Result of FASTA (ccds) for pF1KB8453
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8453, 321 aa
  1>>>pF1KB8453 321 - 321 aa - 321 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9973+/-0.000642; mu= 17.8291+/- 0.039
 mean_var=65.0349+/-12.843, 0's: 0 Z-trim(111.0): 19  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.159038
 statistics sampled from 12038 (12050) to 12038 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.74), E-opt: 0.2 (0.37), width:  16
 Scan time:  2.260

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS13947.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22          ( 321) 2237 521.5 3.5e-148
CCDS54525.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22          ( 307) 1541 361.8  4e-100
CCDS34587.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7           ( 379) 1241 293.0 2.5e-79
CCDS32773.1 RFNG gene_id:5986|Hs108|chr17          ( 331) 1129 267.3 1.2e-71
CCDS34586.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7           ( 361) 1115 264.1 1.2e-70
CCDS55081.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7           ( 308) 1079 255.8 3.3e-68
CCDS55082.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7           ( 250) 1072 254.1 8.4e-68


>>CCDS13947.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22               (321 aa)
 initn: 2237 init1: 2237 opt: 2237  Z-score: 2773.8  bits: 521.5 E(32554): 3.5e-148
Smith-Waterman score: 2237; 100.0% identity (100.0% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-321)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
              250       260       270       280       290       300

              310       320 
pF1KB8 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
       :::::::::::::::::::::
CCDS13 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
              310       320 

>>CCDS54525.1 MFNG gene_id:4242|Hs108|chr22               (307 aa)
 initn: 2109 init1: 1541 opt: 1541  Z-score: 1911.0  bits: 361.8 E(32554): 4e-100
Smith-Waterman score: 2081; 95.0% identity (95.3% similar) in 321 aa overlap (1-321:1-307)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALS
       :::::::::::::::::::::::::.             :  ::::::::::::::::::
CCDS54 KTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQV------------TR--SHLVVTNCSAEHSHPALS
               70        80                      90       100      

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASE
        110       120       130       140       150       160      

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIE
        170       180       190       200       210       220      

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 CKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSR
        230       240       250       260       270       280      

              310       320 
pF1KB8 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
       :::::::::::::::::::::
CCDS54 FRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
        290       300       

>>CCDS34587.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7                (379 aa)
 initn: 1240 init1: 1014 opt: 1241  Z-score: 1537.7  bits: 293.0 E(32554): 2.5e-79
Smith-Waterman score: 1241; 62.6% identity (82.2% similar) in 286 aa overlap (32-317:91-375)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB8 QCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAVK
                                     :  .   :  ..: :    :  .:::::::
CCDS34 AAAPGALVRDVHSLSEYFSLLTRARRDAGPPPGAAPRPADGHPRPLAEPLAPRDVFIAVK
               70        80        90       100       110       120

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB8 TTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALSC
       ::. ::: ::.:::.::.:: .:.::.:::. :..: .. :. .:.::::: ::. ::::
CCDS34 TTKKFHRARLDLLLETWISRHKEMTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAHSRQALSC
              130       140       150       160        170         

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB8 KMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASEP
       :::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.:::.: : 
CCDS34 KMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDRPIQAMER
     180       190       200       210       220       230         

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB8 QPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIEC
         .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:.  ::::::::.:::.: 
CCDS34 VSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCTIGYIVEA
     240       250       260       270       280       290         

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB8 KLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSRF
        ::  :  : :::::::.:: . :..: ::::::::.::.: :.....:::: : :::::
CCDS34 LLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSVEADPSRF
     300       310       320       330       340       350         

             310       320 
pF1KB8 RSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
       ::.:: :::::::::.    
CCDS34 RSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
     360       370         

>>CCDS32773.1 RFNG gene_id:5986|Hs108|chr17               (331 aa)
 initn: 1102 init1: 568 opt: 1129  Z-score: 1399.7  bits: 267.3 E(32554): 1.2e-71
Smith-Waterman score: 1129; 55.2% identity (76.0% similar) in 317 aa overlap (3-317:9-322)

                     10        20        30        40         50   
pF1KB8       MQCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPN-PGPPKLQL
               ::   .::.:: .::   :: :      .: :. .    . :. :. :.:. 
CCDS32 MSRARGALCRACLALAAALAALL---LLPLPLPRAPAPARTPAPAPRAPPSRPAAPSLRP
               10        20           30        40        50       

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB8 HDVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAE
        ::::::::::  :  ::.::: ::.::.:.:::.:::. :  :. . :.... ::::: 
CCDS32 DDVFIAVKTTRKNHGPRLRLLLRTWISRARQQTFIFTDGDDPELELQGGDRVINTNCSAV
        60        70        80        90       100       110       

           120       130       140       150       160       170   
pF1KB8 HSHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLN
       ... :: :::..:.: :. :: .:::::::::::: :.::.:: .:  ..:::.:::::.
CCDS32 RTRQALCCKMSVEYDKFIESGRKWFCHVDDDNYVNARSLLHLLSSFSPSQDVYLGRPSLD
       120       130       140       150       160       170       

           180        190       200       210       220       230  
pF1KB8 RPIHASEPQPHNRT-RLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDD
       .::.:.:    .::   :.:::::::::::..: :::::.:::: . ::.:.  .:::::
CCDS32 HPIEATERVQGGRTVTTVKFWFATGGAGFCLSRGLALKMSPWASLGSFMSTAEQVRLPDD
       180       190       200       210       220       230       

            240       250       260       270       280       290  
pF1KB8 CTMGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPF
       ::.:::.:  ::.::  :::::::::.:: :    : .:::::.:  :.  ::... : :
CCDS32 CTVGYIVEGLLGARLLHSPLFHSHLENLQRLPPDTLLQQVTLSHGGPENPHNVVNVAGGF
       240       250       260       270       280       290       

            300       310       320      
pF1KB8 SPEEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR     
       : ..::.::.:.:::::::: :::.         
CCDS32 SLHQDPTRFKSIHCLLYPDTDWCPRQKQGAPTSR
       300       310       320       330 

>>CCDS34586.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7                (361 aa)
 initn: 1114 init1: 888 opt: 1115  Z-score: 1381.8  bits: 264.1 E(32554): 1.2e-70
Smith-Waterman score: 1115; 61.1% identity (81.5% similar) in 270 aa overlap (32-301:91-359)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB8 QCRLPRGLAGALLTLLCMGLLCLRYHLNLSPQRVQGTPELSQPNPGPPKLQLHDVFIAVK
                                     :  .   :  ..: :    :  .:::::::
CCDS34 AAAPGALVRDVHSLSEYFSLLTRARRDAGPPPGAAPRPADGHPRPLAEPLAPRDVFIAVK
               70        80        90       100       110       120

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB8 TTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEHSHPALSC
       ::. ::: ::.:::.::.:: .:.::.:::. :..: .. :. .:.::::: ::. ::::
CCDS34 TTKKFHRARLDLLLETWISRHKEMTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAHSRQALSC
              130       140       150       160        170         

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB8 KMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNRPIHASEP
       :::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.:::.: : 
CCDS34 KMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDRPIQAMER
     180       190       200       210       220       230         

             190       200       210       220       230       240 
pF1KB8 QPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCTMGYIIEC
         .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:.  ::::::::.:::.: 
CCDS34 VSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCTIGYIVEA
     240       250       260       270       280       290         

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB8 KLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSPEEDPSRF
        ::  :  : :::::::.:: . :..: ::::::::.::.: :.....:::: : ::::.
CCDS34 LLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSVEADPSRW
     300       310       320       330       340       350         

             310       320 
pF1KB8 RSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
                           
CCDS34 GN                  
     360                   

>>CCDS55081.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7                (308 aa)
 initn: 1071 init1: 1014 opt: 1079  Z-score: 1338.1  bits: 255.8 E(32554): 3.3e-68
Smith-Waterman score: 1079; 65.4% identity (85.5% similar) in 234 aa overlap (84-317:72-304)

            60        70        80        90       100       110   
pF1KB8 HDVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAE
                                     .:::.:::. :..: .. :. .:.::::: 
CCDS55 TDRWTDGWMDGWMDEWSPTPALRSYGGGLSQQTFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAA
              50        60        70        80        90        100

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pF1KB8 HSHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLN
       ::. :::::::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.
CCDS55 HSRQALSCKMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLD
              110       120       130       140       150       160

           180       190       200       210       220       230   
pF1KB8 RPIHASEPQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDC
       :::.: :   .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:.  :::::::
CCDS55 RPIQAMERVSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDC
              170       180       190       200       210       220

           240       250       260       270       280       290   
pF1KB8 TMGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFS
       :.:::.:  ::  :  : :::::::.:: . :..: ::::::::.::.: :.....::::
CCDS55 TIGYIVEALLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFS
              230       240       250       260       270       280

           300       310       320 
pF1KB8 PEEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
        : :::::::.:: :::::::::.    
CCDS55 VEADPSRFRSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
              290       300        

>>CCDS55082.1 LFNG gene_id:3955|Hs108|chr7                (250 aa)
 initn: 1064 init1: 1014 opt: 1072  Z-score: 1330.7  bits: 254.1 E(32554): 8.4e-68
Smith-Waterman score: 1072; 65.2% identity (85.4% similar) in 233 aa overlap (85-317:15-246)

           60        70        80        90       100       110    
pF1KB8 DVFIAVKTTRAFHRLRLELLLDTWVSRTREQTFVFTDSPDKGLQERLGSHLVVTNCSAEH
                                     .::.:::. :..: .. :. .:.::::: :
CCDS55                 MTPGRCCLAADIQVETFIFTDGEDEALARHTGN-VVITNCSAAH
                               10        20        30         40   

          120       130       140       150       160       170    
pF1KB8 SHPALSCKMAAEFDTFLASGLRWFCHVDDDNYVNPRALLQLLRAFPLARDVYVGRPSLNR
       :. :::::::.:.: :. :: .:::::::::::: ::::.:: ..: .::::::.:::.:
CCDS55 SRQALSCKMAVEYDRFIESGRKWFCHVDDDNYVNLRALLRLLASYPHTRDVYVGKPSLDR
            50        60        70        80        90       100   

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pF1KB8 PIHASEPQPHNRTRLVQFWFATGGAGFCINRKLALKMAPWASGSRFMDTSALIRLPDDCT
       ::.: :   .:..: :.::::::::::::.: :::::.:::::..::.:.  ::::::::
CCDS55 PIQAMERVSENKVRPVHFWFATGGAGFCISRGLALKMSPWASGGHFMNTAERIRLPDDCT
           110       120       130       140       150       160   

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pF1KB8 MGYIIECKLGGRLQPSPLFHSHLETLQLLRTAQLPEQVTLSYGVFEGKLNVIKLQGPFSP
       .:::.:  ::  :  : :::::::.:: . :..: ::::::::.::.: :.....:::: 
CCDS55 IGYIVEALLGVPLIRSGLFHSHLENLQQVPTSELHEQVTLSYGMFENKRNAVHVKGPFSV
           170       180       190       200       210       220   

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pF1KB8 EEDPSRFRSLHCLLYPDTPWCPQLGAR
       : :::::::.:: :::::::::.    
CCDS55 EADPSRFRSIHCHLYPDTPWCPRTAIF
           230       240       250




321 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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