Result of FASTA (omim) for pF1KB0948
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB0948, 402 aa
  1>>>pF1KB0948 402 - 402 aa - 402 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9303+/-0.000808; mu= 16.7726+/- 0.050
 mean_var=333.5352+/-63.494, 0's: 0 Z-trim(111.3): 2015  B-trim: 71 in 1/53
 Lambda= 0.070227
 statistics sampled from 17576 (19859) to 17576 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.546), E-opt: 0.2 (0.233), width:  16
 Scan time:  8.190

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1407 157.8 6.4e-38
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1407 157.9 6.5e-38
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1407 157.9 6.5e-38
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1407 157.9 6.6e-38
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1407 157.9 6.6e-38
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1407 157.9 6.7e-38
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1365 153.5 1.2e-36
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1357 152.5 1.9e-36
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1357 152.6 1.9e-36
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1357 152.6 1.9e-36
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1357 152.7 2.1e-36
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1357 152.8 2.2e-36
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1357 152.8 2.2e-36
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1357 152.8 2.2e-36
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1357 152.9 2.3e-36
NP_694563 (OMIM: 194480) zinc finger protein 3 hom ( 502) 1343 151.2 5.3e-36
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1342 151.4 6.5e-36
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1   8e-36
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1   8e-36
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1336 150.6 9.1e-36
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1336 150.6 9.3e-36
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1336 150.6 9.4e-36
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1336 150.7 9.4e-36
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1336 150.7 9.9e-36
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1336 150.8 9.9e-36
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1336 150.8   1e-35
NP_001269131 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 533) 1333 150.2 1.1e-35
NP_001177184 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 643) 1333 150.4 1.2e-35
NP_001032824 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1333 150.4 1.2e-35
NP_001269130 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1333 150.4 1.2e-35
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1316 148.7   4e-35


>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is  (616 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.7  bits: 157.8 E(85289): 6.4e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:222-565)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
                                     : ::    : : . : . .       . : 
NP_001 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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               90       100       110       120       130       140
pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
NP_001 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
NP_001 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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              210       220       230       240       250       260
pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
NP_001 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
NP_001 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
NP_001 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
NP_001 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (621 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.7  bits: 157.9 E(85289): 6.5e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:227-570)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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XP_016 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
XP_016 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_016 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_016 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
XP_016 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_016 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
       550       560       570       580       590       600       

>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (628 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.7  bits: 157.9 E(85289): 6.5e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:234-577)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
                                     : ::    : : . : . .       . : 
XP_016 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
XP_016 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_016 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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              210       220       230       240       250       260
pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_016 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
XP_016 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_016 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is  (658 aa)
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        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
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        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
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       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
NP_001 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
NP_001 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
NP_001 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (658 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.5  bits: 157.9 E(85289): 6.6e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:264-607)

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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_016 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_016 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
XP_016 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_016 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.5  bits: 157.9 E(85289): 6.7e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:276-619)

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XP_006 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_006 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_006 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
XP_006 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
XP_006 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_006 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.5  bits: 157.9 E(85289): 6.7e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:276-619)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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XP_005 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
XP_005 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_005 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_005 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
XP_005 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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     320       330       340       350       360       370         
pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
XP_005 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_005 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
        600       610       620       630       640       650      

>>NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 isofo  (670 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.5  bits: 157.9 E(85289): 6.7e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:276-619)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
                                     : ::    : : . : . .       . : 
NP_003 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
NP_003 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
NP_003 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
NP_003 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
NP_003 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
NP_003 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
NP_003 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
        600       610       620       630       640       650      

>>XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro  (670 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.5  bits: 157.9 E(85289): 6.7e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:276-619)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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XP_006 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
XP_006 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
XP_006 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
XP_006 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
XP_006 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
XP_006 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
        600       610       620       630       640       650      

>>NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 isofo  (682 aa)
 initn: 940 init1: 940 opt: 1407  Z-score: 801.4  bits: 157.9 E(85289): 6.7e-38
Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:288-631)

        30        40        50        60        70               80
pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
                                     : ::    : : . : . .       . : 
NP_009 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 GHSGERPYECGEYRKLFKNKSCLTEPRRDHKHRNVRTGERPYECSKYGKLFHQKPTLHIH
        :.::.::::.:  : :. .: ... .: :      :::.:::::. :: :.:.  :  :
NP_009 THTGEKPYECSECGKSFSFRSSFSQHERTH------TGEKPYECSECGKAFRQSIHLTQH
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
        :.:::.: :.:.::::.: .:::: ..: .:: :.:::: ::::::.. . ::.:...:
NP_009 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
      370       380       390       400       410       420        

              210       220       230       240       250       260
pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
       .: : :::.::::.:. .. : .::::::::.:: :.:::..:...::: .: :.::::.
NP_009 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
       :::: .:::.::.:. : ::::.:: :.::::..:::.::  :.: .:::.::::. .::
NP_009 PYECSQCGKAFRQSTHLTQHQRIHTGEKPYECNDCGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYEC
      490       500       510       520       530       540        

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pF1KB0 GQCGKSFSRKSSLIIHLRVHTGERPYECSDCGKSFAENSSLIKHLRVHTGERPYECIDCG
       .:::..::. . :: : :.::::.::::..::..:...: ::.: :.:: :.:: : .::
NP_009 NQCGRAFSQLAPLIQHQRIHTGEKPYECNQCGRAFSQSSLLIEHQRIHTKEKPYGCNECG
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pF1KB0 KSFRHSSSFRRHQRVHTGMRPYK                                     
       ::: ::::. .:.:.::: .::.                                     
NP_009 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
      610       620       630       640       650       660        




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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