Result of FASTA (omim) for pF1KB6189
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6189, 660 aa
  1>>>pF1KB6189 660 - 660 aa - 660 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6229+/-0.000458; mu= 18.2666+/- 0.028
 mean_var=80.7310+/-15.823, 0's: 0 Z-trim(109.8): 31  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.142743
 statistics sampled from 18004 (18029) to 18004 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.211), width:  16
 Scan time: 10.640

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_002878 (OMIM: 107820,616140) arginine--tRNA lig ( 660) 4331 902.4       0
NP_064716 (OMIM: 611523,611524) probable arginine- ( 578)  666 147.6 1.2e-34
XP_011534250 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 588)  666 147.6 1.2e-34
XP_011534251 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 502)  659 146.2 2.8e-34
XP_016866570 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403)  335 79.4 2.9e-14
NP_001305714 (OMIM: 611523,611524) probable argini ( 403)  335 79.4 2.9e-14
XP_016866569 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403)  335 79.4 2.9e-14
XP_016866568 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403)  335 79.4 2.9e-14
XP_016866564 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866565 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866566 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866567 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866563 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866562 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14
XP_016866561 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413)  335 79.4   3e-14


>>NP_002878 (OMIM: 107820,616140) arginine--tRNA ligase,  (660 aa)
 initn: 4331 init1: 4331 opt: 4331  Z-score: 4821.4  bits: 902.4 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 4331; 99.8% identity (99.8% similar) in 660 aa overlap (1-660:1-660)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MDVLVSECSARLLQQEEEIKSLTAEIDRLKNCGCLGASPNLEQLQEENLKLKYRLNILRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MDVLVSECSARLLQQEEEIKSLTAEIDRLKNCGCLGASPNLEQLQEENLKLKYRLNILRK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SLQAERNKPTKNMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SLQAERNKPTKNMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 ISQMLKTKEQKVNPREIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQLTSLLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISQMLKTKEQKVNPREIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQLTSLLV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 NGVQLPALGENKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGVQLPALGENKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGD
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 WGTQFGMLIAHLQDKFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 WGTQFGMLIAHLQDKFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGK
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 NPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIERGESFYQDRMNDIVKEFEDRGFVQVDDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIERGESFYQDRMNDIVKEFEDRGFVQVDDG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 RKIVFVPGCSIPLTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHFQTIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RKIVFVPGCSIPLTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHFQTIF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 AAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEK
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 ERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLYAFTR
       ::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ERDKVLTAEELNAAQTSVAYGCIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLYAFTR
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 IRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDY
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 IYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFDILGIKPVQRM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFDILGIKPVQRM
              610       620       630       640       650       660

>>NP_064716 (OMIM: 611523,611524) probable arginine--tRN  (578 aa)
 initn: 628 init1: 297 opt: 666  Z-score: 743.2  bits: 147.6 E(85289): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 729; 29.3% identity (60.3% similar) in 580 aa overlap (102-660:31-578)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KB6 NMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMGISQMLKTKEQK
                                     :  ::. . .:.:    ......:.  ...
NP_064 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
               10        20        30        40            50      

               140       150       160       170        180        
pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
         :  .  :. ....:  .  . ..  .:   .: .. ......  : ... .: .    
NP_064 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
         60        70        80         90       100       110     

      190             200       210       220       230       240  
pF1KB6 GE------NKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWG
       .:      .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : :  :..:.:.:..::::
NP_064 SELFSGLPQKKIVVEFSSPNVAKKFHVGHLRSTIIGNFIANLKEALGHQVIRINYLGDWG
         120       130       140       150       160       170     

            250        260       270       280       290       300 
pF1KB6 TQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKN
        :::.: . .:   . . :  .:    ..:. . .:.  : ..   : : .    :.  .
NP_064 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVYVQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGD
         180       190       200       210        220       230    

             310       320       330        340       350          
pF1KB6 PDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIER-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDD
        .  . :. . :.: .:  ..:  : : . :  :::::... ....: .:..:.. ..  
NP_064 VQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDEYSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIK
          240       250       260       270       280       290    

     360       370          380       390       400       410      
pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
       :  .: . : . :    :...:::   : : ::::  .:. . . : .:::.:.::. ::
NP_064 GTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATRDLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHF
          300       310       320       330       340       350    

        420       430       440       450       460       470      
pF1KB6 QTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDK
       : .:   ...: ::  . :  :. :::: :     .::: :... : :.:.:   : ...
NP_064 QQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQN
          360         370       380            390       400       

        480       490       500       510       520       530      
pF1KB6 LKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLY
       .   .  : :   . .: ....:   :.  :..   :.:: ::.:.....::.:...: :
NP_064 MASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--DFKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQY
       410       420       430         440       450       460     

        540             550       560       570       580       590
pF1KB6 AFTRIRSIAR------LANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILD
       . .:..:. .      : ...   ::.   ..  .:.:         .::: :.: :  .
NP_064 THARLHSLEETFGCGYLNDFNTACLQEP--QSVSILQH---------LLRFDEVLYKSSQ
         470       480       490         500                510    

              600       610       620       630       640       650
pF1KB6 DLFLHTLCDYIYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFD
       :.  . . .:.  :.   .  . .     ::       .:   :. : .:: .:.:.:. 
NP_064 DFQPRHIVSYLLTLSHLAAVAHKTLQI--KDSPP----EVAGARLHLFKAVRSVLANGMK
          520       530       540             550       560        

              660
pF1KB6 ILGIKPVQRM
       .::: :: ::
NP_064 LLGITPVCRM
      570        

>>XP_011534250 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable  (588 aa)
 initn: 557 init1: 297 opt: 666  Z-score: 743.1  bits: 147.6 E(85289): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 716; 28.9% identity (60.4% similar) in 578 aa overlap (102-658:31-576)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KB6 NMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMGISQMLKTKEQK
                                     :  ::. . .:.:    ......:.  ...
XP_011 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
               10        20        30        40            50      

               140       150       160       170        180        
pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
         :  .  :. ....:  .  . ..  .:   .: .. ......  : ... .: .    
XP_011 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
         60        70        80         90       100       110     

      190             200       210       220       230       240  
pF1KB6 GE------NKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWG
       .:      .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : :  :..:.:.:..::::
XP_011 SELFSGLPQKKIVVEFSSPNVAKKFHVGHLRSTIIGNFIANLKEALGHQVIRINYLGDWG
         120       130       140       150       160       170     

            250        260       270       280       290       300 
pF1KB6 TQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKN
        :::.: . .:   . . :  .:    ..:. . .:.  : ..   : : .    :.  .
XP_011 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVYVQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGD
         180       190       200       210        220       230    

             310       320       330        340       350          
pF1KB6 PDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIER-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDD
        .  . :. . :.: .:  ..:  : : . :  :::::... ....: .:..:.. ..  
XP_011 VQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDEYSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIK
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pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
       :  .: . : . :    :...:::   : : ::::  .:. . . : .:::.:.::. ::
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       : .:   ...: ::  . :  :. :::: :     .::: :... : :.:.:   : ...
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       .   .  : :   . .: ....:   :.  :..   :.:: ::.:.....::.:...: :
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       . .:..:. .      : ...   ::.   ..  .:.:         .::: :.: :  .
XP_011 THARLHSLEETFGCGYLNDFNTACLQEP--QSVSILQH---------LLRFDEVLYKSSQ
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       :.  . . .:.  :.   .  . .     ::       .:   :. : .:: .:.:.:. 
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       .::: :..            
XP_011 LLGITPMEFRSCCPGWSAMV
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>>XP_011534251 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable  (502 aa)
 initn: 563 init1: 297 opt: 659  Z-score: 736.3  bits: 146.2 E(85289): 2.8e-34
Smith-Waterman score: 659; 30.3% identity (63.1% similar) in 455 aa overlap (102-541:31-470)

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XP_011 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
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pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
         :  .  :. ....:  .  . ..  .:   .: .. ......  : ... .: .    
XP_011 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
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       .:      .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : :  :..:.:.:..::::
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        :::.: . .:   . . :  .:    ..:. . .:.  : ..   : : .    :.  .
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pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
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pF1KB6 QTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDK
       : .:   ...: ::  . :  :. :::: :     .::: :... : :.:.:   : ...
XP_011 QQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQN
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pF1KB6 LKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLY
       .   .  : :   . .: ....:   :.  :..   :.:: ::.:.....::.:...: :
XP_011 MASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--DFKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQY
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pF1KB6 AFTRIRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHT
       . .:.                                                       
XP_011 THARLHRDHQVCFCLSKWLLAFLLPSRVNSPVAAFCL                       
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>>XP_016866570 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable  (403 aa)
 initn: 345 init1: 141 opt: 335  Z-score: 377.1  bits: 79.4 E(85289): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 482; 28.9% identity (58.0% similar) in 429 aa overlap (244-660:2-403)

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XP_016                              MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVY
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pF1KB6 YKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKNPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIE
        . .:.  : ..   : : .    :.  . .  . :. . :.: .:  ..:  : : . :
XP_016 VQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGDVQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDE
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pF1KB6 R-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDDGRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTS
         :::::... ....: .:..:.. ..  :  .: . : . :    :...:::   : : 
XP_016 YSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIKGTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATR
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       ::::  .:. . . : .:::.:.::. ::: .:   ...: ::  . :  :. :::: : 
XP_016 DLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHFQQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-
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pF1KB6 DKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYAD
           .::: :... : :.:.:   : ....   .  : :   . .: ....:   :.  :
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       ..   :.:: ::.:.....::.:...: :. .:..:. .      : ...   ::.   .
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pF1KB6 TKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDYIYELATAFTEFYDSCYCVEKD
       .  .:.:         .::: :.: :  .:.  . . .:.  :.   .  . .     ::
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pF1KB6 RQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFDILGIKPVQRM
              .:   :. : .:: .:.:.:. .::: :: ::
XP_016 SPP----EVAGARLHLFKAVRSVLANGMKLLGITPVCRM
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>>NP_001305714 (OMIM: 611523,611524) probable arginine--  (403 aa)
 initn: 345 init1: 141 opt: 335  Z-score: 377.1  bits: 79.4 E(85289): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 482; 28.9% identity (58.0% similar) in 429 aa overlap (244-660:2-403)

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NP_001                              MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVY
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pF1KB6 YKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKNPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIE
        . .:.  : ..   : : .    :.  . .  . :. . :.: .:  ..:  : : . :
NP_001 VQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGDVQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDE
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pF1KB6 R-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDDGRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTS
         :::::... ....: .:..:.. ..  :  .: . : . :    :...:::   : : 
NP_001 YSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIKGTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATR
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pF1KB6 DLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHFQTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGE
       ::::  .:. . . : .:::.:.::. ::: .:   ...: ::  . :  :. :::: : 
NP_001 DLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHFQQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-
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pF1KB6 DKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYAD
           .::: :... : :.:.:   : ....   .  : :   . .: ....:   :.  :
NP_001 ----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQNMASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--D
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pF1KB6 LSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLYAFTRIRSIAR------LANIDEEMLQKAARE
       ..   :.:: ::.:.....::.:...: :. .:..:. .      : ...   ::.   .
NP_001 FKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQYTHARLHSLEETFGCGYLNDFNTACLQEP--Q
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pF1KB6 TKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDYIYELATAFTEFYDSCYCVEKD
       .  .:.:         .::: :.: :  .:.  . . .:.  :.   .  . .     ::
NP_001 SVSILQH---------LLRFDEVLYKSSQDFQPRHIVSYLLTLSHLAAVAHKTLQI--KD
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