FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8325, 206 aa 1>>>pF1KB8325 206 - 206 aa - 206 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3476+/-0.000961; mu= 13.1327+/- 0.058 mean_var=81.1553+/-15.994, 0's: 0 Z-trim(106.0): 217 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.142369 statistics sampled from 8502 (8749) to 8502 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.65), E-opt: 0.2 (0.269), width: 16 Scan time: 1.530 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 206) 1358 288.5 2e-78 CCDS73081.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 235) 985 211.9 2.5e-55 CCDS73080.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 182) 973 209.4 1.2e-54 CCDS6175.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 212) 576 127.9 4.6e-30 CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 ( 216) 571 126.8 9.5e-30 CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 ( 205) 557 124.0 6.7e-29 CCDS58073.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 ( 142) 548 122.0 1.8e-28 CCDS41846.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 201) 545 121.5 3.6e-28 CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 ( 201) 542 120.9 5.6e-28 CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 ( 200) 539 120.2 8.5e-28 CCDS10183.1 RAB8B gene_id:51762|Hs108|chr15 ( 207) 528 118.0 4.2e-27 CCDS1058.1 RAB13 gene_id:5872|Hs108|chr1 ( 203) 525 117.4 6.3e-27 CCDS42410.1 RAB12 gene_id:201475|Hs108|chr18 ( 244) 521 116.6 1.3e-26 CCDS12339.1 RAB8A gene_id:4218|Hs108|chr19 ( 207) 518 115.9 1.7e-26 CCDS8264.1 RAB30 gene_id:27314|Hs108|chr11 ( 203) 517 115.7 2e-26 CCDS6827.1 RAB14 gene_id:51552|Hs108|chr9 ( 215) 509 114.1 6.4e-26 CCDS560.1 RAB3B gene_id:5865|Hs108|chr1 ( 219) 501 112.5 2e-25 CCDS12372.1 RAB3A gene_id:5864|Hs108|chr19 ( 220) 500 112.3 2.4e-25 CCDS76691.1 RAB15 gene_id:376267|Hs108|chr14 ( 212) 497 111.6 3.5e-25 CCDS33850.1 RAB43 gene_id:339122|Hs108|chr3 ( 212) 496 111.4 4e-25 CCDS10460.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 256) 496 111.5 4.7e-25 CCDS76806.1 RAB26 gene_id:25837|Hs108|chr16 ( 190) 485 109.1 1.8e-24 CCDS12257.1 RAB3D gene_id:9545|Hs108|chr19 ( 219) 485 109.2 2e-24 CCDS10212.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 216) 479 108.0 4.6e-24 CCDS12201.1 RAB11B gene_id:9230|Hs108|chr19 ( 218) 478 107.8 5.4e-24 CCDS32722.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 223) 476 107.3 7.2e-24 CCDS82198.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 196) 475 107.1 7.6e-24 CCDS54161.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 228) 475 107.1 8.5e-24 CCDS31050.1 RAB4A gene_id:5867|Hs108|chr1 ( 218) 473 106.7 1.1e-23 CCDS3976.1 RAB3C gene_id:115827|Hs108|chr5 ( 227) 473 106.7 1.1e-23 CCDS11703.1 RAB37 gene_id:326624|Hs108|chr17 ( 216) 471 106.3 1.4e-23 CCDS56537.1 RAB2A gene_id:5862|Hs108|chr8 ( 188) 462 104.4 4.7e-23 CCDS2633.1 RAB5A gene_id:5868|Hs108|chr3 ( 215) 462 104.5 5.2e-23 CCDS3082.1 RAB6B gene_id:51560|Hs108|chr3 ( 208) 458 103.6 8.9e-23 CCDS11419.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 216) 458 103.6 9.2e-23 CCDS58551.1 RAB5C gene_id:5878|Hs108|chr17 ( 249) 458 103.7 1e-22 CCDS41413.1 RAB25 gene_id:57111|Hs108|chr1 ( 213) 457 103.4 1e-22 CCDS33497.1 RAB22A gene_id:57403|Hs108|chr20 ( 194) 456 103.2 1.1e-22 CCDS33030.1 RAB4B gene_id:53916|Hs108|chr19 ( 213) 455 103.0 1.4e-22 CCDS8900.1 RAB5B gene_id:5869|Hs108|chr12 ( 215) 455 103.0 1.4e-22 CCDS53836.1 RAB35 gene_id:11021|Hs108|chr12 ( 152) 452 102.3 1.6e-22 CCDS8223.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 453 102.6 1.8e-22 CCDS34762.2 RAB19 gene_id:401409|Hs108|chr7 ( 217) 452 102.4 2.2e-22 CCDS8224.1 RAB6A gene_id:5870|Hs108|chr11 ( 208) 450 102.0 2.8e-22 CCDS14621.1 RAB33A gene_id:9363|Hs108|chrX ( 237) 447 101.4 4.7e-22 CCDS45826.1 RAB31 gene_id:11031|Hs108|chr18 ( 195) 439 99.7 1.3e-21 CCDS3747.1 RAB33B gene_id:83452|Hs108|chr4 ( 229) 434 98.7 2.9e-21 CCDS44803.1 CRACR2A gene_id:84766|Hs108|chr12 ( 731) 438 100.0 4e-21 CCDS58373.1 RAB11A gene_id:8766|Hs108|chr15 ( 155) 428 97.4 5.1e-21 CCDS2520.1 RAB17 gene_id:64284|Hs108|chr2 ( 212) 426 97.1 8.6e-21 >>CCDS7155.1 RAB18 gene_id:22931|Hs108|chr10 (206 aa) initn: 1358 init1: 1358 opt: 1358 Z-score: 1521.5 bits: 288.5 E(32554): 2e-78 Smith-Waterman score: 1358; 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CCDS61 IWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRDTFNHLTTWLEDARQHSNSN-MVIMLI 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB8 GNKIDKENR-EVDRNEGLKFARKHSMLFIEASAKTCDGVQCAF----EELVEKIIQTPGL ::: : :.: :: ..:: :::.:...:.:.:::: ..:. :: .:. ::: . :. CCDS61 GNKSDLESRREVKKEEGEAFAREHGLIFMETSAKTASNVEEAFINTAKEIYEKIQE--GV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 WESENQNKGVKLSHREEG--------QGGGACGGYCSVL .. .:. .:.:.. .. . ::: :: : CCDS61 FDINNEANGIKIGPQHAATNATHAGNQGGQQAGGGCC 180 190 200 210 >>CCDS9570.1 RAB2B gene_id:84932|Hs108|chr14 (216 aa) initn: 505 init1: 505 opt: 571 Z-score: 647.6 bits: 126.8 E(32554): 9.5e-30 Smith-Waterman score: 571; 48.4% identity (77.1% similar) in 188 aa overlap (9-191:7-191) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MDEDVLTTLKILIIGESGVGKSSLLLRFTDDTFDPELAATIGVDFKVKTISVDGNKAKLA .: .:::..::::: :::.::: :.: ::::.: .. ...::.. :: CCDS95 MTYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMVNIDGKQIKLQ 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 IWDTAGQERFRTLTPSYYRGAQGVILVYDVTRRDTFVKLDNWLNELETYCTRNDIVNMLV :::::::: ::..: :::::: :..::::.:::.:: .: .::.. . . . : .. ::. CCDS95 IWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLTSWLEDARQHSSSNMVI-MLI 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB8 GNKIDKENR-EVDRNEGLKFARKHSMLFIEASAKTCDGVQCAF----EELVEKIIQTPGL ::: : :.: .: :.:: :::.:...:.:.:::: .:. :: .:. .:: : :: CCDS95 GNKSDLESRRDVKREEGEAFAREHGLIFMETSAKTACNVEEAFINTAKEIYRKIQQ--GL 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 WESENQNKGVKLSHREEGQGGGACGGYCSVL .. .:. .:.:.. .. CCDS95 FDVHNEANGIKIGPQQSISTSVGPSASQRNSRDIGSNSGCC 180 190 200 210 >>CCDS46306.1 RAB1A gene_id:5861|Hs108|chr2 (205 aa) initn: 547 init1: 460 opt: 557 Z-score: 632.4 bits: 124.0 E(32554): 6.7e-29 Smith-Waterman score: 557; 44.6% identity (73.8% similar) in 202 aa overlap (1-199:4-204) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MDEDVLTTLKILIIGESGVGKSSLLLRFTDDTFDPELAATIGVDFKVKTISVDGNKA :. . .:.:.::.:::::: :::::.:::. .:::::::..:: .::. CCDS46 MSSMNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTI 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 KLAIWDTAGQERFRTLTPSYYRGAQGVILVYDVTRRDTFVKLDNWLNELETYCTRNDIVN :: ::::::::::::.: ::::::.:.:.::::: ...: .. .::.:.. : ..: . . 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CCDS41 GNKNDDPERKVVETEDAYKFAGQMGIQLFETSAKENVNVEEMFNCITELVLRAKKDNLAK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 WESENQNKGVKLSHREEGQGGGACGGYCSVL ....:: :::. CCDS41 QQQQQQNDVVKLTKNSKRKKRCC 180 190 200 >>CCDS31613.1 RAB1B gene_id:81876|Hs108|chr11 (201 aa) initn: 515 init1: 466 opt: 542 Z-score: 615.8 bits: 120.9 E(32554): 5.6e-28 Smith-Waterman score: 542; 44.1% identity (73.3% similar) in 202 aa overlap (1-199:1-200) 10 20 30 40 50 60 pF1KB8 MDEDVLTTLKILIIGESGVGKSSLLLRFTDDTFDPELAATIGVDFKVKTISVDGNKAKLA :. . .:.:.::.:::::: :::::.:::. .:::::::..:: .::. :: CCDS31 MNPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDTYTESYISTIGVDFKIRTIELDGKTIKLQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB8 IWDTAGQERFRTLTPSYYRGAQGVILVYDVTRRDTFVKLDNWLNELETYCTRNDIVNMLV ::::::::::::.: ::::::.:.:.::::: ....... .::.:.. : ..: . ..:: CCDS31 IWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQESYANVKQWLQEIDRYASEN-VNKLLV 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KB8 GNKIDKENREV-DRNEGLKFARKHSMLFIEASAKTCDGVQCAFEELVEKIIQT--PGLWE ::: : ...: : . . .:: . .. :.:.:::. .:. :: .. .: . :: CCDS31 GNKSDLTTKKVVDNTTAKEFADSLGIPFLETSAKNATNVEQAFMTMAAEIKKRMGPGA-A 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 SENQNKGVKLSHREEGQGGGACGGYCSVL : .. ..:.. .::.: CCDS31 SGGERPNLKIDSTPVKPAGGGCC 180 190 200 >>CCDS1720.1 RAB10 gene_id:10890|Hs108|chr2 (200 aa) initn: 516 init1: 463 opt: 539 Z-score: 612.5 bits: 120.2 E(32554): 8.5e-28 Smith-Waterman score: 539; 44.0% identity (76.7% similar) in 193 aa overlap (9-200:10-194) 10 20 30 40 50 pF1KB8 MDEDVLTTLKILIIGESGVGKSSLLLRFTDDTFDPELAATIGVDFKVKTISVDGNKAKL .:.:.::.:::::. .:.::.::.:. . .:::.:::.::. ..:.: :: CCDS17 MAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKL 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KB8 AIWDTAGQERFRTLTPSYYRGAQGVILVYDVTRRDTFVKLDNWLNELETYCTRNDIVNML ::::::::::.:.: ::::::.:..::::.: .: ....:: ... . . .:. :: CCDS17 QIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEH-ANEDVERML 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KB8 VGNKIDKEN-REVDRNEGLKFARKHSMLFIEASAKTCDGVQCAFEELVEKIIQTPGLWES .::: : .. : : ...: ..::.:.. :.:.:::. ... :: :.: :.. . : CCDS17 LGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTPVKEP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 ENQNKGVKLSHREEGQGGGACGGYCSVL ...: : .: .:::. : CCDS17 NSEN--VDIS-----SGGGVTGWKSKCC 180 190 200 206 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Fri Nov 4 11:45:49 2016 done: Fri Nov 4 11:45:50 2016 Total Scan time: 1.530 Total Display time: -0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]