Result of FASTA (ccds) for pF1KB6108
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6108, 617 aa
  1>>>pF1KB6108 617 - 617 aa - 617 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.6267+/-0.00102; mu= -4.8237+/- 0.061
 mean_var=253.0430+/-51.282, 0's: 0 Z-trim(112.3): 37  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.080626
 statistics sampled from 13071 (13098) to 13071 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.736), E-opt: 0.2 (0.402), width:  16
 Scan time:  3.290

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS31727.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12       ( 617) 4096 489.7 4.6e-138
CCDS81651.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12       ( 153)  695 93.9 1.7e-19
CCDS46847.2 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3         ( 582)  701 94.8 3.3e-19
CCDS74946.1 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3         ( 544)  699 94.6 3.7e-19


>>CCDS31727.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12            (617 aa)
 initn: 4096 init1: 4096 opt: 4096  Z-score: 2592.1  bits: 489.7 E(32554): 4.6e-138
Smith-Waterman score: 4096; 100.0% identity (100.0% similar) in 617 aa overlap (1-617:1-617)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQDKATC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 PKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQDKATC
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 QETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSPPIEKQLCPAIQKLMVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 QETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSPPIEKQLCPAIQKLMVR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 SADLHPLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPVQPGSPHNIGTSRGVQNASRTQNLFEKLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SADLHPLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPVQPGSPHNIGTSRGVQNASRTQNLFEKLQ
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 STPGAANKCDPSTPAPASSAALNRSRAPTSVTPVAPGKGLAQPPQAYFNGSLPPQTVGHQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 STPGAANKCDPSTPAPASSAALNRSRAPTSVTPVAPGKGLAQPPQAYFNGSLPPQTVGHQ
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 AHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKKLQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKKLQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 AQSSGTGKPLESWINKTPNTEQQTPLFQVISPQRIPATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 AQSSGTGKPLESWINKTPNTEQQTPLFQVISPQRIPATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 RESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPEPSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNII
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 RESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPEPSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNII
              550       560       570       580       590       600

              610       
pF1KB6 YEAYLFSMTQAAMKKTM
       :::::::::::::::::
CCDS31 YEAYLFSMTQAAMKKTM
              610       

>>CCDS81651.1 DCP1B gene_id:196513|Hs108|chr12            (153 aa)
 initn: 695 init1: 695 opt: 695  Z-score: 463.4  bits: 93.9 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 695; 100.0% identity (100.0% similar) in 106 aa overlap (1-106:1-106)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::              
CCDS81 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARCESFLLQWVVLLLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNSGEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCSE
                                                                   
CCDS81 FGQVFKIVQCLPLCLHLVSVAMGGVSILTNVNV                           
              130       140       150                              

>>CCDS46847.2 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3              (582 aa)
 initn: 831 init1: 594 opt: 701  Z-score: 458.3  bits: 94.8 E(32554): 3.3e-19
Smith-Waterman score: 817; 33.3% identity (59.0% similar) in 630 aa overlap (13-610:8-575)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
                   :...:::::..:::::. :.:...:::::::  .::.:::::.:::::
CCDS46      MEALSRAGQEMSLAALKQHDPYITSIADLTGQVALYTFCPKANQWEKTDIEGTLF
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
       :: ::::: :::::.:::.:.: .::..:::.:::..:::::::: ::::.::::::..:
CCDS46 VYRRSASPYHGFTIVNRLNMHNLVEPVNKDLEFQLHEPFLLYRNASLSIYSIWFYDKNDC
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150        160       170         
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNS-GEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCK---
       .:::.:: .... :  ...:..    ::   :. .. . .:::.:: .::::: . .   
CCDS46 HRIAKLMADVVEEETRRSQQAARDKQSPSQANGCSDHRPIDILEMLSRAKDEYERNQMGD
         120       130       140       150       160       170     

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB6 -TCSEPKKITSSSAIYDNPNLIKPIPVKPSENQQQRIPQPNQTLDPEPQHLSLTALFGKQ
        . : :    :..   .: .  . .   :: .:..  :. ..       ::..  ::: .
CCDS46 SNISSPGLQPSTQ--LSNLGSTETLEEMPSGSQDKSAPSGHK-------HLTVEELFGTS
         180         190       200       210              220      

         240       250       260       270       280        290    
pF1KB6 DKATCQETVEPPQTLHQQQQQQQQQQEKLPIRQGVVRSLSYEEPRRHSP-PIEKQL--CP
                : : ..  ..    ...:.::   :   . : .::    : :.: ::   :
CCDS46 LPK------EQPAVVGLDS----EEMERLP---G---DASQKEPNSFLPFPFE-QLGGAP
              230           240             250       260          

            300               310       320       330        340   
pF1KB6 AIQKLMVRSADLH--------PLSELPENRPCENGSTHSAGEFFTGPV-QPGSPHNIGTS
         . : : ::  :        :.   : .    : .   .  .  .:: .:  : .  :.
CCDS46 QSETLGVPSAAHHSVQPEITTPVLITPASITQSNEKHAPTYTIPLSPVLSPTLPAEAPTA
     270       280       290       300       310       320         

           350       360       370          380           390      
pF1KB6 RGVQNASRTQNLFEKLQSTPGAANKCDP--STPAPA-SSAAL--NRS--RAPTSVTPVAP
       .   .  :...... ...::    . .:  . :.:  : :.:  :.:  ::: .:: .: 
CCDS46 QVPPSLPRNSTMMQAVKTTP---RQRSPLLNQPVPELSHASLIANQSPFRAPLNVTNTA-
     330       340          350       360       370       380      

        400       410        420       430       440       450     
pF1KB6 GKGLAQPPQAYFNG-SLPPQTVGHQAHGREQSTLPRQTLPISGSQTGSSGVISPQELLKK
         : . :    ..   : ::      : . : : :     . .: . ..: ..  :    
CCDS46 --GTSLPSVDLLQKLRLTPQ------HDQIQ-TQPLGKGAMVASFSPAAGQLATPE----
           390       400              410       420       430      

         460       470       480       490        500       510    
pF1KB6 LQIVQQEQQLHASNRPALAAKFPVLAQSSGTGKPLESWI-NKTPNTEQQTPLFQVISP-Q
        ....  ..  :. : : .:..  .. .     ::.:   :. :..  :  ...   :  
CCDS46 -SFIEPPSKT-AAARVAASASLSNMVLA-----PLQSMQQNQDPEVFVQPKVLSSAIPVA
             440        450            460       470       480     

                520       530       540       550       560        
pF1KB6 RIP-----ATAAPSLLMSPMVFAQPTSVPPKERESGLLPVGGQEPPAAATSLLLPIQSPE
         :     .::. :.:..: :: : ..     : : :   ...  :    ..  : .. .
CCDS46 GAPLVTATTTAVSSVLLAPSVFQQTVT-----RSSDLERKASSPSP---LTIGTPESQRK
         490       500       510            520          530       

      570       580       590       600       610       
pF1KB6 PSVITSSPLTKLQLQEALLYLIQNDDNFLNIIYEAYLFSMTQAAMKKTM
       ::.:    :.: :::..:..::.::..::. ..:.::  .:.       
CCDS46 PSII----LSKSQLQDTLIHLIKNDSSFLSTLHEVYLQVLTKNKDNHNL
       540           550       560       570       580  

>>CCDS74946.1 DCP1A gene_id:55802|Hs108|chr3              (544 aa)
 initn: 831 init1: 594 opt: 699  Z-score: 457.5  bits: 94.6 E(32554): 3.7e-19
Smith-Waterman score: 814; 31.5% identity (58.6% similar) in 616 aa overlap (13-610:8-537)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAAVAAGGLVGKGRDISLAALQRHDPYINRIVDVASQVALYTFGHRANEWEKTDVEGTLF
                   :...:::::..:::::. :.:...:::::::  .::.:::::.:::::
CCDS74      MEALSRAGQEMSLAALKQHDPYITSIADLTGQVALYTFCPKANQWEKTDIEGTLF
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VYTRSASPKHGFTIMNRLSMENRTEPITKDLDFQLQDPFLLYRNARLSIYGIWFYDKEEC
       :: ::::: :::::.:::.:.: .::..:::.:::..:::::::: ::::.::::::..:
CCDS74 VYRRSASPYHGFTIVNRLNMHNLVEPVNKDLEFQLHEPFLLYRNASLSIYSIWFYDKNDC
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150        160       170         
pF1KB6 QRIAELMKNLTQYEQLKAHQGTGAGISPVILNS-GEGKEVDILRMLIKAKDEYTKCKTCS
       .:::.:: .... :  ...:..    ::   :. .. . .:::.:: .::::: .    .
CCDS74 HRIAKLMADVVEEETRRSQQAARDKQSPSQANGCSDHRPIDILEMLSRAKDEYERSAPSG
         120       130       140       150       160       170     

     180           190           200       210           220       
pF1KB6 EP----KKITSSSAIYDNPNLI----KPIPVKPSENQQQR----IPQPNQTLDPEPQHLS
       .     ... ..:   ..: ..    . .   :.. .:..    .: : . :   ::  .
CCDS74 HKHLTVEELFGTSLPKEQPAVVGLDSEEMERLPGDASQKEPNSFLPFPFEQLGGAPQSET
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       :    .:  . : . :    . : .    :.....     .:.   .  .:  : :  . 
CCDS74 LGVPSAAHHSVQPEITTPVLITPASI--TQSNEKHAPTYTIPLSPVLSPTLPAEAPTAQV
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CCDS74 PPSLPRNSTMMQAVKTTPRQRSPL----LNQPVPELS-HASLIANQSPFR--APLNVTNT
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       . ..  .: .:.. .::      .: ::   .. :                   .::. :
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       .:..: :: : ..     : : :   ...  :    ..  : .. .::.:    :.: ::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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