Result of FASTA (ccds) for pF1KB9728
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9728, 444 aa
  1>>>pF1KB9728 444 - 444 aa - 444 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4842+/-0.000848; mu= 1.9676+/- 0.052
 mean_var=297.8910+/-60.826, 0's: 0 Z-trim(117.5): 71  B-trim: 10 in 1/52
 Lambda= 0.074310
 statistics sampled from 18158 (18229) to 18158 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.821), E-opt: 0.2 (0.56), width:  16
 Scan time:  3.320

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6           ( 444) 3121 347.4 1.7e-95
CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16         ( 379)  972 117.0 3.3e-26
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1          ( 495)  663 84.0 3.8e-16
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5          ( 465)  620 79.3 8.8e-15
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1           ( 478)  575 74.5 2.5e-13
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9          ( 373)  567 73.6 3.9e-13
CCDS4471.1 FOXQ1 gene_id:94234|Hs108|chr6          ( 403)  556 72.4 9.3e-13
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3            ( 376)  519 68.4 1.4e-11
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10        ( 318)  516 68.0 1.5e-11
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6           ( 553)  521 68.8 1.6e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20         ( 330)  507 67.1 3.1e-11
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2        ( 420)  505 67.0 4.2e-11
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19         ( 350)  500 66.4 5.4e-11
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2       ( 408)  500 66.4   6e-11


>>CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6                (444 aa)
 initn: 3121 init1: 3121 opt: 3121  Z-score: 1828.2  bits: 347.4 E(32554): 1.7e-95
Smith-Waterman score: 3121; 100.0% identity (100.0% similar) in 444 aa overlap (1-444:1-444)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPPPAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPPPAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPSKR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 SSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPSKR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 LTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPAS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 EFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQAPPSAPLGCHSQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 EFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQAPPSAPLGCHSQ
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 GGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPHMSPNPGSTYMASCPVPAGPGGVGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPHMSPNPGSTYMASCPVPAGPGGVGAA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 GGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAMASAIECHSPYTSPAAHWSSPGASPYLKQPPALTPSSN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 GGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAMASAIECHSPYTSPAAHWSSPGASPYLKQPPALTPSSN
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 PAASAGLHSSMSSYSLEQSYLHQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PAASAGLHSSMSSYSLEQSYLHQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFH
              370       380       390       400       410       420

              430       440    
pF1KB9 PSASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM
       ::::::::::::::::::::::::
CCDS44 PSASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM
              430       440    

>>CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16              (379 aa)
 initn: 1115 init1: 819 opt: 972  Z-score: 583.9  bits: 117.0 E(32554): 3.3e-26
Smith-Waterman score: 1300; 55.0% identity (72.4% similar) in 413 aa overlap (66-444:2-379)

          40        50        60        70        80               
pF1KB9 AAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGA-------
                                     .:::       ::::.:.:.:::       
CCDS10                              MSSAPEKQQPPHGGGGGGGGGGGAAMDPASS
                                            10        20        30 

            90       100       110       120       130       140   
pF1KB9 -----KKASSGLRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQG
            ::...:.::::::::::::::::::::::.:::::::::::::.:::::::.:::
CCDS10 GPSKAKKTNAGIRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPTKRLTLSEIYQFLQSRFPFFRGSYQG
              40        50        60        70        80        90 

           150       160       170       180       190       200   
pF1KB9 WKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 WKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQAL
             100       110       120       130       140       150 

           210       220       230         240           250       
pF1KB9 KPMYHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQAPPSAPLGC--HSQGGYGGLDMM----PAGYDAGA
       ::::  ...::::.   ::. . ::.  .. :.:  .: .  ::: ::    :.. : : 
CCDS10 KPMYS-MMNGLGFNH--LPDTYGFQGSAGG-LSCPPNSLALEGGLGMMNGHLPGNVD-GM
              160         170        180       190       200       

       260       270       280       290       300       310       
pF1KB9 GAPSHAHPHHHHHHHVPHMSPNPGSTYMASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPV
       . :::.         :::.  : : .::..:            ::...:.: :  .:: :
CCDS10 ALPSHS---------VPHLPSNGGHSYMGGC------------GGAAAGEY-PHHDSS-V
        210                220                   230        240    

       320           330       340              350       360      
pF1KB9 PSSPAMASA----IECHSPYTSPAAHWSSPGASP-------YLKQPPALTPSSNPAASAG
       :.:: . ..    .: :. :.. :: :  :.::        :.:: : :.:  ::::.  
CCDS10 PASPLLPTGAGGVMEPHAVYSGSAAAWP-PSASAALNSGASYIKQQP-LSPC-NPAANP-
           250       260       270        280        290           

        370       380          390       400       410         420 
pF1KB9 LHSSMSSYSLEQSYLHQNARE---DLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGI--SSFHP
       : .:.:..:::: :::::...   .:. :.:::. .:  .::::.::..::..  ::.: 
CCDS10 LSGSLSTHSLEQPYLHQNSHNAPAELQ-GIPRYHSQSPSMCDRKEFVFSFNAMASSSMHS
     300       310       320        330       340       350        

             430       440    
pF1KB9 SASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM
       ...:::::.  : . ::::::::
CCDS10 AGGGSYYHQ--QVTYQDIKPCVM
      360         370         

>>CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1               (495 aa)
 initn: 616 init1: 521 opt: 663  Z-score: 403.4  bits: 84.0 E(32554): 3.8e-16
Smith-Waterman score: 663; 37.7% identity (57.7% similar) in 366 aa overlap (5-355:36-386)

                                         10        20        30    
pF1KB9                           MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPPPAA
                                     ::  ::   :.   .:  .      ::   
CCDS30 CCCEIMSSESSPAALSEADADIDVVGGGSGGGELPA---RSGPRAPRDVLPHGHEPPAEE
          10        20        30        40           50        60  

           40        50        60           70        80        90 
pF1KB9 AAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAP---SAACKSAGGGGAGAGSGGAKKA
       : :  :  :  :.. :..     .: ... .:..:   .:: ..:.: : :  ::::   
CCDS30 AEADLAEDEEESGGCSDGEPRALASRGAAAAAGSPGPGAAAARGAAGPGPGPPSGGA---
             70        80        90       100       110            

              100       110       120       130       140       150
pF1KB9 SSGLRRPE-KPPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRH
         . : :  ::::::::::.::: .::.:::::::: .:...:::..:  . .:.::.::
CCDS30 --ATRSPLVKPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEFISGRFPYYREKFPAWQNSIRH
       120       130       140       150       160       170       

              160       170       180       190       200       210
pF1KB9 NLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRV
       :::::.::.:.:.  : ::::.:::.:: :  ::..::: :: . :.:  : : : . . 
CCDS30 NLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSFLRRRKRFKR--QPLPPPHPH-
       180       190       200       210       220         230     

              220       230        240        250       260        
pF1KB9 VSGLGFGASLLPQGFDFQAPPSAPL-GCHSQGGYG-GLDMMPAGYDAGAGAPS-HAHPHH
                ::  :    . :.: : :  . :.:: :  .   .: :   .:. : ::: 
CCDS30 --PHPHPELLLRGGAAAAGDPGAFLPGFAAYGAYGYGYGLALPAYGAPPPGPAPHPHPHP
            240       250       260       270       280       290  

       270       280           290       300       310       320   
pF1KB9 HHHHHVPHMSPNPGSTYM----ASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSS---
       :    .   .  : .  .    :. : :. : .   ::.:..   .: :.:.: :.    
CCDS30 HAFAFAAAAAAAPCQLSVPPGRAAAPPPGPPTASVFAGAGSAPAPAPASGSGPGPGPAGL
            300       310       320       330       340       350  

               330       340       350       360       370         
pF1KB9 PAMASA-IECHSPYTSPAAHWSSPGASPYLKQPPALTPSSNPAASAGLHSSMSSYSLEQS
       ::. .: . : . .   ::  : :.:.     : ::                        
CCDS30 PAFLGAELGCAKAFY--AASLSPPAAGTAAGLPTALLRQGLKTDAGGGAGGGGAGAGQRP
            360         370       380       390       400       410

     380       390       400       410       420       430         
pF1KB9 YLHQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDI
                                                                   
CCDS30 SFSIDHIMGHGGGGAAPPGAGEGSPGPPFAAAAGPGGQAQVLAMLTAPALAPVAGHIRLS
              420       430       440       450       460       470

>>CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5               (465 aa)
 initn: 528 init1: 528 opt: 620  Z-score: 378.9  bits: 79.3 E(32554): 8.8e-15
Smith-Waterman score: 681; 40.4% identity (59.1% similar) in 369 aa overlap (58-383:83-448)

        30        40        50        60        70        80       
pF1KB9 MSPPPAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGG
                                     ...: .  . :: ::  .:::::.:.:.::
CCDS75 RRRRRSYAGEDELEDLEEEEDDDDILLAPPAGGSPAPPGPAP-AAGAGAGGGGGGGGAGG
             60        70        80        90        100       110 

        90        100       110       120       130       140      
pF1KB9 AKKASSGLRRPE-KPPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKN
       . .:.:: . :  ::::::::::.::: .::.:::::::: .:...:::..:  . .:.:
CCDS75 GGSAGSGAKNPLVKPPYSYIALITMAILQSPKKRLTLSEICEFISGRFPYYREKFPAWQN
             120       130       140       150       160       170 

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB9 SVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPM
       :.:::::::.::.:.:.  : ::::.:::.:: :  ::..::: :: . :.:.   : : 
CCDS75 SIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPESADMFDNGSFLRRRKRFKRQ-PLLPPN
             180       190       200       210       220        230

        210       220            230       240            250      
pF1KB9 YHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQA-----PPSAPLGCHSQG-G-YG---GLDMMP-----A
          . : :  ::.    . :  :     ::. :   :. : : ::   ::.. :     :
CCDS75 AAAAESLLLRGAGAAGGAGDPAAAAALFPPAPPPPPHAYGYGPYGCGYGLQLPPYAPPSA
              240       250       260       270       280       290

             260         270       280        290              300 
pF1KB9 GYDAGAGAPSHA--HPHHHHHHHVPHMSPNP-GSTYMASCPVPAG---PGGVGA----AG
        . :.:.: . :  :::       :: .    . : ..  : : :   :: . :    ::
CCDS75 LFAAAAAAAAAAAFHPHSPPPPPPPHGAAAELARTAFGYRPHPLGAALPGPLPASAAKAG
              300       310       320       330       340       350

                            310       320       330       340      
pF1KB9 GGG---------------GGDYGPDSSSSPVPSSPAMASAIECHSPYTSPAAHWSSPG--
       : :               ::. :: .... . .. : :.:    :: ..: :  :: :  
CCDS75 GPGASALARSPFSIESIIGGSLGPAAAAAAAAQAAAAAQASPSPSPVAAPPAPGSSGGGC
              360       370       380       390       400       410

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB9 ASPYLKQPPALTPSSNPAASAGLHSSMSSYSLEQSYLHQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVC
       :.     : :    :  ::.:.  ::.:: :   . :::                     
CCDS75 AAQAAVGPAAALTRSLVAAAAAAASSVSS-SAALGTLHQGTALSSVENFTARISNC    
              420       430        440       450       460         

          410       420       430       440    
pF1KB9 DRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM

>>CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1                (478 aa)
 initn: 558 init1: 504 opt: 575  Z-score: 352.6  bits: 74.5 E(32554): 2.5e-13
Smith-Waterman score: 603; 33.4% identity (58.7% similar) in 395 aa overlap (3-381:46-417)

                                           10        20        30  
pF1KB9                             MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPP-
                                     . .:::   : .:    :.: . .  .:: 
CCDS62 TVLTAEDVDIDVVGEGDDGLEEKDSDAGCDSPAGPPELRLDEADEVPPAAPHHGQPQPPH
          20        30        40        50        60        70     

                    40        50        60        70        80     
pF1KB9 ------PAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGS
             :  ::.:.:.:   .. ..  . .: .. .. ....       :.:: :::.::
CCDS62 QQPLTLPKEAAGAGAGP--GGDVGAPEADGCKGGVGGEEGGA-------SGGGPGAGSGS
          80        90         100       110              120      

          90       100       110       120       130       140     
pF1KB9 GGAKKASSGLRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWK
       .:.   :.      ::::::::::.::: .::.:.:::: : .:.. :::..:  . .:.
CCDS62 AGGLAPSKPKNSLVKPPYSYIALITMAILQSPQKKLTLSGICEFISNRFPYYREKFPAWQ
        130       140       150       160       170       180      

         150       160       170       180       190       200     
pF1KB9 NSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQA-LK
       ::.:::::::.::.:.:.  : ::::.:::.:: :: ::..::: :: . :.:. :  :.
CCDS62 NSIRHNLSLNDCFVKIPREPGNPGKGNYWTLDPQSEDMFDNGSFLRRRKRFKRHQQEHLR
        190       200       210       220       230       240      

          210       220       230       240       250       260    
pF1KB9 PMYHRVVSGLGFGASLLPQGFDFQAPPSAPLGCHSQGGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAH
        .   ...  .:::  :  .    .: . : : :  .. :. .  ::.  :.:.: .  .
CCDS62 EQTALMMQ--SFGAYSLAAAAGAAGPYGRPYGLHPAAAAGAYSH-PAAAAAAAAAAALQY
        250         260       270       280        290       300   

          270       280       290        300       310       320   
pF1KB9 PHHHHHHHVPHMSPNPGSTYMASCPVPAGPGG-VGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAM
       :.      .: ..:      .    ::  :.: .:  ... :.. ::  . .    . : 
CCDS62 PYA-----LPPVAP------VLPPAVPLLPSGELGRKAAAFGSQLGPGLQLQLNSLGAAA
                310             320       330       340       350  

           330       340       350              360       370      
pF1KB9 ASAIECHSPYTSPAAHWSSPGASPYLK-------QPPALTPSSNPAASAGLHSSMSSYSL
       :.:    .  :. .   : :.: : ..        : :   :.  :. ::  .. .. : 
CCDS62 AAAGTAGAAGTTASLIKSEPSARPSFSIENIIGGGPAAPGGSAVGAGVAGGTGGSGGGST
            360       370       380       390       400       410  

        380       390       400       410       420       430      
pF1KB9 EQSYLHQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVC
        ::.:                                                       
CCDS62 AQSFLRPPGTVQSAALMATHQPLSLSRTTATIAPILSVPLSGQFLQPAASAAAAAAAAAQ
            420       430       440       450       460       470  

>>CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9               (373 aa)
 initn: 579 init1: 473 opt: 567  Z-score: 349.4  bits: 73.6 E(32554): 3.9e-13
Smith-Waterman score: 570; 35.2% identity (61.0% similar) in 318 aa overlap (70-374:25-325)

      40        50        60        70        80        90         
pF1KB9 AAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPE
                                     .::  .. : ..: :.:: .. .  :.:  
CCDS35       MTAESGPPPPQPEVLATVKEERGETAAGAGVPGEATGRGAGG-RRRKRPLQRG-
                     10        20        30        40         50   

     100       110       120       130       140       150         
pF1KB9 KPPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFI
       ::::::::::.:::  .: .::::. ::.:.  ::::.:   . :.::.::::.::.::.
CCDS35 KPPYSYIALIAMAIAHAPERRLTLGGIYKFITERFPFYRDNPKKWQNSIRHNLTLNDCFL
             60        70        80        90       100       110  

     160       170       180       190       200        210        
pF1KB9 KLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMY-HRVVSGLGFGA
       :.:.  ::::::.::..:: .: ::: ::: :: . :.:.  .  : : : .... . .:
CCDS35 KIPREAGRPGKGNYWALDPNAEDMFESGSFLRRRKRFKRSDLSTYPAYMHDAAAAAAAAA
            120       130       140       150       160       170  

      220       230       240       250       260       270        
pF1KB9 SLLPQGFDFQAPPSAPLGCHSQGGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPHMSP
       .    .  :  : ..:    ..  :      :..  :: . :: : :   ..   :  ::
CCDS35 AAAAAAAIF--PGAVPA---ARPPY------PGAVYAGYAPPSLAAPPPVYY---PAASP
            180            190             200       210           

      280       290       300       310       320          330     
pF1KB9 NPGSTYMASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSS---PAMASAIECHSPYTS
       .:  ..      : .:  .: : .: ::. .  :...:. ..   ::  .. .  .: . 
CCDS35 GPCRVFGLVPERPLSPE-LGPAPSGPGGSCAFASAGAPATTTGYQPAGCTGARPANPSAY
      220       230        240       250       260       270       

         340       350              360         370       380      
pF1KB9 PAAHWSSPGASPYLKQPPALT-------PSSNPA--ASAGLHSSMSSYSLEQSYLHQNAR
        ::. .  :: :       ..       :.: ::  .:.:...... :            
CCDS35 AAAYAGPDGAYPQGAGSAIFAAAGRLAGPASPPAGGSSGGVETTVDFYGRTSPGQFGALG
       280       290       300       310       320       330       

        390       400       410       420       430       440    
pF1KB9 EDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDIKPCVM
                                                                 
CCDS35 ACYNPGGQLGGASAGAYHARHAAAYPGGIDRFVSAM                      
       340       350       360       370                         

>>CCDS4471.1 FOXQ1 gene_id:94234|Hs108|chr6               (403 aa)
 initn: 497 init1: 379 opt: 556  Z-score: 342.6  bits: 72.4 E(32554): 9.3e-13
Smith-Waterman score: 565; 33.8% identity (56.5% similar) in 379 aa overlap (5-364:25-386)

                                   10        20        30        40
pF1KB9                     MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPPPAAAAAAAA
                               :.  :.::  : .   :.      . : :...:  .
CCDS44 MKLEVFVPRAAHGDKQGSDLEGAGGSDAPSPLSAAGDDSLGSDGDCAANSPAAGGGARDT
               10        20        30        40        50        60

               50        60        70        80        90       100
pF1KB9 APETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPEK
         .  .:.... .:  :  .... .. : .:   .:: :..::::: . ...   ::: :
CCDS44 QGDGEQSAGGGPGAEEAIPAAAAAAVVAEGAEAGAAGPGAGGAGSGEGARSKPYTRRP-K
               70        80        90       100       110          

              110       120       130       140       150       160
pF1KB9 PPYSYIALIVMAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIK
       :::::::::.:::..: . ::::.:: ..:...::::::.: ::.::::::::::.::.:
CCDS44 PPYSYIALIAMAIRDSAGGRLTLAEINEYLMGKFPFFRGSYTGWRNSVRHNLSLNDCFVK
     120       130       140       150       160       170         

               170       180       190       200       210         
pF1KB9 LPKGLGRP-GKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRV-VSGLGFGA
       . .  .:: :: .:: ..: ::. : .: ::::    :..      . ::. : . :.  
CCDS44 VLRDPSRPWGKDNYWMLNPNSEYTFADGVFRRR----RKR------LSHRAPVPAPGLRP
     180       190       200       210                 220         

      220       230       240       250       260         270      
pF1KB9 SLLPQGFDFQAPPSAPLGCHSQGGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPH--HHHHHHVPHM
          : :.   ::: :: .  :    .   .   .  ::  . : :     ..  .     
CCDS44 EEAP-GLP-AAPPPAPAAPASPRMRSPARQEERASPAGKFSSSFAIDSILRKPFRSRRLR
     230         240       250       260       270       280       

        280           290       300                  310       320 
pF1KB9 SPNPGSTYM---ASCP-VPAGPGGVGAA-----------GGGGGGDYGPDSSSSPVPSSP
       .  ::.: .   : :: .:: :. . ::           :.:  .  :   .  : :..:
CCDS44 DTAPGTTLQWGAAPCPPLPAFPALLPAAPCRALLPLCAYGAGEPARLGAREAEVP-PTAP
       290       300       310       320       330       340       

             330       340       350       360       370       380 
pF1KB9 AMASAIECHSPYTSPAAHWSSPGASPYLKQPPALTPSSNPAASAGLHSSMSSYSLEQSYL
        .  :     : ..::    .:.:.      :   :..  :::                 
CCDS44 PLLLA---PLPAAAPAKPLRGPAAGGAHLYCPLRLPAALQAASVRRPGPHLPYPVETLLA
        350          360       370       380       390       400   

             390       400       410       420       430       440 
pF1KB9 HQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDIKP

>>CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3                 (376 aa)
 initn: 474 init1: 449 opt: 519  Z-score: 321.5  bits: 68.4 E(32554): 1.4e-11
Smith-Waterman score: 571; 34.3% identity (53.4% similar) in 399 aa overlap (30-389:6-376)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSPPPAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSASCASSS
                                    : :  ::.:  ::::                
CCDS31                         MMASYPEPEDAAGALLAPET----------------
                                       10        20                

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 SSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLRRPEKPPYSYIALIVMAIQSSPSKR
         . ... : .   : : ::.:.:. . .: . .    .::::::.:::.:::. :  ::
CCDS31 --GRTVKEPEGPPPSPGKGGGGGGGTAPEKPDPA----QKPPYSYVALIAMAIRESAEKR
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              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 LTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPAS
       :::: :::.. :.:::..   .::.::.::::::::::::.:.  :   ::.:::.::: 
CCDS31 LTLSGIYQYIIAKFPFYEKNKKGWQNSIRHNLSLNECFIKVPREGGGERKGNYWTLDPAC
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pF1KB9 EFMFEEGSFRRR---PRGFRRKCQALKP---MYHRVVSGLGFG-ASLLPQGFDFQAPP--
       : :::.:..:::    : ::     ..:   ..    .. : : :.   .:. . :::  
CCDS31 EDMFEKGNYRRRRRMKRPFRPPPAHFQPGKGLFGAGGAAGGCGVAGAGADGYGYLAPPKY
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pF1KB9 --------SAPLGCH-SQGGYGGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPHMSPNPGS
               : ::    :   :.. .:  :.  :.:.: . : :       : .   .:..
CCDS31 LQSGFLNNSWPLPQPPSPMPYASCQMAAAAA-AAAAAAAAAGPGSPGAAAVVKGLAGPAA
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pF1KB9 TY-----MASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAMASAIECHSPYTSPA
       .:     . :  .:  :: :.. .: ::   .:     : :  :         .:  .: 
CCDS31 SYGPYTRVQSMALP--PGVVNSYNGLGGPPAAPPPPPHPHPH-PHAHHLHAAAAPPPAPP
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pF1KB9 AHWSS---PG----ASPYLKQPPALTPSSNPAAS---------AGLHSSMSSYSLEQSYL
        : ..   ::    :::    ::: .:.: :. .         : .: :. ... . . :
CCDS31 HHGAAAPPPGQLSPASPATAAPPAPAPTSAPGLQFACARQPELAMMHCSYWDHDSKTGAL
              320       330       340       350       360       370

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pF1KB9 HQNAREDLSVGLPRYQHHSTPVCDRKDFVLNFNGISSFHPSASGSYYHHHHQSVCQDIKP
       :  .: ::                                                    
CCDS31 H--SRLDL                                                    
                                                                   

>>CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10             (318 aa)
 initn: 470 init1: 432 opt: 516  Z-score: 320.7  bits: 68.0 E(32554): 1.5e-11
Smith-Waterman score: 537; 38.2% identity (59.1% similar) in 296 aa overlap (6-281:9-292)

                  10        20        30          40        50     
pF1KB9    MTTEGGPPPAPLRRACSPVPGALQAALMSP--PPAAAAAAAAAPETTSSSSSSSSAS
               ::  ::        ::  ::.   :   :.  .:....:    .. . :  :
CCDS76 MATYCDDLGPSSAP--------PGQAQATAHPPGYEPGDLGAVGGGPLLWVNAPALSPKS
               10                20        30        40        50  

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pF1KB9 CASSSSSSNSASAPSAACKSA--GGGGAGAGSGGAKKASSG---LRRPEKPPYSYIALIV
        ::. . .   .::: .  .   :. :. ::.  :  . ::   : :  .::::: :::.
CCDS76 YASGPGPAPPYAAPSYGAPGPLLGAPGGLAGADLAWLSLSGQQELLRLVRPPYSYSALIA
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pF1KB9 MAIQSSPSKRLTLSEIYQFLQARFPFFRGAYQGWKNSVRHNLSLNECFIKLPKGLGRPGK
       :::::.: ..::::.:::.. . :::.. .  ::.::.:::::::.:: :.:.    :::
CCDS76 MAIQSAPLRKLTLSQIYQYVAGNFPFYKRSKAGWQNSIRHNLSLNDCFKKVPRDEDDPGK
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pF1KB9 GHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRVVSGLGFGASLLPQG--FDFQ
       :.:::.::  : ::..:.:::. :  : . .:      : :.:    :   :..  .:.:
CCDS76 GNYWTLDPNCEKMFDNGNFRRK-RKRRAEASAAVRSGARSVGGAEAPALEPPSAACLDLQ
            180       190        200       210       220       230 

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pF1KB9 A-P-PSAPLGCHSQGGY--------GGLDMMPAGYDAGAGAPSHAHPHHHHHHHVPH-MS
       : : :::: .    .:.        :::  .:.:    ::  : ..       :.:. ..
CCDS76 ASPSPSAPEAATCFSGFASAMSALAGGLGTFPGGL---AGDFSFGRRPPTVATHAPQTLN
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pF1KB9 PNPGSTYMASCPVPAGPGGVGAAGGGGGGDYGPDSSSSPVPSSPAMASAIECHSPYTSPA
       :.::                                                        
CCDS76 PSPGFAPGHQTAAAGFRLSHLLYSREGTEV                              
      290       300       310                                      

>>CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6                (553 aa)
 initn: 621 init1: 481 opt: 521  Z-score: 320.5  bits: 68.8 E(32554): 1.6e-11
Smith-Waterman score: 557; 37.4% identity (56.5% similar) in 329 aa overlap (67-393:48-332)

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pF1KB9 AAAAAPETTSSSSSSSSASCASSSSSSNSASAPSAACKSAGGGGAGAGSGGAKKASSGLR
                                     : :. : .  :: . . :    .   . . 
CCDS44 YLGGEQSYYRAAAAAAGGGYTAMPAPMSVYSHPAHAEQYPGGMARAYGPYTPQPQPKDMV
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          ::::::::::.::::..:.:..::. ::::.. ::::.:   :::.::.::::::::
CCDS44 ---KPPYSYIALITMAIQNAPDKKITLNGIYQFIMDRFPFYRDNKQGWQNSIRHNLSLNE
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pF1KB9 CFIKLPKGLGRPGKGHYWTIDPASEFMFEEGSFRRRPRGFRRKCQALKPMYHRVVSGLGF
       ::.:.:.   .:::: :::.:: :  :::.::: :: : :..: .:.:   ..    :  
CCDS44 CFVKVPRDDKKPGKGSYWTLDPDSYNMFENGSFLRRRRRFKKK-DAVKDKEEKDRLHLKE
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CCDS44 PP---PPG---RQPPPAP---------------PEQADGNAPGP---QP--------PPV
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         .  .:  ..:: :  : . .:: :.:..   : .  ::  :: ...:.     : . :
CCDS44 RIQDIKTENGTCPSPPQPLSPAAALGSGSAAAVP-KIESPDSSSSSLSSG--SSPPGSLP
             230       240       250        260       270          

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       .:.  :  ::.   . ::  .::. :   : :.  .    ::. :   :.:  .:: :: 
CCDS44 SARPLSLDGAD---SAPPPPAPSAPPPHHSQGFSVDNIMTSLRGS--PQSAAAELSSGLL
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           340       350       360       370       380       390   




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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