 816 193.7 2.3e-49
CCDS54587.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 318) 810 192.3 5.1e-49
CCDS63642.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 339) 810 192.3 5.3e-49
CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 381) 804 191.0 1.5e-48
CCDS59061.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 302) 746 177.8 1.1e-44
CCDS63644.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 303) 743 177.1 1.8e-44
CCDS13472.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 394) 660 158.4 1e-38
CCDS46623.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 395) 660 158.4 1e-38
CCDS46622.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 (1037) 660 158.6 2.3e-38
CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 282) 625 150.4 1.8e-36
CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 322) 612 147.5 1.6e-35
CCDS64583.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 305) 462 113.5 2.5e-25
CCDS58614.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 174) 400 99.4 2.6e-21
>>CCDS12104.1 GNA15 gene_id:2769|Hs108|chr19 (374 aa)
initn: 2502 init1: 2502 opt: 2502 Z-score: 3061.9 bits: 575.2 E(32554): 3.2e-164
Smith-Waterman score: 2502; 100.0% identity (100.0% similar) in 374 aa overlap (1-374:1-374)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MARSLTWRCCPWCLTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFIK
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CCDS12 MARSLTWRCCPWCLTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFIK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHASLVMSQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 QMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHASLVMSQD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPTAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPTAQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEYDQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEYDQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSFQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSFQG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKDVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKDVR
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB6 DSVLARYLDEINLL
::::::::::::::
CCDS12 DSVLARYLDEINLL
370
>>CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1345 init1: 1229 opt: 1229 Z-score: 1505.2 bits: 287.1 E(32554): 1.6e-77
Smith-Waterman score: 1336; 55.8% identity (80.9% similar) in 362 aa overlap (13-374:10-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MARSLTWRCCPWCLTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFIK
::.:. : : :...::.: : ..:.. : :::::::: ::::::::::
CCDS66 MTLESIMACCLSEEAKEARRINDEIERQLRRDKRDARRELKLLLLGTGESGKSTFIK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHASLVMSQD
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CCDS66 QMRIIHGSGYSDEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLKIPYKYEHNKAHAQLVREVD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPTAQ
::..::. :. :.. :: : ::. ::.::::..: ::. :::. :.:... .:.:: :
CCDS66 VEKVSAFENPYVDAIKSLWNDPGIQECYDRRREYQLSDSTKYYLNDLDRVADPAYLPTQQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEYDQ
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CCDS66 DVLRVRVPTTGIIEYPFDLQSVIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENVTSIMFLVALSEYDQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSFQG
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CCDS66 VLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEEKIMYSHLVDYFPEYDG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKDVR
:..::.::..::: :.. . .:...: ..::.::::::.::: :: :.
CCDS66 PQRDAQAAREFILKMFVDL------NPDSDKI------IYSHFTCATDTENIRFVFAAVK
300 310 320 330 340
370
pF1KB6 DSVLARYLDEINLL
:..: : : ::.
CCDS66 DTILQLNLKEYNLV
350
>>CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 (359 aa)
initn: 1334 init1: 1218 opt: 1218 Z-score: 1491.8 bits: 284.6 E(32554): 9e-77
Smith-Waterman score: 1325; 55.8% identity (80.4% similar) in 362 aa overlap (13-374:10-359)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MARSLTWRCCPWCLTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFIK
::... : . :.. ::.. : ..:.. : :::::::: ::::::::::
CCDS12 MTLESMMACCLSDEVKESKRINAEIEKQLRRDKRDARRELKLLLLGTGESGKSTFIK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHASLVMSQD
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CCDS12 QMRIIHGAGYSEEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMETLKILYKYEQNKANALLIREVD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPTAQ
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CCDS12 VEKVTTFEHQYVSAIKTLWEDPGIQECYDRRREYQLSDSAKYYLTDVDRIATLGYLPTQQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEYDQ
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CCDS12 DVLRVRVPTTGIIEYPFDLENIIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENVTSIMFLVALSEYDQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSFQG
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CCDS12 VLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEDKILYSHLVDYFPEFDG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKDVR
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CCDS12 PQRDAQAAREFILKMFVDL------NPDSDKI------IYSHFTCATDTENIRFVFAAVK
300 310 320 330 340
370
pF1KB6 DSVLARYLDEINLL
:..: : : ::.
CCDS12 DTILQLNLKEYNLV
350
>>CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 (355 aa)
initn: 1290 init1: 1176 opt: 1188 Z-score: 1455.2 bits: 277.9 E(32554): 9.9e-75
Smith-Waterman score: 1289; 54.1% identity (77.9% similar) in 366 aa overlap (9-374:4-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MARSLTWRCCPWCLTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFIK
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CCDS66 MAGCC--CLSAEEKESQRISAEIERQLRRDKKDARRELKLLLLGTGESGKSTFIK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 QMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHASLVMSQD
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CCDS66 QMRIIHGSGYSDEDRKGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMDTLRIQYVCEQNKENAQIIREVE
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 PYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPTAQ
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CCDS66 VDKVSMLSREQVEAIKQLWQDPGIQECYDRRREYQLSDSAKYYLTDIDRIATPSFVPTQQ
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 DVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEYDQ
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CCDS66 DVLRVRVPTTGIIEYPFDLENIIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFESVTSIIFLVALSEYDQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 CLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSFQG
: : ..::::.:: ::: ::. ::: ..:::::::: :.::::: ::: .::: . :
CCDS66 VLAECDNENRMEESKALFKTIITYPWFLNSSVILFLNKKDLLEEKIMYSHLISYFPEYTG
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 PKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKDVR
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CCDS66 PKQDVRAARDFILKLYQDQ------NPD------KEKVIYSHFTCATDTDNIRFVFAAVK
300 310 320 330 340
370
pF1KB6 DSVLARYLDEINLL
:..: : :.::.
CCDS66 DTILQLNLREFNLV
350
>>CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 (354 aa)
initn: 954 init1: 629 opt: 883 Z-score: 1082.1 bits: 208.8 E(32554): 5.9e-54
Smith-Waterman score: 962; 43.7% identity (69.8% similar) in 364 aa overlap (13-374:3-354)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MARSLTWRCCPWC-LTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFI
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CCDS55 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KQMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHA-SLVMS
:::.::: ::::::: : .. .::.: . :. :.:.:: ::.: :. : .: .
CCDS55 KQMKIIHEAGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QDPYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVPT
. . . :.... ::.:.:..::..: ::..: :::.:::. :.::.. .:.::
CCDS55 AGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPT
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 AQDVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSEY
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CCDS55 QQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDY
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 DQCLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPSF
: : :... :::.::. :: .: . :: .::.:::::: :..:::: : :. .: .
CCDS55 DLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEY
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 QGPKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFKD
: . ::: : : : .: ......:.::::::.:.. ::
CCDS55 AGSNTYEEAAA----------YIQC--QFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDA
300 310 320 330
360 370
pF1KB6 VRDSVLARYLDEINLL
: : .. : . .:.
CCDS55 VTDVIIKNNLKDCGLF
340 350
>>CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 946 init1: 618 opt: 877 Z-score: 1074.8 bits: 207.5 E(32554): 1.5e-53
Smith-Waterman score: 954; 43.0% identity (69.3% similar) in 365 aa overlap (13-374:3-355)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MARSLTWRCCPWC-LTEDEKAAARVDQEINRILLEQKKQDRGELKLLLLGPGESGKSTFI
: .. ..::::. .. :.. : :. .. :.:::::: :::::::..
CCDS28 MGCTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIV
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KQMRIIHGAGYSEEERKGFRPLVYQNIFVSMRAMIEAMERLQIPFSRPESKHHAS--LVM
:::.::: :::::: . .: .::.: . :. :...:: ::: :. : : ...
CCDS28 KQMKIIHEDGYSEEECRQYRAVVYSNTIQSIMAIVKAMGNLQIDFADPSRADDARQLFAL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 SQDPYKVTTFEKRYAAAMQWLWRDAGIRACYERRREFHLLDSAVYYLSHLERITEEGYVP
: . .. ..... :: : :..::. : ::..: :::.:::. ::::.. :.:
CCDS28 SCTAEEQGVLPDDLSGVIRRLWADHGVQACFGRSREYQLNDSAAYYLNDLERIAQSDYIP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TAQDVLRSRMPTTGINEYCFSVQKTNLRIVDVGGQKSERKKWIHCFENVIALIYLASLSE
: :::::.:. :::: : :. . .... :::::.:::::::::::.: :.:. ..::
CCDS28 TQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 YDQCLEENNQENRMKESLALFGTILELPWFKSTSVILFLNKTDILEEKIPTSHLATYFPS
:: : :... :::.::. :: .: . :: .::.:::::: :..:::: : :. ::
CCDS28 YDLVLAEDEEMNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKITHSPLTICFPE
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 FQGPKQDAEAAKRFILDMYTRMYTGCVDGPEGSKKGARSRRLFSHYTCATDTQNIRKVFK
. : .. :::. .: . . : .: ......:.::::::.:.. ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]