Result of FASTA (omim) for pF1KB5464
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5464, 266 aa
  1>>>pF1KB5464 266 - 266 aa - 266 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.8505+/-0.000352; mu= 17.4480+/- 0.022
 mean_var=61.3200+/-12.511, 0's: 0 Z-trim(113.4): 12  B-trim: 0 in 0/50
 Lambda= 0.163785
 statistics sampled from 22785 (22793) to 22785 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.267), width:  16
 Scan time:  6.680

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_068839 (OMIM: 117300,176500,603904,616079) inte ( 266) 1798 433.2 2.4e-121
NP_112188 (OMIM: 609554) integral membrane protein ( 267)  735 182.0 9.9e-46
NP_001274170 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 267)  735 182.0 9.9e-46
NP_001274169 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 205)  712 176.5 3.5e-44
NP_004858 (OMIM: 300222) integral membrane protein ( 263)  683 169.7 4.9e-42
NP_001012532 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 220)  661 164.5 1.6e-40
NP_001165052 (OMIM: 300222) integral membrane prot ( 219)  572 143.4 3.3e-34
NP_001012534 (OMIM: 609554) integral membrane prot ( 230)  323 84.6 1.8e-16


>>NP_068839 (OMIM: 117300,176500,603904,616079) integral  (266 aa)
 initn: 1798 init1: 1798 opt: 1798  Z-score: 2299.5  bits: 433.2 E(85289): 2.4e-121
Smith-Waterman score: 1798; 100.0% identity (100.0% similar) in 266 aa overlap (1-266:1-266)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFG
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 LAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 LAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 IFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 IFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 LELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_068 LELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGI
              190       200       210       220       230       240

              250       260      
pF1KB5 QKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
       ::::::::::::::::::::::::::
NP_068 QKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
              250       260      

>>NP_112188 (OMIM: 609554) integral membrane protein 2C   (267 aa)
 initn: 670 init1: 641 opt: 735  Z-score: 942.0  bits: 182.0 E(85289): 9.9e-46
Smith-Waterman score: 741; 44.2% identity (69.9% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-264)

               10                20        30        40        50  
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
       :::..:. :.:  :  : :.       : :. : :. :    : . . :.     :   .
NP_112 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
               10        20        30            40        50      

             60        70        80           90       100         
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
           . .:.. .: :......:.:.:: :     :. . ::. :        : : .. .
NP_112 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
         60        70        80        90       100                

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
          . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::.. :::: :..::::::: :
NP_112 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIEL
      110       120       130       140       150       160        

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
       ::.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_112 NTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
      170       180       190       200       210       220        

     230       240       250       260        
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS  
       .:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::   
NP_112 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
      230       240       250       260       

>>NP_001274170 (OMIM: 609554) integral membrane protein   (267 aa)
 initn: 670 init1: 641 opt: 735  Z-score: 942.0  bits: 182.0 E(85289): 9.9e-46
Smith-Waterman score: 741; 44.2% identity (69.9% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-264)

               10                20        30        40        50  
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
       :::..:. :.:  :  : :.       : :. : :. :    : . . :.     :   .
NP_001 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
               10        20        30            40        50      

             60        70        80           90       100         
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
           . .:.. .: :......:.:.:: :     :. . ::. :        : : .. .
NP_001 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
         60        70        80        90       100                

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
          . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::.. :::: :..::::::: :
NP_001 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIEL
      110       120       130       140       150       160        

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
       ::.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_001 NTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
      170       180       190       200       210       220        

     230       240       250       260        
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS  
       .:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::   
NP_001 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
      230       240       250       260       

>>NP_001274169 (OMIM: 609554) integral membrane protein   (205 aa)
 initn: 670 init1: 641 opt: 712  Z-score: 914.3  bits: 176.5 E(85289): 3.5e-44
Smith-Waterman score: 712; 50.2% identity (78.0% similar) in 209 aa overlap (60-265:2-202)

      30        40        50        60        70        80         
pF1KB5 PPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRAWCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDV
                                     :.. .: :......:.:.:: :     :. 
NP_001                              MGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNF
                                            10        20        30 

         90       100       110       120       130       140      
pF1KB5 YYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIV
       . ::. :        : : .. .   . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.
NP_001 FRCGVLY--------EDSLSSQVRTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADII
                      40        50        60        70        80   

        150       160       170       180       190       200      
pF1KB5 HDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVIT
       :::.. :::: :..::::::: :::.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:
NP_001 HDFQRGLTAYHDISLDKCYVIELNTTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVT
            90       100       110       120       130       140   

        210       220       230       240       250       260      
pF1KB5 DRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS
       ... . . :: :::.::. :.::.:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.:::::: 
NP_001 EHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTYRLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICG
           150       160       170       180       190       200   

NP_001 VV
         

>>NP_004858 (OMIM: 300222) integral membrane protein 2A   (263 aa)
 initn: 686 init1: 572 opt: 683  Z-score: 875.7  bits: 169.7 E(85289): 4.9e-42
Smith-Waterman score: 683; 41.1% identity (72.6% similar) in 270 aa overlap (1-265:1-261)

               10        20        30        40        50          
pF1KB5 MVKVTFNSALAQKEAKKDEPKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRR----AWCWC
       :::..::.  :   ..:.: ..  :::.    .: ..     ..  . :..    . :  
NP_004 MVKIAFNTPTA---VQKEEARQDVEALL--SRTVRTQILTGKELRVATQEKEGSSGRCML
               10           20          30        40        50     

         60        70        80        90        100       110     
pF1KB5 MCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCG-IKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTI
         .::.:.:::.:.::: .::::  .: .. : : . .. ..   :   .  :  :  : 
NP_004 TLLGLSFILAGLIVGGACIYKYF--MPKSTIYRGEMCFFDSEDPANSLRGGEPNFLPVTE
          60        70          80        90       100       110   

         120       130       140       150       160       170     
pF1KB5 EENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVM
       : .:.  :.... .:.:::: :.::::: :.:::.: .:::::: : .::..::::::::
NP_004 EADIR--EDDNIAIIDVPVPSFSDSDPAAIIHDFEKGMTAYLDLLLGNCYLMPLNTSIVM
             120       130       140       150       160       170 

         180       190       200       210       220       230     
pF1KB5 PPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRE
       ::.::.::. .. .: ::::.:...: .: ...:.....::.:::.::.......:.::.
NP_004 PPKNLVELFGKLASGRYLPQTYVVREDLVAVEEIRDVSNLGIFIYQLCNNRKSFRLRRRD
             180       190       200       210       220       230 

         240       250       260       
pF1KB5 TIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS 
        . :..::  ..:. :::: :.: ::: ::  
NP_004 LLLGFNKRAIDKCWKIRHFPNEFIVETKICQE
             240       250       260   

>>NP_001012532 (OMIM: 609554) integral membrane protein   (220 aa)
 initn: 670 init1: 641 opt: 661  Z-score: 848.7  bits: 164.5 E(85289): 1.6e-40
Smith-Waterman score: 661; 53.0% identity (78.4% similar) in 185 aa overlap (81-265:41-217)

               60        70        80        90       100       110
pF1KB5 RAWCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAA
                                     :  :. . ::. :        : : .. . 
NP_001 AGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTPARLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQVR
               20        30        40        50                60  

              120       130       140       150       160       170
pF1KB5 LYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLN
         . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::.. :::: :..::::::: ::
NP_001 TQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRGLTAYHDISLDKCYVIELN
             70        80        90       100       110       120  

              180       190       200       210       220       230
pF1KB5 TSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYK
       :.::.::::. :::.:.: ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::.
NP_001 TTIVLPPRNFWELLMNVKRGTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTYR
            130       140       150       160       170       180  

              240       250       260        
pF1KB5 LQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS  
       :.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::   
NP_001 LRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
            190       200       210       220

>>NP_001165052 (OMIM: 300222) integral membrane protein   (219 aa)
 initn: 600 init1: 572 opt: 572  Z-score: 735.1  bits: 143.4 E(85289): 3.3e-34
Smith-Waterman score: 572; 49.4% identity (83.8% similar) in 154 aa overlap (112-265:64-217)

              90       100       110       120       130       140 
pF1KB5 QPDDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPAALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSD
                                     .  . :.  : :.... .:.:::: :.:::
NP_001 LTGKSTIYRGEMCFFDSEDPANSLRGGEPNFLPVTEEADIREDDNIAIIDVPVPSFSDSD
            40        50        60        70        80        90   

             150       160       170       180       190       200 
pF1KB5 PANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPLNTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHE
       :: :.:::.: .:::::: : .::..::::::::::.::.::. .. .: ::::.:...:
NP_001 PAAIIHDFEKGMTAYLDLLLGNCYLMPLNTSIVMPPKNLVELFGKLASGRYLPQTYVVRE
           100       110       120       130       140       150   

             210       220       230       240       250       260 
pF1KB5 HMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETYKLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVE
        .: ...:.....::.:::.::.......:.::. . :..::  ..:. :::: :.: ::
NP_001 DLVAVEEIRDVSNLGIFIYQLCNNRKSFRLRRRDLLLGFNKRAIDKCWKIRHFPNEFIVE
           160       170       180       190       200       210   

             
pF1KB5 TLICS 
       : ::  
NP_001 TKICQE
             

>>NP_001012534 (OMIM: 609554) integral membrane protein   (230 aa)
 initn: 334 init1: 316 opt: 323  Z-score: 416.8  bits: 84.6 E(85289): 1.8e-16
Smith-Waterman score: 484; 34.8% identity (58.3% similar) in 276 aa overlap (1-265:1-227)

               10                20        30        40        50  
pF1KB5 MVKVTFNSALAQ-KEAKKDE-------PKSGEEALIIPPDAVAVDCKDPDDVVPVGQRRA
       :::..:. :.:  :  : :.       : :. : :. :    : . . :.     :   .
NP_001 MVKISFQPAVAGIKGDKADKASASAPAPASATEILLTP----AREEQPPQHRSKRGGSVG
               10        20        30            40        50      

             60        70        80           90       100         
pF1KB5 WCWCMCFGLAFMLAGVILGGAYLYKYFALQP---DDVYYCGIKYIKDDVILNEPSADAPA
           . .:.. .: :......:.:.:: :     :. . ::. :        : : .. .
NP_001 GVCYLSMGMVVLLMGLVFASVYIYRYFFLAQLARDNFFRCGVLY--------EDSLSSQV
         60        70        80        90       100                

     110       120       130       140       150       160         
pF1KB5 ALYQTIEENIKIFEEEEVEFISVPVPEFADSDPANIVHDFNKKLTAYLDLNLDKCYVIPL
          . .::..::. .:. : :.::::.:. .:::.:.:::...                 
NP_001 RTQMELEEDVKIYLDENYERINVPVPQFGGGDPADIIHDFQRR-----------------
      110       120       130       140       150                  

     170       180       190       200       210       220         
pF1KB5 NTSIVMPPRNLLELLINIKAGTYLPQSYLIHEHMVITDRIENIDHLGFFIYRLCHDKETY
                           ::::::.:.:.:.::.:... . . :: :::.::. :.::
NP_001 --------------------GTYLPQTYIIQEEMVVTEHVSDKEALGSFIYHLCNGKDTY
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     230       240       250       260        
pF1KB5 KLQRRETIKGIQKREASNCFAIRHFENKFAVETLICS  
       .:.:: : . :.:: :.:: ::::::: :.::::::   
NP_001 RLRRRATRRRINKRGAKNCNAIRHFENTFVVETLICGVV
             200       210       220       230




266 residues in 1 query   sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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