Result of FASTA (ccds) for pF1KB5927
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB5927, 567 aa
  1>>>pF1KB5927 567 - 567 aa - 567 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0580+/-0.00084; mu= 19.8863+/- 0.051
 mean_var=64.1993+/-13.218, 0's: 0 Z-trim(106.4): 23  B-trim: 178 in 2/50
 Lambda= 0.160070
 statistics sampled from 8955 (8963) to 8955 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.641), E-opt: 0.2 (0.275), width:  16
 Scan time:  2.910

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6622.2 PGM5 gene_id:5239|Hs108|chr9            ( 567) 3806 887.9       0
CCDS53323.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1           ( 580) 2755 645.2 6.3e-185
CCDS625.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1             ( 562) 2650 621.0 1.2e-177
CCDS53324.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1           ( 365) 1760 415.3 6.4e-116


>>CCDS6622.2 PGM5 gene_id:5239|Hs108|chr9                 (567 aa)
 initn: 3806 init1: 3806 opt: 3806  Z-score: 4745.3  bits: 887.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 3806; 100.0% identity (100.0% similar) in 567 aa overlap (1-567:1-567)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
              490       500       510       520       530       540

              550       560       
pF1KB5 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
       :::::::::::::::::::::::::::
CCDS66 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
              550       560       

>>CCDS53323.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1                (580 aa)
 initn: 2670 init1: 2670 opt: 2755  Z-score: 3433.5  bits: 645.2 E(32554): 6.3e-185
Smith-Waterman score: 2755; 67.7% identity (91.2% similar) in 567 aa overlap (1-567:15-580)

                             10        20        30        40      
pF1KB5               MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQ
                     :: .:.:.::  ::::.::.: : .:::. :  :: .  :: ::::
CCDS53 MSDFEEWISGTYRKMEEGPLPLLTFATAPYHDQKP-GTSGLRKKTYYFEEKPCYLENFIQ
               10        20        30         40        50         

         50        60        70        80        90       100      
pF1KB5 SVLSSIDLRDRQGCTMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSC
       :.. ::::.:::: ..:::.:::::...::: .::::::::::::.::::::::::::::
CCDS53 SIFFSIDLKDRQGSSLVVGGDGRYFNKSAIETIVQMAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSC
      60        70        80        90       100       110         

        110       120       130       140       150       160      
pF1KB5 IIRKIKAAGGIILTASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICP
       ::::::: ::::::::: ::::.:.::.:::..::::::....:::.::::::::::.::
CCDS53 IIRKIKAIGGIILTASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAVCP
     120       130       140       150       160       170         

        170       180       190       200       210       220      
pF1KB5 DLRIDLSRLGRQEFDLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIR
       ::..::. ::.:.:::::::::: ::::: :. : ..::.:::: :.: ::.::..::::
CCDS53 DLKVDLGVLGKQQFDLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRSIFDFSALKELLSGPNRLKIR
     180       190       200       210       220       230         

        230       240       250       260       270       280      
pF1KB5 IDAMHGVMGPYVRKVLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEY
       :::::::.::::.:.::.:::::::::.::::::::::.:::::::::. :.:.::.::.
CCDS53 IDAMHGVVGPYVKKILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEH
     240       250       260       270       280       290         

        290       300       310       320       330       340      
pF1KB5 GFGAAFDADGDRYMILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMAL
        ::::::.:::: ::::..::::.::::.:.::::.  ::::.: :::::.:::::: ::
CCDS53 DFGAAFDGDGDRNMILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGAL
     300       310       320       330       340       350         

        350       360       370       380       390       400      
pF1KB5 DRVAKSMKVPVYETPAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSI
       ::::.. :. .::::.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::
CCDS53 DRVASATKIALYETPTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSI
     360       370       380       390       400       410         

        410       420       430       440       450       460      
pF1KB5 IAARKQSVEEIVRDHWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAV
       .:.::::::.:..::: :.::... :.::: .. . .  .:.:::::. :.::.:.::..
CCDS53 LATRKQSVEDILKDHWQKYGRNFFTRYDYEEVEAEGANKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSA
     420       430       440       450       460       470         

        470       480       490       500       510       520      
pF1KB5 GSHVYSVAKTDSFEYVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESY
       ...::.: :.:.::: :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .::
CCDS53 NDKVYTVEKADNFEYSDPVDGSISRNQGLRLIFTDGSRIVFRLSGTGSAGATIRLYIDSY
     480       490       500       510       520       530         

        530       540       550       560       
pF1KB5 ERDPSGHDQEPQAVLSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
       :.: .  .:.::..:.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS53 EKDVAKINQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
     540       550       560       570       580

>>CCDS625.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1                  (562 aa)
 initn: 2604 init1: 2604 opt: 2650  Z-score: 3302.6  bits: 621.0 E(32554): 1.2e-177
Smith-Waterman score: 2650; 65.1% identity (90.7% similar) in 562 aa overlap (6-567:2-562)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB5 MEGSPIPVLTVPTAPYEDQRPAGGGGLRRPTGLFEGQRNYLPNFIQSVLSSIDLRDRQGC
            . ..:: :  :.::.: : .:::. . .:... ::  :::::..:...  .::  
CCDS62     MVKIVTVKTQAYQDQKP-GTSGLRKRVKVFQSSANYAENFIQSIISTVEPAQRQEA
                   10         20        30        40        50     

               70        80        90       100       110       120
pF1KB5 TMVVGSDGRYFSRTAIEIVVQMAAANGIGRLIIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAAGGIILT
       :.:::.:::.. . ::......:::::::::.::::::::::::::::::::: ::::::
CCDS62 TLVVGGDGRFYMKEAIQLIARIAAANGIGRLVIGQNGILSTPAVSCIIRKIKAIGGIILT
          60        70        80        90       100       110     

              130       140       150       160       170       180
pF1KB5 ASHCPGGPGGEFGVKFNVANGGPAPDVVSDKIYQISKTIEEYAICPDLRIDLSRLGRQEF
       ::: ::::.:.::.:::..::::::....:::.::::::::::.::::..::. ::.:.:
CCDS62 ASHNPGGPNGDFGIKFNISNGGPAPEAITDKIFQISKTIEEYAVCPDLKVDLGVLGKQQF
         120       130       140       150       160       170     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB5 DLENKFKPFRVEIVDPVDIYLNLLRTIFDFHAIKGLLTGPSQLKIRIDAMHGVMGPYVRK
       ::::::::: ::::: :. : ..::.:::: :.: ::.::..:::::::::::.::::.:
CCDS62 DLENKFKPFTVEIVDSVEAYATMLRSIFDFSALKELLSGPNRLKIRIDAMHGVVGPYVKK
         180       190       200       210       220       230     

              250       260       270       280       290       300
pF1KB5 VLCDELGAPANSAINCVPLEDFGGQHPDPNLTYATTLLEAMKGGEYGFGAAFDADGDRYM
       .::.:::::::::.::::::::::.:::::::::. :.:.::.::. ::::::.:::: :
CCDS62 ILCEELGAPANSAVNCVPLEDFGGHHPDPNLTYAADLVETMKSGEHDFGAAFDGDGDRNM
         240       250       260       270       280       290     

              310       320       330       340       350       360
pF1KB5 ILGQNGFFVSPSDSLAIIAANLSCIPYFRQMGVRGFGRSMPTSMALDRVAKSMKVPVYET
       :::..::::.::::.:.::::.  ::::.: :::::.:::::: ::::::.. :. .:::
CCDS62 ILGKHGFFVNPSDSVAVIAANIFSIPYFQQTGVRGFARSMPTSGALDRVASATKIALYET
         300       310       320       330       340       350     

              370       380       390       400       410       420
pF1KB5 PAGWRFFSNLMDSGRCNLCGEESFGTGSDHLREKDGLWAVLVWLSIIAARKQSVEEIVRD
       :.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::.:.::::::.:..:
CCDS62 PTGWKFFGNLMDASKLSLCGEESFGTGSDHIREKDGLWAVLAWLSILATRKQSVEDILKD
         360       370       380       390       400       410     

              430       440       450       460       470       480
pF1KB5 HWAKFGRHYYCRFDYEGLDPKTTYYIMRDLEALVTDKSFIGQQFAVGSHVYSVAKTDSFE
       :: :.::... :.::: .. . .  .:.:::::. :.::.:.::.....::.: :.:.::
CCDS62 HWQKYGRNFFTRYDYEEVEAEGANKMMKDLEALMFDRSFVGKQFSANDKVYTVEKADNFE
         420       430       440       450       460       470     

              490       500       510       520       530       540
pF1KB5 YVDPVDGTVTKKQGLRIIFSDASRLIFRLSSSSGVRATLRLYAESYERDPSGHDQEPQAV
       : :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .:::.: .  .:.::..
CCDS62 YSDPVDGSISRNQGLRLIFTDGSRIVFRLSGTGSAGATIRLYIDSYEKDVAKINQDPQVM
         480       490       500       510       520       530     

              550       560       
pF1KB5 LSPLIAIALKISQIHERTGRRGPTVIT
       :.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS62 LAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
         540       550       560  

>>CCDS53324.1 PGM1 gene_id:5236|Hs108|chr1                (365 aa)
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        :. .::::.::.::.::::... .:::::::::::::.::::::::::.::::.:.:::
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       : :.:.::: :::::.....::::.::.:.::..::::..... ::.::: .:::.: . 
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        .:.::..:.:::.::::.::..::::: .:::::
CCDS53 INQDPQVMLAPLISIALKVSQLQERTGRTAPTVIT
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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