Result of FASTA (ccds) for pF1KB6689
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6689, 335 aa
  1>>>pF1KB6689 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6302+/-0.000917; mu= 8.6200+/- 0.055
 mean_var=108.2432+/-22.345, 0's: 0 Z-trim(107.2): 131  B-trim: 464 in 1/51
 Lambda= 0.123275
 statistics sampled from 9256 (9420) to 9256 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.289), width:  16
 Scan time:  2.610

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19          ( 335) 2254 411.9 3.8e-115
CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19          ( 326) 1898 348.6 4.2e-96
CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19          ( 326) 1856 341.1 7.5e-94
CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19          ( 333) 1853 340.6 1.1e-93
CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19          ( 335) 1713 315.7 3.5e-86
CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19         ( 335) 1651 304.6 7.2e-83
CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19          ( 326) 1631 301.1 8.3e-82
CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19          ( 333) 1607 296.8 1.6e-80
CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19       ( 349) 1260 235.1 6.4e-62
CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19       ( 344) 1234 230.5 1.6e-60
CCDS54274.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19        ( 461) 1217 227.5 1.6e-59
CCDS12611.1 PSG3 gene_id:5671|Hs108|chr19          ( 428) 1212 226.6 2.8e-59
CCDS54272.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19        ( 368) 1206 225.5 5.2e-59
CCDS46089.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19        ( 464) 1207 225.8 5.6e-59
CCDS54273.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19        ( 430) 1206 225.6 5.9e-59
CCDS12609.1 CEACAM1 gene_id:634|Hs108|chr19        ( 526) 1207 225.8 6.2e-59
CCDS46091.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19        ( 419) 1185 221.8 7.7e-58
CCDS33037.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19        ( 426) 1185 221.8 7.8e-58
CCDS59392.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19          ( 417) 1183 221.5 9.8e-58
CCDS54275.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19          ( 419) 1183 221.5 9.8e-58
CCDS12612.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19          ( 426) 1183 221.5   1e-57
CCDS74380.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19          ( 428) 1183 221.5   1e-57
CCDS46093.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19          ( 419) 1163 217.9 1.2e-56
CCDS12618.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19          ( 426) 1151 215.8 5.2e-56
CCDS46090.1 PSG8 gene_id:440533|Hs108|chr19        ( 297) 1121 210.3 1.6e-54
CCDS77310.1 PSG7 gene_id:5676|Hs108|chr19          ( 297) 1106 207.7 9.9e-54
CCDS33038.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19          ( 424) 1099 206.5 3.1e-53
CCDS12613.1 PSG6 gene_id:5675|Hs108|chr19          ( 435) 1089 204.8 1.1e-52
CCDS77311.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19          ( 240)  839 160.1 1.6e-39
CCDS12583.1 CEACAM7 gene_id:1087|Hs108|chr19       ( 265)  812 155.4 4.9e-38
CCDS12615.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19         ( 213)  782 150.0 1.7e-36
CCDS12584.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19       ( 702)  753 145.1 1.6e-34
CCDS77302.1 CEACAM5 gene_id:1048|Hs108|chr19       ( 701)  743 143.3 5.4e-34
CCDS54278.1 CEACAM16 gene_id:388551|Hs108|chr19    ( 425)  569 112.3 7.4e-25
CCDS46087.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19     ( 292)  552 109.1 4.4e-24
CCDS46086.1 CEACAM21 gene_id:90273|Hs108|chr19     ( 293)  546 108.1 9.3e-24
CCDS62685.1 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19       ( 212)  517 102.8 2.6e-22
CCDS12586.2 CEACAM3 gene_id:1084|Hs108|chr19       ( 252)  517 102.9 2.9e-22
CCDS33033.1 CEACAM4 gene_id:1089|Hs108|chr19       ( 244)  454 91.7 6.8e-19
CCDS74390.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19    ( 491)  317 67.5 2.6e-11
CCDS74391.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19    ( 503)  317 67.5 2.6e-11
CCDS74392.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19    ( 584)  317 67.5   3e-11
CCDS74393.1 CEACAM20 gene_id:125931|Hs108|chr19    ( 596)  317 67.5   3e-11


>>CCDS12617.1 PSG5 gene_id:5673|Hs108|chr19               (335 aa)
 initn: 2254 init1: 2254 opt: 2254  Z-score: 2180.8  bits: 411.9 E(32554): 3.8e-115
Smith-Waterman score: 2254; 99.4% identity (100.0% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MGPLSAPPCTQHITWKGLLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::
CCDS12 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMRSDPVTLNVLYGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
              310       320       330     

>>CCDS62695.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19               (326 aa)
 initn: 1898 init1: 1898 opt: 1898  Z-score: 1838.8  bits: 348.6 E(32554): 4.2e-96
Smith-Waterman score: 1898; 88.5% identity (94.1% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::::::::::.::::::::::::::::: : :::::::: :::::::::::::::::::
CCDS62 MGPLSAPPCTQRITWKGVLLTASLLNFWNPPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       :::::::::::.  :::::::::::::  ::::::.::: :::::::::::::.::::::
CCDS62 NLAGYIWYKGQMTYLYHYITSYVVDGQRIIYGPAYSGRERVYSNASLLIQNVTQEDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::: : : ::::.:::.:. :: :::::::: .::::::::.:::::::.::::::
CCDS62 TLHIIKRRDGTGGVTGHFTFTLHPKLSKPYITINNLNPRENKDVLTFTCEPKSKNYTYIW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::::: ::..:::::::::::::
CCDS62 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPNVTRNETGPYQCEIRDRYGGIRSDPVTLNVLYGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       ::::::::::::::::::::::::::: :.: :::::::: :::::::::::::: :::.
CCDS62 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPRAQYSWTINGKFQLSGQKLSIPQITTKHSGLYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::::::::::::::.::.::              
CCDS62 CSVRNSATGKESSKSITVKVSDWILP         
              310       320               

>>CCDS82360.1 PSG1 gene_id:5669|Hs108|chr19               (326 aa)
 initn: 1856 init1: 1856 opt: 1856  Z-score: 1798.4  bits: 341.1 E(32554): 7.5e-94
Smith-Waterman score: 1856; 86.9% identity (92.2% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :: ::::::::.: :::.::::::::::::: :::::::: : :::::::::::::::::
CCDS82 MGTLSAPPCTQRIKWKGLLLTASLLNFWNLPTTAQVTIEAEPTKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       ::.::::::::. :::::::::::::.: ::::::.::::.:::::::::::::::::::
CCDS82 NLTGYIWYKGQMRDLYHYITSYVVDGEIIIYGPAYSGRETAYSNASLLIQNVTREDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::  : :::::: :::.:. ::::::::::: .:::::::: ::::::::::::::
CCDS82 TLHIIKGDDGTRGVTGRFTFTLHPKLPKPYITINNLNPRENKDVLNFTCEPKSENYTYIW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::: ::..:::::::::::::
CCDS82 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYQCEIRDRYGGIRSDPVTLNVLYGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       :: :::::::::::: ::::: :.:::::.: :::: :::  :::: : .::::: :::.
CCDS82 LPRIYPSFTYYRSGEVLYLSCSADSNPPAQYSWTINEKFQLPGQKLFIRHITTKHSGLYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::::::::::::::::::::              
CCDS82 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSDWTVP         
              310       320               

>>CCDS77312.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19               (333 aa)
 initn: 1931 init1: 1853 opt: 1853  Z-score: 1795.4  bits: 340.6 E(32554): 1.1e-93
Smith-Waterman score: 1853; 84.5% identity (92.3% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::: :: :::.:::::.::::::::::: : ::.::::: :::::::::::::::::::
CCDS77 MGPLPAPSCTQRITWKGLLLTASLLNFWNPPTTAEVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       :: ::.::::.. :::::: ::.:::.: ::::::.::::::::::::::::::.:::.:
CCDS77 NLPGYFWYKGEMTDLYHYIISYIVDGKIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTRKDAGTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       :::::::::.::    .:::.:: ::: ::::::: .:::::::::::::::::::::::
CCDS77 TLHIIKRGDETREEIRHFTFTLYSKLPIPYITINNLNPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       ::::::::::: :::::::::::::::::::::::.:::::: ::..:.:: ::::::::
CCDS77 WLNGQSLPVSPGVKRPIENRILILPSVTRNETGPYQCEIRDRYGGLRSNPVILNVLYGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       :: :::::::::::::: ::::.::::::::::::::::::::::: ::::: .: :::.
CCDS77 LPRIYPSFTYYRSGENLDLSCFTESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLFIPQITRNHSGLYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::.::::::: ::::::.::.:            
CCDS77 CSVHNSATGKEISKSMTVKVSGPCHGDLTESQS  
              310       320       330     

>>CCDS12616.1 PSG2 gene_id:5670|Hs108|chr19               (335 aa)
 initn: 1713 init1: 1713 opt: 1713  Z-score: 1660.8  bits: 315.7 E(32554): 3.5e-86
Smith-Waterman score: 1713; 74.9% identity (88.6% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       ::::::::::.:: :::.:.::::::::::: :::::::: :::::::::::::::::::
CCDS12 MGPLSAPPCTEHIKWKGLLVTASLLNFWNLPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       ::.::::::::. ::::::::::::::: ::::::.::::.:::::::::::::::::::
CCDS12 NLTGYIWYKGQIRDLYHYITSYVVDGQIIIYGPAYSGRETAYSNASLLIQNVTREDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::::: ::::::::::.:::. ::: :. .: .:::  ... .::.:.. . .: :
CCDS12 TLHIIKRGDGTRGVTGYFTFTLYLETPKPSISSSNLNPREAMETVILTCDPETPDTSYQW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.::::::.. : .    :: :.: .::.  .::::::::.  .. .:::::::.:.:::
CCDS12 WMNGQSLPMTHRFQLSETNRTLFLFGVTKYTAGPYECEIRNSGSASRSDPVTLNLLHGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       :: :.::.: ::::.::::::::.:::::.: ::::::::::::.: :::::::: :::.
CCDS12 LPRIHPSYTNYRSGDNLYLSCFANSNPPAQYSWTINGKFQQSGQNLFIPQITTKHSGLYV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::::::::.::: :.::.::: . :: :::::: 
CCDS12 CSVRNSATGEESSTSLTVKVSASTRIGLLPLLNPT
              310       320       330     

>>CCDS12614.2 PSG11 gene_id:5680|Hs108|chr19              (335 aa)
 initn: 1651 init1: 1651 opt: 1651  Z-score: 1601.2  bits: 304.6 E(32554): 7.2e-83
Smith-Waterman score: 1651; 72.2% identity (86.2% similar) in 334 aa overlap (1-334:1-334)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       ::::::::::.:: :::.:::: :::::::: :::: ::: :::::::::::::::::::
CCDS12 MGPLSAPPCTEHIKWKGLLLTALLLNFWNLPTTAQVMIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       ::.::::::::. ::::::::::::::: ::::::.::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLTGYIWYKGQIRDLYHYITSYVVDGQIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::::: ::::::::::.:::. ::: :. .: .:::  ... .::.:.. . .:.:
CCDS12 TLHIIKRGDGTRGVTGYFTFTLYLETPKPSISSSNLNPREAMETVILTCNPETPDASYLW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.::::::.. :..    :: :.: .::.  .::::::: .  .. .:::::::.:.:::
CCDS12 WMNGQSLPMTHRMQLSETNRTLFLFGVTKYTAGPYECEIWNSGSASRSDPVTLNLLHGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       :: :.:: : : ::::: :::::.:::::.: :::::::: ::::: ::::: :: :::.
CCDS12 LPRIFPSVTSYYSGENLDLSCFANSNPPAQYSWTINGKFQLSGQKLFIPQITPKHNGLYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       ::.::::::.::: :.:..: :: :.: . . :: 
CCDS12 CSARNSATGEESSTSLTIRVIAPPGLGTFAFNNPT
              310       320       330     

>>CCDS33039.1 PSG4 gene_id:5672|Hs108|chr19               (326 aa)
 initn: 1631 init1: 1631 opt: 1631  Z-score: 1582.2  bits: 301.1 E(32554): 8.3e-82
Smith-Waterman score: 1631; 76.0% identity (87.9% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::::::::::.::::::::::::::::: : :::::::: :::::::::::::::::::
CCDS33 MGPLSAPPCTQRITWKGVLLTASLLNFWNPPTTAQVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       :::::::::::.  :::::::::::::  ::::::.::: :::::::::::::.::::::
CCDS33 NLAGYIWYKGQMTYLYHYITSYVVDGQRIIYGPAYSGRERVYSNASLLIQNVTQEDAGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::::::: : : ::::.:::.:.:. ::: :. .: .:::  ... .::.: .   .: :
CCDS33 TLHIIKRRDGTGGVTGHFTFTLHLETPKPSISSSNLNPREAMEAVILTCDPATPAASYQW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.::::::.. :..    :: :.. .::.  .::::::::.  .. .:::::::.:.:::
CCDS33 WMNGQSLPMTHRLQLSKTNRTLFIFGVTKYIAGPYECEIRNPVSASRSDPVTLNLLHGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       ::::::::::::::::::::::::::: :.: :::::::: :::::::::::::: :::.
CCDS33 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPRAQYSWTINGKFQLSGQKLSIPQITTKHSGLYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::::::::::::::.::.::              
CCDS33 CSVRNSATGKESSKSITVKVSDWILP         
              310       320               

>>CCDS77314.1 PSG9 gene_id:5678|Hs108|chr19               (333 aa)
 initn: 1650 init1: 1607 opt: 1607  Z-score: 1559.0  bits: 296.8 E(32554): 1.6e-80
Smith-Waterman score: 1607; 72.8% identity (87.3% similar) in 323 aa overlap (1-323:1-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::: :: :::.:::::.::::::::::: : ::.::::: :::::::::::::::::::
CCDS77 MGPLPAPSCTQRITWKGLLLTASLLNFWNPPTTAEVTIEAQPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       :: ::.::::.. :::::: ::.:::.: ::::::.::::::::::::::::::.:::.:
CCDS77 NLPGYFWYKGEMTDLYHYIISYIVDGKIIIYGPAYSGRETVYSNASLLIQNVTRKDAGTY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       :::::::::.::    .:::.:::. :::::. .: .:::  ... . :.:.. . .:.:
CCDS77 TLHIIKRGDETREEIRHFTFTLYLETPKPYISSSNLNPREAMEAVRLICDPETLDASYLW
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.:::::::. :..    :: : : .::.  .::::::::.  .. .:::::::.:.:::
CCDS77 WMNGQSLPVTHRLQLSKTNRTLYLFGVTKYIAGPYECEIRNPVSASRSDPVTLNLLHGPD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       :: :::::::::::::: ::::.::::::::::::::::::::::: ::::: .: :::.
CCDS77 LPRIYPSFTYYRSGENLDLSCFTESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLFIPQITRNHSGLYA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI
       :::.::::::: ::::::.::.:            
CCDS77 CSVHNSATGKEISKSMTVKVSGPCHGDLTESQS  
              310       320       330     

>>CCDS12610.1 CEACAM8 gene_id:1088|Hs108|chr19            (349 aa)
 initn: 734 init1: 734 opt: 1260  Z-score: 1225.1  bits: 235.1 E(32554): 6.4e-62
Smith-Waterman score: 1260; 56.8% identity (77.8% similar) in 333 aa overlap (1-333:1-331)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       :::.::: :  .: :.:.::::::..::: : :::.::::.: ...:::.::::::::::
CCDS12 MGPISAPSCRWRIPWQGLLLTASLFTFWNPPTTAQLTIEAVPSNAAEGKEVLLLVHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       .  :: ::::. .:  . : .::...:    ::::..:::.: :::::..::::.:.:::
CCDS12 DPRGYNWYKGETVDANRRIIGYVISNQQITPGPAYSNRETIYPNASLLMRNVTRNDTGSY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::..:: .  .. ::: :.  .. . ::: :. :::.: :.::..::::::...: ::.:
CCDS12 TLQVIKLNLMSEEVTGQFS--VHPETPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPETQNTTYLW
              130         140       150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.::::::::::..    :: : : :::::..:::::::..  ..  :::::::::::::
CCDS12 WVNGQSLPVSPRLQLSNGNRTLTLLSVTRNDVGPYECEIQNPASANFSDPVTLNVLYGPD
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
        :.: :: :::..: :: ::: : ::::..: :..:: :::  ::: ::.::::. : :.
CCDS12 APTISPSDTYYHAGVNLNLSCHAASNPPSQYSWSVNGTFQQYTQKLFIPNITTKNSGSYA
      240       250       260       270       280       290        

              310       320       330                     
pF1KB6 CSVRNSATGKESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI                
       : . :::::.. .    . ::     :  : :.                  
CCDS12 CHTTNSATGRNRTTVRMITVSDALVQGSSPGLSARATVSIMIGVLARVALI
      300       310       320       330       340         

>>CCDS12585.1 CEACAM6 gene_id:4680|Hs108|chr19            (344 aa)
 initn: 1254 init1: 695 opt: 1234  Z-score: 1200.2  bits: 230.5 E(32554): 1.6e-60
Smith-Waterman score: 1234; 58.5% identity (76.9% similar) in 325 aa overlap (1-323:1-323)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGPLSAPPCTQHITWKGVLLTASLLNFWNLPITAQVTIEALPPKVSEGKDVLLLVHNLPQ
       ::: :::::  :. :: ::::::::.::: : ::..:::. : .:.:::.::::.:::::
CCDS12 MGPPSAPPCRLHVPWKEVLLTASLLTFWNPPTTAKLTIESTPFNVAEGKEVLLLAHNLPQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 NLAGYIWYKGQLMDLYHYITSYVVDGQINIYGPAYTGRETVYSNASLLIQNVTREDAGSY
       :  :: ::::. .:    :..::.  :    ::::.::::.: ::::::::::..:.: :
CCDS12 NRIGYSWYKGERVDGNSLIVGYVIGTQQATPGPAYSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 TLHIIKRGDRTRGVTGYFTFNLYLKLPKPYITINNSKPRENKDVLAFTCEPKSENYTYIW
       ::..::    .. .:: :  ..: .:::: :. :::.: :.::..::::::. .: ::.:
CCDS12 TLQVIKSDLVNEEATGQF--HVYPELPKPSISSNNSNPVEDKDAVAFTCEPEVQNTTYLW
              130         140       150       160       170        

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 WLNGQSLPVSPRVKRPIENRILILPSVTRNETGPYECEIRDRDGGMHSDPVTLNVLYGPD
       :.::::::::::..    :  : : :: ::..: :::::..  .. .:::::::::::::
CCDS12 WVNGQSLPVSPRLQLSNGNMTLTLLSVKRNDAGSYECEIQNPASANRSDPVTLNVLYGPD
      180       190       200       210       220       230        

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 LPSIYPSFTYYRSGENLYLSCFAESNPPAEYFWTINGKFQQSGQKLSIPQITTKHRGLYT
       .:.: :: . :: :::: ::: : :::::.: : ::: :::: :.: ::.::... : : 
CCDS12 VPTISPSKANYRPGENLNLSCHAASNPPAQYSWFINGTFQQSTQELFIPNITVNNSGSYM
      240       250       260       270       280       290        

                310       320       330              
pF1KB6 CSVRNSATG--KESSKSMTVEVSAPSGIGRLPLLNPI         
       :...:::::  . .   .::  :::                     
CCDS12 CQAHNSATGLNRTTVTMITVSGSAPVLSAVATVGITIGVLARVALI
      300       310       320       330       340    




335 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 18:14:21 2016 done: Sat Nov  5 18:14:22 2016
 Total Scan time:  2.610 Total Display time:  0.030

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com