Result of FASTA (ccds) for pF1KB6212
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6212, 698 aa
  1>>>pF1KB6212 698 - 698 aa - 698 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6246+/-0.000975; mu= 9.6065+/- 0.058
 mean_var=140.3474+/-28.674, 0's: 0 Z-trim(109.6): 28  B-trim: 629 in 1/50
 Lambda= 0.108261
 statistics sampled from 10988 (11012) to 10988 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.684), E-opt: 0.2 (0.338), width:  16
 Scan time:  3.960

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19          ( 698) 4661 740.0 2.8e-213
CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19          ( 723) 3540 564.9 1.5e-160
CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9            ( 749) 2555 411.1 3.1e-114
CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9            ( 707) 2479 399.2 1.1e-110
CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19          ( 979) 2297 370.8 5.2e-102
CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9           ( 413) 1082 180.9 3.4e-45
CCDS9108.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12           ( 641)  574 101.6 3.7e-21
CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12           ( 735)  374 70.4 1.1e-11
CCDS55880.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12          ( 744)  374 70.4 1.1e-11


>>CCDS12158.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19               (698 aa)
 initn: 4661 init1: 4661 opt: 4661  Z-score: 3942.6  bits: 740.0 E(32554): 2.8e-213
Smith-Waterman score: 4661; 99.9% identity (100.0% similar) in 698 aa overlap (1-698:1-698)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 NYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKY
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 HYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 HYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQ
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 TMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 NLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 CDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 CDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVS
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 AFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 RLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 RLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIR
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 DLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690        
pF1KB6 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI
              670       680       690        

>>CCDS12157.1 RFX2 gene_id:5990|Hs108|chr19               (723 aa)
 initn: 3518 init1: 3518 opt: 3540  Z-score: 2996.1  bits: 564.9 E(32554): 1.5e-160
Smith-Waterman score: 4601; 96.4% identity (96.5% similar) in 723 aa overlap (1-698:1-723)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGAIRTAYTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGGAQVTVA
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170          
pF1KB6 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATL-----
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::     
CCDS12 ASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLEMAIE
              130       140       150       160       170       180

                             180       190       200       210     
pF1KB6 --------------------QWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAAS
                           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLQKSEGITSHKSGLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAAS
              190       200       210       220       230       240

         220       230       240       250       260       270     
pF1KB6 FGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 FGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPR
              250       260       270       280       290       300

         280       290       300       310       320       330     
pF1KB6 YRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 YRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDG
              310       320       330       340       350       360

         340       350       360       370       380       390     
pF1KB6 VTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDP
              370       380       390       400       410       420

         400       410       420       430       440       450     
pF1KB6 EGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKS
              430       440       450       460       470       480

         460       470       480       490       500       510     
pF1KB6 LEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSD
              490       500       510       520       530       540

         520       530       540       550       560       570     
pF1KB6 LNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHA
              550       560       570       580       590       600

         580       590       600       610       620       630     
pF1KB6 GSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEA
              610       620       630       640       650       660

         640       650       660       670       680       690     
pF1KB6 TGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSL
              670       680       690       700       710       720

          
pF1KB6 QGI
       :::
CCDS12 QGI
          

>>CCDS6449.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9                 (749 aa)
 initn: 2618 init1: 1464 opt: 2555  Z-score: 2164.4  bits: 411.1 E(32554): 3.1e-114
Smith-Waterman score: 2863; 64.4% identity (81.8% similar) in 724 aa overlap (1-690:1-698)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
       ::.:: :.:. ..:.:. :.:.    : : .:. :.    :  .:.:      :::: : 
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
               10        20          30                    40      

               70        80        90        100       110         
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
       :: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS64 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
          50        60        70        80         90       100    

      120       130           140       150       160       170    
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
       ...::      :::::   : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS64 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
                110       120       130       140       150        

                                   180       190       200         
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
                                :::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS64 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
      160       170       180       190       200       210        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
       :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS64 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
      220       230       240       250       260       270        

     270       280       290         300       310       320       
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
       :.:: ::.: ::.:...:. . :: ..  . :::. .:::::::..:.:...:::   ..
CCDS64 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
      280       290       300       310       320       330        

       330       340       350       360       370        380      
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
       .:  : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.::::  ::::: .::  : .. .:: :
CCDS64 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
      340         350       360       370       380       390      

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
          .:. .   . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS64 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
        400       410       420       430       440       450      

        450       460       470       480       490       500      
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
       ::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
        460       470       480       490       500       510      

        510       520       530       540       550       560      
pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
       ::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS64 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
        520       530       540       550       560       570      

        570       580       590       600       610       620      
pF1KB6 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
       . :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
        580       590       600       610       620       630      

        630       640       650       660       670       680      
pF1KB6 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
       :::::::.:::::::::::::.:: ..:   ::::. :.: . ::   .  . .:: .::
CCDS64 LVEHRVAQATGETPIAVMGEFGDLNAVSPGNLDKDE-GSEVE-SEMDEELDDSSEPQAKR
        640       650       660       670         680       690    

        690                                                   
pF1KB6 ERSDPNHSLQGI                                           
       :...                                                   
CCDS64 EKTELSQAFPVGCMQPVLETGVQPSLLNPIHSEHIVTSTQTIRQCSATGNTYTAV
          700       710       720       730       740         

>>CCDS6450.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9                 (707 aa)
 initn: 1902 init1: 1426 opt: 2479  Z-score: 2100.7  bits: 399.2 E(32554): 1.1e-110
Smith-Waterman score: 2787; 66.0% identity (82.6% similar) in 680 aa overlap (1-646:1-656)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
       ::.:: :.:. ..:.:. :.:.    : : .:. :.    :  .:.:      :::: : 
CCDS64 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQ--AAVPTQVVQQV----P--VQQQ------VQQV-QT
               10        20          30                    40      

               70        80        90        100       110         
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
       :: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS64 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
          50        60        70        80         90       100    

      120       130           140       150       160       170    
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
       ...::      :::::   : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS64 TVVSS------HSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
                110       120       130       140       150        

                                   180       190       200         
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
                                :::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS64 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
      160       170       180       190       200       210        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
       :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS64 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
      220       230       240       250       260       270        

     270       280       290         300       310       320       
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
       :.:: ::.: ::.:...:. . :: ..  . :::. .:::::::..:.:...:::   ..
CCDS64 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
      280       290       300       310       320       330        

       330       340       350       360       370        380      
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
       .:  : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.::::  ::::: .::  : .. .:: :
CCDS64 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
      340         350       360       370       380       390      

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
          .:. .   . ::: :::.::. . ::.:: .::: .:::::::::::::::.::.::
CCDS64 ITESSNLSEIESRLPKAKLITLCKHESILKWMCNCDHGMYQALVEILIPDVLRPIPSALT
        400       410       420       430       440       450      

        450       460       470       480       490       500      
pF1KB6 QAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
       ::::::::::::::.:::...::..:::::..::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 QAIRNFAKSLEGWLSNAMNNIPQRMIQTKVAAVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNT
        460       470       480       490       500       510      

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pF1KB6 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSV
       ::::::::::::::::::::::::::::....::::: :::.::::::.:.:::.:::.:
CCDS64 SQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCDDNMVQRLETDFKMTLQQQSTLEQWAAWLDNV
        520       530       540       550       560       570      

        570       580       590       600       610       620      
pF1KB6 VTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
       . :.:: . : :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS64 MMQALKPYEGRPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFY
        580       590       600       610       620       630      

        630       640       650       660       670       680      
pF1KB6 LVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKR
       :::::::.::::::::::::                                        
CCDS64 LVEHRVAQATGETPIAVMGEVREAERAVTHWVIKNKPELHFSLNTLLIKTMVPNQVSLRA
        640       650       660       670       680       690      

>>CCDS12301.1 RFX1 gene_id:5989|Hs108|chr19               (979 aa)
 initn: 2533 init1: 1338 opt: 2297  Z-score: 1944.9  bits: 370.8 E(32554): 5.2e-102
Smith-Waterman score: 2508; 56.5% identity (76.1% similar) in 735 aa overlap (25-690:241-967)

                     10        20        30        40        50    
pF1KB6       MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRV
                                     ::.. .: .:::. . :: . .::...  .
CCDS12 VQANSSSSKTAGAPTGTVPQQLQVHGVQQSVPVTQERSVVQATPQAPKPGPVQPLTVQGL
              220       230       240       250       260       270

             60             70        80        90        100      
pF1KB6 Q--QVPQQVQ-----PVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTA
       :  .: :.::     :: ::: .:::::::::: :: ..::.. :.: ::  .:. ....
CCDS12 QPVHVAQEVQQLQQVPVPHVYSSQVQYVEGGDASYTASAIRSSTYSY-PETPLYTQTAST
              280       290       300       310        320         

        110        120       130       140                         
pF1KB6 SYFEAPGGA-QVTVAASSPPAVPSHSMVGITMDVGGSPIVSS------------------
       ::.:: : : ::.. :.:  .. : ::    : :.:: .:.:                  
CCDS12 SYYEAAGTATQVSTPATSQAVASSGSM---PMYVSGSQVVASSTSTGAGASNSSGGGGSG
     330       340       350          360       370       380      

                              150         160       170       180  
pF1KB6 -----------------------AGAYLIHGG--MDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLDNY
                              ::.:.:.::  . :. .: .::.:.::::.:::::::
CCDS12 GGGGGGGGGGGGGSGSTGGGGSGAGTYVIQGGYMLGSASQSYSHTTRASPATVQWLLDNY
        390       400       410       420       430       440      

            190       200       210       220       230       240  
pF1KB6 ETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHY
       :::::::::::.:: ::: ::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 ETAEGVSLPRSTLYCHYLLHCQEQKLEPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHY
        450       460       470       480       490       500      

            250       260       270       280       290       300  
pF1KB6 YGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTM
       ::.:.: .::: ::.:: :.:::: ::. :: : .: :: ... .. . .   ::  . .
CCDS12 YGLRIKASSPLLRLMEDQQHMAMRGQPFSQKQRLKPIQKMEGMTNGVAVGQQPSTGLSDI
        510       520       530       540       550       560      

            310       320       330       340       350       360  
pF1KB6 AVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNL
       ..: :..::..:.:. .:.:   :: . .: .::   :.::.:..::.:::: :::..::
CCDS12 SAQVQQYQQFLDASRSLPDFTELDLQGKVLPEGVGPGDIKAFQVLYREHCEAIVDVMVNL
        570       580       590       600       610       620      

            370       380        390       400       410       420 
pF1KB6 QFHYIEKLWLSFWNSKASS-SDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSC
       ::  .: :: .::  . :. :..:   : . .:     :::  :. : . .:.:.: . :
CCDS12 QFTLVETLWKTFWRYNLSQPSEAP---PLAVHDEAEKRLPKAILVLLSKFEPVLQWTKHC
        630       640       650          660       670       680   

             430       440       450       460       470       480 
pF1KB6 DHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSA
       :..:::.::::::::::::.::.:::::::::::::.:::.:: ..:......::....:
CCDS12 DNVLYQGLVEILIPDVLRPIPSALTQAIRNFAKSLESWLTHAMVNIPEEMLRVKVAAAGA
           690       700       710       720       730       740   

             490       500       510       520       530       540 
pF1KB6 FAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQCEESVVQR
       :::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::.::. ::::
CCDS12 FAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQNTAQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCRCEDRVVQR
           750       760       770       780       790       800   

             550       560       570       580       590       600 
pF1KB6 LEQDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGSPSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRD
       ::::::.:::::.::.:::.:::.::.:::: . :: .:::::. :::::::::::::::
CCDS12 LEQDFKVTLQQQNSLEQWAAWLDGVVSQVLKPYQGSAGFPKAAKLFLLKWSFYSSMVIRD
           810       820       830       840       850       860   

             610       620       630       640       650           
pF1KB6 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEHRVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLD--
       :::::::::::::::::::::::.::.:::::.: ::::::::::: .::. ::. ::  
CCDS12 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMYYLIEHRVAQAKGETPIAVMGEFANLAT-SLNPLDPD
           870       880       890       900       910        920  

     660       670                 680           690            
pF1KB6 KDDMGDEQRGSE----------AGPDARSLG----EPLVKRERSDPNHSLQGI    
       ::.  .:.. ::          :: .. .::    :: .:  :.:            
CCDS12 KDEEEEEEEESEDELPQDISLAAGGESPALGPETLEPPAKLARTDARGLFVQALPSS
            930       940       950       960       970         

>>CCDS75809.1 RFX3 gene_id:5991|Hs108|chr9                (413 aa)
 initn: 1377 init1: 901 opt: 1082  Z-score: 924.9  bits: 180.9 E(32554): 3.4e-45
Smith-Waterman score: 1390; 56.0% identity (75.4% similar) in 427 aa overlap (1-393:1-403)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MQNSEGGADSPASVALRPSAAAPPVPASPQRVLVQAASSNPKGAQMQPISLPRVQQVPQQ
       ::.:: :.:. ..:.:. :.:.    : : .:. :.           :..  .:::: : 
CCDS75 MQTSETGSDTGSTVTLQTSVASQA--AVPTQVVQQV-----------PVQ-QQVQQV-QT
               10        20          30                    40      

               70        80        90        100       110         
pF1KB6 VQPVQHVYPAQVQYVEGGDAVYTNGTIRTA-YTYNPEPQMYAPSSTASYFEAPGG-AQVT
       :: ::::::::::::::.:.:::::.:::. : :. : :::. .. ..::.. :. ::::
CCDS75 VQQVQHVYPAQVQYVEGSDTVYTNGAIRTTTYPYT-ETQMYSQNTGGNYFDTQGSSAQVT
          50        60        70        80         90       100    

      120       130           140       150       160       170    
pF1KB6 VAASSPPAVPSHSMVG---ITMDV-GGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPAT
       ...:      ::::::   : : : ::. : ::.:.::: ..:... ::..::.:.::::
CCDS75 TVVS------SHSMVGTGGIQMGVTGGQLISSSGGTYLIGNSMENSGHSVTHTTRASPAT
                110       120       130       140       150        

                                   180       190       200         
pF1KB6 -------------------------LQWLLDNYETAEGVSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLD
                                :::::::::::::::::::.:::::::::::::::
CCDS75 IEMAIETLQKSDGLSTHRSSLLNSHLQWLLDNYETAEGVSLPRSTLYNHYLRHCQEHKLD
      160       170       180       190       200       210        

     210       220       230       240       250       260         
pF1KB6 PVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQP
       :::::::::::::.:::::::::::::::::::::::.:::::::::::: :::::::::
CCDS75 PVNAASFGKLIRSIFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRVKPDSPLNRLQEDMQYMAMRQQP
      220       230       240       250       260       270        

     270       280       290         300       310       320       
pF1KB6 MHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHS--TPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPAPDL
       :.:: ::.: ::.:...:. . :: ..  . :::. .:::::::..:.:...:::   ..
CCDS75 MQQKQRYKPMQKVDGVADGFTGSGQQTGTSVEQTVIAQSQHHQQFLDASRALPEFGEVEI
      280       290       300       310       320       330        

       330       340       350       360       370        380      
pF1KB6 GSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWN-SKASSSDGPT
       .:  : ::.:..:.:.:: .::.:::: .:::.::::  ::::: .::  : .. .:: :
CCDS75 SS--LPDGTTFEDIKSLQSLYREHCEAILDVVVNLQFSLIEKLWQTFWRYSPSTPTDGTT
      340         350       360       370       380       390      

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB6 SLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPSTLT
          . .:                                                     
CCDS75 ITESRSESTSFPIHFHG                                           
        400       410                                              

>>CCDS9108.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12                (641 aa)
 initn: 654 init1: 312 opt: 574  Z-score: 493.3  bits: 101.6 E(32554): 3.7e-21
Smith-Waterman score: 656; 31.0% identity (63.7% similar) in 419 aa overlap (236-646:7-393)

         210       220       230       240        250       260    
pF1KB6 HKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHY-YGIRLKPDSPLNRLQEDTQYMA
                                     :.:..    ::..    ::.:  . :... 
CCDS91                         MNWAAFGGSEFFIPEGIQIDSRCPLSR--NITEWYH
                                       10        20          30    

          270       280       290       300       310       320    
pF1KB6 MRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQHHQQYIDVSHVFPEFPA
       .    .... .:  .. . . .   :..: . . .::.: . . .     .. ..:::  
CCDS91 YYGIAVKESSQYYDVMYSKKGAAWVSETGKKEVSKQTVAYSPRSK-----LGTLLPEF--
           40        50        60        70             80         

          330       340       350       360       370       380    
pF1KB6 PDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYIEKLWLSFWNSKASSSDG
       :.. .. :  ..  . :... ..:: ::.  .:.:.  .:  .... : ::..       
CCDS91 PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEVQSFLLHFWQGMP-----
        90       100       110       120       130       140       

          390       400       410       420       430       440    
pF1KB6 PTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQALVEILIPDVLRPVPST
       :  ::         :: .. ....            :: :::.:.  .:.: ::. .:..
CCDS91 PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYKAISGVLMPTVLQALPDS
                     150       160                170       180    

          450       460       470       480       490       500    
pF1KB6 LTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLRRYTSLNHLAQAARAVLQ
       :::.::.:::.:. ::  :. :.:... . :  .   :.: ::: :::::: ::.:.:..
CCDS91 LTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILRRQTSLNHLCQASRTVIH
          190       200       210       220       230       240    

          510       520       530           540       550       560
pF1KB6 NTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQ----CEESVVQRLEQDFKLTLQQQSSLDQWA
       ...   ::: :   ::. .. .:. .. .     ..... .: :.:   :..:: .... 
CCDS91 SADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLYQEFDHLLEEQSPIESYI
          250       260       270       280       290       300    

              570         580       590       600       610        
pF1KB6 SWLDSVVTQVLKQHAGS--PSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRDLTLRSAASFGSFHLIRL
        :::..: . . . :..   :. :.:.:::: :: ... ::::.::.:: ::::::::.:
CCDS91 EWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRDMTLHSAPSFGSFHLIHL
          310       320       330       340       350       360    

      620       630        640       650       660       670       
pF1KB6 LYDEYMFYLVEH-RVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDKDDMGDEQRGSEAGPDAR
       ..:.:..::.:  .  : ..:   :. ::                               
CCDS91 MFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTEAAAPTPSPVPSFSPAKS
          370       380       390       400       410       420    

>>CCDS9106.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12                (735 aa)
 initn: 968 init1: 370 opt: 374  Z-score: 323.6  bits: 70.4 E(32554): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 964; 37.1% identity (65.1% similar) in 496 aa overlap (158-646:48-487)

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB6 PSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLDNYETAEG
                                     ...: :  :   :.::::::: .::: :::
CCDS91 IERCLNESENKRYSSHTSLGNVSNDENEEKENNRASKPH---STPATLQWLEENYEIAEG
        20        30        40        50           60        70    

       190       200       210       220       230       240       
pF1KB6 VSLPRSSLYNHYLRHCQEHKLDPVNAASFGKLIRSVFMGLRTRRLGTRGNSKYHYYGIRL
       : .:::.:: :::  :...  .:::::::::.::. :  : ::::::::.:::::::: .
CCDS91 VCIPRSALYMHYLDFCEKNDTQPVNAASFGKIIRQQFPQLTTRRLGTRGQSKYHYYGIAV
           80        90       100       110       120       130    

       250       260       270       280       290       300       
pF1KB6 KPDSPLNRLQEDTQYMAMRQQPMHQKPRYRPAQKTDSLGDSGSHSGLHSTPEQTMAVQSQ
       :         :..::. .    :..:   . :  .       :..: . . .::.: . .
CCDS91 K---------ESSQYYDV----MYSK---KGAAWV-------SETGKKEVSKQTVAYSPR
                   140              150              160       170 

       310       320       330       340       350       360       
pF1KB6 HHQQYIDVSHVFPEFPAPDLGSFLLQDGVTLHDVKALQLVYRRHCEATVDVVMNLQFHYI
        .     .. ..:::  :.. .. :  ..  . :... ..:: ::.  .:.:.  .:  .
CCDS91 SK-----LGTLLPEF--PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEV
                  180         190       200       210       220    

       370       380       390       400       410       420       
pF1KB6 EKLWLSFWNSKASSSDGPTSLPASDEDPEGAVLPKDKLISLCQCDPILRWMRSCDHILYQ
       ... : ::..       :  ::         :: .. ....            :: :::.
CCDS91 QSFLLHFWQGMP-----PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYK
          230            240                250                260 

       430       440       450       460       470       480       
pF1KB6 ALVEILIPDVLRPVPSTLTQAIRNFAKSLEGWLTNAMSDFPQQVIQTKVGVVSAFAQTLR
       :.  .:.: ::. .:..:::.::.:::.:. ::  :. :.:... . :  .   :.: ::
CCDS91 AISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILR
             270       280       290       300       310       320 

       490       500       510       520       530           540   
pF1KB6 RYTSLNHLAQAARAVLQNTSQINQMLSDLNRVDFANVQEQASWVCQ----CEESVVQRLE
       : :::::: ::.:.:.....   ::: :   ::. .. .:. .. .     ..... .: 
CCDS91 RQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLY
             330       340       350       360       370       380 

           550       560       570         580       590       600 
pF1KB6 QDFKLTLQQQSSLDQWASWLDSVVTQVLKQHAGS--PSFPKAARQFLLKWSFYSSMVIRD
       :.:   :..:: ....  :::..: . . . :..   :. :.:.:::: :: ... ::::
CCDS91 QEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRD
             390       400       410       420       430       440 

             610       620       630        640       650       660
pF1KB6 LTLRSAASFGSFHLIRLLYDEYMFYLVEH-RVAEATGETPIAVMGEFNDLASLSLTLLDK
       .::.:: ::::::::.:..:.:..::.:  .  : ..:   :. ::              
CCDS91 MTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTE
             450       460       470       480       490       500 

              670       680       690                              
pF1KB6 DDMGDEQRGSEAGPDARSLGEPLVKRERSDPNHSLQGI                      
                                                                   
CCDS91 AAAPTPSPVPSFSPAKSATSVEVPPPSSPVSNPSPEYTGLSTTGAMQSYTWSLTYTVTTA
             510       520       530       540       550       560 

>>CCDS55880.1 RFX4 gene_id:5992|Hs108|chr12               (744 aa)
 initn: 968 init1: 370 opt: 374  Z-score: 323.5  bits: 70.4 E(32554): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 964; 37.1% identity (65.1% similar) in 496 aa overlap (158-646:57-496)

       130       140       150       160       170       180       
pF1KB6 PSHSMVGITMDVGGSPIVSSAGAYLIHGGMDSTRHSLAHTSRSSPATLQWLLDNYETAEG
                                     ...: :  :   :.::::::: .::: :::
CCDS55 IERCLNESENKRYSSHTSLGNVSNDENEEKENNRASKPH---STPATLQWLEENYEIAEG
         30        40        50        60           70        80   

       190       200       210       220       230       240       
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       : .:::.:: :::  :...  .:::::::::.::. :  : ::::::::.:::::::: .
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       :         :..::. .    :..:   . :  .       :..: . . .::.: . .
CCDS55 K---------ESSQYYDV----MYSK---KGAAWV-------SETGKKEVSKQTVAYSPR
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        .     .. ..:::  :.. .. :  ..  . :... ..:: ::.  .:.:.  .:  .
CCDS55 SK-----LGTLLPEF--PNVKDLNLPASLPEEKVSTFIMMYRTHCQRILDTVIRANFDEV
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       ... : ::..       :  ::         :: .. ....            :: :::.
CCDS55 QSFLLHFWQGMP-----PHMLP---------VLGSSTVVNIVGV---------CDSILYK
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       :.  .:.: ::. .:..:::.::.:::.:. ::  :. :.:... . :  .   :.: ::
CCDS55 AISGVLMPTVLQALPDSLTQVIRKFAKQLDEWLKVALHDLPENLRNIKFELSRRFSQILR
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       : :::::: ::.:.:.....   ::: :   ::. .. .:. .. .     ..... .: 
CCDS55 RQTSLNHLCQASRTVIHSADITFQMLEDWRNVDLNSITKQTLYTMEDSRDEHRKLITQLY
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       :.:   :..:: ....  :::..: . . . :..   :. :.:.:::: :: ... ::::
CCDS55 QEFDHLLEEQSPIESYIEWLDTMVDRCVVKVAAKRQGSLKKVAQQFLLMWSCFGTRVIRD
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       .::.:: ::::::::.:..:.:..::.:  .  : ..:   :. ::              
CCDS55 MTLHSAPSFGSFHLIHLMFDDYVLYLLESLHCQERANELMRAMKGEGSTAEVREEIILTE
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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