Result of FASTA (ccds) for pF1KB5832
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5832, 481 aa
  1>>>pF1KB5832 481 - 481 aa - 481 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7473+/-0.000993; mu= -10.2805+/- 0.059
 mean_var=413.2254+/-87.762, 0's: 0 Z-trim(116.0): 32  B-trim: 176 in 1/53
 Lambda= 0.063093
 statistics sampled from 16599 (16628) to 16599 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.812), E-opt: 0.2 (0.511), width:  16
 Scan time:  4.030

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS5697.1 AGFG2 gene_id:3268|Hs108|chr7           ( 481) 3303 314.6 1.5e-85
CCDS46533.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2          ( 584)  929 98.6 1.9e-20
CCDS46534.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2          ( 560)  908 96.7   7e-20
CCDS2467.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2           ( 562)  908 96.7   7e-20
CCDS46535.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2          ( 522)  896 95.5 1.4e-19


>>CCDS5697.1 AGFG2 gene_id:3268|Hs108|chr7                (481 aa)
 initn: 3303 init1: 3303 opt: 3303  Z-score: 1649.5  bits: 314.6 E(32554): 1.5e-85
Smith-Waterman score: 3303; 100.0% identity (100.0% similar) in 481 aa overlap (1-481:1-481)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVMAAKKGPGPGGGVSGGKAEAEAASEVWCRRVRELGGCSQAGNRHCFECAQRGVTYVDI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 MVMAAKKGPGPGGGVSGGKAEAEAASEVWCRRVRELGGCSQAGNRHCFECAQRGVTYVDI
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 TVGSFVCTTCSGLLRGLNPPHRVKSISMTTFTEPEVVFLQSRGNEVCRKIWLGLFDARTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 TVGSFVCTTCSGLLRGLNPPHRVKSISMTTFTEPEVVFLQSRGNEVCRKIWLGLFDARTS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 LVPDSRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPDQVKGPTYTKGSASTPVQGSIPEGKPLRTLLG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LVPDSRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPDQVKGPTYTKGSASTPVQGSIPEGKPLRTLLG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DPAPSLSVAASTSSQPVSQSHARTSQARSTQPPPHSSVKKASTDLLADIGGDPFAAPQMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 DPAPSLSVAASTSSQPVSQSHARTSQARSTQPPPHSSVKKASTDLLADIGGDPFAAPQMA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 PAFAAFPAFGGQTPSQGGFANFDAFSSGPSSSVFGSLPPAGQASFQAQPTPAGSSQGTPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 PAFAAFPAFGGQTPSQGGFANFDAFSSGPSSSVFGSLPPAGQASFQAQPTPAGSSQGTPF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 GATPLAPASQPNSLADVGSFLGPGVPAAGVPSSLFGMAGQVPPLQSVTMGGGGGSSTGLA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 GATPLAPASQPNSLADVGSFLGPGVPAAGVPSSLFGMAGQVPPLQSVTMGGGGGSSTGLA
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 FGAFTNPFTAPAAQSPLPSTNPFQPNGLAPGPGFGMSSAGPGFPQAVPPTGAFASSFPAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 FGAFTNPFTAPAAQSPLPSTNPFQPNGLAPGPGFGMSSAGPGFPQAVPPTGAFASSFPAP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 LFPPQTPLVQQQNGSSFGDLGSAKLGQRPLSQPAGISTNPFMTGPSSSPFASKPPTTNPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS56 LFPPQTPLVQQQNGSSFGDLGSAKLGQRPLSQPAGISTNPFMTGPSSSPFASKPPTTNPF
              430       440       450       460       470       480

        
pF1KB5 L
       :
CCDS56 L
        

>>CCDS46533.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2               (584 aa)
 initn: 1009 init1: 635 opt: 929  Z-score: 480.5  bits: 98.6 E(32554): 1.9e-20
Smith-Waterman score: 943; 40.7% identity (64.7% similar) in 484 aa overlap (31-480:15-475)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVMAAKKGPGPGGGVSGGKAEAEAASEVWCRRVRELGGCSQAGNRHCFECAQRGVTYVDI
                                     . .:.. :  .  ::.::.: ::: :::..
CCDS46                 MAASAKRKQEEKHLKMLRDMTGLPH--NRKCFDCDQRGPTYVNM
                               10        20          30        40  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 TVGSFVCTTCSGLLRGLNPPHRVKSISMTTFTEPEVVFLQSRGNEVCRKIWLGLFDARTS
       ::::::::.::: :::::::::::::::::::. :. :::..:::::..::::::: :.:
CCDS46 TVGSFVCTSCSGSLRGLNPPHRVKSISMTTFTQQEIEFLQKHGNEVCKQIWLGLFDDRSS
             50        60        70        80        90       100  

              130       140       150       160          170       
pF1KB5 LVPDSRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPDQVKGPTYTKGS---ASTPVQGSIPEGKPLRT
        .:: :::::::::::::::::::::::.:.:  . ...:   .:.   .: :: :::..
CCDS46 AIPDFRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPEQAKVVASVHASISGSSASSTSSTPEVKPLKS
            110       120       130       140       150       160  

       180       190        200       210       220       230      
pF1KB5 LLGDPAPSLSVAASTSSQ-PVSQSHARTSQARSTQPPPHSSVKKASTDLLADIGGDPFAA
       :::: ::.: .  .: :: ::    .  ::... .        : . :::.:.:.: :::
CCDS46 LLGDSAPTLHLNKGTPSQSPV----VGRSQGQQQE--------KKQFDLLSDLGSDIFAA
            170       180           190               200       210

           240           250       260       270       280         
pF1KB5 P---QMAPA----FAAFPAFGGQTPSQGGFANFDAFSSGPSSSVFGSLPPAGQASFQAQP
       :   . : :    :: : . ..:. ... :::::::... .:: ::..: :... :: : 
CCDS46 PAPQSTATANFANFAHFNSHAAQNSANADFANFDAFGQSSGSSNFGGFPTASHSPFQPQT
              220       230       240       250       260       270

     290            300       310       320         330       340  
pF1KB5 TP-----AGSSQGTPFGATPLAPASQPNSLADVGSFLG--PGVPAAGVPSSLFGMAGQVP
       :      .. : :   .: ::  :.. .: :.:.. ..   . : ..  :. ::  .   
CCDS46 TAFRMLSSSCSFGEFTSAFPLQ-ATHSGSAASVNANFAHFDNFPKSS--SADFGTFNTSQ
              280       290        300       310         320       

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB5 PLQSVTMGGGGGSSTGLAFGAFTNPFTAPAAQSPLPSTNPFQPNGLAPGPGFGMSSAGP-
         :...  . .  ::. :    .. ..: :  . . :..    .:   : ::: .. .: 
CCDS46 SHQTAS--AVSKVSTNKAGLQTADKYAALANLDNIFSAG----QGGDQGSGFGTTGKAPV
       330         340       350       360           370       380 

             410       420       430           440       450       
pF1KB5 GFPQAVPPTGAFASSFPAPLFPPQTPLVQQQNGS----SFGDLGSAKLGQRPL-----SQ
       :   .::  .. .:.  : :   .. . .  ..:    : .. .:  .:  :.     .:
CCDS46 GSVVSVPSQSSASSDKYAALAELDSVFSSAATSSNAYTSTSNASSNVFGTVPVVASAQTQ
             390       400       410       420       430       440 

             460       470            480                          
pF1KB5 PAGIST-NPFMTGPSSSPF-ASKPPT----TNPFL                         
       ::. :.  :: . ::..:: :.  :.    ::::                          
CCDS46 PASSSVPAPFGATPSTNPFVAAAGPSVASSTNPFQTNARGATAATFGTASMSMPTGFGTP
             450       460       470       480       490       500 

CCDS46 APYSLPTSFSGSFQQPAFPAQAAFPQQTAFSQQPNGFAAFGQTKPVVTPFGQVAAAGVSS
             510       520       530       540       550       560 

>>CCDS46534.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2               (560 aa)
 initn: 988 init1: 635 opt: 908  Z-score: 470.4  bits: 96.7 E(32554): 7e-20
Smith-Waterman score: 930; 40.8% identity (62.8% similar) in 478 aa overlap (31-480:15-451)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVMAAKKGPGPGGGVSGGKAEAEAASEVWCRRVRELGGCSQAGNRHCFECAQRGVTYVDI
                                     . .:.. :  .  ::.::.: ::: :::..
CCDS46                 MAASAKRKQEEKHLKMLRDMTGLPH--NRKCFDCDQRGPTYVNM
                               10        20          30        40  

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 TVGSFVCTTCSGLLRGLNPPHRVKSISMTTFTEPEVVFLQSRGNEVCRKIWLGLFDARTS
       ::::::::.::: :::::::::::::::::::. :. :::..:::::..::::::: :.:
CCDS46 TVGSFVCTSCSGSLRGLNPPHRVKSISMTTFTQQEIEFLQKHGNEVCKQIWLGLFDDRSS
             50        60        70        80        90       100  

              130       140       150       160          170       
pF1KB5 LVPDSRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPDQVKGPTYTKGS---ASTPVQGSIPEGKPLRT
        .:: :::::::::::::::::::::::.:.:  . ...:   .:.   .: :: :::..
CCDS46 AIPDFRDPQKVKEFLQEKYEKKRWYVPPEQAKVVASVHASISGSSASSTSSTPEVKPLKS
            110       120       130       140       150       160  

       180       190        200       210       220       230      
pF1KB5 LLGDPAPSLSVAASTSSQ-PVSQSHARTSQARSTQPPPHSSVKKASTDLLADIGGDPFAA
       :::: ::.: .  .: :: ::    .  ::... .        : . :::.:.:.: :::
CCDS46 LLGDSAPTLHLNKGTPSQSPV----VGRSQGQQQE--------KKQFDLLSDLGSDIFAA
            170       180           190               200       210

           240           250       260       270       280         
pF1KB5 P---QMAPA----FAAFPAFGGQTPSQGGFANFDAFSSGPSSSVFGSLPPAGQASFQAQP
       :   . : :    :: : . ..:. ... :::::::... .:: ::..: :... :: : 
CCDS46 PAPQSTATANFANFAHFNSHAAQNSANADFANFDAFGQSSGSSNFGGFPTASHSPFQPQT
              220       230       240       250       260       270

     290        300       310       320       330       340        
pF1KB5 TP-AGSSQGTPFGATPLAPASQPNSLADVGSFLGPGVPAAGVPSSLFGMAGQVPPLQSVT
       :  ...: .. :.     : :   : :: :.:           :.    :. :  . :..
CCDS46 TGGSAASVNANFAHFDNFPKS---SSADFGTF---------NTSQSHQTASAVSKV-STN
              280       290                   300       310        

      350       360       370       380       390       400        
pF1KB5 MGGGGGSSTGLAFGAFTNPFTAPAAQSPLPSTNPFQPNGLAPGPGFGMSSAGP-GFPQAV
        .:   ..   :.. . : :.:               .:   : ::: .. .: :   .:
CCDS46 KAGLQTADKYAALANLDNIFSAG--------------QGGDQGSGFGTTGKAPVGSVVSV
       320       330       340                     350       360   

       410       420       430           440       450             
pF1KB5 PPTGAFASSFPAPLFPPQTPLVQQQNGS----SFGDLGSAKLGQRPL-----SQPAGIST
       :  .. .:.  : :   .. . .  ..:    : .. .:  .:  :.     .:::. :.
CCDS46 PSQSSASSDKYAALAELDSVFSSAATSSNAYTSTSNASSNVFGTVPVVASAQTQPASSSV
           370       380       390       400       410       420   

       460       470            480                                
pF1KB5 -NPFMTGPSSSPF-ASKPPT----TNPFL                               
         :: . ::..:: :.  :.    ::::                                
CCDS46 PAPFGATPSTNPFVAAAGPSVASSTNPFQTNARGATAATFGTASMSMPTGFGTPAPYSLP
           430       440       450       460       470       480   

>>CCDS2467.1 AGFG1 gene_id:3267|Hs108|chr2                (562 aa)
 initn: 986 init1: 635 opt: 908  Z-score: 470.4  bits: 96.7 E(32554): 7e-20
Smith-Waterman score: 930; 40.8% identity (62.8% similar) in 478 aa overlap (31-480:15-451)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVMAAKKGPGPGGGVSGGKAEAEAASEVWCRRVRELGGCSQAGNRHCFECAQRGVTYVDI
                                     . .:.. :  .  ::.::.: ::: :::..
CCDS24                 MAASAKRKQEEKHLKMLRDMTGLPH--NRKCFDCDQRGPTYVNM
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       ::::::::.::: :::::::::::::::::::. :. :::..:::::..::::::: :.:
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        .:: :::::::::::::::::::::::.:.:  . ...:   .:.   .: :: :::..
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       :::: ::.: .  .: :: ::    .  ::... .        : . :::.:.:.: :::
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        .:   ..   :.. . : :.:               .:   : ::: .. .: :   .:
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       :  .. .:.  : :   .. . .  ..:    : .. .:  .:  :.     .:::. :.
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CCDS46                 MAASAKRKQEEKHLKMLRDMTGLPH--NRKCFDCDQRGPTYVNM
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