Result of FASTA (ccds) for pF1KB6653
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB6653, 409 aa
  1>>>pF1KB6653 409 - 409 aa - 409 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0410+/-0.000713; mu= 14.5012+/- 0.043
 mean_var=85.0428+/-16.839, 0's: 0 Z-trim(111.5): 12  B-trim: 3 in 1/51
 Lambda= 0.139077
 statistics sampled from 12405 (12415) to 12405 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.727), E-opt: 0.2 (0.381), width:  16
 Scan time:  2.900

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11050.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 409) 2761 563.4 1.4e-160
CCDS11051.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 394) 2412 493.3 1.6e-139
CCDS31640.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11          ( 410) 2176 446.0  3e-125
CCDS44684.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11          ( 418) 2150 440.8 1.1e-123
CCDS58505.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 406) 2100 430.7 1.2e-120
CCDS58504.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 430) 1932 397.0 1.7e-110
CCDS59276.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 330) 1790 368.5 5.2e-102
CCDS82039.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17          ( 217) 1429 296.0 2.3e-80
CCDS14399.1 ARR3 gene_id:407|Hs108|chrX            ( 388) 1400 290.3 2.2e-78
CCDS46545.1 SAG gene_id:6295|Hs108|chr2            ( 405) 1378 285.9 4.8e-77


>>CCDS11050.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (409 aa)
 initn: 2761 init1: 2761 opt: 2761  Z-score: 2996.4  bits: 563.4 E(32554): 1.4e-160
Smith-Waterman score: 2761; 100.0% identity (100.0% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-409)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400         
pF1KB6 AAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
              370       380       390       400         

>>CCDS11051.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (394 aa)
 initn: 2398 init1: 2398 opt: 2412  Z-score: 2618.2  bits: 493.3 E(32554): 1.6e-139
Smith-Waterman score: 2619; 96.3% identity (96.3% similar) in 409 aa overlap (1-409:1-394)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::               :::::::
CCDS11 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPV---------------VFVTLTC
               10        20        30                       40     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
          50        60        70        80        90       100     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
         110       120       130       140       150       160     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
         170       180       190       200       210       220     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
         230       240       250       260       270       280     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
         290       300       310       320       330       340     

              370       380       390       400         
pF1KB6 AAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 AAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
         350       360       370       380       390    

>>CCDS31640.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11               (410 aa)
 initn: 2093 init1: 1975 opt: 2176  Z-score: 2362.0  bits: 446.0 E(32554): 3e-125
Smith-Waterman score: 2176; 77.9% identity (93.4% similar) in 407 aa overlap (1-407:1-399)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::.: :::::::.::: ::::::::::::::.: ::::::::::::.:::.:.:.:::::
CCDS31 MGDK-GTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTC
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::.::::::.:. :.:::.:.  .: ::::.::..:::.::.:: : :
CCDS31 AFRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEI
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       : ::::::::::::::::::::::.:..::::..:::: ::::::::::::::.:::.::
CCDS31 PPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHKRNSVRLVIRKVQYAPERPG
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       :::.:::::.:::::. ::::::::::.::::::..::::::::..:::::::.::::::
CCDS31 PQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYA
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       :::::.:::::::::. : :: :.::::::::::.::.:..:::::::::::::::::::
CCDS31 DICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTN
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
       :::::...::::.:.:::.:::.:::::::::::::.:::::.::::::...   : :. 
CCDS31 LASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGDVAVELPFTLMHPKPKEE---P-PHR
     300       310       320       330       340       350         

              370       380       390       400                  
pF1KB6 AAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC         
        .::...::::::::.:::   ::::::::::: ::::::::  ...           
CCDS31 EVPENETPVDTNLIELDTN---DDDIVFEDFARQRLKGMKDDKEEEEDGTGSPQLNNR
         360       370          380       390       400       410

>>CCDS44684.1 ARRB1 gene_id:408|Hs108|chr11               (418 aa)
 initn: 2079 init1: 1870 opt: 2150  Z-score: 2333.7  bits: 440.8 E(32554): 1.1e-123
Smith-Waterman score: 2150; 76.4% identity (91.6% similar) in 415 aa overlap (1-407:1-407)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::.: :::::::.::: ::::::::::::::.: ::::::::::::.:::.:.:.:::::
CCDS44 MGDK-GTRVFKKASPNGKLTVYLGKRDFVDHIDLVDPVDGVVLVDPEYLKERRVYVTLTC
                10        20        30        40        50         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::.::::::.:. :.:::.:.  .: ::::.::..:::.::.:: : :
CCDS44 AFRYGREDLDVLGLTFRKDLFVANVQSFPPAPEDKKPLTRLQERLIKKLGEHAYPFTFEI
      60        70        80        90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       : ::::::::::::::::::::::.:..::::..:::: ::::::::::::::.:::.::
CCDS44 PPNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDYEVKAFCAENLEEKIHKRNSVRLVIRKVQYAPERPG
     120       130       140       150       160       170         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       :::.:::::.:::::. ::::::::::.::::::..::::::::..:::::::.::::::
CCDS44 PQPTAETTRQFLMSDKPLHLEASLDKEIYYHGEPISVNVHVTNNTNKTVKKIKISVRQYA
     180       190       200       210       220       230         

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       :::::.:::::::::. : :: :.::::::::::.::.:..:::::::::::::::::::
CCDS44 DICLFNTAQYKCPVAMEEADDTVAPSSTFCKVYTLTPFLANNREKRGLALDGKLKHEDTN
     240       250       260       270       280       290         

              310       320       330               340       350  
pF1KB6 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGG--------DVSVELPFVLMHPKPHDH
       :::::...::::.:.:::.:::.:::::::::::        ::.:::::.::::::...
CCDS44 LASSTLLREGANREILGIIVSYKVKVKLVVSRGGLLGDLASSDVAVELPFTLMHPKPKEE
     300       310       320       330       340       350         

            360       370       380       390       400            
pF1KB6 IPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC   
          : :.  .::...::::::::.:::   ::::::::::: ::::::::  ...     
CCDS44 ---P-PHREVPENETPVDTNLIELDTN---DDDIVFEDFARQRLKGMKDDKEEEEDGTGS
        360        370       380          390       400       410  

CCDS44 PQLNNR
             

>>CCDS58505.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (406 aa)
 initn: 2322 init1: 2071 opt: 2100  Z-score: 2279.6  bits: 430.7 E(32554): 1.2e-120
Smith-Waterman score: 2585; 93.6% identity (93.6% similar) in 421 aa overlap (1-409:1-406)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::               :::::::
CCDS58 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPV---------------VFVTLTC
               10        20        30                       40     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
          50        60        70        80        90       100     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
         110       120       130       140       150       160     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
         170       180       190       200       210       220     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
         230       240       250       260       270       280     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB6 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPHDHIPLPRPQS
         290       300       310       320       330       340     

                          370       380       390       400        
pF1KB6 A------------APETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQL
       :            :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 APTPTPPLPVPPAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQL
         350       360       370       380       390       400     

        
pF1KB6 C
       :
CCDS58 C
        

>>CCDS58504.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (430 aa)
 initn: 1932 init1: 1932 opt: 1932  Z-score: 2097.1  bits: 397.0 E(32554): 1.7e-110
Smith-Waterman score: 2709; 95.1% identity (95.1% similar) in 430 aa overlap (1-409:1-430)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110          
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT-
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS58 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTV
               70        80        90       100       110       120

                         120       130       140       150         
pF1KB6 --------------------IPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKS
                           ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 RMPLPSEGQGAGAGTVSGVGIPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKS
              130       140       150       160       170       180

     160       170       180       190       200       210         
pF1KB6 HKRNSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HKRNSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNV
              190       200       210       220       230       240

     220       230       240       250       260       270         
pF1KB6 HVTNNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 HVTNNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLL
              250       260       270       280       290       300

     280       290       300       310       320       330         
pF1KB6 SDNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 SDNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVE
              310       320       330       340       350       360

     340       350       360       370       380       390         
pF1KB6 LPFVLMHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS58 LPFVLMHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGM
              370       380       390       400       410       420

     400         
pF1KB6 KDDDYDDQLC
       ::::::::::
CCDS58 KDDDYDDQLC
              430

>>CCDS59276.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (330 aa)
 initn: 1790 init1: 1790 opt: 1790  Z-score: 1944.8  bits: 368.5 E(32554): 5.2e-102
Smith-Waterman score: 1790; 100.0% identity (100.0% similar) in 262 aa overlap (1-262:1-262)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTI
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB6 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB6 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYA
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB6 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTN
       ::::::::::::::::::::::                                      
CCDS59 DICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQREGGCQQGGAGNPGVLQGQGEAGGVSRRGCLCGAAFCS
              250       260       270       280       290       300

>>CCDS82039.1 ARRB2 gene_id:409|Hs108|chr17               (217 aa)
 initn: 1429 init1: 1429 opt: 1429  Z-score: 1556.1  bits: 296.0 E(32554): 2.3e-80
Smith-Waterman score: 1429; 100.0% identity (100.0% similar) in 217 aa overlap (193-409:1-217)

            170       180       190       200       210       220  
pF1KB6 NSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVT
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82                               MSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVT
                                             10        20        30

            230       240       250       260       270       280  
pF1KB6 NNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 NNSTKTVKKIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDN
               40        50        60        70        80        90

            290       300       310       320       330       340  
pF1KB6 REKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 REKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPF
              100       110       120       130       140       150

            350       360       370       380       390       400  
pF1KB6 VLMHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS82 VLMHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDD
              160       170       180       190       200       210

              
pF1KB6 DYDDQLC
       :::::::
CCDS82 DYDDQLC
              

>>CCDS14399.1 ARR3 gene_id:407|Hs108|chrX                 (388 aa)
 initn: 1001 init1: 927 opt: 1400  Z-score: 1520.9  bits: 290.3 E(32554): 2.2e-78
Smith-Waterman score: 1400; 58.5% identity (81.8% similar) in 352 aa overlap (7-349:2-353)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB6 MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTC
             ..::::.: : ::..::::::::::.: :.:.::::::::.::: ::.:: :::
CCDS14      MSKVFKKTSSNGKLSIYLGKRDFVDHVDTVEPIDGVVLVDPEYLKCRKLFVMLTC
                    10        20        30        40        50     

               70        80        90        100       110         
pF1KB6 AFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPP-TRLQDRLLRKLGQHAHPFFFT
       ::::::.::.:.::.:::::.. : :. :   . :. : : ::.:::.:::..:.:: . 
CCDS14 AFRYGRDDLEVIGLTFRKDLYVQTLQVVPAESSSPQGPLTVLQERLLHKLGDNAYPFTLQ
          60        70        80        90       100       110     

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB6 IPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKP
       .  ::::::::::::::.:: ::.:::...:::.. ::   ::. ::::.::::::: . 
CCDS14 MVTNLPCSVTLQPGPEDAGKPCGIDFEVKSFCAENPEETVSKRDYVRLVVRKVQFAPPEA
         120       130       140       150       160       170     

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB6 GPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQY
       :: :::.: :.::.: . :.:.: .:.:..:::::..::: ..: ..:..::::.:: : 
CCDS14 GPGPSAQTIRRFLLSAQPLQLQAWMDREVHYHGEPISVNVSINNCTNKVIKKIKISVDQI
         180       190       200       210       220       230     

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB6 ADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDT
       .:. :.:  .:   :   :  . :. .:.: . ...::.:. . .:::::::::::::::
CCDS14 TDVVLYSLDKYTKTVFIQEFTETVAANSSFSQSFAVTPILAASCQKRGLALDGKLKHEDT
         240       250       260       270       280       290     

     300       310       320       330               340       350 
pF1KB6 NLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGG--------DVSVELPFVLMHPKPHD
       :::::::.. : .::.:::::::.:.:.:.:: ::        ::.::::.::.::::  
CCDS14 NLASSTIIRPGMDKELLGILVSYKVRVNLMVSCGGILGDLTASDVGVELPLVLIHPKPSH
         300       310       320       330       340       350     

             360       370       380       390       400         
pF1KB6 HIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDYDDQLC
                                                                 
CCDS14 EAASSEDIVIEEFTRKGEEESQKAVEAEGDEGS                         
         360       370       380                                 

>>CCDS46545.1 SAG gene_id:6295|Hs108|chr2                 (405 aa)
 initn: 1158 init1: 683 opt: 1378  Z-score: 1496.7  bits: 285.9 E(32554): 4.8e-77
Smith-Waterman score: 1380; 53.3% identity (77.9% similar) in 403 aa overlap (4-397:11-388)

                      10        20        30        40        50   
pF1KB6        MGEKPGTRVFKKSSPNCKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRK
                 .:.  .::: : . ..:.:::.::..::...:.::::::::::: .: .:
CCDS46 MAASGKTSKSEPNHVIFKKISRDKSVTIYLGNRDYIDHVSQVQPVDGVVLVDPDLVKGKK
               10        20        30        40        50        60

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB6 VFVTLTCAFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHA
       :.::::::::::.::.::.::.::.::...  :..::: .    ::.::. ::.:::...
CCDS46 VYVTLTCAFRYGQEDIDVIGLTFRRDLYFSRVQVYPPV-GAASTPTKLQESLLKKLGSNT
               70        80        90        100       110         

           120       130       140       150          160       170
pF1KB6 HPFFFTIPQNLPCSVTLQPGPEDTGKACGVDFEIRAFCAKSL---EEKSHKRNSVRLVIR
       .::..:.:. ::::: :::.:.:.::.::::::..:: . :    :.:  :..::::.::
CCDS46 YPFLLTFPDYLPCSVMLQPAPQDSGKSCGVDFEVKAFATDSTDAEEDKIPKKSSVRLLIR
     120       130       140       150       160       170         

              180       190       200       210       220       230
pF1KB6 KVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVK
       ::: :: . :::: ::.. .:.:::. ::: .::.::.:.::::. :.: ::::. ::::
CCDS46 KVQHAPLEMGPQPRAEAAWQFFMSDKPLHLAVSLNKEIYFHGEPIPVTVTVTNNTEKTVK
     180       190       200       210       220       230         

              240       250       260       270       280       290
pF1KB6 KIKVSVRQYADICLFSTAQYKCPVAQLEQDDQVSPSSTFCKVYTITPLLSDNREKRGLAL
       :::. :.: :.. :.:.  :  :::. : ...: :.::. :. :. :::..:::.::.::
CCDS46 KIKAFVEQVANVVLYSSDYYVKPVAMEEAQEKVPPNSTLTKTLTLLPLLANNRERRGIAL
     240       250       260       270       280       290         

              300       310       320       330             340    
pF1KB6 DGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVS------RGGDVSVELPFVL
       :::.::::::::::::.::: .. ::::::::..::::.::       ...:..:.:: :
CCDS46 DGKIKHEDTNLASSTIIKEGIDRTVLGILVSYQIKVKLTVSGFLGELTSSEVATEVPFRL
     300       310       320       330       340       350         

          350       360       370       380       390       400    
pF1KB6 MHPKPHDHIPLPRPQSAAPETDVPVDTNLIEFDTNYATDDDIVFEDFARLRLKGMKDDDY
       :::.:.:           :  .   :.::             :::.:::  ::       
CCDS46 MHPQPED-----------PAKESYQDANL-------------VFEEFARHNLKDAGEAEE
     360                  370                    380       390     

                 
pF1KB6 DDQLC     
                 
CCDS46 GKRDKNDVDE
         400     




409 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Sat Nov  5 11:39:46 2016 done: Sat Nov  5 11:39:47 2016
 Total Scan time:  2.900 Total Display time:  0.050

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com