Result of FASTA (ccds) for pF1KB5874
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5874, 494 aa
  1>>>pF1KB5874 494 - 494 aa - 494 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.8510+/-0.0014; mu= 2.4436+/- 0.085
 mean_var=456.2730+/-92.315, 0's: 0 Z-trim(110.5): 167  B-trim: 206 in 1/54
 Lambda= 0.060043
 statistics sampled from 11533 (11685) to 11533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.651), E-opt: 0.2 (0.359), width:  16
 Scan time:  3.270

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS333.1 SRSF4 gene_id:6429|Hs108|chr1            ( 494) 3163 288.7 9.9e-78
CCDS13318.1 SRSF6 gene_id:6431|Hs108|chr20         ( 344) 1385 134.5 1.8e-31
CCDS32109.1 SRSF5 gene_id:6430|Hs108|chr14         ( 272) 1020 102.7 5.3e-22
CCDS11600.1 SRSF1 gene_id:6426|Hs108|chr17         ( 248)  599 66.2 4.8e-11
CCDS46095.1 SRRM5 gene_id:100170229|Hs108|chr19    ( 715)  606 67.4 5.8e-11


>>CCDS333.1 SRSF4 gene_id:6429|Hs108|chr1                 (494 aa)
 initn: 3163 init1: 3163 opt: 3163  Z-score: 1509.0  bits: 288.7 E(32554): 9.9e-78
Smith-Waterman score: 3163; 99.8% identity (100.0% similar) in 494 aa overlap (1-494:1-494)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MPRVYIGRLSYQARERDVERFFKGYGKILEVDLKNGYGFVEFDDLRDADDAVYELNGKDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MPRVYIGRLSYQARERDVERFFKGYGKILEVDLKNGYGFVEFDDLRDADDAVYELNGKDL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 CGERVIVEHARGPRRDGSYGSGRSGYGYRRSGRDKYGPPTRTEYRLIVENLSSRCSWQDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 CGERVIVEHARGPRRDGSYGSGRSGYGYRRSGRDKYGPPTRTEYRLIVENLSSRCSWQDL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 KDYMRQAGEVTYADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKLDGTEVNGRKIRLVEDKPGSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KDYMRQAGEVTYADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKLDGTEVNGRKIRLVEDKPGSR
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 RRRSYSRSRSHSRSRSRSRHSRKSRSRSGSSKSSHSKSRSRSRSGSRSRSKSRSRSQSRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RRRSYSRSRSHSRSRSRSRHSRKSRSRSGSSKSSHSKSRSRSRSGSRSRSKSRSRSQSRS
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 RSKKEKSRSPSKDKSRSRSHSAGKSRSKSKDQAEEKIQNNDNVGKPKSRSPSRHKSKSKS
       ::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RSKKEKSRSPSKEKSRSRSHSAGKSRSKSKDQAEEKIQNNDNVGKPKSRSPSRHKSKSKS
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 RSRSQERRVEEEKRGSVSRGRSQEKSLRQSRSRSRSKGGSRSRSRSRSKSKDKRKGRKRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RSRSQERRVEEEKRGSVSRGRSQEKSLRQSRSRSRSKGGSRSRSRSRSKSKDKRKGRKRS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 REESRSRSRSRSKSERSRKRGSKRDSKAGSSKKKKKEDTDRSQSRSPSRSVSKEREHAKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 REESRSRSRSRSKSERSRKRGSKRDSKAGSSKKKKKEDTDRSQSRSPSRSVSKEREHAKS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 ESSQREGRGESENAGTNQETRSRSRSNSKSKPNLPSESRSRSKSASKTRSRSKSRSRSAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ESSQREGRGESENAGTNQETRSRSRSNSKSKPNLPSESRSRSKSASKTRSRSKSRSRSAS
              430       440       450       460       470       480

              490    
pF1KB5 RSPSRSRSRSHSRS
       ::::::::::::::
CCDS33 RSPSRSRSRSHSRS
              490    

>>CCDS13318.1 SRSF6 gene_id:6431|Hs108|chr20              (344 aa)
 initn: 841 init1: 841 opt: 1385  Z-score: 678.3  bits: 134.5 E(32554): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 1427; 66.5% identity (80.9% similar) in 361 aa overlap (1-352:1-344)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MPRVYIGRLSYQARERDVERFFKGYGKILEVDLKNGYGFVEFDDLRDADDAVYELNGKDL
       :::::::::::..::.:..:::.:::..::::::::::::::.: :::::::::::::.:
CCDS13 MPRVYIGRLSYNVREKDIQRFFSGYGRLLEVDLKNGYGFVEFEDSRDADDAVYELNGKEL
               10        20        30        40        50        60

               70           80           90       100       110    
pF1KB5 CGERVIVEHARGPRRD--G-SYGSGRSGYGY---RRSGRDKYGPPTRTEYRLIVENLSSR
       ::::::::::::::::  : ::::  .: ::   : :::::::::.::::::::::::::
CCDS13 CGERVIVEHARGPRRDRDGYSYGSRSGGGGYSSRRTSGRDKYGPPVRTEYRLIVENLSSR
               70        80        90       100       110       120

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB5 CSWQDLKDYMRQAGEVTYADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKLDGTEVNGRKIRLVE
       ::::::::.:::::::::::::: : ::::::: :::::::::.::::::.:::.:::.:
CCDS13 CSWQDLKDFMRQAGEVTYADAHKERTNEGVIEFRSYSDMKRALDKLDGTEINGRNIRLIE
              130       140       150       160       170       180

          180       190       200       210       220       230    
pF1KB5 DKPGSRRRRSYSRSRSHSRSRSRSRHSRKSRSRSGSSKSSHSKSRSRSRSGSRSRSKSRS
       ::: . .::::: :::.:::: :::    :::: .:      .::::: : :::::.:::
CCDS13 DKPRTSHRRSYSGSRSRSRSRRRSR----SRSRRSS------RSRSRSISKSRSRSRSRS
              190       200           210             220       230

          240       250       260       270       280       290    
pF1KB5 RSQSRSRSKKEKSRSPSKDKSRSRSHSAGKSRSKSKDQAEEKIQNNDNVGKPKSRSPSRH
       ...:::::: .:::: ::.: .:   : ..:::.:::. :.      . .. .::::...
CCDS13 KGRSRSRSKGRKSRSKSKSKPKSDRGSHSHSRSRSKDEYEK------SRSRSRSRSPKEN
              240       250       260       270             280    

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB5 KS---KSKSRSRSQERRVEEEKRGSVSRGRSQEKSLRQSRSRSRSKGGSRSRSRSRSKSK
        .   ::::::::: :          :..::     ... :::::.. :.:::::::.:.
CCDS13 GKGDIKSKSRSRSQSRSNSPLPVPP-SKARSVSPPPKRATSRSRSRSRSKSRSRSRSSSR
          290       300        310       320       330       340   

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB5 DKRKGRKRSREESRSRSRSRSKSERSRKRGSKRDSKAGSSKKKKKEDTDRSQSRSPSRSV
       :                                                           
CCDS13 D                                                           
                                                                   

>>CCDS32109.1 SRSF5 gene_id:6430|Hs108|chr14              (272 aa)
 initn: 1381 init1: 525 opt: 1020  Z-score: 508.5  bits: 102.7 E(32554): 5.3e-22
Smith-Waterman score: 1020; 61.0% identity (81.2% similar) in 277 aa overlap (3-271:5-269)

                 10        20        30        40        50        
pF1KB5   MPRVYIGRLSYQARERDVERFFKGYGKILEVDLKNGYGFVEFDDLRDADDAVYELNGK
           ::.::::.  :::.::::::::::.: ..::: :.:::::.: ::::::::::.::
CCDS32 MSGCRVFIGRLNPAAREKDVERFFKGYGRIRDIDLKRGFGFVEFEDPRDADDAVYELDGK
               10        20        30        40        50        60

       60        70        80          90        100       110     
pF1KB5 DLCGERVIVEHARGPRRDGSYGSGRSG--YGYRRSGRDKYG-PPTRTEYRLIVENLSSRC
       .::.::: .::::. :  :. : :: .  .. ::   :. . ::.::: :::::::::: 
CCDS32 ELCSERVTIEHARA-RSRGGRGRGRYSDRFSSRRPRNDRRNAPPVRTENRLIVENLSSRV
               70         80        90       100       110         

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 SWQDLKDYMRQAGEVTYADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKLDGTEVNGRKIRLVED
       :::::::.::::::::.::::. . ::::.::.::.:.: :.:::.: :.:::::.:.: 
CCDS32 SWQDLKDFMRQAGEVTFADAHRPKLNEGVVEFASYGDLKNAIEKLSGKEINGRKIKLIE-
     120       130       140       150       160       170         

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 KPGSRRRRSYSRSRSHSRSRSRSRHSRKSRSRSGSSKSSHSKSRSRSRSGSRSRSKSRSR
         ::.:   .:::::.::::.::    .:::::  :..:.:.::::::: :::.:.: ::
CCDS32 --GSKR---HSRSRSRSRSRTRSSSRSRSRSRS-RSRKSYSRSRSRSRSRSRSKSRSVSR
        180          190       200        210       220       230  

             240       250        260       270       280       290
pF1KB5 S----QSRSRSKKEKSRSP-SKDKSRSRSHSAGKSRSKSKDQAEEKIQNNDNVGKPKSRS
       :    .:..:... .:.:: : :..::::    .:::.: :                   
CCDS32 SPVPEKSQKRGSSSRSKSPASVDRQRSRS----RSRSRSVDSGN                
            240       250       260           270                  

              300       310       320       330       340       350
pF1KB5 PSRHKSKSKSRSRSQERRVEEEKRGSVSRGRSQEKSLRQSRSRSRSKGGSRSRSRSRSKS

>>CCDS11600.1 SRSF1 gene_id:6426|Hs108|chr17              (248 aa)
 initn: 711 init1: 184 opt: 599  Z-score: 311.8  bits: 66.2 E(32554): 4.8e-11
Smith-Waterman score: 599; 46.5% identity (65.1% similar) in 241 aa overlap (3-232:17-248)

                             10        20        30             40 
pF1KB5               MPRVYIGRLSYQARERDVERFFKGYGKILEVDLKNGYG-----FVE
                       :.:.: :  . : .:.:  :  :: : ..::::  :     :::
CCDS11 MSGGGVIRGPAGNNDCRIYVGNLPPDIRTKDIEDVFYKYGAIRDIDLKNRRGGPPFAFVE
               10        20        30        40        50        60

              50        60        70        80        90       100 
pF1KB5 FDDLRDADDAVYELNGKDLCGERVIVEHARGPRRDGSYGSGRSGYGYRRSGRDKYGPPTR
       :.: :::.::::  .: :  : :. ::  :. :  :  :.: .: :   . : .::::.:
CCDS11 FEDPRDAEDAVYGRDGYDYDGYRLRVEFPRSGRGTGRGGGGGGGGG---APRGRYGPPSR
               70        80        90       100          110       

              110       120       130       140       150       160
pF1KB5 -TEYRLIVENLSSRCSWQDLKDYMRQAGEVTYADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKL
        .: :..: .:    :::::::.::.::.: :::..  : . ::.:::   ::  :..::
CCDS11 RSENRVVVSGLPPSGSWQDLKDHMREAGDVCYADVY--RDGTGVVEFVRKEDMTYAVRKL
       120       130       140       150         160       170     

                   170       180       190       200       210     
pF1KB5 DGTEVNGRK-----IRLVEDKPGSRRRRSYSRSRSHSRSRSRSRHSRKSRSRSGSSKSSH
       :.:.  ...     ::.  : :   :  ::.::::.::::::::   .::::: : . :.
CCDS11 DNTKFRSHEGETAYIRVKVDGP---RSPSYGRSRSRSRSRSRSRSRSNSRSRSYSPRRSR
         180       190          200       210       220       230  

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB5 SKSRSRSRSGSRSRSKSRSRSQSRSRSKKEKSRSPSKDKSRSRSHSAGKSRSKSKDQAEE
       .. :   :  :::::..                                           
CCDS11 GSPRYSPRH-SRSRSRT                                           
            240                                                    

>>CCDS46095.1 SRRM5 gene_id:100170229|Hs108|chr19         (715 aa)
 initn: 502 init1: 502 opt: 606  Z-score: 310.2  bits: 67.4 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 618; 37.1% identity (67.0% similar) in 345 aa overlap (163-494:260-586)

            140       150       160       170       180       190  
pF1KB5 ADAHKGRKNEGVIEFVSYSDMKRALEKLDGTEVNGRKIRLVEDKPGSRRRRSYSRSRSHS
                                     ::...: ..  ..     : .:.:.:::  
CCDS46 KSDNPSPSSSRKVKSYGQMIIPSREKSYSPTEMSSR-VKSYNQASTRSRPQSHSQSRSPR
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