Result of FASTA (omim) for pF1KB6188
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6188, 703 aa
  1>>>pF1KB6188 703 - 703 aa - 703 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7790+/-0.000353; mu= 0.6290+/- 0.022
 mean_var=262.9762+/-51.038, 0's: 0 Z-trim(123.2): 80  B-trim: 0 in 0/62
 Lambda= 0.079089
 statistics sampled from 42607 (42707) to 42607 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.793), E-opt: 0.2 (0.501), width:  16
 Scan time: 15.900

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_004372 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent tran ( 703) 4718 551.7 3.5e-156
NP_001129625 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent t ( 700) 4677 547.0 9.1e-155
XP_006711287 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 669)  761 100.2 2.8e-20
NP_031374 (OMIM: 605537,616517) cyclic AMP-depende ( 670)  755 99.5 4.5e-20
XP_011507611 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 688)  749 98.8 7.4e-20
XP_011507612 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 595)  609 82.8 4.3e-15
XP_011507610 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cycl ( 689)  609 82.8 4.8e-15


>>NP_004372 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent transcri  (703 aa)
 initn: 4718 init1: 4718 opt: 4718  Z-score: 2924.8  bits: 551.7 E(85289): 3.5e-156
Smith-Waterman score: 4718; 100.0% identity (100.0% similar) in 703 aa overlap (1-703:1-703)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700   
pF1KB6 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_004 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
              670       680       690       700   

>>NP_001129625 (OMIM: 600984) cyclic AMP-dependent trans  (700 aa)
 initn: 4679 init1: 4512 opt: 4677  Z-score: 2899.6  bits: 547.0 E(85289): 9.1e-155
Smith-Waterman score: 4677; 99.4% identity (99.6% similar) in 703 aa overlap (1-703:1-700)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
       :::::::::::::::::::::::::::   .:::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDW---DSTLYSGLDEVAEEQTQLFRCPEQDVPFDG
               10        20           30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SSLDVGMDVSPSEPPWELLPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSEALGVGE
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSVNSEASL
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LSADSSSQAFIGEEVLEVKTESLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSSGKALPTR
       180       190       200       210       220       230       

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPPLQPKPVVLTTVPMPSRAVPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIRVQPEGPAPSLP
       240       250       260       270       280       290       

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPERKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQSRRKKKEYLQGLEARLQAV
       300       310       320       330       340       350       

              370       380       390       400       410       420
pF1KB6 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LADNQQLRRENAALRRRLEALLAENSELKLGSGNRKVVCIMVFLLFIAFNFGPVSISEPP
       360       370       380       390       400       410       

              430       440       450       460       470       480
pF1KB6 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SAPISPRMNKGEPQPRRHLLGFSEQEPVQGVEPLQGSSQGPKEPQPSPTDQPSFSNLTAF
       420       430       440       450       460       470       

              490       500       510       520       530       540
pF1KB6 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PGGAKELLLRDLDQLFLSSDCRHFNRTESLRLADELSGWVQRHQRGRRKIPQRAQERQKS
       480       490       500       510       520       530       

              550       560       570       580       590       600
pF1KB6 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QPRKKSPPVKAVPIQPPGPPERDSVGQLQLYRHPDRSQPAFLDAIDRREDTFYVVSFRRD
       540       550       560       570       580       590       

              610       620       630       640       650       660
pF1KB6 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HLLLPAISHNKTSRPKMSLVMPAMAPNETLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTS
       600       610       620       630       640       650       

              670       680       690       700   
pF1KB6 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAASQAHQASHQPLYLNHP
       660       670       680       690       700

>>XP_006711287 (OMIM: 605537,616517) PREDICTED: cyclic A  (669 aa)
 initn: 1009 init1: 392 opt: 761  Z-score: 485.0  bits: 100.2 E(85289): 2.8e-20
Smith-Waterman score: 1105; 35.0% identity (60.1% similar) in 701 aa overlap (25-697:25-665)

               10        20        30        40         50         
pF1KB6 MAELMLLSEIADPTRFFTDNLLSPEDWGLQNSTLYSGLDEVAE-EQTQLFRCPEQ-DVPF
                               :::   .:.:.. :   .. .. ::    :  .  :
XP_006 MGEPAGVAGTMESPFSPGLFHRLDEDW---DSALFAELGYFTDTDELQLEAANETYENNF
               10        20           30        40        50       

       60        70            80        90       100       110    
pF1KB6 DGSSLDVGMDVSPSEPP-WEL---LPIFPDLQVKSEPSSPCSSSSLSSESSRLSTEPSSE
       :  .::  .:. : :   :..   .    :.... .: :: .::: :  : : :..  : 
XP_006 D--NLDFDLDLMPWESDIWDINNQICTVKDIKAEPQPLSP-ASSSYSVSSPR-SVDSYSS
          60        70        80        90        100        110   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB6 ALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSV
       .  : : : ... :   :: : :.. ..:. ...    : ..:        .::.     
XP_006 TQHVPEELDLSSSSQMSPLSLYGEN-SNSLSSAE----PLKED--------KPVTG----
           120       130        140           150                  

          180       190       200        210       220       230   
pF1KB6 NSEASLLSADSSSQAFIGEEVLEVKTE-SLSPSGCLLWDVPAPSLGAVQISMGPSLDGSS
                ... ...  .. ..:... :..:.  ::     :.   .: . .       
XP_006 -------PRNKTENGLTPKKKIQVNSKPSIQPKPLLL-----PAAPKTQTNSSVPAKTII
               160       170       180            190       200    

           240       250       260           270       280         
pF1KB6 GKALPTRKPPLQPKPVVLTTVPMPSRA----VPPSTTVLLQSLVQPPPVSPVVLIQGAIR
        ...::  :  . .:.. .  : :...    .   :.: ::.    : ..::. . :.. 
XP_006 IQTVPTLMPLAKQQPII-SLQPAPTKGQTVLLSQPTVVQLQAPGVLPSAQPVLAVAGGVT
          210       220        230       240       250       260   

     290            300         310       320       330       340  
pF1KB6 VQPEG-----PAPSLPRPE--RKSIVPAPMPGNSCPPEVDAKLLKRQQRMIKNRESACQS
         :.      ::::   :   . :..   . ..      :  .:.:::::::::::::::
XP_006 QLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNVGSDIAVLRRQQRMIKNRESACQS
           270       280       290       300       310       320   

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       .: : .:  :      
XP_011 EATHVVSTIPESLQ  
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       .  : : : ... :   :: : :.. ..:. ...    : ..:        .::.     
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         :.      ::::   :   . :..   . ..      :  .:.:::::::::::::::
XP_011 QLPNHVVNVVPAPSANSPVNGKLSVTKPVLQSTMRNVGSDIAVLRRQQRMIKNRESACQS
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       :.:::::. ::::::.:.:..:.::..::..:.:.:. ...::..::. : .:.:::.:.
XP_011 RKKKKEYMLGLEARLKAALSENEQLKKENGTLKRQLDEVVSENQRLKVPSPKRRVVCVMI
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        : :: .:.::.:. :  :  ..: .. ..   ::::::::    :.  .:.   .. :.
XP_011 VLAFIILNYGPMSMLEQDSRRMNPSVSPAN--QRRHLLGFSAKEAQDTSDGIIQKNSYSK
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pF1KB6 GPKEPQPSPTD--QPSFSNLTAFPGGAKELLLRDLDQLFLSSD-CRHF-NRTESLRLADE
         .. . . :.  .: :    .  .    ..: .   :..    :. . : ::::::  :
XP_011 LLRNLRYKETNFVHPCFRYDHSVSNDKALMVLTEEPLLYIPPPPCQPLINTTESLRLNHE
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       : :::.::.  : :  . ....::..       . ..  . ::   .  .   :.: ..:
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       :.:    ::   :..:: :: ::::::::::                             
XP_011 QVYYASPRSYQDFFEAIRRRGDTFYVVSFRRLSG                          
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pF1KB6 TLSGRGAPGDYEEMMQIECEVMDTRVIHIKTSTVPPSLRKQPSPTPGNATGGPLPVSAAS

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pF1KB6 ALGVGEVLHVKTESLAPPLCLLGDDPTSSFETVQINVIPTSDDSSDVQTKIEPVSPCSSV
       .  : : : ... :   :: : :.. ..:. ...    : ..:        .::.     
XP_011 TQHVPEELDLSSSSQMSPLSLYGEN-SNSLSSAE----PLKED--------KPVTG----
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XP_011 NVINGQ----DYEVMMQIDCQVMDTRILHIKSSSVPPYLRDQQRNQTNTFFGSP-P--AA
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XP_011 TEATHVVSTIPESLQ  
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703 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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