Result of FASTA (omim) for pF1KB7340
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7340, 1156 aa
  1>>>pF1KB7340 1156 - 1156 aa - 1156 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.9817+/-0.000444; mu= -19.5972+/- 0.027
 mean_var=427.9415+/-90.895, 0's: 0 Z-trim(122.0): 51  B-trim: 1078 in 2/58
 Lambda= 0.061999
 statistics sampled from 39423 (39487) to 39423 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.75), E-opt: 0.2 (0.463), width:  16
 Scan time: 20.040

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_061831 (OMIM: 176270,610922) nuclear pore-assoc (1156) 7818 714.5 9.3e-205
XP_011515032 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1153)  646 73.0 1.2e-11
NP_001092885 (OMIM: 615754) nuclear envelope pore  ( 987)  474 57.6 4.5e-07
NP_742017 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore mem ( 984)  455 55.9 1.5e-06
XP_016868343 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984)  455 55.9 1.5e-06
XP_006716259 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984)  455 55.9 1.5e-06
XP_016868342 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env ( 984)  455 55.9 1.5e-06
NP_001244119 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore  ( 999)  455 55.9 1.5e-06
XP_005250783 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1249)  455 55.9 1.8e-06
XP_005250784 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear env (1190)  431 53.8 7.6e-06
NP_001121182 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1270)  352 46.7  0.0011
XP_016855492 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1270)  352 46.7  0.0011
NP_001121181 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1311)  352 46.7  0.0011
XP_016855491 (OMIM: 208250,604283) PREDICTED: prot (1311)  352 46.7  0.0011
NP_001290161 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1361)  352 46.7  0.0011
NP_001121180 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4  (1363)  352 46.7  0.0011
NP_005798 (OMIM: 208250,604283) proteoglycan 4 iso (1404)  352 46.7  0.0012
XP_011536691 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2078)  334 45.2   0.005
XP_006719477 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082)  334 45.2   0.005
XP_006719476 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082)  334 45.2   0.005
XP_006719475 (OMIM: 601234) PREDICTED: nascent pol (2082)  334 45.2   0.005


>>NP_061831 (OMIM: 176270,610922) nuclear pore-associate  (1156 aa)
 initn: 7818 init1: 7818 opt: 7818  Z-score: 3797.0  bits: 714.5 E(85289): 9.3e-205
Smith-Waterman score: 7818; 100.0% identity (100.0% similar) in 1156 aa overlap (1-1156:1-1156)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MGNLLSKFRPGCRRRPLPGPGRGAPAPLSRDASPPGRAHSVPTPRPFRGLFRRNARRRPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 MGNLLSKFRPGCRRRPLPGPGRGAPAPLSRDASPPGRAHSVPTPRPFRGLFRRNARRRPS
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAVGWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAVGWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 RMFTLLLPSPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RMFTLLLPSPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 SSGEASSTSRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGPAMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SSGEASSTSRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGPAMP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 STHSQAGCARHLGKPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 STHSQAGCARHLGKPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 RMPDEKPFCIPPRSAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELPPPAKLPCL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 RMPDEKPFCIPPRSAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELPPPAKLPCL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 SVEGDLHTLEKSPEYKRNSRILEDKTETMTNSSITQPAPSFSQPVQTTDSLPLTTYTSQV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVEGDLHTLEKSPEYKRNSRILEDKTETMTNSSITQPAPSFSQPVQTTDSLPLTTYTSQV
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 SAPLPIPDLADLATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALPADLVPILGDQSNEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SAPLPIPDLADLATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALPADLVPILGDQSNEK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB7 GGSYNSVVGAAPLTSDPPTPPSSTPSFKPPVTRESPISMCVDSPPPLSFLTLLPVPSTGT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GGSYNSVVGAAPLTSDPPTPPSSTPSFKPPVTRESPISMCVDSPPPLSFLTLLPVPSTGT
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB7 SVITSKPMNSTSVISTVTTNASAHLTSQTAVDPEVVNMDTTAPSQVVIFTSSLSSRVSSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 SVITSKPMNSTSVISTVTTNASAHLTSQTAVDPEVVNMDTTAPSQVVIFTSSLSSRVSSL
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB7 PNSQIHCSAEQRHPGKTSVYTSPLPFIFHNTTPSFNQLFGKEATPQPKFEAPDGQPQKAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 PNSQIHCSAEQRHPGKTSVYTSPLPFIFHNTTPSFNQLFGKEATPQPKFEAPDGQPQKAS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB7 LPSACVFLSLPIIPPPDTSTLVNSASTASSSKPPIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LPSACVFLSLPIIPPPDTSTLVNSASTASSSKPPIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKY
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB7 LPFYLGLPGSGNTQPSGNTASVQGSTSLPAQSVRAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LPFYLGLPGSGNTQPSGNTASVQGSTSLPAQSVRAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB7 QQKTSLPSAHDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAASLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 QQKTSLPSAHDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAASLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTF
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB7 VSRKEEYIRFYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVSTSFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 VSRKEEYIRFYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVSTSFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHST
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB7 LGATDGQQKSDSSFILGNPATPAPVIGLTSPSVQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 LGATDGQQKSDSSFILGNPATPAPVIGLTSPSVQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVN
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB7 AEPVEGHNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPGTGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 AEPVEGHNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPGTGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSI
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB7 GFSMSAPGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTSVFPFGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNIPVFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 GFSMSAPGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTSVFPFGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNIPVFG
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB7 YTSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGDGTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_061 YTSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGDGTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHY
             1090      1100      1110      1120      1130      1140

             1150      
pF1KB7 YGQETYVRRHVCFQLP
       ::::::::::::::::
NP_061 YGQETYVRRHVCFQLP
             1150      

>>XP_011515032 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop  (1153 aa)
 initn: 335 init1: 117 opt: 646  Z-score: 330.1  bits: 73.0 E(85289): 1.2e-11
Smith-Waterman score: 742; 26.1% identity (48.2% similar) in 1147 aa overlap (9-1118:161-1112)

                                     10           20        30     
pF1KB7                       MGNLLSKFRPGCR--RRPLP-GPGRGAPAPLSRDASPP
                                     ::: :   :: : .:   .: : :   :::
XP_011 PAELLLMGSYLGKPGPPQPAAAPEGQDLRDRPGRRPPARPAPRSPPPRSPPPRSPPPSPP
              140       150       160       170       180       190

               40          50        60        70        80        
pF1KB7 G-RAH----SVPTP--RPFRGLFRRNARRRPSAASIFVAPKRPCPLPRAAAAPLGVLPAV
         :::    :.:::  :: :    :.    :.   . ..:.:  :. .:  . :::::.:
XP_011 THRAHHVYPSLPTPLLRPSRRPSPRDCGTLPN--RFVITPRRRYPIHQAQYSCLGVLPTV
              200       210       220         230       240        

       90       100       110       120                   130      
pF1KB7 GWGLAIRKTPMLPARNPPRFGHPSSVRIPPPSRMF------------TLLLPSPREPAVK
        :. . .:  .:  ::      : .::: ::.: :            ::  ::   :   
XP_011 CWN-GYHKKAVLSPRNSRMVCSPVTVRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSPSSNAPDPC
      250        260       270       280       290       300       

        140       150       160       170       180       190      
pF1KB7 ARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPLSSGEASSTSRSQGTQG
       :.. . ..: :. .       .:. ..:: . ..:.....:   ::: . :. .   ..:
XP_011 AKETVLSALKEKEK-------KRTVEEEDQIFLDGQENKRRRHDSSGSGHSAFEPLVANG
       310       320              330       340       350       360

        200       210       220       230          240       250   
pF1KB7 DVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEGP---AMPSTHSQAGCARHLG
         :::  .:: :. ..  . :.. .......:  :: : :    ..::.  .:  . .  
XP_011 VPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSSSMSS-LTGAYASGIPSSSRNAITSSY--
              370       380       390        400       410         

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB7 KPDPDATAPPEPAVGCSLLQQKLAAEVLNEEPPPSSLGLPIPLMSGKRMPDEKPFCIPPR
       .     . :: : .: :.     .:: :. :   :   .   : . .   ...    :: 
XP_011 SSTRGISQPPPPQLGYSI-----TAEDLDLEKKASLQWFNQALEDKSDAASNSVTETPP-
       420       430            440       450       460       470  

           320       330       340       350        360       370  
pF1KB7 SAAPPRAARNRPCKRKMSIPLLLPLPPSLPLLWDRGELP-PPAKLPCLSVEGDLHTLEKS
         . :  . . :     : :  :  : . ::: .  ..  ::.  ::    :   :   :
XP_011 -ITQPSFTFTLPAAAPASPPTSLLAPSTNPLLESLKKMQTPPSLPPCPESAGAATTEALS
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           :.  .::                                         
NP_001 SLSFGASSAPAQGFVGVGPFGSAAPSFSIGAGSKTPGARQRLQARRQHTRKK
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>>NP_742017 (OMIM: 615753) nuclear envelope pore membran  (984 aa)
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                                     : .::: ::.: :            ::  :
NP_742                           MVCSPVTVRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSP
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       :   :   :.. . ..: :. .       .:. ..:: . ..:.....:   ::: . :.
NP_742 SSNAPDPCAKETVLSALKEKEK-------KRTVEEEDQIFLDGQENKRRRHDSSGSGHSA
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pF1KB7 SRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEG------P-----
        .   ..:  :::  .:: :. ..  . :.. .......:  :: : :      :     
NP_742 FEPLVANGVPASFVPKPGSLKRGLNSQSSDDHLNKRSRSSSMSS-LTGAYASGIPSSSRN
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       :. :..:..    .: : .  ...:   :: . :   .. : .. .::    : .   ::
NP_742 AITSSYSSTRGISQLWKRNGPSSSPFSSPASSRSQTPERPAKKIREEELCHHSSS-STPL
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        . ..   ::     ::.   .  ... .   .:: .. ::    ::      :::   :
NP_742 AADRESQGEKAADTTPRKKQNSNSQSTPGSSGQRKRKVQLL----PS-----RRGEQLTL
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       ::: .:   :. ..   :::.   .  .. ::::... .::      ::::. .:. :. 
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pF1KB7 TTDSLPLTTYTSQVSAPLPIPDLADLATGPLILPIPPLSTTPKMDEKIAFTIPNSPLALP
       .  : : :.  .  . :: . .:  . : :    .::   .       :.. :..:  ::
NP_742 APASPP-TSLLAPSTNPL-LESLKKMQTPP---SLPPCPESAGAATTEALSPPKTPSLLP
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           :.  .::.             :    :   ::  :::              :: ::
NP_742 ----PLGLSQSG-------------P----PGLLPS--PSF--------------DSKPP
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        ..: :.:.:               :.. .. :.:   : ..::. :....  . ::.: 
NP_742 TTLLGLIPAP---------------SMVPATDTKAPPTLQAETATKPQATSAPSPAPKQS
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pF1KB7 VIFTSSLSSRVSSLPNSQIHCSAEQRH------PGKTSVY--TSPLPFIFHNTTPSFNQL
        .: .. .:   : : .    ::          : :.     : : : .   :.:: ..:
NP_742 FLFGTQNTS--PSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGPSVT-ATAPSSSSL
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pF1KB7 FGKEATPQPKFE---APDGQPQKASLPSACVF--LSLPIIPPPDTSTLVNSASTASSSKP
           .:  : :.   .  : : .. :: :  :   . :   :  :. : .. ..:.:.  
NP_742 PTTTSTTAPTFQPVFSSMGPPASVPLP-APFFKQTTTPATAPTTTAPLFTGLASATSAVA
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pF1KB7 PIETNAMHTTPPSKAVILQSASVSKKYLPFYLGLPGSGNTQPSGNTASVQGSTSLPAQSV
       :: . .     ::      . :.::  . : ..  .:.... . .::.. ..  : .   
NP_742 PITSAS-----PS------TDSASKPAFGFGINSVSSSSVSTTTSTATAASQPFLFG---
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pF1KB7 RAPATASNHPLNPGATPQPKFGAPDGPQQKTSLPSAHDFLSLPIMVPPDTSTLVSSASAA
        ::  ::   ..:.     .:: :  :   :.   .    ::   ::  ::.     :::
NP_742 -APQ-ASAASFTPAMGSIFQFGKP--PALPTTTTVTTFSQSLHTAVPTATSS-----SAA
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pF1KB7 SLSKPAIDTSDMNTTPPSKTVILQSTFVSRKEEYIRFYMGLPGSGNTLHSDSIASAQVST
       ..:  .   : . :. :. .   : :..  .     : . . ::.      :  .:. . 
NP_742 DFSGFG---STLATSAPATSS--QPTLTFSNTSTPTFNIPF-GSSAKSPLPSYPGANPQP
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pF1KB7 SFPAQADRRPTTTSSHPLNTGSISHSTLGATDGQQKSDSSFILGNPATPA--PVIGLTSP
       .: : :. .:  ...  :  .  :  :.: . .   . .      :: :.   :.    :
NP_742 AFGA-AEGQPPGAAKPALAPSFGSSFTFGNSAAPAAAPT------PAPPSMIKVVPAYVP
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pF1KB7 S-VQPLSGSIIPPGFAELTSPYTALGTPVNAEPVEGHNASAFPNGTAKTSGFRIATGMPG
       . ..:. :.    .:. : .  .:.:.:....:. : ....:  :.: .:::  .:   .
NP_742 TPIHPIFGGATHSAFG-LKATASAFGAPASSQPAFGGSTAVFF-GAATSSGFGATTQTAS
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pF1KB7 TGDSTLLVGNTIPGPQVIMGPGTPMDGGSIGFSMSAPGPSSTSGELNIGQGQSGTPSTTS
       .:.:. . :.: :.: .. : ..:  .::.:.....:: :.:.: ...: ::::. .:..
NP_742 SGSSSSVFGSTTPSPFTFGGSAAPAGSGSFGINVATPGSSTTTGAFSFGAGQSGSTATST
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pF1KB7 VFP--FGQAAWDPTGHSMAAAPQGASNI---PVFGYTSAAAYIPGLDPPTQNSCSGMGGD
        :   .:: :   ::.:   : . .:.    :::: :.. ..  ::. :.     :.: .
NP_742 PFAGGLGQNALGTTGQSTPFAFNVSSTTESKPVFGGTATPTF--GLNTPAP----GVGTS
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pF1KB7 GTRSIVGGPCVPAFQQCILQHTWTERKFYTSSTHYYGQETYVRRHVCFQLP   
       :.    :.  .::                                         
NP_742 GSSLSFGASSAPAQGFVGVAPFGSAALSFSIGAGSKTPGARQRLQARRQHTRKK
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>>XP_016868343 (OMIM: 615753) PREDICTED: nuclear envelop  (984 aa)
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XP_016                           MVCSPVTVRIAPPDRRFSRSAIPEQIISSTLSSP
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pF1KB7 SPREPAVKARKPIPATLLEETEVWAQEGPRRVKKDEDPVQIEGEDDEKRTPLSSGEASST
       :   :   :.. . ..: :. .       .:. ..:: . ..:.....:   ::: . :.
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pF1KB7 SRSQGTQGDVASFRCSPGPLEGNVYHKFSENSMSEKAQASPASSCLEG------P-----
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XP_016 ----PLGLSQSG-------------P----PGLLPS--PSF--------------DSKPP
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XP_016 TTLLGLIPAP---------------SMVPATDTKAPPTLQAETATKPQATSAPSPAPKQS
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        .: .. .:   : : .    ::          : :.     : : : .   :.:: ..:
XP_016 FLFGTQNTS--PSSPAAPAASSAPPMFKPIFTAPPKSEKEGPTPPGPSVT-ATAPSSSSL
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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