Result of FASTA (omim) for pF1KE0741
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0741, 315 aa
  1>>>pF1KE0741 315 - 315 aa - 315 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8233+/-0.000459; mu= 13.8146+/- 0.028
 mean_var=122.3263+/-25.052, 0's: 0 Z-trim(112.8): 112  B-trim: 482 in 1/50
 Lambda= 0.115962
 statistics sampled from 21717 (21834) to 21717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.256), width:  16
 Scan time:  7.580

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_974197 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
XP_016881636 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain- ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_005707 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_974199 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_573568 (OMIM: 601869,608792) PDZ domain-contain ( 312) 1111 197.3 3.3e-50
NP_974198 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 236) 1062 189.0   8e-48
NP_974223 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 236) 1062 189.0   8e-48
XP_016881637 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain- ( 236) 1062 189.0   8e-48
XP_005259549 (OMIM: 601869,608792) PREDICTED: PDZ  (1349)  939 169.3 4.1e-41


>>NP_974197 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein  (333 aa)
 initn: 856 init1: 764 opt: 1263  Z-score: 1159.5  bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)

               10                20        30              40      
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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NP_974 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
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pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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NP_974 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
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pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_974 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
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pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
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NP_974 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
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pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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NP_974 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
              250       260       270       280       290       300

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pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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NP_974 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              310       320       330   

>>XP_016881636 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain-cont  (333 aa)
 initn: 856 init1: 764 opt: 1263  Z-score: 1159.5  bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)

               10                20        30              40      
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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XP_016 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
               10        20        30        40        50        60

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pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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XP_016 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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XP_016 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
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pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
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XP_016 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
              190       200       210       220       230       240

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pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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XP_016 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
              250       260       270       280       290       300

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pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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XP_016 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              310       320       330   

>>NP_005707 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein  (333 aa)
 initn: 856 init1: 764 opt: 1263  Z-score: 1159.5  bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)

               10                20        30              40      
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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NP_005 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
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pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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NP_005 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
               70        80        90       100       110       120

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pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_005 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
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pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
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NP_005 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
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pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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NP_005 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              310       320       330   

>>NP_974199 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein  (333 aa)
 initn: 856 init1: 764 opt: 1263  Z-score: 1159.5  bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)

               10                20        30              40      
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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NP_974 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
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pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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NP_974 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
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pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_974 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
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pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
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NP_974 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
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pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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NP_974 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
              250       260       270       280       290       300

            290       300       310     
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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NP_974 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              310       320       330   

>>NP_573568 (OMIM: 601869,608792) PDZ domain-containing   (312 aa)
 initn: 1112 init1: 748 opt: 1111  Z-score: 1022.4  bits: 197.3 E(85289): 3.3e-50
Smith-Waterman score: 1111; 57.4% identity (81.0% similar) in 305 aa overlap (9-311:7-308)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
               ..:.. ::     . :  : .   .: ::  : :::..:::::: ::..:::
NP_573   MEGAAAREARGTETP--RASAPPPAPSEPPAAPRARPR-LVFRTQLAHGSPTGKIEGF
                 10          20        30         40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
       ....::::.:: :: :.:.:::.::::. :.::..:::::.::::::::::.:  :::.:
NP_573 TNVRELYAKIAEAFGIAPTEILFCTLNSHKVDMQKLLGGQIGLEDFIFAHVRGETKEVEV
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
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NP_573 TKTEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSIINRIEAVCVGDSIEAINDHSIVGCRHYEVAK
         120       130       140       150       160       170     

              190       200        210        220       230        
pF1KE0 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGKSSGE-KIGCGRATLRLRSKGPATVEEM
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NP_573 MLRELPKSQPFTLRLVQPKRAFDMIGQRSRSSKCPVEAKVTSGRETLRLRSGGAATVEEA
         180       190       200       210       220       230     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE0 PSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDE
       ::: . .: .:.::.:: :::::: .::.:: :..:  .. .:::  :: .::.::::::
NP_573 PSEFEEEASRKVDDLLESYMGIRDPELASTMVETSKKTASAQEFARCLDSVLGEFAFPDE
         240       250       260       270       280       290     

      300       310     
pF1KE0 FVFDVWGVIGDAKRRGL
       :: .::..::.:.    
NP_573 FVVEVWAAIGEAREACG
         300       310  

>>NP_974198 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein  (236 aa)
 initn: 616 init1: 583 opt: 1062  Z-score: 979.6  bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
                                     ..::::: :.::..:::::.::::::::::
NP_974                               MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
                                             10        20        30

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
       :: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
NP_974 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
               40        50        60        70        80        90

             180       190       200        210        220         
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
       : :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. :  :: .:. .:: ..: ::.::::::
NP_974 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
              100       110       120       130       140       150

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
       .::::::..::  . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: :::: 
NP_974 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
              160       170       180       190       200       210

     290       300       310     
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
       ::::::::::::::::.:::::    
NP_974 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              220       230      

>>NP_974223 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein  (236 aa)
 initn: 616 init1: 583 opt: 1062  Z-score: 979.6  bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
                                     ..::::: :.::..:::::.::::::::::
NP_974                               MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
                                             10        20        30

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
       :: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
NP_974 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
               40        50        60        70        80        90

             180       190       200        210        220         
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
       : :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. :  :: .:. .:: ..: ::.::::::
NP_974 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
              100       110       120       130       140       150

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
       .::::::..::  . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: :::: 
NP_974 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
              160       170       180       190       200       210

     290       300       310     
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
       ::::::::::::::::.:::::    
NP_974 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              220       230      

>>XP_016881637 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain-cont  (236 aa)
 initn: 616 init1: 583 opt: 1062  Z-score: 979.6  bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)

              60        70        80        90       100       110 
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
                                     ..::::: :.::..:::::.::::::::::
XP_016                               MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
                                             10        20        30

             120       130       140       150       160       170 
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
       :: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
XP_016 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
               40        50        60        70        80        90

             180       190       200        210        220         
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
       : :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. :  :: .:. .:: ..: ::.::::::
XP_016 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
              100       110       120       130       140       150

     230       240       250       260       270       280         
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
       .::::::..::  . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: :::: 
XP_016 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
              160       170       180       190       200       210

     290       300       310     
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
       ::::::::::::::::.:::::    
XP_016 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
              220       230      

>>XP_005259549 (OMIM: 601869,608792) PREDICTED: PDZ doma  (1349 aa)
 initn: 924 init1: 748 opt: 939  Z-score: 859.2  bits: 169.3 E(85289): 4.1e-41
Smith-Waterman score: 939; 57.9% identity (80.7% similar) in 259 aa overlap (9-265:7-262)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
               ..:.. ::     . :  : .   .: ::  : :::..:::::: ::..:::
XP_005   MEGAAAREARGTETPR--ASAPPPAPSEPPAAPRARPR-LVFRTQLAHGSPTGKIEGF
                 10          20        30         40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
       ....::::.:: :: :.:.:::.::::. :.::..:::::.::::::::::.:  :::.:
XP_005 TNVRELYAKIAEAFGIAPTEILFCTLNSHKVDMQKLLGGQIGLEDFIFAHVRGETKEVEV
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
        :.::.:::::::::.:::::::::.:..:. ....:::: ::.:: ..::: :::.:::
XP_005 TKTEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSIINRIEAVCVGDSIEAINDHSIVGCRHYEVAK
         120       130       140       150       160       170     

              190       200        210        220       230        
pF1KE0 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGKSSGE-KIGCGRATLRLRSKGPATVEEM
        :.:: : . ::..:..::.::. :  ::...:   : :.  :: :::::: : ::::: 
XP_005 MLRELPKSQPFTLRLVQPKRAFDMIGQRSRSSKCPVEAKVTSGRETLRLRSGGAATVEEA
         180       190       200       210       220       230     

      240       250       260       270       280       290        
pF1KE0 PSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDE
       ::: . .: .:.::.:: :::::: .:                                 
XP_005 PSEFEEEASRKVDDLLESYMGIRDPELGKGPGVHHGGDVQEDSERPGVCTLFRLRLGRVR
         240       250       260       270       280       290     




315 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 18:25:36 2016 done: Sat Nov  5 18:25:37 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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