seq1 = pF1KB7648.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KB7648/gi568815596f_168356449.tfa (gi568815596f:168356449_168869659), 513211 bp

>pF1KB7648 1176
>gi568815596f:168356449_168869659 (Chr2)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-276  (191148-191253)   100% ->
277-407  (204744-204874)   100% ->
408-465  (274537-274594)   100% ->
466-516  (334586-334636)   100% ->
517-609  (338511-338603)   100% ->
610-738  (358553-358681)   100% ->
739-845  (361424-361530)   100% ->
846-1002  (409144-409300)   100% ->
1003-1026  (409874-409897)   100% ->
1027-1176  (413062-413211)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGGGATCTTAGCCTGGTTCTGGAACGAGAGGTTTTGGCTCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGGGATCTTAGCCTGGTTCTGGAACGAGAGGTTTTGGCTCCCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATGTCACCTGGGCGGACCTGAAGAACACGGAGGAGGCCACCTTCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATGTCACCTGGGCGGACCTGAAGAACACGGAGGAGGCCACCTTCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGCTGAGGACCTCTATCTCGCTTTTCCCCTGGCCTTCTGTATCTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGCTGAGGACCTCTATCTCGCTTTTCCCCTGGCCTTCTGTATCTTCATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCGGCTCATCTTCGAGAG         ATTTGTAGCCAAACCGTGCGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 GTGCGGCTCATCTTCGAGAGGTA...TAGATTTGTAGCCAAACCGTGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATAGCCCTCAACATTCAGGCCAATGGACCACAAATTGCTCCGCCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191169 CATAGCCCTCAACATTCAGGCCAATGGACCACAAATTGCTCCGCCCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCATTCTGGAAAAGGTCTTCACTGCAATTACAAAG         CATCCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 191219 CCATTCTGGAAAAGGTCTTCACTGCAATTACAAAGGTA...TAGCATCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGAAAAGAGATTGGAAGGCCTCTCCAAGCAACTGGACTGGGATGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204750 GATGAAAAGAGATTGGAAGGCCTCTCCAAGCAACTGGACTGGGATGTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGCATTCAGCGCTGGTTTCGACAAAGACGCAATCAGGAGAAGCCAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204800 AAGCATTCAGCGCTGGTTTCGACAAAGACGCAATCAGGAGAAGCCAAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CGCTGACGAGGTTCTGTGAGAGCAT         GTGGAGATTTTCATTT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 204850 CGCTGACGAGGTTCTGTGAGAGCATGTA...CAGGTGGAGATTTTCATTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TACCTTTATGTATTTACCTACGGAGTCAGATTCCTGAAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 274553 TACCTTTATGTATTTACCTACGGAGTCAGATTCCTGAAAAAGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  ACCCCCTGGTTGTGGAATACGAGGCATTGCTGGTACAACTACCCCTATC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334585 GACCCCCTGGTTGTGGAATACGAGGCATTGCTGGTACAACTACCCCTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AG         CCACTCACAACTGACCTTCACTACTATTACATCCTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 334635 AGGTA...CAGCCACTCACAACTGACCTTCACTACTATTACATCCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGTCGTTTTATTGGTCTTTGATGTTTTCTCAGTTCACTGATATCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338550 CTGTCGTTTTATTGGTCTTTGATGTTTTCTCAGTTCACTGATATCAAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAG         GACTTTGGCATTATGTTCCTGCACCACCTTGTATCTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338600 AAAGGTA...AAGGACTTTGGCATTATGTTCCTGCACCACCTTGTATCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTTCTTGATTACCTTTTCATATGTCAACAATATGGCCCGAGTAGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358590 TTTTCTTGATTACCTTTTCATATGTCAACAATATGGCCCGAGTAGGAACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGGTCCTTTGTCTTCATGATTCAGCTGATGCTCTTCTGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 358640 CTGGTCCTTTGTCTTCATGATTCAGCTGATGCTCTTCTGGAGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    739  GCTGCCAAAATGGCAAATTATGCCAAGTTTCAGAAAATGTGTGATCTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361423 GGCTGCCAAAATGGCAAATTATGCCAAGTTTCAGAAAATGTGTGATCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGTTTGTTATGTTTGCCGTGGTTTTTATCACCACACGACTGGGTATATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361473 TGTTTGTTATGTTTGCCGTGGTTTTTATCACCACACGACTGGGTATATTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCTCTCTG         GGTGTTAAATACCACATTATTTGAAAGCTGGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 361523 CCTCTCTGGTG...TAGGGTGTTAAATACCACATTATTTGAAAGCTGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATCGTTGGACCTTACCCTTCCTGGTGGGTTTTTAACCTACTGCTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409177 GATCGTTGGACCTTACCCTTCCTGGTGGGTTTTTAACCTACTGCTATTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAGTACAAGGGTTGAACTGCTTCTGGTCTTACTTGATTGTGAAAATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409227 TAGTACAAGGGTTGAACTGCTTCTGGTCTTACTTGATTGTGAAAATAGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCAAAGCTGTTTCAAGAGGCAAG         GCTGGGAAGTGGAACCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 409277 TGCAAAGCTGTTTCAAGAGGCAAGGTA...AAGGCTGGGAAGTGGAACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTACAT         GTGTCCAAGGATGATCGAAGTGATATTGAGTCTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409891 TTTACATGTA...CAGGTGTCCAAGGATGATCGAAGTGATATTGAGTCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 GCTCAGATGAGGAGGACTCAGAACCTCCGGGAAAGAATCCCCACACTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413096 GCTCAGATGAGGAGGACTCAGAACCTCCGGGAAAGAATCCCCACACTGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ACAACCACCAATGGGACCAGTGGTACCAACGGGTATCTCCTGACTGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 413146 ACAACCACCAATGGGACCAGTGGTACCAACGGGTATCTCCTGACTGGCTC

   1250     .    :    .
   1161 CTGCTCCATGGATGAT
        ||||||||||||||||
 413196 CTGCTCCATGGATGAT