Result of FASTA (ccds) for pF1KE0664
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE0664, 392 aa
  1>>>pF1KE0664 392 - 392 aa - 392 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1554+/- 0.001; mu= 4.1516+/- 0.061
 mean_var=404.1263+/-85.051, 0's: 0 Z-trim(116.2): 102  B-trim: 153 in 1/52
 Lambda= 0.063799
 statistics sampled from 16658 (16762) to 16658 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.796), E-opt: 0.2 (0.515), width:  16
 Scan time:  3.490

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11        ( 392) 2784 269.9 2.9e-72
CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX          ( 391) 1934 191.6   1e-48
CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1         ( 390) 1779 177.3   2e-44
CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX       (1067)  976 104.0 6.5e-22
CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 459)  893 95.9   8e-20
CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY       ( 496)  881 94.8 1.8e-19
CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY       ( 496)  881 94.8 1.8e-19
CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY       ( 496)  881 94.8 1.8e-19
CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY        ( 496)  880 94.7 1.9e-19
CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY       ( 496)  877 94.5 2.3e-19
CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY       ( 496)  877 94.5 2.3e-19


>>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11             (392 aa)
 initn: 2784 init1: 2784 opt: 2784  Z-score: 1410.8  bits: 269.9 E(32554): 2.9e-72
Smith-Waterman score: 2784; 99.5% identity (100.0% similar) in 392 aa overlap (1-392:1-392)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
       :::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
       :::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRGR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE0 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 ALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPGEYTH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE0 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 RDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGRGTPP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE0 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 SYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390  
pF1KE0 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS77 QRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
              370       380       390  

>>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX               (391 aa)
 initn: 1180 init1: 897 opt: 1934  Z-score: 988.0  bits: 191.6 E(32554): 1e-48
Smith-Waterman score: 1934; 73.2% identity (84.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-391)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::: ::.:::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90        100       110         
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
       ::: :.::::::::::::::: :::::.:::.::::::: :::: :: ::: :::.:: :
CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESGRRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGTR
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
         :::::  :::::. .:..  ::.:.:.:::::::  ::::::.:::::.:::.: : :
CCDS14 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSG-MGG
              130       140       150       160       170          

     180       190       200       210       220          230      
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
       :: . ::::.:.::::::::: ::: ::.:::.:::..:.::::::   :. : .:: : 
CCDS14 RAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
     180       190       200       210       220       230         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
       .::.::::::: ::: : :::::::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.: : :
CCDS14 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYSDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPPTR
     240       250       260        270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
       : ::::::..::..: . : :.:.:.:::::::  ::: :: :: :::: .:::  ::::
CCDS14 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYSSGRDRVGRQERGLPPSMER
      300       310        320       330         340       350     

        360       370       380       390  
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       : :: ::::: :.  .:::::: :.: .::::::::
CCDS14 GYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY
         360       370       380       390 

>>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1              (390 aa)
 initn: 1257 init1: 873 opt: 1779  Z-score: 910.9  bits: 177.3 E(32554): 2e-44
Smith-Waterman score: 1779; 68.9% identity (82.8% similar) in 396 aa overlap (1-392:1-390)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::::::::::::: ::.:::::. ::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90        100       110         
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPP-RSRGRPRFLRGTRGGGGGPR
       ::: :.::::::::::::::: :::::.:: .:.::::: :::: :: . . :::.:: :
CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERGRHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGTR
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KE0 RSPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
         :::::  :::::. .:..  ::.:.:.:::::::  :: :::.:::: .:::.: : :
CCDS71 GPPSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSG-MGG
              130       140       150       160       170          

     180       190       200       210       220          230      
pF1KE0 RALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDY---REPRGFAPSPG
       ::   ::::.:.::::::::: ::: ::.:::.:::..:.::::::   :. : .:: : 
CCDS71 RAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYSTKDSYSSRDYPSSRDTRDYAPPPR
     180       190       200       210       220       230         

        240       250       260       270       280       290      
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPGR
       .::.::::::: ::: : :::.:::::: :::::.:: : ::.:. .::::. :.:   :
CCDS71 DYTYRDYGHSSSRDDYPSRGYGDRDGYG-RDRDYSDHPSGGSYRDSYESYGNSRSAPLTR
     240       250       260        270       280       290        

        300       310       320       330       340       350      
pF1KE0 GTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHRVGRPDRGLSLSMER
       : ::::::..::..: . : :.:.:.:::::::  ::: :: .  :::: .:::  :.::
CCDS71 GPPPSYGGSSRYDDYSS-SRDGYGGSRDSYSSS--RSDLYS-SCDRVGRQERGLPPSVER
      300       310        320       330          340       350    

        360       370       380       390  
pF1KE0 GCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY
       : : .::::: :.  .:::.:  :.: .::::::::
CCDS71 GYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY
          360       370       380       390

>>CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX            (1067 aa)
 initn: 1374 init1: 799 opt: 976  Z-score: 506.9  bits: 104.0 E(32554): 6.5e-22
Smith-Waterman score: 1338; 55.4% identity (70.1% similar) in 428 aa overlap (1-392:1-423)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :.::::: :::::::::.::::::.:::::::.:..:.:::::.::::::::::::::::
CCDS55 MMEADRPEKLFIGGLNLKTDEKALKAEFGKYGHIIKVFLMKDRKTNKSRGFAFVTFESPA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGRPRFLRGTRGGGGGPRR
       :::::.:::::: :::::: :::. ::::.:::  :: : : .: :: . :::::..:.:
CCDS55 DAKAAARDMNGKYLDGKAIMVAQTIKPAFKSSRWVPPTPGSGSRSRFSHRTRGGGSSPQR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150        160       170         
pF1KE0 SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRR-VGPPPKRAAPSGPARSSGGGMRG
        ::.: :::  :::. ::: : ::::: :::::::. ..:: :::.::. :.: : ::::
CCDS55 PPSQGRPDDGRGYAGYFDLWPYRAPMPRKRGPPPRHWASPPHKRATPSSLAHSVGCGMRG
              130       140       150       160       170       180

     180       190        200       210                     220    
pF1KE0 RALAVRGRDGYSG-PPRREPLPPRRDPYLGPRDE----GYSS----------RDGYSSRD
       .: .: :.:::::  :::   ::..     ::.     : :.          .::::.  
CCDS55 KAPTVSGQDGYSGLQPRRWAGPPHKRAV--PRSSLARIGGSGMPGKAPAVWGQDGYSGPR
              190       200         210       220       230        

                 230       240       250       260       270       
pF1KE0 YREPR-------GFAPSPGEYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRDRDYGDHLSRG
        :::         :.:.  .:..: :::::: :  :::: ....:: :::..: :: :.:
CCDS55 VREPLPPCRDPGDFVPALRDYSRRYYGHSSVPDYRPLRGDGNQNGYRGRDHEYTDHPSKG
      240       250       260       270       280       290        

       280       290       300       310       320       330       
pF1KE0 SHREPFESYGELRGAAPGRGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYS
       :.:::..:::   ::::  ::::::::: :::::.: :::: : ::.: .      : ::
CCDS55 SYREPLKSYGGPCGAAPVWGTPPSYGGGCRYEEYQGNSPDACSEGRSSEALPVVLPDAYS
      300       310       320       330       340       350        

       340       350       360       370               380         
pF1KE0 RGRHRVGRPDRGLSLSMERGCPPQRDSYSRSGC------RVP--RGGGRLG-----GRLE
       :  :     . : : :   :   . : :.. ::      : :  ..::: .     :. .
CCDS55 RD-HSPKAYSGGRS-SSSNGYS-RSDRYGEEGCYEEYRGRSPDAHSGGRNSSSNSYGQSH
      360        370         380       390       400       410     

          390                                                      
pF1KE0 RGGGRSRY                                                    
       . ::..::                                                    
CCDS55 HYGGEGRYEEYRGRSHEARSGGRSTDAHSRGRSDDAYSGGHDSSSWSDCCGGGGRYEEYQ
         420       430       440       450       460       470     

>>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (459 aa)
 initn: 620 init1: 275 opt: 893  Z-score: 469.4  bits: 95.9 E(32554): 8e-20
Smith-Waterman score: 914; 46.8% identity (65.9% similar) in 393 aa overlap (1-370:1-381)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS83 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

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pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
CCDS83 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

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pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS83 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

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pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS83 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

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pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE-
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::      .: .  :::.. 
CCDS83 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG
        240        250         260       270        280       290  

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pF1KE0 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR
        :.   .: :    ::: : :  :..: :.:   ..:: :  :: ..::..   ....: 
CCDS83 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL
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pF1KE0 VGRPDRGL--SLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY     
        :   :      .  .: :: :    ::. : :                           
CCDS83 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD
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CCDS83 REHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY
      410       420       430       440       450         

>>CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 629 init1: 275 opt: 881  Z-score: 463.1  bits: 94.8 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 905; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

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pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
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pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
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pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS35 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
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pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
CCDS35 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
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pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
CCDS35 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
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pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                   
              ::.::   :                                            
CCDS35 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
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>>CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 630 init1: 275 opt: 881  Z-score: 463.1  bits: 94.8 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 905; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

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pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
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pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
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        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS35 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
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        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
CCDS35 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
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pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
CCDS35 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
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              ::.::   :                                            
CCDS35 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
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>>CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 629 init1: 275 opt: 881  Z-score: 463.1  bits: 94.8 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 905; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
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pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
CCDS35 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
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pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS35 RGWLPSQEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS35 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
CCDS35 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
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pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
CCDS35 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
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pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                   
              ::.::   :                                            
CCDS35 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
                  350       360       370       380       390      

>>CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY             (496 aa)
 initn: 628 init1: 275 opt: 880  Z-score: 462.6  bits: 94.7 E(32554): 1.9e-19
Smith-Waterman score: 904; 47.1% identity (65.4% similar) in 376 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS14 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..::::::: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::. :: 
CCDS14 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS14 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS14 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELRGAAPG
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :     
CCDS14 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSR-----
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pF1KE0 RGTPPSYGGGGRY--EEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLS
       :    : :  .:   .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  .
CCDS14 RDESYSRGYRNRRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA
          290       300       310       320        330       340   

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pF1KE0 LSMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                   
              ::.::   :                                            
CCDS14 -------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR
                  350       360       370       380       390      

>>CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY            (496 aa)
 initn: 621 init1: 268 opt: 877  Z-score: 461.1  bits: 94.5 E(32554): 2.3e-19
Smith-Waterman score: 899; 46.7% identity (65.9% similar) in 375 aa overlap (1-367:1-352)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE0 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA
       :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.::
CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA
               10        20        30        40         50         

               70        80        90       100         110        
pF1KE0 DAKAAVRDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP
       ::: :..:::: :: :::::: :: ::.:.:. :  ::  ::.: :   ::..::..:: 
CCDS35 DAKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGT
      60        70        80        90       100       110         

      120        130       140       150       160       170       
pF1KE0 RR-SPSRGGPDDDGGYAADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG
       :   ::. :  :::::. :. .  ::. .:.::::  :  :::::..:::. ::: :  :
CCDS35 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG
     120       130       140       150       160       170         

        180       190       200       210       220       230      
pF1KE0 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG
        .:  .. : :..:. ::::  .   :.  .. : .::.. :: .  . .: : .::   
CCDS35 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR
     180         190       200       210       220        230      

        240       250       260        270       280       290     
pF1KE0 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRGSHREPFESYGELR-GAAP
        :..:: :::. ::.   :::  :.  ..:. :::.   :::   . ...::. :   . 
CCDS35 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRG---HAYRDYGHSRRDESY
        240        250         260       270           280         

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pF1KE0 GRGTPPSYGGGGRYEEYRGYSPDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGR--HRVGRPDRGLSL
       .::    : .    .: : :.: . . :  .:. :  : . ::::   :  .:  :  . 
CCDS35 SRG----YRNHRSSRETREYAPPSRGHGYRDYGHSR-RHESYSRGYRNHPSSRETRDYA-
     290           300       310       320        330       340    

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pF1KE0 SMERGCPPQRDSYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY                    
             ::.::   :                                             
CCDS35 ------PPHRDYAYRDYGHSSWDEHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRY
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392 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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 start: Sat Nov  5 17:55:34 2016 done: Sat Nov  5 17:55:34 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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