Result of FASTA (ccds) for pF1KB8323
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8323, 253 aa
  1>>>pF1KB8323 253 - 253 aa - 253 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7908+/-0.000768; mu= 12.0437+/- 0.046
 mean_var=71.0932+/-14.254, 0's: 0 Z-trim(108.4): 25  B-trim: 0 in 0/52
 Lambda= 0.152111
 statistics sampled from 10151 (10170) to 10151 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.312), width:  16
 Scan time:  2.020

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1           ( 253) 1671 375.5 1.9e-104
CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6          ( 251) 1278 289.3 1.7e-78
CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6         ( 410) 1257 284.7 6.5e-77
CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21        ( 686) 1258 285.0 8.8e-77
CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21        ( 704) 1239 280.9 1.6e-75
CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6           ( 241) 1104 251.1 5.2e-67
CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX          ( 247) 1090 248.0 4.5e-66
CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6         ( 205)  981 224.0 6.1e-59
CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9           ( 236)  775 178.9 2.8e-45


>>CCDS256.1 CLIC4 gene_id:25932|Hs108|chr1                (253 aa)
 initn: 1671 init1: 1671 opt: 1671  Z-score: 1988.6  bits: 375.5 E(32554): 1.9e-104
Smith-Waterman score: 1671; 100.0% identity (100.0% similar) in 253 aa overlap (1-253:1-253)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS25 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
              190       200       210       220       230       240

              250   
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
       :::::::::::::
CCDS25 EIAYSDVAKRLTK
              250   

>>CCDS4914.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6               (251 aa)
 initn: 1304 init1: 1253 opt: 1278  Z-score: 1522.6  bits: 289.3 E(32554): 1.7e-78
Smith-Waterman score: 1278; 74.7% identity (89.3% similar) in 253 aa overlap (1-253:1-250)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
       :. :   ::   .:..: :::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS49 MTDSATANG---DDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLK
                  10        20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
       ::::::.::::::::::.:::..::::::::::::::.: : :: ::. :: ::::::.:
CCDS49 RKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGID
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
       ::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.:::.:::.::: :.  . : : :::::
CCDS49 IFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLD
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
       :.:.::::::::::::.::.:::::::.::: ::::.:::: :::.:::::::: .:.:.
CCDS49 GDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMTGLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEI
       180       190       200       210       220       230       

              250    
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK 
       :.::.::::::.. 
CCDS49 ELAYADVAKRLSRS
       240       250 

>>CCDS47438.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6              (410 aa)
 initn: 1308 init1: 1242 opt: 1257  Z-score: 1494.3  bits: 284.7 E(32554): 6.5e-77
Smith-Waterman score: 1257; 75.0% identity (89.9% similar) in 248 aa overlap (9-253:162-409)

                                     10           20        30     
pF1KB8                       MALSMPLNGLKEEDK---EPLIELFVKAGSDGESIGNC
                                     ::.:..    .: : :::::: ::::::::
CCDS47 KEDLPSPSSFTIQHSKAFSTTKYSCYSDAEGLEEKEGAHMNPEIYLFVKAGIDGESIGNC
             140       150       160       170       180       190 

          40        50        60        70        80        90     
pF1KB8 PFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFL
       :::::::::::::::::.:::::::::::::.::::::::::.:::..::::::::::::
CCDS47 PFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLKRKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFL
             200       210       220       230       240       250 

         100       110       120       130       140       150     
pF1KB8 EEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYL
       ::.: : :: ::. :: ::::::.:::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.::
CCDS47 EETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGIDIFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYL
             260       270       280       290       300       310 

         160       170       180       190       200       210     
pF1KB8 NSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMT
       :.:::.::: :.  . : : ::::::.:.::::::::::::.::.:::::::.::: :::
CCDS47 NTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLDGDELTLADCNLLPKLHVVKIVAKKYRNYDIPAEMT
             320       330       340       350       360       370 

         220       230       240       250    
pF1KB8 GIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK 
       :.:::: :::.:::::::: .:.:.:.::.::::::.. 
CCDS47 GLWRYLKNAYARDEFTNTCAADSEIELAYADVAKRLSRS
             380       390       400       410

>>CCDS13638.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21             (686 aa)
 initn: 1252 init1: 1252 opt: 1258  Z-score: 1491.9  bits: 285.0 E(32554): 8.8e-77
Smith-Waterman score: 1258; 76.8% identity (92.0% similar) in 237 aa overlap (15-251:449-685)

                               10        20        30        40    
pF1KB8                 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMI
                                     .:  : :::::: :::::::::::::::::
CCDS13 EEGPAEGSGEAARVNGRREDGEASEPRALGQEHDITLFVKAGYDGESIGNCPFSQRLFMI
      420       430       440       450       460       470        

           50        60        70        80        90       100    
pF1KB8 LWLKGVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKY
       ::::::.:.::::::::::::::::::::.:::.::..::::::::::::::: : ::.:
CCDS13 LWLKGVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRY
      480       490       500       510       520       530        

          110       120       130       140       150       160    
pF1KB8 LKLSPKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEID
        ::. .:::::.:: :.::::::.:::.. .:::  :..:::.:.:::.:::::::::::
CCDS13 PKLGTQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEID
      540       550       560       570       580       590        

          170       180       190       200       210       220    
pF1KB8 ENSMEDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNA
         : ::.  : ::::::.:.:::::::::::::.:.::::::.:..:.:::::::::.::
CCDS13 AYSTEDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNA
      600       610       620       630       640       650        

          230       240       250   
pF1KB8 YSRDEFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK
       :.:::::::::.:.:.: ::::::::.  
CCDS13 YARDEFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK 
      660       670       680       

>>CCDS82669.1 CLIC6 gene_id:54102|Hs108|chr21             (704 aa)
 initn: 1228 init1: 1228 opt: 1239  Z-score: 1469.2  bits: 280.9 E(32554): 1.6e-75
Smith-Waterman score: 1239; 76.0% identity (92.7% similar) in 233 aa overlap (19-251:471-703)

                           10        20        30        40        
pF1KB8             MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
                                     :. ...:: :::::::::::::::::::::
CCDS82 ASEPRALGQEHDITLFVKVKLTALGCSRIAIKKYLRAGYDGESIGNCPFSQRLFMILWLK
              450       460       470       480       490       500

       50        60        70        80        90       100        
pF1KB8 GVVFSVTTVDLKRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLS
       ::.:.::::::::::::::::::::.:::.::..::::::::::::::: : ::.: ::.
CCDS82 GVIFNVTTVDLKRKPADLQNLAPGTNPPFMTFDGEVKTDVNKIEEFLEEKLAPPRYPKLG
              510       520       530       540       550       560

      110       120       130       140       150       160        
pF1KB8 PKHPESNTAGMDIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSM
        .:::::.:: :.::::::.:::.. .:::  :..:::.:.:::.:::::::::::  : 
CCDS82 TQHPESNSAGNDVFAKFSAFIKNTKKDANEIHEKNLLKALRKLDNYLNSPLPDEIDAYST
              570       580       590       600       610       620

      170       180       190       200       210       220        
pF1KB8 EDIKFSTRKFLDGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRD
       ::.  : ::::::.:.:::::::::::::.:.::::::.:..:.:::::::::.:::.::
CCDS82 EDVTVSGRKFLDGDELTLADCNLLPKLHIIKIVAKKYRDFEFPSEMTGIWRYLNNAYARD
              630       640       650       660       670       680

      230       240       250   
pF1KB8 EFTNTCPSDKEVEIAYSDVAKRLTK
       :::::::.:.:.: ::::::::.  
CCDS82 EFTNTCPADQEIEHAYSDVAKRMK 
              690       700     

>>CCDS4719.1 CLIC1 gene_id:1192|Hs108|chr6                (241 aa)
 initn: 1087 init1: 1087 opt: 1104  Z-score: 1316.5  bits: 251.1 E(32554): 5.2e-67
Smith-Waterman score: 1104; 67.2% identity (87.0% similar) in 238 aa overlap (14-251:3-240)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
                    ...: .:::::::::: .::::::::::::.::::::.:.::::: :
CCDS47            MAEEQPQVELFVKAGSDGAKIGNCPFSQRLFMVLWLKGVTFNVTTVDTK
                          10        20        30        40         

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
       :.   .:.: :: . ::. ...::.::.:::::::: :::::.: ::.  .:::::::.:
CCDS47 RRTETVQKLCPGGQLPFLLYGTEVHTDTNKIEEFLEAVLCPPRYPKLAALNPESNTAGLD
      50        60        70        80        90       100         

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
       :::::::::::: :  :. ::.::::.:. ::.::.::::.:.::.: ::   : :::::
CCDS47 IFAKFSAYIKNSNPALNDNLEKGLLKALKVLDNYLTSPLPEEVDETSAEDEGVSQRKFLD
     110       120       130       140       150       160         

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
       :::.::::::::::::::.:: ::::.: ::. . :. :::.:::.:.::..:::.:.:.
CCDS47 GNELTLADCNLLPKLHIVQVVCKKYRGFTIPEAFRGVHRYLSNAYAREEFASTCPDDEEI
     170       180       190       200       210       220         

              250   
pF1KB8 EIAYSDVAKRLTK
       :.:: .::: :  
CCDS47 ELAYEQVAKALK 
     230       240  

>>CCDS14767.1 CLIC2 gene_id:1193|Hs108|chrX               (247 aa)
 initn: 1094 init1: 1076 opt: 1090  Z-score: 1299.7  bits: 248.0 E(32554): 4.5e-66
Smith-Waterman score: 1090; 64.1% identity (86.9% similar) in 245 aa overlap (7-250:1-245)

               10         20        30        40        50         
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDK-EPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDL
             ..::.   . .: ::::::::::::::::::: :::::::::::: :.:::::.
CCDS14       MSGLRPGTQVDPEIELFVKAGSDGESIGNCPFCQRLFMILWLKGVKFNVTTVDM
                     10        20        30        40        50    

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB8 KRKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGM
        ::: .:..:::::.:::...:.:.:::  :::::::..: ::.: .::::. ::  .: 
CCDS14 TRKPEELKDLAPGTNPPFLVYNKELKTDFIKIEEFLEQTLAPPRYPHLSPKYKESFDVGC
           60        70        80        90       100       110    

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB8 DIFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFL
       ..::::::::::.. :::. .:..::: ...::.:::.:: :::: .: :.   : : ::
CCDS14 NLFAKFSAYIKNTQKEANKNFEKSLLKEFKRLDDYLNTPLLDEIDPDSAEEPPVSRRLFL
          120       130       140       150       160       170    

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB8 DGNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKE
       ::...:::::.:::::.:.::.:::::.:::: :..:.:::: :::.:.:::.::: :::
CCDS14 DGDQLTLADCSLLPKLNIIKVAAKKYRDFDIPAEFSGVWRYLHNAYAREEFTHTCPEDKE
          180       190       200       210       220       230    

     240       250   
pF1KB8 VEIAYSDVAKRLTK
       .: .:..:::.   
CCDS14 IENTYANVAKQKS 
          240        

>>CCDS59022.1 CLIC5 gene_id:53405|Hs108|chr6              (205 aa)
 initn: 978 init1: 978 opt: 981  Z-score: 1171.7  bits: 224.0 E(32554): 6.1e-59
Smith-Waterman score: 981; 74.9% identity (87.9% similar) in 199 aa overlap (1-199:1-196)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
       :. :   ::   .:..: :::::::: :::::::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS59 MTDSATANG---DDRDPEIELFVKAGIDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFNVTTVDLK
                  10        20        30        40        50       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
       ::::::.::::::::::.:::..::::::::::::::.: : :: ::. :: ::::::.:
CCDS59 RKPADLHNLAPGTHPPFLTFNGDVKTDVNKIEEFLEETLTPEKYPKLAAKHRESNTAGID
        60        70        80        90       100       110       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
       ::.::::::::.. . : :::::: :.:.:::.:::.:::.::: :.  . : : :::::
CCDS59 IFSKFSAYIKNTKQQNNAALERGLTKALKKLDDYLNTPLPEEIDANTCGEDKGSRRKFLD
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
       :.:.::::::::::::.::                                         
CCDS59 GDELTLADCNLLPKLHVVKEQVPLKGMI                                
       180       190       200                                     

>>CCDS7021.1 CLIC3 gene_id:9022|Hs108|chr9                (236 aa)
 initn: 773 init1: 529 opt: 775  Z-score: 926.4  bits: 178.9 E(32554): 2.8e-45
Smith-Waterman score: 775; 50.7% identity (76.9% similar) in 229 aa overlap (16-244:3-229)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MALSMPLNGLKEEDKEPLIELFVKAGSDGESIGNCPFSQRLFMILWLKGVVFSVTTVDLK
                      :  ..:::::. ::::.:.::  :::::.: :::: :..:::: .
CCDS70              MAETKLQLFVKASEDGESVGHCPSCQRLFMVLLLKGVPFTLTTVDTR
                            10        20        30        40       

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 RKPADLQNLAPGTHPPFITFNSEVKTDVNKIEEFLEEVLCPPKYLKLSPKHPESNTAGMD
       :.:  :...:::.. :.. ..:..:::. .::.::::.: :: . .:.:.. :::::: :
CCDS70 RSPDVLKDFAPGSQLPILLYDSDAKTDTLQIEDFLEETLGPPDFPSLAPRYRESNTAGND
        50        60        70        80        90       100       

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 IFAKFSAYIKNSRPEANEALERGLLKTLQKLDEYLNSPLPDEIDENSMEDIKFSTRKFLD
       .: ::::.:::  :  .::: . ::..: .:: :: .::  :.   .  ... : :.:::
CCDS70 VFHKFSAFIKNPVPAQDEALYQQLLRALARLDSYLRAPLEHEL--AGEPQLRESRRRFLD
       110       120       130       140       150         160     

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 GNEMTLADCNLLPKLHIVKVVAKKYRNFDIPKEMTGIWRYLTNAYSRDEFTNTCPSDKEV
       :...:::::.:::::::: .:  ..:.  :: :. :. ::: .:... ::  ::: . :.
CCDS70 GDRLTLADCSLLPKLHIVDTVCAHFRQAPIPAELRGVRRYLDSAMQEKEFKYTCPHSAEI
         170       180       190       200       210       220     

              250   
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         ::         
CCDS70 LAAYRPAVHPR  
         230        




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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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