Result of FASTA (omim) for pF1KE0664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0664, 392 aa
  1>>>pF1KE0664 392 - 392 aa - 392 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1801+/-0.00042; mu= 10.9469+/- 0.027
 mean_var=526.7155+/-111.593, 0's: 0 Z-trim(123.7): 101  B-trim: 2575 in 1/58
 Lambda= 0.055884
 statistics sampled from 43969 (44123) to 43969 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.798), E-opt: 0.2 (0.517), width:  16
 Scan time: 10.120

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein ( 392) 2784 238.6 1.9e-62
NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif  ( 391) 1934 170.1 8.1e-42
XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 385) 1004 95.1   3e-19
NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 459)  892 86.2 1.7e-16
XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 422)  880 85.2 3.2e-16
NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif  ( 496)  880 85.3 3.4e-16
XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA- ( 435)  707 71.3 5.1e-12
NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding mot ( 196)  430 48.3 1.9e-05
XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 202)  386 44.8 0.00022
NP_001287758 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 297)  386 45.1 0.00026
NP_001287744 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bin ( 168)  378 44.0 0.00032
XP_016881726 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 168)  378 44.0 0.00032
NP_001271 (OMIM: 602649) cold-inducible RNA-bindin ( 172)  378 44.0 0.00032
XP_006722700 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-induci ( 172)  378 44.0 0.00032
NP_001307874 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding mot ( 356)  380 44.8  0.0004
NP_006734 (OMIM: 300027) RNA-binding protein 3 [Ho ( 157)  365 42.9 0.00064


>>NP_055284 (OMIM: 605444) RNA-binding motif protein, X-  (392 aa)
 initn: 2784 init1: 2784 opt: 2784  Z-score: 1242.1  bits: 238.6 E(85289): 1.9e-62
Smith-Waterman score: 2784; 99.5% identity (100.0% similar) in 392 aa overlap (1-392:1-392)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
       :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390  
pF1KE0 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_055 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
              370       380       390  

>>NP_002130 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif prot  (391 aa)
 initn: 1180 init1: 897 opt: 1934  Z-score: 871.8  bits: 170.1 E(85289): 8.1e-42
Smith-Waterman score: 1934; 73.2% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90        100       110         
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
       ::: :.::::::::::::::: :::::.:::.::::::: :::: :: ::: :::.:: :
NP_002 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
         :::::  :::::. .:..  ::.:.:.:::::::  ::::::.:::::.:::.: : :
NP_002 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
              130       140       150       160       170          

     180       190       200       210       220          230      
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
       :: . ::::.:.::::::::: ::: ::.:::.:::..:.::::::   :. : .:: : 
NP_002 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
     180       190       200       210       220       230         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
       .::.::::::: ::: : :::::::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: : :
NP_002 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
     240       250       260        270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
       : ::::::..::..: . : :.:.:.:::::::  ::: :: :: :::: .:::  ::::
NP_002 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
      300       310        320       330         340       350     

        360       370       380       390  
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       : :: ::::: :.  .:::::: :.: .::::::::
NP_002 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
         360       370       380       390 

>>XP_011529740 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind  (385 aa)
 initn: 278 init1: 278 opt: 1004  Z-score: 466.6  bits: 95.1 E(85289): 3e-19
Smith-Waterman score: 1004; 47.6% identity (67.9% similar) in 399 aa overlap (1-392:1-385)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
XP_011 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYG-GRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::: .:::: .  ::...::: .:.:. .. ::  .:: :.
XP_011 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPA
        240        250       260       270       280       290     

         300       310       320       330       340       350     
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSME
       ::   ::::.   . : . . : :. . .::::    .: .   :..: : :.    :. 
XP_011 RGPRMSYGGS-TCHAYSN-TRDRYGRSWESYSSC---GDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLG
         300        310        320          330       340       350

         360         370       380       390  
pF1KE0 RGCPPQRDSYSRSG--CRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       :  :  :.. . :.    .  ::    .: :.: . :::
XP_011 RVLPDPREACGSSSYVASIVDGG---ESRSEKGDS-SRY
              360       370          380      

>>NP_001307873 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif p  (459 aa)
 initn: 619 init1: 275 opt: 892  Z-score: 417.2  bits: 86.2 E(85289): 1.7e-16
Smith-Waterman score: 913; 46.8% identity (65.9% similar) in 393 aa overlap (1-370:1-381)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_001 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
NP_001 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
NP_001 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
NP_001 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270             280         
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::      .: .  :::.. 
NP_001 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG
        240        250         260       270        280       290  

      290           300       310         320       330       340  
pF1KE0 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR
        :.   .: :    ::: : :  :..: :.:   ..:: :  :: ..::..   ....: 
NP_001 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL
            300       310          320       330        340        

            350         360          370       380       390       
pF1KE0 VGRPDRGL--SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY     
        :   :      .  .: :: :    ::. : :                           
NP_001 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD
      350       360       370       380       390       400        

NP_001 REHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
      410       420       430       440       450         

>>XP_011529739 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind  (422 aa)
 initn: 696 init1: 275 opt: 880  Z-score: 412.3  bits: 85.2 E(85289): 3.2e-16
Smith-Waterman score: 904; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
XP_011 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
XP_011 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
XP_011 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
XP_011 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
XP_011 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
        240        250         260       270           280         

         300         310       320       330       340         350 
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
XP_011 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
          290       300       310       320        330       340   

             360       370       380       390                     
pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                   
              ::.::   :                                            
XP_011 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
                  350       360       370       380       390      

>>NP_005049 (OMIM: 400006,415000) RNA-binding motif prot  (496 aa)
 initn: 628 init1: 275 opt: 880  Z-score: 411.7  bits: 85.3 E(85289): 3.4e-16
Smith-Waterman score: 904; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
NP_005 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
NP_005 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
NP_005 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
NP_005 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
NP_005 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
        240        250         260       270           280         

         300         310       320       330       340         350 
pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
NP_005 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
          290       300       310       320        330       340   

             360       370       380       390                     
pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                   
              ::.::   :                                            
NP_005 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
                  350       360       370       380       390      

>>XP_016885549 (OMIM: 400006,415000) PREDICTED: RNA-bind  (435 aa)
 initn: 619 init1: 275 opt: 707  Z-score: 336.8  bits: 71.3 E(85289): 5.1e-12
Smith-Waterman score: 728; 43.6% identity (63.5% similar) in 353 aa overlap (41-370:17-357)

               20        30        40        50        60        70
pF1KE0 FIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPADAKAAVRDMN
                                     ::: :.:::::::.:::.::::: :..:::
XP_016               MRRCLKQYLGNMVPYQKDR-TSKSRGFAFITFENPADAKNAAKDMN
                             10         20        30        40     

               80        90       100         110       120        
pF1KE0 GKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGPRR-SPSRGGP
       :::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: :   ::. : 
XP_016 GKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTRGWLPSHEGH
          50        60        70        80        90       100     

       130       140       150       160       170        180      
pF1KE0 DDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGGMRGRALAVRG
        :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  : .:  .. : 
XP_016 LDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGSQG-PMSQR-
         110       120       130       140       150        160    

        190       200       210       220       230       240      
pF1KE0 RDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTHRDYGHS
       :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::    :..:: :::
XP_016 RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSRGYAYRDNGHS
           170       180       190        200       210       220  

        250       260        270             280        290        
pF1KE0 SVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-LRGAAPGRGT
       . ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::      .: .  :::..  :.   .: :
XP_016 N-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSRET
             230         240        250       260       270        

          300       310         320       330       340       350  
pF1KE0 ----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGL--
           ::: : :  :..: :.:   ..:: :  :: ..::..   ....:  :   :    
XP_016 REYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQ
      280         290        300        310       320       330    

              360          370       380       390                 
pF1KE0 SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY               
         .  .: :: :    ::. : :                                     
XP_016 RYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQR
          340       350       360       370       380       390    

>>NP_001158275 (OMIM: 300199,300238) RNA-binding motif p  (196 aa)
 initn: 430 init1: 430 opt: 430  Z-score: 218.9  bits: 48.3 E(85289): 1.9e-05
Smith-Waterman score: 430; 91.9% identity (94.6% similar) in 74 aa overlap (1-74:1-74)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
       ::: :.:::::: :                                              
NP_001 DAKDAARDMNGKLLYHVEEIVMEVHLEGNRCPLVEMFICPQEMMGILLKTAIQAEITQVL
               70        80        90       100       110       120

>>XP_011525970 (OMIM: 602649) PREDICTED: cold-inducible   (202 aa)
 initn: 413 init1: 324 opt: 386  Z-score: 199.6  bits: 44.8 E(85289): 0.00022
Smith-Waterman score: 386; 41.8% identity (62.9% similar) in 194 aa overlap (4-187:2-181)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
          :.  ::::.:::...:.:..::  :.:::.: ::...:::::..::::.:::::.  
XP_011   MASDEGKLFVGGLSFDTNEQSLEQVFSKYGQISEVVVVKDRETQRSRGFGFVTFENID
                 10        20        30        40        50        

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
       ::: :.  :::::.::. :.: :: : . ..  ::     . ::  :.:: :: :    :
XP_011 DAKDAMMAMNGKSVDGRQIRVDQAGKSS-DNRSRGYRGGSAGGRG-FFRGGRGRG----R
       60        70        80         90       100        110      

                        130       140       150       160       170
pF1KE0 SPSRGGPDD----------DGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPA
       . :::: :           .:::... :   ::.   .. :   :  :   . .  :  :
XP_011 GFSRGGGDRGYGGNRFESRSGGYGGSRDYYSSRS---QSGGYSDRSSGGSYRDSYDSYEA
            120       130       140          150       160         

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pF1KE0 RSSGGGMRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRG
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       ..: :. .   :...:    ..  :    :     :     :..   ::.. .  :  . 
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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