Result of FASTA (omim) for
pF1KB9836
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9836, 351 aa
1>>>pF1KB9836 351 - 351 aa - 351 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5448+/-0.00034; mu= 15.2942+/- 0.021
mean_var=77.0204+/-15.476, 0's: 0 Z-trim(115.4): 25 B-trim: 34 in 1/50
Lambda= 0.146141
statistics sampled from 25838 (25860) to 25838 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16
Scan time: 7.800
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1 ( 351) 2313 497.1 2.5e-140
NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma ( 353) 1290 281.4 2.1e-75
NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-li ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 1033 227.2 5.2e-59
NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma ( 364) 1022 224.9 2.2e-58
XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplas ( 364) 1022 224.9 2.2e-58
NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen ( 455) 1001 220.5 5.7e-57
NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma ( 463) 1001 220.5 5.8e-57
NP_001299820 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domai ( 402) 395 92.7 1.5e-18
NP_776159 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domain-c ( 402) 395 92.7 1.5e-18
NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-li ( 399) 375 88.5 2.8e-17
NP_114429 (OMIM: 614145,614205) coiled-coil domain ( 538) 149 40.9 0.0077
>>NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1 [Hom (351 aa)
initn: 2313 init1: 2313 opt: 2313 Z-score: 2640.4 bits: 497.1 E(85289): 2.5e-140
Smith-Waterman score: 2313; 100.0% identity (100.0% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-351)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_071 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_071 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 SRALGHENGSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPGEEE
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NP_071 SRALGHENGSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPGEEE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 FGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQALEEV
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NP_071 FGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQALEEV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQVIA
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NP_071 FGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQVIA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB9 GAVHKTIRRELNLPEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
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NP_071 GAVHKTIRRELNLPEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
310 320 330 340 350
>>NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma1 [H (353 aa)
initn: 1011 init1: 659 opt: 1290 Z-score: 1474.7 bits: 281.4 E(85289): 2.1e-75
Smith-Waterman score: 1290; 57.0% identity (78.8% similar) in 358 aa overlap (1-350:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_006 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAM-PQVSYRMLGRMFWREE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
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NP_006 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLERLHLFLAREGWTVQDV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB9 SRALGHENGSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALE-ALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPGEE
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NP_006 ARVLGFQNPT--PTPG--PEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEE
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQALEE
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NP_006 TFDPWLEHTNEVLEEWQVSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQ
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 VFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQVI
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NP_006 VFGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVI
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 AGAVHK-TIRRELNLPE--DGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEE----ALLQAILEGNFT
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NP_006 AGANHSGAIRRQLWLTGAGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGHF
300 310 320 330 340 350
>>NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1180.4 bits: 227.2 E(85289): 5.2e-59
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB9 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
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NP_001 ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
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NP_001 EETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 EEVFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQ
...:: .. : : ..: : : ::.:...::::::::: :... . .... :: .
NP_001 KQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 VIAG-AVHKTIRRELNL-PEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
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NP_001 LLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA
300 310 320 330 340 350
NP_001 SGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATY
360 370 380 390 400 410
>>XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic (448 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1180.4 bits: 227.2 E(85289): 5.2e-59
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
:.: ::::::.::::.:::::::.:: . :: .::.....::: :: ::.:::::::..
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
: :.... :. .... .:..:::::: :.:. :: .::. :::::: :: :: .. ..
XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB9 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
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XP_016 ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
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XP_016 EETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 EEVFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQ
...:: .. : : ..: : : ::.:...::::::::: :... . .... :: .
XP_016 KQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKH
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 VIAG-AVHKTIRRELNL-PEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
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XP_016 LLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA
300 310 320 330 340 350
XP_016 SGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATY
360 370 380 390 400 410
>>NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-like p (448 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1180.4 bits: 227.2 E(85289): 5.2e-59
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_443 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
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NP_443 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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pF1KB9 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
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NP_443 ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
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NP_443 EETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDAL
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 EEVFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQ
...:: .. : : ..: : : ::.:...::::::::: :... . .... :: .
NP_443 KQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKH
240 250 260 270 280 290
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pF1KB9 VIAG-AVHKTIRRELNL-PEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
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NP_443 LLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA
300 310 320 330 340 350
NP_443 SGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATY
360 370 380 390 400 410
>>NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1180.4 bits: 227.2 E(85289): 5.2e-59
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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pF1KB9 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
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NP_001 ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
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NP_001 EETFEDWLEQVTEIMPIWQVSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDAL
180 190 200 210 220 230
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pF1KB9 EEVFGVTDNPRELQVKYLTTYQKDEEKLSAYVLRLEPLLQKLVQRGAIERDAVNQARLDQ
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NP_001 KQIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKH
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pF1KB9 VIAG-AVHKTIRRELNL-PEDGPAPGFLQLLVLIKDYEAAEEEEALLQAILEGNFT
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NP_001 LLARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA
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NP_001 SGRQARAEASVSAPQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSESTRGEDHGQATY
360 370 380 390 400 410
>>NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 942 init1: 497 opt: 1033 Z-score: 1180.4 bits: 227.2 E(85289): 5.2e-59
Smith-Waterman score: 1033; 46.8% identity (74.4% similar) in 348 aa overlap (1-343:1-339)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MTLRLLEDWCRGMDMNPRKALLIAGISQSCSVAEIEEALQAGLAPLGEYRLLGRMFRRDE
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
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pF1KB9 NRKVALVGLTAETSHALVPKEIPGKGGIWRVIFKPPDPDNTFLSRLNEFLAGEGMTVGEL
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLSRLNYFLKDEGRSMTDV
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pF1KB9 SRALGHEN---GSLDPEQGMIPEMWAPMLAQALEALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPG
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NP_001 ARALGCCSLPAESLDAE--VMPQVRSP-------PLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPG
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pF1KB9 EEEFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQAL
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pF1KB9 SRALGHENGSLDPEQGMIPEMWAPMLAQAL-EALQPALQCLKYKKLRVFSGRESPEPGEE
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XP_011 FRALGQEGVSPATVPCISPELLAHLLGQAMAHAPQPLLP-MRYRKLRVFSGSAVPAPEEE
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pF1KB9 EFGRWMFHTTQMIKAWQVPDVEKRRRLLESLRGPALDVIRVLKINNPLITVDECLQALEE
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XP_011 SFEVWLEQATEIVKEWPVTEAEKKRWLAESLRGPALDLMHIVQADNPSISVEECLEAFKQ
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XP_011 RWNHEGDD
360
351 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 19:36:34 2016 done: Fri Nov 4 19:36:35 2016
Total Scan time: 7.800 Total Display time: 0.020
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]