Result of FASTA (ccds) for pF1KB9770
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9770, 462 aa
  1>>>pF1KB9770 462 - 462 aa - 462 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.2861+/-0.00105; mu= -0.0290+/- 0.063
 mean_var=206.2611+/-42.013, 0's: 0 Z-trim(111.0): 122  B-trim: 5 in 1/50
 Lambda= 0.089303
 statistics sampled from 11899 (12025) to 11899 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.369), width:  16
 Scan time:  3.440

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9           ( 462) 3123 415.0 8.2e-116
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1            ( 463) 2162 291.2 1.5e-78
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6            ( 533) 2137 288.0 1.6e-77
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6           ( 537) 2119 285.7 8.1e-77
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1           ( 340) 1983 268.0   1e-71
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 414) 1001 141.6 1.5e-33
CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5           ( 423)  972 137.8   2e-32
CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8          ( 408)  916 130.6 2.9e-30
CCDS6220.2 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8           ( 445)  916 130.6 3.2e-30
CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 442)  907 129.5   7e-30
CCDS74728.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 449)  907 129.5 7.1e-30
CCDS42876.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 452)  907 129.5 7.1e-30
CCDS46605.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 464)  907 129.5 7.3e-30
CCDS13330.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 474)  907 129.5 7.4e-30
CCDS68131.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 395)  902 128.8   1e-29
CCDS13331.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20         ( 417)  902 128.8   1e-29
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1           ( 435)  743 108.3 1.6e-23
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 458)  743 108.4 1.7e-23
CCDS8850.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12           ( 454)  739 107.8 2.3e-23
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14          ( 508)  731 106.8 5.3e-23
CCDS58236.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 382)  728 106.4 5.4e-23
CCDS41790.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 443)  728 106.4 6.1e-23
CCDS2642.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3            ( 448)  719 105.3 1.4e-22
CCDS11366.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 462)  713 104.5 2.4e-22
CCDS42317.1 RARA gene_id:5914|Hs108|chr17          ( 457)  706 103.6 4.5e-22
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12          ( 598)  678 100.1 6.8e-21
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 611)  678 100.1   7e-21
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12         ( 652)  678 100.1 7.4e-21
CCDS58237.1 RARG gene_id:5916|Hs108|chr12          ( 432)  594 89.1 9.5e-18
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 281)  562 84.9 1.2e-16
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15         ( 261)  561 84.8 1.2e-16
CCDS46775.1 RARB gene_id:5915|Hs108|chr3           ( 336)  532 81.1   2e-15
CCDS73750.1 NR2E3 gene_id:10002|Hs108|chr15        ( 410)  471 73.3 5.3e-13
CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1          ( 396)  466 72.6 8.1e-13
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2           ( 598)  462 72.2 1.6e-12
CCDS74905.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3          ( 596)  458 71.7 2.3e-12
CCDS2621.1 NR2C2 gene_id:7182|Hs108|chr3           ( 615)  458 71.7 2.4e-12
CCDS41821.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 467)  436 68.8 1.4e-11
CCDS44953.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12         ( 483)  436 68.8 1.4e-11
CCDS9051.1 NR2C1 gene_id:7181|Hs108|chr12          ( 603)  436 68.9 1.7e-11
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19         ( 404)  422 67.0 4.2e-11
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9           ( 443)  414 66.0 9.3e-11


>>CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9                (462 aa)
 initn: 3123 init1: 3123 opt: 3123  Z-score: 2192.6  bits: 415.0 E(32554): 8.2e-116
Smith-Waterman score: 3123; 100.0% identity (100.0% similar) in 462 aa overlap (1-462:1-462)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHSPISTLSSPING
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMAAPSLHPSLGPGIGSPGQLHSPISTLSSPING
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 MGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 MGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVP
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 AHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLID
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLID
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 KRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 KRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAEL
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 AVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVIL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 AVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVIL
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB9 LRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 LRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDM
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB9 QMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 QMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460  
pF1KB9 RLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS35 RLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT
              430       440       450       460  

>>CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1                 (463 aa)
 initn: 2139 init1: 1217 opt: 2162  Z-score: 1523.5  bits: 291.2 E(32554): 1.5e-78
Smith-Waterman score: 2162; 73.8% identity (87.1% similar) in 451 aa overlap (21-462:18-463)

               10        20         30        40         50        
pF1KB9 MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRGSMA-APSLHPSLGPGIGS-PGQLHSPIS---TLS
                           ::   :: . .::   : :  . : :.   .:.:   :::
CCDS12    MYGNYSHFMKFPAGYGGSPGHTGSTSMSPSAALSTGKPMDSHPSYTDTPVSAPRTLS
                  10        20        30        40        50       

             60        70        80         90       100       110 
pF1KB9 ---SPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGF-STGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPL
          .:.:..: :. ::.: ::: : .. . : ... .  : ::.  .: :::::::::  
CCDS12 AVGTPLNALGSPYRVITSAMGPPSGALAAPPGINLVAPPSSQLNV-VNSVSSSEDIKPLP
        60        70        80        90       100        110      

             120       130       140       150       160       170 
pF1KB9 GLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTC
       :: :. ..  .:: . .:..:::::::::::::::::::::::::::::::.:::: :::
CCDS12 GLPGIGNM-NYPSTSPGSLVKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTIRKDLIYTC
        120        130       140       150       160       170     

             180       190       200       210       220       230 
pF1KB9 RDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMP
       :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::...: :.:.: ..:..::::
CCDS12 RDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMGMKREAVQEERQRSRERAESEAECATSGHEDMP
         180       190       200       210       220       230     

             240       250       260       270       280       290 
pF1KB9 VERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSE
       ::::::::::::::::.: . ::    .: ::::::::.::::::::::::::::::::.
CCDS12 VERILEAELAVEPKTESYGDMNM---ENSTNDPVTNICHAADKQLFTLVEWAKRIPHFSD
         240       250          260       270       280       290  

             300       310       320       330       340       350 
pF1KB9 LPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLT
       : :.::::::::::::::::::::::..:.:::::::::::::.::::::::.:::::::
CCDS12 LTLEDQVILLRAGWNELLIASFSHRSVSVQDGILLATGLHVHRSSAHSAGVGSIFDRVLT
            300       310       320       330       340       350  

             360       370       380       390       400       410 
pF1KB9 ELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQ
       ::::::.::::::.::::::::::::::.::::::.:::.:::::::.:::: :.:::::
CCDS12 ELVSKMKDMQMDKSELGCLRAIVLFNPDAKGLSNPSEVETLREKVYATLEAYTKQKYPEQ
            360       370       380       390       400       410  

             420       430       440       450       460  
pF1KB9 PGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.: :.:
CCDS12 PGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLETPLQIT
            420       430       440       450       460   

>>CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6                 (533 aa)
 initn: 2092 init1: 1281 opt: 2137  Z-score: 1505.2  bits: 288.0 E(32554): 1.6e-77
Smith-Waterman score: 2137; 72.0% identity (84.6% similar) in 461 aa overlap (12-461:80-532)

                                  10        20            30       
pF1KB9                    MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRG----SMAAPSLHPSL
                                     : . .::  .:  .:    :  .: : :: 
CCDS47 AAAVAGGEQQTPEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPST
      50        60        70        80        90       100         

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB9 GPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSP
       .:..:. :    :   .  :   .: :: :::: ::  ..  :. : ..  ..:::..: 
CCDS47 APSLGGSGA--PPPPPMPPP--PLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINST
     110         120         130       140       150       160     

        100          110        120       130       140       150  
pF1KB9 MN-PVSSS---EDIKPP-LGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSC
       .. : ..:   ::.::: ::. : :. :  :.:  :.  :..::::::::::::::::::
CCDS47 VSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRG-LHCPPPPGGPGAG--KRLCAICGDRSSGKHYGVYSC
         170       180        190       200         210       220  

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB9 EGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG
       ::::::::::.::::::.::::::: .:::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS47 EGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG
            230       240       250       260       270       280  

            220       230       240       250         260       270
pF1KB9 KDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEA--NMGLNPSSPNDPVTNICQ
       ::.. .. :....: :.:::.:::::::::: :..  ::.  . : . ::::::::::::
CCDS47 KDKD-GDGEGAGGAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQ
             290       300       310       320       330       340 

              280       290       300       310       320       330
pF1KB9 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGL
       :::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::: :.:::::::::
CCDS47 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGL
             350       360       370       380       390       400 

              340       350       360       370       380       390
pF1KB9 HVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::.:::::.::::::.:::
CCDS47 HVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNPSEVE
             410       420       430       440       450       460 

              400       410       420       430       440       450
pF1KB9 ALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTF
       .::::::::::.:::.::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 VLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTF
             470       480       490       500       510       520 

              460  
pF1KB9 LMEMLEAPHQMT
       ::::::::::. 
CCDS47 LMEMLEAPHQLA
             530   

>>CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6                (537 aa)
 initn: 2099 init1: 707 opt: 2119  Z-score: 1492.6  bits: 285.7 E(32554): 8.1e-77
Smith-Waterman score: 2119; 71.4% identity (83.9% similar) in 465 aa overlap (12-461:80-536)

                                  10        20            30       
pF1KB9                    MDTKHFLPLDFSTQVNSSLTSPTGRG----SMAAPSLHPSL
                                     : . .::  .:  .:    :  .: : :: 
CCDS59 AAAVAGGEQQTPEPEPGEAGRDGMGDSGRDSRSPDSSSPNPLPQGVPPPSPPGPPLPPST
      50        60        70        80        90       100         

        40        50        60        70        80        90       
pF1KB9 GPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSP
       .:..:. :    :   .  :   .: :: :::: ::  ..  :. : ..  ..:::..: 
CCDS59 APSLGGSGA--PPPPPMPPP--PLGSPFPVISSSMGSPGLPPPAPPGFSGPVSSPQINST
     110         120         130       140       150       160     

        100          110        120       130       140       150  
pF1KB9 MN-PVSSS---EDIKPP-LGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSC
       .. : ..:   ::.::: ::. : :. :  :.:  :.  :..::::::::::::::::::
CCDS59 VSLPGGGSGPPEDVKPPVLGVRG-LHCPPPPGGPGAG--KRLCAICGDRSSGKHYGVYSC
         170       180        190       200         210       220  

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB9 EGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG
       ::::::::::.::::::.::::::: .:::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS59 EGCKGFFKRTIRKDLTYSCRDNKDCTVDKRQRNRCQYCRYQKCLATGMKREAVQEERQRG
            230       240       250       260       270       280  

            220       230       240       250         260       270
pF1KB9 KDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEA--NMGLNPSSPNDPVTNICQ
       ::.. .. :....: :.:::.:::::::::: :..  ::.  . : . ::::::::::::
CCDS59 KDKD-GDGEGAGGAPEEMPVDRILEAELAVEQKSDQGVEGPGGTGGSGSSPNDPVTNICQ
             290       300       310       320       330       340 

              280       290       300       310       320       330
pF1KB9 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGL
       :::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::: :.:::::::::
CCDS59 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSSLPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIDVRDGILLATGL
             350       360       370       380       390       400 

              340           350       360       370       380      
pF1KB9 HVHRNSAHSAGVGAIFDR----VLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNP
       ::::::::::::::::::    ::::::::::::.::::::::::::.:::::.::::::
CCDS59 HVHRNSAHSAGVGAIFDRSLSRVLTELVSKMRDMRMDKTELGCLRAIILFNPDAKGLSNP
             410       420       430       440       450       460 

        390       400       410       420       430       440      
pF1KB9 AEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
       .:::.::::::::::.:::.::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SEVEVLREKVYASLETYCKQKYPEQQGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTP
             470       480       490       500       510       520 

        450       460  
pF1KB9 IDTFLMEMLEAPHQMT
       ::::::::::::::. 
CCDS59 IDTFLMEMLEAPHQLA
             530       

>>CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1                (340 aa)
 initn: 1985 init1: 1217 opt: 1983  Z-score: 1400.8  bits: 268.0 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 1983; 85.0% identity (95.6% similar) in 341 aa overlap (122-462:3-340)

             100       110       120       130       140       150 
pF1KB9 PQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYS
                                     .:: . .:..::::::::::::::::::::
CCDS72                             MNYPSTSPGSLVKHICAICGDRSSGKHYGVYS
                                           10        20        30  

             160       170       180       190       200       210 
pF1KB9 CEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQR
       :::::::::::.:::: ::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::
CCDS72 CEGCKGFFKRTIRKDLIYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLVMGMKREAVQEERQR
             40        50        60        70        80        90  

             220       230       240       250       260       270 
pF1KB9 GKDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQA
       ...: :.:.: ..:..::::::::::::::::::::.: . ::    .: ::::::::.:
CCDS72 SRERAESEAECATSGHEDMPVERILEAELAVEPKTESYGDMNM---ENSTNDPVTNICHA
            100       110       120       130          140         

             280       290       300       310       320       330 
pF1KB9 ADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLH
       :::::::::::::::::::.: :.::::::::::::::::::::::..:.::::::::::
CCDS72 ADKQLFTLVEWAKRIPHFSDLTLEDQVILLRAGWNELLIASFSHRSVSVQDGILLATGLH
     150       160       170       180       190       200         

             340       350       360       370       380       390 
pF1KB9 VHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEA
       :::.::::::::.:::::::::::::.::::::.::::::::::::::.::::::.:::.
CCDS72 VHRSSAHSAGVGSIFDRVLTELVSKMKDMQMDKSELGCLRAIVLFNPDAKGLSNPSEVET
     210       220       230       240       250       260         

             400       410       420       430       440       450 
pF1KB9 LREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFL
       :::::::.:::: :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LREKVYATLEAYTKQKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFL
     270       280       290       300       310       320         

             460  
pF1KB9 MEMLEAPHQMT
       :::::.: :.:
CCDS72 MEMLETPLQIT
     330       340

>>CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15              (414 aa)
 initn: 566 init1: 532 opt: 1001  Z-score: 715.8  bits: 141.6 E(32554): 1.5e-33
Smith-Waterman score: 1001; 39.9% identity (70.1% similar) in 398 aa overlap (64-455:11-400)

            40        50        60        70        80        90   
pF1KB9 HPSLGPGIGSPGQLHSPISTLSSPINGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQ
                                     : . . . .: .. ..: .:  :   :.:.
CCDS10                     MAMVVSTWRDPQDEVPGSQGSQASQAPPVP--GPPPGAPH
                                   10        20        30          

           100       110       120       130        140       150  
pF1KB9 LSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHI-CAICGDRSSGKHYGVYSC
         .:..: ...    :     :    :. :...  .  .:: :..:::.::::::: ..:
CCDS10 --TPQTPGQGGPASTPAQTAAGGQGGPGGPGSDKQQQQQHIECVVCGDKSSGKHYGQFTC
         40        50        60        70        80        90      

            160       170       180       190       200       210  
pF1KB9 EGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRG
       ::::.::::.::..:.:::: :..: ::...::.::::: .::: .::.:::::  : : 
CCDS10 EGCKSFFKRSVRRNLSYTCRANRNCPIDQHHRNQCQYCRLKKCLKVGMRREAVQ--RGRM
        100       110       120       130       140       150      

            220       230       240       250       260         270
pF1KB9 KDRNENEVESTSSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPND--PVTNICQ
          . .. . . . .. .  .  : . ...  ..: :  . .: .  .::.   . :::.
CCDS10 PPTQPTHGQFALTNGDPLNCHSYLSGYISLLLRAEPYPTSRFGSQCMQPNNIMGIENICE
          160       170       180       190       200       210    

              280       290       300       310       320          
pF1KB9 AADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLAT-G
        : ..::. ::::. :: : .: . ::: :::  :.::.. . .. :. .. . :::. :
CCDS10 LAARMLFSAVEWARNIPFFPDLQITDQVALLRLTWSELFVLNAAQCSMPLHVAPLLAAAG
          220       230       240       250       260       270    

     330       340         350       360       370       380       
pF1KB9 LHVHRNSAHSAGVGAIFD--RVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPA
       ::.   ::    : :..:  :.. : : :.. ...:..: .::.:::::. :. :::. :
CCDS10 LHASPMSADR--VVAFMDHIRIFQEQVEKLKALHVDSAEYSCLKAIVLFTSDACGLSDVA
          280         290       300       310       320       330  

       390       400       410       420       430       440       
pF1KB9 EVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPI
       .::.:.::   .:: : . .::.:: ::.:::::::.::... . .:.::: .:.: :::
CCDS10 HVESLQEKSQCALEEYVRSQYPNQPTRFGKLLLRLPSLRTVSSSVIEQLFFVRLVGKTPI
            340       350       360       370       380       390  

       450       460         
pF1KB9 DTFLMEMLEAPHQMT       
       .:.. .::              
CCDS10 ETLIRDMLLSGSSFNWPYMAIQ
            400       410    

>>CCDS4068.1 NR2F1 gene_id:7025|Hs108|chr5                (423 aa)
 initn: 584 init1: 538 opt: 972  Z-score: 695.5  bits: 137.8 E(32554): 2e-32
Smith-Waterman score: 972; 42.1% identity (70.2% similar) in 373 aa overlap (89-455:46-407)

       60        70        80        90       100       110        
pF1KB9 NGMGPPFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMNPVSSSEDIKPPLGLNGVLK
                                     .:.:.  .:..: . .    :  :  :   
CCDS40 AGGNPGGPNPAAQAARGGGGGAGEQQQQAGSGAPH--TPQTPGQPGAPATP--GTAG--D
          20        30        40        50          60             

      120       130        140       150       160       170       
pF1KB9 VPAHPSGNMASFTKHI-CAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDC
           : :.  :  .:: :..:::.::::::: ..:::::.::::.::..:::::: :..:
CCDS40 KGQGPPGSGQS-QQHIECVVCGDKSSGKHYGQFTCEGCKSFFKRSVRRNLTYTCRANRNC
      70        80         90       100       110       120        

       180       190       200       210       220       230       
pF1KB9 LIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMPVERILE
        ::...::.::::: .::: .::.:::::  : :    . :  . . . .. .  .  : 
CCDS40 PIDQHHRNQCQYCRLKKCLKVGMRREAVQ--RGRMPPTQPNPGQYALTNGDPLNGHCYLS
      130       140       150         160       170       180      

       240       250       260         270       280       290     
pF1KB9 AELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPND--PVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLD
       . ...  ..: :  . .: .  .::.   . :::. : . ::. ::::. :: : .: . 
CCDS40 GYISLLLRAEPYPTSRYGSQCMQPNNIMGIENICELAARLLFSAVEWARNIPFFPDLQIT
        190       200       210       220       230       240      

         300       310       320        330       340         350  
pF1KB9 DQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLAT-GLHVHRNSAHSAGVGAIFD--RVLTE
       ::: :::  :.::.. . .. :. .. . :::. :::.   ::    : :..:  :.. :
CCDS40 DQVSLLRLTWSELFVLNAAQCSMPLHVAPLLAAAGLHASPMSADR--VVAFMDHIRIFQE
        250       260       270       280       290         300    

            360       370       380       390       400       410  
pF1KB9 LVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQP
        : :.. ...:..: .::.:::::. :. :::. :..:.:.::   .:: : . .::.::
CCDS40 QVEKLKALHVDSAEYSCLKAIVLFTSDACGLSDAAHIESLQEKSQCALEEYVRSQYPNQP
          310       320       330       340       350       360    

            420       430       440       450       460           
pF1KB9 GRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT         
       .::.:::::::.::... . .:.::: .:.: :::.:.. .::                
CCDS40 SRFGKLLLRLPSLRTVSSSVIEQLFFVRLVGKTPIETLIRDMLLSGSSFNWPYMSIQCS
          370       380       390       400       410       420   

>>CCDS83303.1 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8               (408 aa)
 initn: 732 init1: 399 opt: 916  Z-score: 656.7  bits: 130.6 E(32554): 2.9e-30
Smith-Waterman score: 916; 42.9% identity (75.5% similar) in 322 aa overlap (134-455:11-325)

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB9 SEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTV
                                     .:::::::..:::::. ::.::::::.:..
CCDS83                     MNTTDNGVNCLCAICGDRATGKHYGASSCDGCKGFFRRSI
                                   10        20        30        40

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB9 RKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVEST
       ::. .:.:: ...:..:: .::.:.::: .::.  :::.::::.::.: . :     .::
CCDS83 RKSHVYSCRFSRQCVVDKDKRNQCRYCRLRKCFRAGMKKEAVQNERDRISTR-----RST
               50        60        70        80        90          

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB9 SSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWA
        ....   .. . .::.  .  . .   ..  .: ..  . . ..:..  .::..:::::
CCDS83 FDGSNIPSINTLAQAEVRSRQISVSSPGSSTDINVKKIAS-IGDVCESMKQQLLVLVEWA
         100       110       120       130        140       150    

           290       300       310       320       330       340   
pF1KB9 KRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVG
       : :: : :::::::: ::::  .: :. . ..::.  :: .::...  .:::: . . ..
CCDS83 KYIPAFCELPLDDQVALLRAHAGEHLLLGATKRSMMYKDILLLGNNYVIHRNSCE-VEIS
          160       170       180       190       200        210   

           350       360       370       380       390       400   
pF1KB9 AIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAY
        . .::: :::  ....:.: .: .::.:::.:.::.::::.:.... .: .:  .:: :
CCDS83 RVANRVLDELVRPFQEIQIDDNEYACLKAIVFFDPDAKGLSDPVKIKNMRFQVQIGLEDY
           220       230       240       250       260       270   

           410       420       430       440       450       460   
pF1KB9 CKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT 
        . .  .. :::..::: ::.:.::  . .:.. : ::.: . ::..:.:::        
CCDS83 INDRQYDSRGRFGELLLLLPTLQSITWQMIEQIQFVKLFGMVKIDNLLQEMLLGGASNDG
           280       290       300       310       320       330   

CCDS83 SHLHHPMHPHLSQDPLTGQTILLGPMSTLVHADQISTPETPLPSPPQGSGQEQYKIAANQ
           340       350       360       370       380       390   

>>CCDS6220.2 HNF4G gene_id:3174|Hs108|chr8                (445 aa)
 initn: 732 init1: 399 opt: 916  Z-score: 656.2  bits: 130.6 E(32554): 3.2e-30
Smith-Waterman score: 916; 42.9% identity (75.5% similar) in 322 aa overlap (134-455:48-362)

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB9 SEDIKPPLGLNGVLKVPAHPSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTV
                                     .:::::::..:::::. ::.::::::.:..
CCDS62 EFETMQILYNSSDSSAPETSMNTTDNGVNCLCAICGDRATGKHYGASSCDGCKGFFRRSI
        20        30        40        50        60        70       

           170       180       190       200       210       220   
pF1KB9 RKDLTYTCRDNKDCLIDKRQRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVEST
       ::. .:.:: ...:..:: .::.:.::: .::.  :::.::::.::.: . :     .::
CCDS62 RKSHVYSCRFSRQCVVDKDKRNQCRYCRLRKCFRAGMKKEAVQNERDRISTR-----RST
        80        90       100       110       120            130  

           230       240       250       260       270       280   
pF1KB9 SSANEDMPVERILEAELAVEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWA
        ....   .. . .::.  .  . .   ..  .: ..  . . ..:..  .::..:::::
CCDS62 FDGSNIPSINTLAQAEVRSRQISVSSPGSSTDINVKKIAS-IGDVCESMKQQLLVLVEWA
            140       150       160       170        180       190 

           290       300       310       320       330       340   
pF1KB9 KRIPHFSELPLDDQVILLRAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVG
       : :: : :::::::: ::::  .: :. . ..::.  :: .::...  .:::: . . ..
CCDS62 KYIPAFCELPLDDQVALLRAHAGEHLLLGATKRSMMYKDILLLGNNYVIHRNSCE-VEIS
             200       210       220       230       240        250

           350       360       370       380       390       400   
pF1KB9 AIFDRVLTELVSKMRDMQMDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAY
        . .::: :::  ....:.: .: .::.:::.:.::.::::.:.... .: .:  .:: :
CCDS62 RVANRVLDELVRPFQEIQIDDNEYACLKAIVFFDPDAKGLSDPVKIKNMRFQVQIGLEDY
              260       270       280       290       300       310

           410       420       430       440       450       460   
pF1KB9 CKHKYPEQPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEMLEAPHQMT 
        . .  .. :::..::: ::.:.::  . .:.. : ::.: . ::..:.:::        
CCDS62 INDRQYDSRGRFGELLLLLPTLQSITWQMIEQIQFVKLFGMVKIDNLLQEMLLGGASNDG
              320       330       340       350       360       370

CCDS62 SHLHHPMHPHLSQDPLTGQTILLGPMSTLVHADQISTPETPLPSPPQGSGQEQYKIAANQ
              380       390       400       410       420       430

>>CCDS46604.1 HNF4A gene_id:3172|Hs108|chr20              (442 aa)
 initn: 910 init1: 515 opt: 907  Z-score: 649.9  bits: 129.5 E(32554): 7e-30
Smith-Waterman score: 934; 41.7% identity (70.3% similar) in 374 aa overlap (94-459:4-362)

            70        80        90        100       110       120  
pF1KB9 PFSVISSPMGPHSMSVPTTPTLGFSTGSPQLSSPMN-PVSSSEDIKPPLGLNGVLKVPAH
                                     ...:.. :: :: : .:  : :  :..: .
CCDS46                            MVSVNAPLGAPVESSYDTSPSEGTN--LNAP-N
                                          10        20           30

            130       140       150       160       170       180  
pF1KB9 PSGNMASFTKHICAICGDRSSGKHYGVYSCEGCKGFFKRTVRKDLTYTCRDNKDCLIDKR
         :  :     .:::::::..:::::. ::.::::::.:.:::.  :.:: ...:..:: 
CCDS46 SLGVSA-----LCAICGDRATGKHYGASSCDGCKGFFRRSVRKNHMYSCRFSRQCVVDKD
                    40        50        60        70        80     

            190       200       210       220       230        240 
pF1KB9 QRNRCQYCRYQKCLAMGMKREAVQEERQRGKDRNENEVESTSSANEDMP-VERILEAELA
       .::.:.::: .::.  :::.::::.::.: . :       .:  . ..: .. .:.::. 
CCDS46 KRNQCRYCRLKKCFRAGMKKEAVQNERDRISTRR------SSYEDSSLPSINALLQAEVL
          90       100       110             120       130         

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB9 VEPKTETYVEANMGLNPSSPNDPVTNICQAADKQLFTLVEWAKRIPHFSELPLDDQVILL
        .  :      : :   ..    ....:..  .::..:::::: :: : :::::::: ::
CCDS46 SRQITSPVSGIN-GDIRAKKIASIADVCESMKEQLLVLVEWAKYIPAFCELPLDDQVALL
     140       150        160       170       180       190        

             310       320       330       340       350       360 
pF1KB9 RAGWNELLIASFSHRSIAVKDGILLATGLHVHRNSAHSAGVGAIFDRVLTELVSKMRDMQ
       ::  .: :. . ..::.. :: .::..   : :.  . : .. .  :.: :::  ....:
CCDS46 RAHAGEHLLLGATKRSMVFKDVLLLGNDYIVPRHCPELAEMSRVSIRILDELVLPFQELQ
      200       210       220       230       240       250        

             370       380       390       400       410       420 
pF1KB9 MDKTELGCLRAIVLFNPDSKGLSNPAEVEALREKVYASLEAYCKHKYPEQPGRFAKLLLR
       .: .: . :.::..:.::.::::.:.... :: .: .::: : . .  .. :::..::: 
CCDS46 IDDNEYAYLKAIIFFDPDAKGLSDPGKIKRLRSQVQVSLEDYINDRQYDSRGRFGELLLL
      260       270       280       290       300       310        

             430       440       450             460               
pF1KB9 LPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDTPIDTFLMEML------EAPHQMT             
       ::.:.::  . .:.. :.::.: . ::..:.:::      .:::                
CCDS46 LPTLQSITWQMIEQIQFIKLFGMAKIDNLLQEMLLGGSPSDAPHAHHPLHPHLMQEHMGT
      320       330       340       350       360       370        

CCDS46 NVIVANTMPTHLSNGQMSTPETPQPSPPGGSGSEPYKLLPGAVATIVKPLSAIPQPTITK
      380       390       400       410       420       430        




462 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Fri Nov  4 18:47:54 2016 done: Fri Nov  4 18:47:55 2016
 Total Scan time:  3.440 Total Display time:  0.080

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com