seq1 = pF1KB6407.tfa, 918 bp
seq2 = pF1KB6407/gi568815578f_54375947.tfa (gi568815578f:54375947_54750476), 374530 bp

>pF1KB6407 918
>gi568815578f:54375947_54750476 (Chr20)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-174  (178987-179094)   100% ->
175-289  (212537-212651)   100% ->
290-409  (212741-212860)   100% ->
410-599  (215670-215859)   100% ->
600-735  (234442-234577)   100% ->
736-856  (267512-267632)   100% ->
857-918  (274469-274530)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTTCCAATTTTAATGACATAGTGAAGCAAGGGTACGTGAGGATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTTCCAATTTTAATGACATAGTGAAGCAAGGGTACGTGAGGATCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCAGACGCCTCGGG         ATTTATCAGCGATGCTGGTTAGTAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCAGACGCCTCGGGGTG...CAGATTTATCAGCGATGCTGGTTAGTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAAGAAAGCTTCAAGCAAAGGTCCAAAAAGACTGGAGAAATTTTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179012 TCAAGAAAGCTTCAAGCAAAGGTCCAAAAAGACTGGAGAAATTTTCTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAACGTGCTGCATATTTCAGGTGTTATCATAAG         GTTACAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 179062 GAACGTGCTGCATATTTCAGGTGTTATCATAAGGTA...CAGGTTACAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTCAATAATGTGAAGAACGTAGCTCGATTGCCAAAAAGCACCAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212545 ACTCAATAATGTGAAGAACGTAGCTCGATTGCCAAAAAGCACCAAGAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCCATAGGGATTTATTTCAATGACGATACCTCCAAGACTTTTGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212595 ATGCCATAGGGATTTATTTCAATGACGATACCTCCAAGACTTTTGCTTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAATCAG         ATCTTGAGGCTGATGAGTGGTGCAAAGTACTCCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212645 GAATCAGGTT...CAGATCTTGAGGCTGATGAGTGGTGCAAAGTACTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GATGGAGTGTGTAGGAACACGGATCAATGACATCAGCCTTGGAGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212775 GATGGAGTGTGTAGGAACACGGATCAATGACATCAGCCTTGGAGAGCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTACTGGCCACTGGGGTTGAGAGAGAACAGAGTG         AGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 212825 ACTTACTGGCCACTGGGGTTGAGAGAGAACAGAGTGGTA...CAGAGAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCAATGTGTATTTGATGCCATCTCCTAACTTAGATGTACATGGCGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215675 TTCAATGTGTATTTGATGCCATCTCCTAACTTAGATGTACATGGCGAATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCCTTGCAGATTACATATGAGTATATCTGTCTTTGGGACGTCCAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215725 TGCCTTGCAGATTACATATGAGTATATCTGTCTTTGGGACGTCCAGAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAGAGTCAAACTCATCTCTTGGCCGCTAAGCGCCCTGCGGCGGTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215775 CCAGAGTCAAACTCATCTCTTGGCCGCTAAGCGCCCTGCGGCGGTATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTGATACTACGTGGTTCACTTTTGAGGCAGGGAG         GATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 215825 CGTGATACTACGTGGTTCACTTTTGAGGCAGGGAGGTG...CAGGATGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGACTGGTGAAGGGCTGTTTATCTTTCAGACCCGAGACGGGGAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234448 TGAGACTGGTGAAGGGCTGTTTATCTTTCAGACCCGAGACGGGGAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCTATCAGAAAGTCCACTCTGCTGCCTTGGCCATAGCCGAGCAGCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 234498 TCTATCAGAAAGTCCACTCTGCTGCCTTGGCCATAGCCGAGCAGCACGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCTTGCTACAGAGTGTGAAAAACTCGATG         CTCCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 234548 CGCTTGCTACAGAGTGTGAAAAACTCGATGGTA...CAGCTCCAGATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATGAGTGAGCGGGCCGCCTCGCTGAGCACCATGGTGCCCCTGCCTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267523 GATGAGTGAGCGGGCCGCCTCGCTGAGCACCATGGTGCCCCTGCCTCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCGCCTACTGGCAGCACATCACACGGCAGCACAGCACGGGACAGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 267573 GCGCCTACTGGCAGCACATCACACGGCAGCACAGCACGGGACAGCTCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGCTTGCAAG         ATGTTTCCAGCCCTCTGAAGCTTCATCGAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 267623 CGCTTGCAAGGTA...AAGATGTTTCCAGCCCTCTGAAGCTTCATCGAAC

    950     .    :    .    :    .    :
    888 AGAGACTTTTCCAGCCTACAGATCTGAGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 274500 AGAGACTTTTCCAGCCTACAGATCTGAGCAC