seq1 = pF1KB8570.tfa, 2469 bp
seq2 = pF1KB8570/gi568815589f_42752675.tfa (gi568815589f:42752675_42994802), 242128 bp

>pF1KB8570 2469
>gi568815589f:42752675_42994802 (Chr9)

1-203  (100001-100203)   98% ->
204-318  (103524-103638)   94% ->
319-492  (103801-103974)   97% ->
493-599  (107862-107969)   97% ->
600-737  (109010-109144)   96% ->
738-793  (111736-111791)   96% ->
794-824  (118329-118359)   100% ->
825-894  (121047-121116)   97% ->
895-979  (125059-125143)   97% ->
980-1008  (127956-127984)   100% ->
1009-1081  (128076-128148)   98% ->
1082-1152  (134104-134174)   100% ->
1153-1316  (138232-138395)   100% ->
1317-1497  (139811-139991)   99% ->
1498-2469  (141159-142128)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTTATTCGGCTTCGGGAGCCGCAGGGGCCAGACGGCCCAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTTATTCGGCTTCGGGAGCCGCAGGGGCCAGACGGCCCAGGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATAGACCACGTCTACACGGGTTCCGGATACCGAATCCGGGACTCCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 CATAGACCACGTCTACACGGGTTCCGGATACCGAATCCGCGACTCCGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGAAGATCCACAGGGCAGCTGTCAAAGGCGACGCCGCGGAGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGAAGATCCACAGGGCAGCTGTCAAAGGCGACGCCGCGGAGGTGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCTGCTTGGCGCGCAGGAGCGGAGACCTGGACGCCCTGGACAAGCAGCA
        |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 100151 CGCTGCCTGGCGCACAGGAGCGGAGACCTGCACGCCCTGGACAAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAG         AACTGCTCTACACTTGGCCTGTGCCAGTGGCCATGTGC
        |||>>>...>>>|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGGTA...TAGAACTGCTCTATACTTGGCCTGTGCCAGTGGCCATGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTGGTCACTCTCCTGGTTAACAGAAAATGCCAGATTGATGTCTGTGAC
        ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
 103562 AAGTGGTCAATCTCCTGGTTAGCAGAAAATGCCAGATTGATATCTGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGAAAACAGAACGCCTTTGATACAG         GCTGTCCATTGCCA
        ||||||||||| | |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103612 AAAGAAAACAGGATGCCTTTGATACAGGTA...CAGGCTGTCCATTGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGAAGAGGCTTGTGCCGTTATTCTGCTGGAACATGGCGCCAATCCAAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
 103815 GGAAGAGGCTTGTGCCGTTATTCTGCTGGAACATGGTGCCAATCCAAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAAGGATATCTACGGCAACACTGCTCTCCATTATGCCGTGTATAGTGAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
 103865 TTAAGGATATCTATGGCAACACTGCTCTCCATTATGCTGTGTATAGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGCACCTCACTGGCAGAAAAACTGCTTTCCCATGGTGCACATATTGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103915 AGCACCTCACTGGCAGAAAAACTGCTTTCCCATGGTGCACATATTGAAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ACTGGACAAG         GACAATAATACCCCACTTTTATTTGCTATAA
        ||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||
 103965 ACTGGACAAGGTA...TAGGACAATAATACCCCACTTTTATTCGCTATAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTTGCAAGAAAGAGAAAATGGTGGAATTTTTATTGAAAAAGAAAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 TTTGCAAGAAAGAGAAAATGGTGGAATTTTTATTGAAAAAGAAAGCAAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCACA TGCCGTTGATAGGCTGAGACG         GTCAGCTCTCATGC
         ||||-|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||| |
 107943 GCACAATGCCGTTGATAGGCTGAGACGGTA...TAGGTCAGCTCTCATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    614 TTGCTGTATACTATGACTCACCAGGTATTGTCAATATCCTTCTTAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109024 TTGCTGTATACTATGACTCACCAGGTATTGTCAATATCCTTCTTAAGCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 AATATTGATGTCTTCGCTCAAGACATGTGTGGACGAGATGCAGAAGATTA
        ||||||-||--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109074 AATATT AT  CTTCGCTCAAGACATGTGTGGACGAGATGCAGAAGATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 TGCTATTTCTCATCATTTGACAAA         AATTCAACAACAAATTT
         |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109121 CGCTATTTCTCATCATTTGACAAAGTA...TAGAATTCAACAACAAATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755 TGGAACATAAAAAGAAGATACTTAAAAAGGAGAAATCAG         AT
        |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||>>>...>>>||
 111753 TGGAACATAAAAAGAAGACACTTAAAACGGAGAAATCAGGTA...TAGAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796 GTTGGAAGTTCTGATGAATCTGCAGTCAG         CATTTTCCATGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 118331 GTTGGAAGTTCTGATGAATCTGCAGTCAGGTA...AAGCATTTTCCATGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    837 ACTGCGTGTGGATTCATTGCCTGCATCGGATGACAAAGACTTGAATGTTG
        ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 121059 ACTGCATGTGGATTCATTGCCTGCATCGGATGACAAAGACTTGAATATTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    887 CTACTAAG         CAGTGTGTCCCCGAGAAAGTGTCAGAGCCTTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121109 CTACTAAGGTA...TAGCAGTGTGTCCCCGAGAAAGTGTCAGAGCCTTTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    928 CCTGGATCTTCGCATGAAAAAGGAAACAGAATAGTCAATGGACAAGGAGA
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 125092 CCTGGACCTTCGCATGAAAAAGGAAACAGAATAGTCGATGGACAAGGAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    978 AG         GGCCTCCTGCAAAACATCCTTCCTTGAAG         C
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125142 AGGTG...TAGGGCCTCCTGCAAAACATCCTTCCTTGAAGGTA...CAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 CTAGCACTGAAGTGGAAGATCCTGCTGTGAAAGGAGCAGTACAAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128077 CTAGCACTGAAGTGGAAGATCCTGCTGTGAAAGGAGCAGTACAAAGAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 AATGTACAGACATTGAGAGCAG         AACAAGCCTTACCAGTGGC
         |||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128127 GATGTACAGACATTGAGAGCAGGTA...CAGAACAAGCCTTACCAGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTCAGAGGAAGAGCAAGAAAGGCATGAAAGAAGTGAAAAGAAGCAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134123 TTCAGAGGAAGAGCAAGAAAGGCATGAAAGAAGTGAAAAGAAGCAACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AG         GTCAAAGAAGGAAATAATACAAACAAAAGTGAAAAAATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134173 AGGTA...AAGGTCAAAGAAGGAAATAATACAAACAAAAGTGAAAAAATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAACTTTCAGAAAATATATGTGATAGTACATCTTCTGCTGCTGCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138271 CAACTTTCAGAAAATATATGTGATAGTACATCTTCTGCTGCTGCTGGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ATTAACCCAACAAAGAAAGATTGGGAAAACGTATCCTCAGCAATTTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138321 ATTAACCCAACAAAGAAAGATTGGGAAAACGTATCCTCAGCAATTTCCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AGAAGCTGAAGGAAGAGCATGATAG         ATGCACCTTAAAACAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 138371 AGAAGCTGAAGGAAGAGCATGATAGGTA...TAGATGCACCTTAAAACAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAAAATGAAGAAAAAACAAATGTTAATATGCTGTACAAAAAAAATAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139827 GAAAATGAAGAAAAAACAAATGTTAATATGCTGTACAAAAAAAATAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGAATTAGAAAGGAAAGAGAAACAATATAAGAAAGAAGTTGAAGCAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 139877 AGAATTAGAAAGGAAAGAGAAACAATATAAGAAAGAAGTTGACGCAAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AACTTGAACCAACTGTTCAGTCACTAGAGATGAAATCAAAGACTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139927 AACTTGAACCAACTGTTCAGTCACTAGAGATGAAATCAAAGACTGCAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 AATACTCCAAATCGG         GATTTTCATAATCATGAAGAAATGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 139977 AATACTCCAAATCGGGTA...TAGGATTTTCATAATCATGAAGAAATGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AGGTCTGATGGATGAAAATTGCATTTTGAAGGCAGATATTGCTATACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141185 AGGTCTGATGGATGAAAATTGCATTTTGAAGGCAGATATTGCTATACTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GACAGGAAATATGTACAATGAAAAATGACAACTTGGAAAAAGAAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141235 GACAGGAAATATGTACAATGAAAAATGACAACTTGGAAAAAGAAAATAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 TATCTTAAGGACATTAAAATTGTTAAAGAAACAAATGCTGCCCTTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 141285 TATCTTAAGGACATTAAAATTGTTAAAGAAACAAATGTTGCCCTTGAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GTATATAAAACTCAATGAGGAAATGATAACAGAAACAGCATTCCGGTATC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141335 GTACATAAAACTCAATGAGGAAATGATAACAGAAACAGCATTCCGGTATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AACAAGAGCTTAATGATCTCAAGGCTGAGAATACAAGGCTCAATGCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141385 AACAAGAGCTTAATGATCTCAAGGCTGAGAATACAAGGCTCAATGCCGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CTGTTGAAGGAAAAAGAAAGCAAGAAAAGACTGGAAGCTGACATTGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141435 CTGTTGAAGGAAAAAGAAAGCAAGAAAAGACTGGAAGCTGACATTGAATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1824 TTATCAGTCTAGACTGGCTGCTGCTATAAGCAAACACAGTGAAAGTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 141485 TTATCAGTCTAGACTGGCTGCTGCTATAAGTAAACACAGTGAAAGTGTGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1874 AAACAGAAAGAAACCTAAAACTTGCTTTAGAGAGAACACGAGATGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141535 AAACAGAAAGAAACCTAAAACTTGCTTTAGAGAGAACACGAGATGTTTCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 GTACAAGTAGAAATGAGTTCTGCTATTTCCAAAGTAAAAGCTGAGAATGA
        ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 141585 GTACACGTAGAAAGGAGTTCTGCTATTTCCAAAGTAAAAGATGAGAATGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 GTTTCTTACTGAACAACTTTCTGAAACACAAATTAAATTCAATGCCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141635 GTTTCTTACTGAACAACTTTCTGAAACACAAATTAAATTCAATGCCTTAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 AAGATAAGTTCTGTAAGACAAGAGATAGTCTCAGAAAAAAGTCATTGGCT
        ||||||||||| |||||| --|||||||||||||||||||||||||| ||
 141685 AAGATAAGTTCCGTAAGAT  GAGATAGTCTCAGAAAAAAGTCATTGTCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 TTAGAAACTGTACAAAACGACCTAAGCCAAACACAGCAGCAAACACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 141733 TTAGAAACTGTACAAAACGACCTAAGCCATACACAGCAGCAAACACAGGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2124 AATGAAAGAGATGTATCAAAATGCAGAAGCTAAAGTGAATAATTCCACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 141783 AATGAAAGAGATGTATCAAAATGCAGAAGCCAAAGTGAATAATTCCACTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2174 GAAAGTGGAACTGTGTAGAAGAGAGGATATGTCACCTCCAACGTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141833 GAAAGTGGAACTGTGTAGAAGAGAGGATATGTCACCTCCAACGTGAAAAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2224 GCGTGGCTTGTACAGCAACTAGATGACGTTCATCAGAAAGAGGATCATAA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141883 GCATGGCTTGTACAGCAACTAGATGACGTTCATCAGAAAGAGGATCATAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2274 AGAGATAGTAACTAATATCCAAAGAGGCTTTATTGAGAGTGAAAAGAAAG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
 141933 AGAGATAGTAACTAATATTCAAAGAGGCTTTATTGAGAGTGGAAAGAAAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2324 ACCTCGTGCTAGAAGAGAAAAGTAAGAAGCTAATGAATGAATGTGATCAT
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141983 ATCTCGTGCTAGAAGAGAAAAGTAAGAAGCTAATGAATGAATGTGATCAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2374 TTAAAAGAAAGTCTCTTTCAGTATGAGAGAGAGAAAACAGGAGGAGTAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
 142033 TTAAAAGAAAGTCTCTTTCAGTATGAGAGAGAGAAAGCAGAAGGAGTAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2424 AAGTATCAAGGAAGATAAATATTTTCAAACTTCTAGAAAGACAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 142083 AAGTATCAAGGAAGATAAATATTTTCAAACTTCTAGAAAGAAAATT