Result of FASTA (omim) for pF1KB6285
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6285, 862 aa
  1>>>pF1KB6285 862 - 862 aa - 862 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.4079+/-0.000448; mu= -2.5822+/- 0.028
 mean_var=259.9694+/-52.764, 0's: 0 Z-trim(117.6): 124  B-trim: 232 in 1/59
 Lambda= 0.079545
 statistics sampled from 29554 (29681) to 29554 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.348), width:  16
 Scan time: 13.160

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_005631 (OMIM: 601689,615841) transcription init ( 862) 5409 634.8 5.1e-181
NP_001280654 (OMIM: 601689,615841) transcription i ( 867) 5389 632.5 2.5e-180
XP_005258396 (OMIM: 601689,615841) PREDICTED: tran ( 625) 3830 453.5 1.4e-126
XP_011524455 (OMIM: 601689,615841) PREDICTED: tran ( 611) 3828 453.3 1.6e-126
XP_016881421 (OMIM: 601689,615841) PREDICTED: tran ( 624) 3828 453.3 1.6e-126
XP_016881422 (OMIM: 601689,615841) PREDICTED: tran ( 608) 3819 452.3 3.2e-126
NP_003176 (OMIM: 601796) transcription initiation  (1085) 1210 153.0   7e-36
NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo s (5289)  317 50.9 0.00018
XP_011514552 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3076)  265 44.8  0.0073
XP_016867720 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3143)  265 44.8  0.0075
XP_011514551 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3245)  265 44.8  0.0077
XP_011514549 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3296)  265 44.8  0.0078
XP_011514548 (OMIM: 158371) PREDICTED: mucin-3A is (3313)  265 44.8  0.0078
NP_005951 (OMIM: 158371) mucin-3A precursor [Homo  (3323)  265 44.8  0.0078


>>NP_005631 (OMIM: 601689,615841) transcription initiati  (862 aa)
 initn: 5409 init1: 5409 opt: 5409  Z-score: 3370.9  bits: 634.8 E(85289): 5.1e-181
Smith-Waterman score: 5409; 100.0% identity (100.0% similar) in 862 aa overlap (1-862:1-862)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MPAGLTEPAGAAPPAAVSASGTVTMAPAGALPVRVESTPVALGAVTKAPVSVCVEPTASQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MPAGLTEPAGAAPPAAVSASGTVTMAPAGALPVRVESTPVALGAVTKAPVSVCVEPTASQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 PLRSPVGTLVTKVAPVSAPPKVSSGPRLPAPQIVAVKAPNTTTIQFPANLQLPPGTVLIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PLRSPVGTLVTKVAPVSAPPKVSSGPRLPAPQIVAVKAPNTTTIQFPANLQLPPGTVLIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SNSGPLMLVSPQQTVTRAETTSNITSRPAVPANPQTVKICTVPNSSSQLIKKVAVTPVKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SNSGPLMLVSPQQTVTRAETTSNITSRPAVPANPQTVKICTVPNSSSQLIKKVAVTPVKK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 LAQIGTTVVTTVPKPSSVQSVAVPTSVVTVTPGKPLNTVTTLKPSSLGASSTPSNEPNLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LAQIGTTVVTTVPKPSSVQSVAVPTSVVTVTPGKPLNTVTTLKPSSLGASSTPSNEPNLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 AENSAAVQINLSPTMLENVKKCKNFLAMLIKLACSGSQSPEMGQNVKKLVEQLLDAKIEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 AENSAAVQINLSPTMLENVKKCKNFLAMLIKLACSGSQSPEMGQNVKKLVEQLLDAKIEA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EEFTRKLYVELKSSPQPHLVPFLKKSVVALRQLLPNSQSFIQQCVQQTSSDMVIATCTTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 EEFTRKLYVELKSSPQPHLVPFLKKSVVALRQLLPNSQSFIQQCVQQTSSDMVIATCTTT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 VTTSPVVTTTVSSSQSEKSIIVSGATAPRTVSVQTLNPLAGPVGAKAGVVTLHSVGPTAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VTTSPVVTTTVSSSQSEKSIIVSGATAPRTVSVQTLNPLAGPVGAKAGVVTLHSVGPTAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 TGGTTAGTGLLQTSKPLVTSVANTVTTVSLQPEKPVVSGTAVTLSLPAVTFGETSGAAIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 TGGTTAGTGLLQTSKPLVTSVANTVTTVSLQPEKPVVSGTAVTLSLPAVTFGETSGAAIC
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 LPSVKPVVSSAGTTSDKPVIGTPVQIKLAQPGPVLSQPAGIPQAVQVKQLVVQQPSGGNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LPSVKPVVSSAGTTSDKPVIGTPVQIKLAQPGPVLSQPAGIPQAVQVKQLVVQQPSGGNE
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 KQVTTISHSSTLTIQKCGQKTMPVNTIIPTSQFPPASILKQITLPGNKILSLQASPTQKN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 KQVTTISHSSTLTIQKCGQKTMPVNTIIPTSQFPPASILKQITLPGNKILSLQASPTQKN
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 RIKENVTSCFRDEDDINDVTSMAGVNLNEENACILATNSELVGTLIQSCKDEPFLFIGAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 RIKENVTSCFRDEDDINDVTSMAGVNLNEENACILATNSELVGTLIQSCKDEPFLFIGAL
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB6 QKRILDIGKKHDITELNSDAVNLISQATQERLRGLLEKLTAIAQHRMTTYKASENYILCS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QKRILDIGKKHDITELNSDAVNLISQATQERLRGLLEKLTAIAQHRMTTYKASENYILCS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB6 DTRSQLKFLEKLDQLEKQRKDLEEREMLLKAAKSRSNKEDPEQLRLKQKAKELQQLELAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 DTRSQLKFLEKLDQLEKQRKDLEEREMLLKAAKSRSNKEDPEQLRLKQKAKELQQLELAQ
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB6 IQHRDANLTALAAIGPRKKRPLESGIEGLKDNLLASGTSSLTATKQLHRPRITRICLRDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IQHRDANLTALAAIGPRKKRPLESGIEGLKDNLLASGTSSLTATKQLHRPRITRICLRDL
              790       800       810       820       830       840

              850       860  
pF1KB6 IFCMEQEREMKYSRALYLALLK
       ::::::::::::::::::::::
NP_005 IFCMEQEREMKYSRALYLALLK
              850       860  

>>NP_001280654 (OMIM: 601689,615841) transcription initi  (867 aa)
 initn: 5395 init1: 3306 opt: 5389  Z-score: 3358.5  bits: 632.5 E(85289): 2.5e-180
Smith-Waterman score: 5389; 99.4% identity (99.4% similar) in 867 aa overlap (1-862:1-867)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MPAGLTEPAGAAPPAAVSASGTVTMAPAGALPVRVESTPVALGAVTKAPVSVCVEPTASQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MPAGLTEPAGAAPPAAVSASGTVTMAPAGALPVRVESTPVALGAVTKAPVSVCVEPTASQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 PLRSPVGTLVTKVAPVSAPPKVSSGPRLPAPQIVAVKAPNTTTIQFPANLQLPPGTVLIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PLRSPVGTLVTKVAPVSAPPKVSSGPRLPAPQIVAVKAPNTTTIQFPANLQLPPGTVLIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 SNSGPLMLVSPQQTVTRAETTSNITSRPAVPANPQTVKICTVPNSSSQLIKKVAVTPVKK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNSGPLMLVSPQQTVTRAETTSNITSRPAVPANPQTVKICTVPNSSSQLIKKVAVTPVKK
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 LAQIGTTVVTTVPKPSSVQSVAVPTSVVTVTPGKPLNTVTTLKPSSLGASSTPSNEPNLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LAQIGTTVVTTVPKPSSVQSVAVPTSVVTVTPGKPLNTVTTLKPSSLGASSTPSNEPNLK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 AENSAAVQINLSPTMLENVKKCKNFLAMLIKLACSGSQSPEMGQNVKKLVEQLLDAKIEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 AENSAAVQINLSPTMLENVKKCKNFLAMLIKLACSGSQSPEMGQNVKKLVEQLLDAKIEA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 EEFTRKLYVELKSSPQPHLVPFLKKSVVALRQLLPNSQSFIQQCVQQTSSDMVIATCTTT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EEFTRKLYVELKSSPQPHLVPFLKKSVVALRQLLPNSQSFIQQCVQQTSSDMVIATCTTT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 VTTSPVVTTTVSSSQSEKSIIVSGATAPRTVSVQTLNPLAGPVGAKAGVVTLHSVGPTAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTTSPVVTTTVSSSQSEKSIIVSGATAPRTVSVQTLNPLAGPVGAKAGVVTLHSVGPTAA
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 TGGTTAGTGLLQTSKPLVTSVANTVTTVSLQPEKPVVSGTAVTLSLPAVTFGETSGAAIC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TGGTTAGTGLLQTSKPLVTSVANTVTTVSLQPEKPVVSGTAVTLSLPAVTFGETSGAAIC
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530          
pF1KB6 LPSVKPVVSSAGTTSDKPVIGTPVQIKLAQPGPVLSQPAGIPQAVQVKQL-----VVQQP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::     :::::
NP_001 LPSVKPVVSSAGTTSDKPVIGTPVQIKLAQPGPVLSQPAGIPQAVQVKQLFSLFQVVQQP
              490       500       510       520       530       540

         540       550       560       570       580       590     
pF1KB6 SGGNEKQVTTISHSSTLTIQKCGQKTMPVNTIIPTSQFPPASILKQITLPGNKILSLQAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGGNEKQVTTISHSSTLTIQKCGQKTMPVNTIIPTSQFPPASILKQITLPGNKILSLQAS
              550       560       570       580       590       600

         600       610       620       630       640       650     
pF1KB6 PTQKNRIKENVTSCFRDEDDINDVTSMAGVNLNEENACILATNSELVGTLIQSCKDEPFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PTQKNRIKENVTSCFRDEDDINDVTSMAGVNLNEENACILATNSELVGTLIQSCKDEPFL
              610       620       630       640       650       660

         660       670       680       690       700       710     
pF1KB6 FIGALQKRILDIGKKHDITELNSDAVNLISQATQERLRGLLEKLTAIAQHRMTTYKASEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FIGALQKRILDIGKKHDITELNSDAVNLISQATQERLRGLLEKLTAIAQHRMTTYKASEN
              670       680       690       700       710       720

         720       730       740       750       760       770     
pF1KB6 YILCSDTRSQLKFLEKLDQLEKQRKDLEEREMLLKAAKSRSNKEDPEQLRLKQKAKELQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YILCSDTRSQLKFLEKLDQLEKQRKDLEEREMLLKAAKSRSNKEDPEQLRLKQKAKELQQ
              730       740       750       760       770       780

         780       790       800       810       820       830     
pF1KB6 LELAQIQHRDANLTALAAIGPRKKRPLESGIEGLKDNLLASGTSSLTATKQLHRPRITRI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LELAQIQHRDANLTALAAIGPRKKRPLESGIEGLKDNLLASGTSSLTATKQLHRPRITRI
              790       800       810       820       830       840

         840       850       860  
pF1KB6 CLRDLIFCMEQEREMKYSRALYLALLK
       :::::::::::::::::::::::::::
NP_001 CLRDLIFCMEQEREMKYSRALYLALLK
              850       860       

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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KQLHRPRITRICLRDLIFCMEQEREMKYSRALYLALLK
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>>NP_003176 (OMIM: 601796) transcription initiation fact  (1085 aa)
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       :  .   : : :. :  : ..    : :   :.:..:  :.   ..  : : . :::: :
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               : :.::   :.::::: ::..:..: :... :::....      :.  ....
NP_003 P------QNPTNIQ---NFQLPPGMVLVRSENGQLLMI-PQQALAQMQAQAHAQPQTTMA
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        :::.:..   :.: ::   .. .: .  :::        ::..  :   :..:... :.
NP_003 PRPATPTSAPPVQISTVQAPGTPIIAR-QVTP--------TTIIKQV---SQAQTTVQPS
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pF1KB6 SVVTVTPG-KP-LNTVTTLKPSSLG-ASSTPSNEPNLKAENSAAVQINLSPTMLENVKKC
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NP_003 ATLQRSPGVQPQLVLGGAAQTASLGTATAVQTGTPQRTVPGATTTSSAATETM-ENVKKC
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pF1KB6 KNFLAMLIKLACSGSQSPEMGQNVKKLVEQLLDAKIEAEEFTRKLYVELKSSPQPHLVPF
       ::::. ::::: ::.:: : . :::.::..:::.:::::.:: .:: ::.:::::.::::
NP_003 KNFLSTLIKLASSGKQSTETAANVKELVQNLLDGKIEAEDFTSRLYRELNSSPQPYLVPF
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pF1KB6 LKKSVVALRQLLPNSQSFIQQCVQQTSSDMVIATCTTTVTTSPVVTTTVSSSQSEKSIIV
       ::.:. ::::: :.: .::::  ::       ::   :. :. :....:. . .. .  :
NP_003 LKRSLPALRQLTPDSAAFIQQSQQQPPPPTSQAT---TALTAVVLSSSVQRTAGKTAATV
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       ..:  : ..:      :. :                     : .:.:      ::: .  
NP_003 TSALQPPVLS------LTQP---------------------TQVGVGKQGQPTPLVIQ--
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pF1KB6 NTVTTVSLQPEKPVVSGTAVTLSLPAVTFGETSGAAICLPSVKPVVSSAGTTSDKPVIGT
               :: ::                    :: :  :.:        : .. :... 
NP_003 --------QPPKP--------------------GALIRPPQV--------TLTQTPMVA-
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pF1KB6 PVQIKLAQPGPVLSQPAGIPQAVQVKQLVVQQPSGGNEKQVTTISHSSTLTIQKCGQKTM
            : ::   .   .  :: .:.. :   ::                           
NP_003 -----LRQPHNRIMLTT--PQQIQLNPL---QP---------------------------
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pF1KB6 PVNTIIPTSQFPPASILKQITLPGNKILSL---QASPTQKNRIKENVTSCFRDEDDINDV
            .:        ..:  .:::.: ::    ::. .:::..::   . :::.::::::
NP_003 -----VP--------VVKPAVLPGTKALSAVSAQAAAAQKNKLKEPGGGSFRDDDDINDV
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pF1KB6 TSMAGVNLNEENACILATNSELVGTLIQSCKDEPFLFIGALQKRILDIGKKHDITELNSD
       .:::::::.::.: :::::::::::: .::::: ::. . ::.:::.::::: ::::. :
NP_003 ASMAGVNLSEESARILATNSELVGTLTRSCKDETFLLQAPLQRRILEIGKKHGITELHPD
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pF1KB6 AVNLISQATQERLRGLLEKLTAIAQHRMTTYKASENYILCSDTRSQLKFLEKLDQLEKQR
       .:. .:.:::.::..:.::..  ::..  .:: .. :   ::.:.::::.:.:::.::::
NP_003 VVSYVSHATQQRLQNLVEKISETAQQKNFSYKDDDRYEQASDVRAQLKFFEQLDQIEKQR
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pF1KB6 KDLEEREMLLKAAKSRSNKEDPEQLRLKQKAKELQQLELAQIQHRDANLTALAAIGPRKK
       :: .:::.:..:::::: .::::::::::::::.:: ::::...::::::::::::::::
NP_003 KDEQEREILMRAAKSRSRQEDPEQLRLKQKAKEMQQQELAQMRQRDANLTALAAIGPRKK
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pF1KB6 RPLE-----SGIEGLKDNLLASGTSSLTATKQLHRPRITRICLRDLIFCMEQEREMKYSR
       : ..     :: ::   . .. :.:.. . .:. : ::::. :::::::.:.::: ..: 
NP_003 RKVDCPGPGSGAEGSGPGSVVPGSSGVGTPRQFTRQRITRVNLRDLIFCLENERETSHSL
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pF1KB6 ALYLALLK
        :: :.::
NP_003 LLYKAFLK
      1080     

>>NP_002448 (OMIM: 158370) mucin-2 precursor [Homo sapie  (5289 aa)
 initn: 341 init1:  81 opt: 317  Z-score: 201.1  bits: 50.9 E(85289): 0.00018
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NP_002 TVTPTRTPTGTKSTTPTSITTTTMVTPTPTPTGTHTPTTTPITTTTTVTPT-PTPTGTQ-
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pF1KB6 TPVALGAVTKAPVSVCVEPTASQ-PLRSPVGTLVTKVAPVSAPPKVSSGPRLPAPQIVAV
       ::.    .: . :.    ::..: :  .:. : .: :.:. .:    .: . :.   ...
NP_002 TPTPTPITTTTTVTPTPTPTGTQTPTSTPI-TTTTTVTPTPTP----TGTQTPTTTPITT
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pF1KB6 KAPNTTTIQFPANLQLPPGTVLIKSNSGPLMLVSPQQTVTRAETTSNITSRPAVPANPQT
       ..  : :   :.. : :  :::: ...   :  .:  : :.. :.. ::.  .:  .:  
NP_002 NTTVTPT-PTPTGTQTPT-TVLITTTT--TMTPTPTPTSTKSTTVTPITTTTTVTPTPTP
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pF1KB6 VKICTVPNSSSQLIKKVAVTPVKKLAQIGTTVVTTVPKPSSVQSVAVPTSVVTVTP-GKP
       .   :  .. . .   ..:::.   .  :: . ::.:  ...  . .:: . : :: . :
NP_002 TG--TQSTTLTPITTTTTVTPTP--TPTGTQTPTTTPISTTTTVIPTPTPTGTQTPTSTP
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pF1KB6 LNTVTTLKPSSLGASS-TPSNEPNLKAENSAAVQINLSPTMLENVKKCKNFLAMLIKLAC
       ..:.::. :.   ... ::.. :        ..  ...::   .  .  ..  .    . 
NP_002 ITTTTTVTPTPTPTGTQTPTSTP-------ISTTTTVTPTATPTGTQTPTLTPITTTTTV
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         ..:.     .. :..  :  : : : : .:. :. ....    .   .:. .: :. .
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       : :     :... :.:: .  :. :   ::       .: :. . .:: .  :.  . . 
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            : :. .: :.  : .. .    .  :.: .   .: :: ..:.:      : .: 
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         ....  :..:.    ::.. ::  :       :  .   . .. :    ... . .:.
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        ... .: .. :.. . :... ::         ...::....       : .:.: :...
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