Result of FASTA (ccds) for pF1KB7729
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7729, 431 aa
  1>>>pF1KB7729 431 - 431 aa - 431 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1589+/-0.000857; mu= 13.5269+/- 0.052
 mean_var=81.2861+/-16.070, 0's: 0 Z-trim(108.1): 68  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.142255
 statistics sampled from 9942 (10011) to 9942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.308), width:  16
 Scan time:  3.070

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS1838.1 FOXN2 gene_id:3344|Hs108|chr2           ( 431) 2865 597.6 7.8e-171
CCDS32138.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14         ( 468)  740 161.5 1.6e-39
CCDS41977.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14         ( 490)  740 161.5 1.7e-39
CCDS11232.1 FOXN1 gene_id:8456|Hs108|chr17         ( 648)  373 86.2   1e-16
CCDS9126.2 FOXN4 gene_id:121643|Hs108|chr12        ( 517)  356 82.7 9.3e-16
CCDS55594.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1         ( 588)  353 82.1 1.6e-15
CCDS30689.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1         ( 622)  352 81.9 1.9e-15
CCDS8587.1 FOXJ2 gene_id:55810|Hs108|chr12         ( 574)  332 77.8 3.1e-14
CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5           ( 378)  323 75.9 7.7e-14
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20         ( 457)  321 75.5 1.2e-13
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20         ( 463)  321 75.5 1.2e-13
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16         ( 501)  321 75.5 1.3e-13
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16         ( 345)  318 74.8 1.5e-13
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6           ( 553)  320 75.3 1.7e-13
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19         ( 350)  309 73.0 5.3e-13
CCDS9636.1 FOXG1 gene_id:2290|Hs108|chr14          ( 489)  309 73.0 7.1e-13
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14          ( 472)  308 72.8 7.9e-13
CCDS11813.1 FOXK2 gene_id:3607|Hs108|chr17         ( 660)  308 72.9 1.1e-12
CCDS32739.1 FOXJ1 gene_id:2302|Hs108|chr17         ( 421)  304 72.0 1.3e-12
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6           ( 444)  304 72.0 1.3e-12
CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16         ( 379)  302 71.5 1.5e-12
CCDS8517.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12          ( 748)  303 71.9 2.4e-12
CCDS8515.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12          ( 763)  303 71.9 2.5e-12
CCDS8516.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12          ( 801)  303 71.9 2.6e-12
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10        ( 318)  297 70.5 2.7e-12
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2        ( 420)  298 70.7   3e-12
CCDS34591.1 FOXK1 gene_id:221937|Hs108|chr7        ( 733)  297 70.6 5.6e-12
CCDS76506.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12         ( 748)  296 70.4 6.6e-12
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1            ( 319)  290 69.1 7.3e-12
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3            ( 376)  291 69.3 7.3e-12
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15        ( 325)  290 69.1 7.4e-12
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9          ( 373)  290 69.1 8.4e-12
CCDS47337.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5          ( 283)  286 68.2 1.2e-11
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5          ( 465)  289 68.9 1.2e-11
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9        ( 432)  287 68.5 1.5e-11
CCDS74963.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 577)  287 68.5 1.9e-11
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1          ( 495)  286 68.3 1.9e-11
CCDS58838.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 601)  287 68.6 1.9e-11
CCDS2914.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3          ( 677)  287 68.6 2.2e-11
CCDS58837.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 679)  287 68.6 2.2e-11
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2       ( 408)  281 67.3 3.3e-11
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9          ( 439)  281 67.3 3.5e-11
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1           ( 478)  279 66.9   5e-11
CCDS58839.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3         ( 676)  281 67.3 5.1e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20         ( 330)  276 66.2 5.5e-11
CCDS75845.1 FOXD4L4 gene_id:349334|Hs108|chr9      ( 416)  275 66.0 7.8e-11


>>CCDS1838.1 FOXN2 gene_id:3344|Hs108|chr2                (431 aa)
 initn: 2865 init1: 2865 opt: 2865  Z-score: 3180.5  bits: 597.6 E(32554): 7.8e-171
Smith-Waterman score: 2865; 100.0% identity (100.0% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-431)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAVDAARPKATLVDSESADDELTNLN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAVDAARPKATLVDSESADDELTNLN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 WLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 WLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 IYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 NGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLKESDIDA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLKESDIDA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 AAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSLATSIDPKE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSLATSIDPKE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 DHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 PLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIST
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIST
              370       380       390       400       410       420

              430 
pF1KB7 AKTQNQKQRKK
       :::::::::::
CCDS18 AKTQNQKQRKK
              430 

>>CCDS32138.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14              (468 aa)
 initn: 926 init1: 571 opt: 740  Z-score: 823.0  bits: 161.5 E(32554): 1.6e-39
Smith-Waterman score: 1026; 43.7% identity (63.6% similar) in 478 aa overlap (1-428:1-463)

               10        20        30              40        50    
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAV------DAARPKATLVDSESADD
       ::::  : :.:. :. :    .:::: :  ... .:.      : . :   : ..   :.
CCDS32 MGPV--MPPSKKPESSGISVSSGLSQCYGGSGFSKALQEDDDLDFSLPDIRLEEGAMEDE
                 10        20        30        40        50        

           60        70        80        90       100         110  
pF1KB7 ELTNLNWLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNP--EKKSATSK
       ::::::::::: ::: .:  :   :  :::. :.. :  ::  ::  . :   ... . :
CCDS32 ELTNLNWLHESKNLLKSF--GESVLRSVSPVQDLDDDTPPS--PAHSDMPYDARQNPNCK
       60        70          80        90         100       110    

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 PPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQK
       :::::: ::.:::: ::.: ::::.::.:::.::::::.:::::::::::::::::::.:
CCDS32 PPYSFSCLIFMAIEDSPTKRLPVKDIYNWILEHFPYFANAPTGWKNSVRHNLSLNKCFKK
          120       130       140       150       160       170    

            180       190       200              210            220
pF1KB7 VERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQP-------FSSASS-----QNGSLSPHY
       :.. ...  :::::::.::::. :::::::: :       :..  .     :. :  : .
CCDS32 VDKERSQSIGKGSLWCIDPEYRQNLIQALKKTPYHPHPHVFNTPPTCPQAYQSTSGPPIW
          180       190       200       210       220       230    

               230       240       250       260       270         
pF1KB7 L-SSVIKQNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFH
         :. .:.: .       .   .: .:      .:..   .:::. : .    .. :.. 
CCDS32 PGSTFFKRNGALLQVPPGVIQNGARVL-----SRGLFPGVRPLPI-TPIGVTAAMRNGI-
          240       250       260            270        280        

     280        290           300       310          320       330 
pF1KB7 HPSAVRLQ-ESD----SLATSIDPKEDHNYSASSMAAQRCASRSS---VSSLSSVDEVYE
         .. :.. ::.    : ..: :::::::::... .  : .: .:    :: ::.:. ::
CCDS32 --TSCRMRTESEPSCGSPVVSGDPKEDHNYSSAKSSNARSTSPTSDSISSSSSSADDHYE
         290       300       310       320       330       340     

             340        350                 360       370          
pF1KB7 FIPKNSHVGSDGSEG-FHSEED-TDVDYED---------DPLGDSGYASQ--------PC
       :  :.:. ::.:::: :.:.:. .:.. .:         : :::::::::          
CCDS32 FATKGSQEGSEGSEGSFRSHESPSDTEEDDRKHSQKEPKDSLGDSGYASQHKKRQHFAKA
         350       360       370       380       390       400     

            380       390        400       410        420       430
pF1KB7 AKISEKGQSGKKMRKQTCQEID-EELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIS-TAKTQNQKQRK
        :.       :: : .   : : ::.::::::::::::::.::... . ::: :....  
CCDS32 RKVPSDTLPLKKRRTEKPPESDDEEMKEAAGSLLHLAGIRSCLNNITNRTAKGQKEQKET
         410       420       430       440       450       460     

          
pF1KB7 K  
          
CCDS32 TKN
          

>>CCDS41977.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14              (490 aa)
 initn: 995 init1: 571 opt: 740  Z-score: 822.6  bits: 161.5 E(32554): 1.7e-39
Smith-Waterman score: 1028; 44.4% identity (62.7% similar) in 475 aa overlap (1-409:1-465)

               10        20        30              40        50    
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAV------DAARPKATLVDSESADD
       ::::  : :.:. :. :    .:::: :  ... .:.      : . :   : ..   :.
CCDS41 MGPV--MPPSKKPESSGISVSSGLSQCYGGSGFSKALQEDDDLDFSLPDIRLEEGAMEDE
                 10        20        30        40        50        

           60        70        80        90       100         110  
pF1KB7 ELTNLNWLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNP--EKKSATSK
       ::::::::::: ::: .:  :   :  :::. :.. :  ::  ::  . :   ... . :
CCDS41 ELTNLNWLHESKNLLKSF--GESVLRSVSPVQDLDDDTPPS--PAHSDMPYDARQNPNCK
       60        70          80        90         100       110    

            120       130       140       150       160       170  
pF1KB7 PPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQK
       :::::: ::.:::: ::.: ::::.::.:::.::::::.:::::::::::::::::::.:
CCDS41 PPYSFSCLIFMAIEDSPTKRLPVKDIYNWILEHFPYFANAPTGWKNSVRHNLSLNKCFKK
          120       130       140       150       160       170    

            180       190       200              210            220
pF1KB7 VERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQP-------FSSASS-----QNGSLSPHY
       :.. ...  :::::::.::::. :::::::: :       :..  .     :. :  : .
CCDS41 VDKERSQSIGKGSLWCIDPEYRQNLIQALKKTPYHPHPHVFNTPPTCPQAYQSTSGPPIW
          180       190       200       210       220       230    

              230       240       250                         260  
pF1KB7 LSSVIKQNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIE------------------QGILECEKPL
        .:.. . .   :.. :::::.:::::::  :                  .:..   .::
CCDS41 PGSTFFKRNGALLQDPDIDAASAMMLLNTPPEIQAGFPPGVIQNGARVLSRGLFPGVRPL
          240       250       260       270       280       290    

            270       280        290           300       310       
pF1KB7 PLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQ-ESD----SLATSIDPKEDHNYSASSMAAQRCASR
       :. : .    .. :..   .. :.. ::.    : ..: :::::::::... .  : .: 
CCDS41 PI-TPIGVTAAMRNGI---TSCRMRTESEPSCGSPVVSGDPKEDHNYSSAKSSNARSTSP
           300          310       320       330       340       350

          320       330       340        350                 360   
pF1KB7 SS---VSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEG-FHSEED-TDVDYED---------DPLG
       .:    :: ::.:. :::  :.:. ::.:::: :.:.:. .:.. .:         : ::
CCDS41 TSDSISSSSSSADDHYEFATKGSQEGSEGSEGSFRSHESPSDTEEDDRKHSQKEPKDSLG
              360       370       380       390       400       410

           370               380       390        400       410    
pF1KB7 DSGYASQ--------PCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEID-EELKEAAGSLLHLAGIRTCL
       :::::::           :.       :: : .   : : ::.::::::::::::     
CCDS41 DSGYASQHKKRQHFAKARKVPSDTLPLKKRRTEKPPESDDEEMKEAAGSLLHLAGIRSCL
              420       430       440       450       460       470

          420       430    
pF1KB7 GSLISTAKTQNQKQRKK   
                           
CCDS41 NNITNRTAKGQKEQKETTKN
              480       490

>>CCDS11232.1 FOXN1 gene_id:8456|Hs108|chr17              (648 aa)
 initn: 366 init1: 366 opt: 373  Z-score: 413.7  bits: 86.2 E(32554): 1e-16
Smith-Waterman score: 375; 42.7% identity (67.1% similar) in 143 aa overlap (93-225:243-385)

             70        80        90       100       110            
pF1KB7 HESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATS---------KP
                                     .: .: . ::  .    .:         ::
CCDS11 MFCYQPPLQHMYCSSQPPFHQYSPGGGSYPIPYLGSSHYQYQRMAPQASTDGHQPLFPKP
            220       230       240       250       260       270  

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB7 PYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKV
        ::.:.::.::...: .  :::.:::... .::::: ::: ::::::::::::::::.::
CCDS11 IYSYSILIFMALKNSKTGSLPVSEIYNFMTEHFPYFKTAPDGWKNSVRHNLSLNKCFEKV
            280       290       300       310       320       330  

           180       190       200       210        220       230  
pF1KB7 ERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLS-PHYLSSVIKQNQVRN
       : . :. . :: :: ..:    .. . :.:   ..  .   :.. :. :.:.:       
CCDS11 ENKSGSSSRKGCLWALNPAKIDKMQEELQKWKRKDPIAVRKSMAKPEELDSLIGDKREKL
            340       350       360       370       380       390  

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB7 LKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSL
                                                                   
CCDS11 GSPLLGCPPPGLSGSGPIRPLAPPAGLSPPLHSLHPAPGPIPGKNPLQDLLMGHTPSCYG
            400       410       420       430       440       450  

>>CCDS9126.2 FOXN4 gene_id:121643|Hs108|chr12             (517 aa)
 initn: 354 init1: 331 opt: 356  Z-score: 396.4  bits: 82.7 E(32554): 9.3e-16
Smith-Waterman score: 356; 31.6% identity (57.4% similar) in 282 aa overlap (112-382:193-464)

              90       100       110       120       130       140 
pF1KB7 VSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSW
                                     :: ::.: :: ::...: .  :::.::::.
CCDS91 YGPPFGVRPPYPQPHVAVHSSQELHPKHYPKPIYSYSCLIAMALKNSKTGSLPVSEIYSF
            170       180       190       200       210       220  

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB7 ILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQAL
       . .::::: ::: ::::::::::::::::.::: . .  . :: :: ..     .. . .
CCDS91 MKEHFPYFKTAPDGWKNSVRHNLSLNKCFEKVENKMSGSSRKGCLWALNLARIDKMEEEM
            230       240       250       260       270       280  

             210        220          230       240       250       
pF1KB7 KKQPFSSASSQNGSLS-PHYLSSVIK---QNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILE
       .:   .. .. . :.. :. :...:.   ..  :  : .. .: .     .... .: : 
CCDS91 HKWKRKDLAAIHRSMANPEELDKLISDRPESCRRPGKPGEPEAPVLTHATTVAVAHGCLA
            290       300       310       320       330       340  

       260          270       280          290       300       310 
pF1KB7 CEK--PLPLKT-ALQKKRSYGNAFHH---PSAVRLQESDSLATSIDPKEDHNYSASSMAA
         .  : :: : .::.       .::   :.:    .: . : .   .   . : : .  
CCDS91 VSQLPPQPLMTLSLQSV-----PLHHQVQPQAHLAPDSPAPAQTPPLHALPDLSPSPLP-
            350            360       370       380       390       

             320        330       340       350       360       370
pF1KB7 QRCASRSSVSSLS-SVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDDPLGDSGYASQ
       .   .:. :. .. :.:   :    .  . . . .:   ::  :  .  : ::  ..:..
CCDS91 HPAMGRAPVDFINISTDMNTEVDALDPSIMDFALQGNLWEEMKDEGFSLDTLG--AFADS
        400       410       420       430       440         450    

              380       390       400       410       420       430
pF1KB7 PCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLISTAKTQNQKQRK
       : .   . : ::                                                
CCDS91 PLG--CDLGASGLTPASGGSDQSFPDLQVTGLYTAYSTPDSVAASGTSSSSQYLGAQGNK
            460       470       480       490       500       510  

>>CCDS55594.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1              (588 aa)
 initn: 331 init1: 299 opt: 353  Z-score: 392.2  bits: 82.1 E(32554): 1.6e-15
Smith-Waterman score: 359; 30.0% identity (61.6% similar) in 263 aa overlap (102-344:68-328)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KB7 FSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNK
                                     :.  ..   .:::::.. :: .::. ::.:
CCDS55 AIQKSDATQNAHGTGISKKNALLDPNTTLDQEEVQQHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKK
        40        50        60        70        80        90       

             140       150       160       170       180       190 
pF1KB7 CLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDP
        . ..:::.:: :.:::.  : .:::::.:::::::::: :: ::.    :::: : .: 
CCDS55 KMTLSEIYQWICDNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSLNKCFLKVPRSKDD-PGKGSYWAIDT
       100       110       120       130       140        150      

             200              210       220        230       240   
pF1KB7 EYKPNLIQALKKQPFSSA-------SSQNGSLSPHY-LSSVIKQNQVRNLKESDIDAAAA
       . : ... .  :.   :.       ..:.:: ::.  :.. ...... ... ... .. .
CCDS55 NPKEDVLPTRPKKRARSVERVTLYNTDQDGSDSPRSSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHS
        160       170       180       190       200       210      

              250       260            270          280       290  
pF1KB7 MMLLNT---SIEQGILECEKP---LPL--KTALQKKRSYGN---AFHHPSAVRLQESDSL
       .  ...   :. :..   ..:   ::   :  : .. .. .   .:.      ...: : 
CCDS55 YTPVTSHPESVSQSLTPQQQPQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQ
        220       230       240       250       260       270      

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB7 ATSID-PKEDHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEE
          .. :.:. . : .: . :.  : :.::.    ..      ..: ... ::       
CCDS55 QGLMNIPSESSQQSHTSCTYQHSPS-STVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVS
        280       290       300        310       320       330     

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB7 DTDVDYEDDPLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIR
                                                                   
CCDS55 LSHPQMHTQPSPHPPHRPHGLPQHPQRSPHPAPHPQQHSQLQSPHPQHPSPHQHIQHHPN
         340       350       360       370       380       390     

>>CCDS30689.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1              (622 aa)
 initn: 331 init1: 299 opt: 352  Z-score: 390.7  bits: 81.9 E(32554): 1.9e-15
Smith-Waterman score: 358; 30.4% identity (58.1% similar) in 303 aa overlap (102-381:68-352)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KB7 FSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNK
                                     :.  ..   .:::::.. :: .::. ::.:
CCDS30 AIQKSDATQNAHGTGISKKNALLDPNTTLDQEEVQQHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKK
        40        50        60        70        80        90       

             140       150       160       170       180       190 
pF1KB7 CLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDP
        . ..:::.:: :.:::.  : .:::::.:::::::::: :: ::.    :::: : .: 
CCDS30 KMTLSEIYQWICDNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSLNKCFLKVPRSKDD-PGKGSYWAIDT
       100       110       120       130       140        150      

             200                 210              220       230    
pF1KB7 EYKPNLIQALKKQ----------PFSSASSQ-------NGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLK
       . : ... .  :.          :.:  :..       .:: ::    ...  :.: .: 
CCDS30 NPKEDVLPTRPKKRARSVERASTPYSIDSDSLGMECIISGSASPTLAINTVT-NKV-TLY
        160       170       180       190       200        210     

          240        250       260       270       280       290   
pF1KB7 ESDIDAA-AAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSLA
       ..: :.. .    ::.:. .  :     . :.. . . .::  .  ::        .:..
CCDS30 NTDQDGSDSPRSSLNNSLSDQSLAS---VNLNS-VGSVHSYTPVTSHP--------ESVS
          220       230          240        250               260  

           300       310       320        330       340       350  
pF1KB7 TSIDPKEDHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLS-SVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEED
        :. :... .:.      :   :. .  .:: :   .:. . ..: ....:  .. :: .
CCDS30 QSLTPQQQPQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQS-LSQQGLMNIPSESS
            270       280       290       300        310       320 

                360       370       380       390       400        
pF1KB7 ----TDVDYEDDPLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLA
           :.  :. .:  .:  ...: .. :  ..:                           
CCDS30 QQSHTSCTYQHSP--SSTVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSHPQMHTQP
             330         340       350       360       370         

      410       420       430                                      
pF1KB7 GIRTCLGSLISTAKTQNQKQRKK                                     
                                                                   
CCDS30 SPHPPHRPHGLPQHPQRSPHPAPHPQQHSQLQSPHPQHPSPHQHIQHHPNHQHQTLTHQA
     380       390       400       410       420       430         

>>CCDS8587.1 FOXJ2 gene_id:55810|Hs108|chr12              (574 aa)
 initn: 343 init1: 279 opt: 332  Z-score: 369.0  bits: 77.8 E(32554): 3.1e-14
Smith-Waterman score: 332; 38.7% identity (60.7% similar) in 173 aa overlap (53-218:6-173)

             30        40        50        60        70          80
pF1KB7 GLSQIYKMGSLPEAVDAARPKATLVDSESADDELTNLNWLHESTNLLTNFSLGS--EGLP
                                     .. ::...:: . :   :  .:::  .. :
CCDS85                          MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGP
                                        10        20        30     

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pF1KB7 IVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKK-SATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIY
         :      :.  :.   :  .. :      .:: ::.. :: .::. :: : . ..:::
CCDS85 PGSSRKCSPGS--PTDPNATLSKDEAAVHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIY
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pF1KB7 SWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQ
        :: :.:::. .:  :::::.::::::::::.:: : .    :::: : .:    :.. .
CCDS85 RWICDNFPYYKNAGIGWKNSIRHNLSLNKCFRKVPRPRDD-PGKGSYWTIDTC--PDISR
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     200       210           220       230       240       250     
pF1KB7 ALKKQPFSSASS----QNGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGI
         .. : .. :.    :..: ::                                     
CCDS85 KRRHPPDDDLSQDSPEQEASKSPRGGVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGS
              160       170       180       190       200       210

>>CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5                (378 aa)
 initn: 350 init1: 261 opt: 323  Z-score: 361.9  bits: 75.9 E(32554): 7.7e-14
Smith-Waterman score: 323; 28.8% identity (58.1% similar) in 236 aa overlap (61-281:64-298)

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                                     :..  :     .  : .. :..   : .. 
CCDS43 NFFHPQGVPSPQRPSFEGGGEYGATPNPYLWFNGPTMTPPPYLPGPNASPFLPQAYGVQR
            40        50        60        70        80        90   

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pF1KB7 DDVPS--------FGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWI
         .::        .:     . :.     .::::.: :: :::. .:.: : ...::...
CCDS43 PLLPSVSGLGGSDLGWLPIPSQEELMKLVRPPYSYSALIAMAIHGAPDKRLTLSQIYQYV
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pF1KB7 LDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQA--
        :.::..  . .::.::.::::::: ::.:: :..    :::. : .::. .  . ..  
CCDS43 ADNFPFYNKSKAGWQNSIRHNLSLNDCFKKVPRDEDD-PGKGNYWTLDPNCEKMFDNGNF
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         :..  :..::...::. .   : .  .. .. . .::  .:.    ..: :.      
CCDS43 RRKRKRKSDVSSSTASLALEKTESSLPVDSPKTTEPQDILDGASPGGTTSSPEKRPSPPP
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       .  : :.. :..  .:   :.   ::                                  
CCDS43 SGAPCLNSFLSSMTAYVSGGSPTSHPLVTPGLSPEPSDKTGQNSLTFNSFSPLTNLSNHS
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>>CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20              (457 aa)
 initn: 369 init1: 273 opt: 321  Z-score: 358.4  bits: 75.5 E(32554): 1.2e-13
Smith-Waterman score: 330; 36.0% identity (56.6% similar) in 189 aa overlap (6-192:72-238)

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CCDS13 TYMSMSAAAMGSGSGNMSAGSMNMSSYVGAGMSPSLAGMSPGAGAMAGMG-----GSAGA
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       : : .  :. .   :  . .    .. :   .:. .           .::.:   : .  
CCDS13 AGVAGMGPHLSPSLSPLGGQAAGAMGGLAPYANMNS-----------MSPMYGQAGLSRA
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          :  :    ..: : .:::::.  :: :::..:::: : ..:::.::.: ::..    
CCDS13 R-DPKTY----RRSYTHAKPPYSYISLITMAIQQSPNKMLTLSEIYQWIMDLFPFYRQNQ
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CCDS13 QRWQNSIRHSLSFNDCFLKVPRSPDK-PGKGSFWTLHPDSGNMFENGCYLRRQKRFKCEK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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