Result of FASTA (omim) for pF1KB8556
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8556, 910 aa
  1>>>pF1KB8556 910 - 910 aa - 910 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.9951+/-0.00046; mu= -18.4873+/- 0.029
 mean_var=505.1121+/-104.582, 0's: 0 Z-trim(122.9): 69  B-trim: 140 in 2/55
 Lambda= 0.057066
 statistics sampled from 41830 (41914) to 41830 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.776), E-opt: 0.2 (0.491), width:  16
 Scan time: 14.920

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_001245303 (OMIM: 616826) epidermal growth facto ( 910) 6062 514.3 1.1e-144
NP_067058 (OMIM: 616826) epidermal growth factor r ( 864) 5759 489.3 3.4e-137
XP_016882575 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 926) 5329 453.9 1.6e-126
XP_016882576 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 915) 5321 453.3 2.5e-126
XP_016882578 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 845) 5306 452.0 5.6e-126
XP_016882577 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 874) 5306 452.0 5.8e-126
XP_016882580 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 796) 5282 450.0 2.1e-125
XP_016882581 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 750) 4953 422.9 2.9e-117
NP_001245304 (OMIM: 616826) epidermal growth facto ( 754) 4953 422.9 2.9e-117
XP_016882579 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal g ( 797) 4953 422.9  3e-117
NP_001245305 (OMIM: 616826) epidermal growth facto ( 601) 3886 335.0 6.7e-91
XP_016856105 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 865) 1261 119.0   1e-25
XP_016856104 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 933) 1260 118.9 1.1e-25
XP_016856108 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 708) 1223 115.8 7.6e-25
XP_016856106 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 828) 1224 115.9 8.1e-25
XP_016856107 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 798) 1223 115.8 8.3e-25
NP_001972 (OMIM: 600051) epidermal growth factor r ( 896) 1223 115.9 9.1e-25
XP_005270675 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 866) 1222 115.8 9.4e-25
XP_016856109 (OMIM: 600051) PREDICTED: epidermal g ( 658) 1126 107.8 1.8e-22
NP_001153441 (OMIM: 600051) epidermal growth facto ( 582)  707 73.3   4e-12
XP_011527994 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1107)  362 45.0  0.0024
XP_016883929 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1112)  362 45.1  0.0024
NP_001317941 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1178)  362 45.1  0.0025
XP_016883927 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1183)  362 45.1  0.0025
XP_016883925 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1608)  362 45.2  0.0032
XP_016883924 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1613)  362 45.2  0.0032
XP_016883919 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1679)  362 45.2  0.0033
XP_016883918 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1684)  362 45.2  0.0033
NP_055416 (OMIM: 605890) EH domain-containing prot ( 543)  344 43.4  0.0037
XP_011531108 (OMIM: 605891) PREDICTED: EH domain-c ( 322)  327 41.8  0.0065
XP_011527995 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1020)  343 43.5  0.0065
XP_016883930 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1025)  343 43.5  0.0066
NP_001317940 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1144)  343 43.5  0.0072
NP_001317937 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1149)  343 43.5  0.0072
NP_001317938 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1215)  343 43.5  0.0075
NP_001001132 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1220)  343 43.5  0.0075
XP_016883923 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1645)  343 43.6  0.0096
XP_016883922 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1650)  343 43.6  0.0096
XP_016883921 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1660)  343 43.6  0.0096
XP_016883920 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1665)  343 43.6  0.0097
NP_055415 (OMIM: 605891) EH domain-containing prot ( 535)  327 42.0  0.0097
NP_001317939 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform  (1716)  343 43.6  0.0099
NP_003015 (OMIM: 602442) intersectin-1 isoform ITS (1721)  343 43.6  0.0099
XP_016883917 (OMIM: 602442) PREDICTED: intersectin (1721)  343 43.6  0.0099


>>NP_001245303 (OMIM: 616826) epidermal growth factor re  (910 aa)
 initn: 6062 init1: 6062 opt: 6062  Z-score: 2718.6  bits: 514.3 E(85289): 1.1e-144
Smith-Waterman score: 6062; 100.0% identity (100.0% similar) in 910 aa overlap (1-910:1-910)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB8 VQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VQELQNDLDRETSSLQELEAQKQDAQDRLDEMDQQKAKLRDMLSDVRQKCQDETQMISSL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB8 KTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDEI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KTQIQSQESDLKSQEDDLNRAKSELNRLQQEETQLEQSIQAGRVQLETIIKSLKSTQDEI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB8 NQARSKLSQLHESRQEAHRSLEQYDQVLDGAHGASLTDLANLSEGVSLAERGSFGAMDDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NQARSKLSQLHESRQEAHRSLEQYDQVLDGAHGASLTDLANLSEGVSLAERGSFGAMDDP
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB8 FKNKALLFSNNTQELHPDPFQTEDPFKSDPFKGADPFKGDPFQNDPFAEQQTTSTDPFGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FKNKALLFSNNTQELHPDPFQTEDPFKSDPFKGADPFKGDPFQNDPFAEQQTTSTDPFGG
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB8 DPFKESDPFRGSATDDFFKKQTKNDPFTSDPFTKNPSLPSKLDPFESSDPFSSSSVSSKG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DPFKESDPFRGSATDDFFKKQTKNDPFTSDPFTKNPSLPSKLDPFESSDPFSSSSVSSKG
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB8 SDPFGTLDPFGSGSFNSAEGFADFSQMSKPPPSGPFTSSLGGAGFSDDPFKSKQDTPALP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SDPFGTLDPFGSGSFNSAEGFADFSQMSKPPPSGPFTSSLGGAGFSDDPFKSKQDTPALP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB8 PKKPAPPRPKPPSGKSTPVSQLGSADFPEAPDPFQPLGADSGDPFQSKKGFGDPFSGKDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PKKPAPPRPKPPSGKSTPVSQLGSADFPEAPDPFQPLGADSGDPFQSKKGFGDPFSGKDP
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB8 FVPSSAAKPSKASASGFADFTSFGNEEQQLAWAKRESEKAEQERLARLRRQEQEDLELAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVPSSAAKPSKASASGFADFTSFGNEEQQLAWAKRESEKAEQERLARLRRQEQEDLELAI
              850       860       870       880       890       900

              910
pF1KB8 ALSKADMPAA
       ::::::::::
NP_001 ALSKADMPAA
              910

>>NP_067058 (OMIM: 616826) epidermal growth factor recep  (864 aa)
 initn: 5759 init1: 5759 opt: 5759  Z-score: 2584.1  bits: 489.3 E(85289): 3.4e-137
Smith-Waterman score: 5759; 100.0% identity (100.0% similar) in 862 aa overlap (1-862:1-862)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 MAAPLIPLSQQIPTGNSLYESYYKQVDPAYTGRVGASEAALFLKKSGLSDIILGKIWDLA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 RDEFAVAMHLVYRALEKEPVPSALPPSLIPPSKRKKTVFPGAVPVLPASPPPKDSLRSTP
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 SHGSVSSLNSTGSLSPKHSLKQTQPTVNWVVPVADKMRFDEIFLKTDLDLDGYVSGQEVK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 EIFMHSGLTQNLLAHIWALADTRQTGKLSKDQFALAMYFIQQKVSKGIDPPQVLSPDMVP
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_067 PSERGTPGPDSSGSLGSGEFTGVKELDDISQEIAQLQREKYSLEQDIREKEEAIRQKTSE
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XP_016 LARLRRQEQEDLELAIALSKADMPAA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::                      
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pF1KB8 FQSKKGFGDPFSGKDPFVPSSAAKPSKASASGFADFTSFGNEEQQLAWAKRESEKAEQER
       ::                                                          
XP_016 FQIWQ                                                       
                                                                   

>>XP_016882577 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal growt  (874 aa)
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Smith-Waterman score: 5477; 97.8% identity (97.8% similar) in 846 aa overlap (1-830:1-846)

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>>XP_016882581 (OMIM: 616826) PREDICTED: epidermal growt  (750 aa)
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Smith-Waterman score: 4953; 100.0% identity (100.0% similar) in 749 aa overlap (1-749:1-749)

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pF1KB8 SDPFGTLDPFGSGSFNSAEGFADFSQMSKPPPSGPFTSSLGGAGFSDDPFKSKQDTPALP
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>>NP_001245304 (OMIM: 616826) epidermal growth factor re  (754 aa)
 initn: 4953 init1: 4953 opt: 4953  Z-score: 2226.3  bits: 422.9 E(85289): 2.9e-117
Smith-Waterman score: 4953; 100.0% identity (100.0% similar) in 749 aa overlap (1-749:1-749)

               10        20        30        40        50        60
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NP_001 DPEGKGFLDKQGFYVALRLVACAQSGHEVTLSNLNLSMPPPKFHDTSSPLMVTPPSAEAH
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NP_001 WAVRVEEKAKFDGIFESLLPINGLLSGDKVKPVLMNSKLPLDVLGRVWDLSDIDKDGHLD
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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