Result of FASTA (ccds) for pF1KB8230
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8230, 346 aa
  1>>>pF1KB8230 346 - 346 aa - 346 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2273+/-0.000876; mu= 5.4614+/- 0.053
 mean_var=196.6797+/-40.404, 0's: 0 Z-trim(113.8): 17  B-trim: 743 in 1/52
 Lambda= 0.091452
 statistics sampled from 14431 (14447) to 14431 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.755), E-opt: 0.2 (0.444), width:  16
 Scan time:  2.390

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS6374.1 KHDRBS3 gene_id:10656|Hs108|chr8        ( 346) 2333 319.6 2.4e-87
CCDS4963.1 KHDRBS2 gene_id:202559|Hs108|chr6       ( 349) 1505 210.4 1.8e-54
CCDS350.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1         ( 443) 1273 179.9 3.6e-45
CCDS60067.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1       ( 404)  748 110.6 2.4e-24
CCDS43525.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6            ( 319)  479 75.0 9.7e-14
CCDS5286.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6             ( 319)  479 75.0 9.7e-14
CCDS5287.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6             ( 325)  479 75.0 9.8e-14
CCDS5285.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6             ( 341)  479 75.0   1e-13
CCDS75546.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6            ( 333)  465 73.1 3.6e-13


>>CCDS6374.1 KHDRBS3 gene_id:10656|Hs108|chr8             (346 aa)
 initn: 2333 init1: 2333 opt: 2333  Z-score: 1681.7  bits: 319.6 E(32554): 2.4e-87
Smith-Waterman score: 2333; 100.0% identity (100.0% similar) in 346 aa overlap (1-346:1-346)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGKDEEKYIDVVINKNMKLGQKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGKDEEKYIDVVINKNMKLGQKV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 LIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKY
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 FHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSEN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSEN
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 ADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRGRG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRGRG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 LLTPRARGVPPTGYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGAD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LLTPRARGVPPTGYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGAD
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340      
pF1KB8 YYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKAPSARTAKGVYRDQPYGRY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 YYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKAPSARTAKGVYRDQPYGRY
              310       320       330       340      

>>CCDS4963.1 KHDRBS2 gene_id:202559|Hs108|chr6            (349 aa)
 initn: 1244 init1: 828 opt: 1505  Z-score: 1091.2  bits: 210.4 E(32554): 1.8e-54
Smith-Waterman score: 1505; 67.5% identity (84.0% similar) in 357 aa overlap (2-346:3-349)

                10        20        30        40           50      
pF1KB8  MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGK--DEEK-YIDVVINKNMKL
         :::::::::::::::::::.:: ::. .:::::: ..::  :::: :.::. :::.::
CCDS49 MEEEKYLPELMAEKDSLDPSFVHASRLLAEEIEKFQGSDGKKEDEEKKYLDVISNKNIKL
               10        20        30        40        50        60

         60        70        80        90       100       110      
pF1KB8 GQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSG
       ...:::::::.:::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::
CCDS49 SERVLIPVKQYPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETGAKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSG
               70        80        90       100       110       120

        120       130       140       150       160       170      
pF1KB8 EAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNG
       :::: ::.:.:::::::::::.:::.::.::::::::::.::::::::: ::.::.::::
CCDS49 EAKYAHLSDELHVLIEVFAPPGEAYSRMSHALEEIKKFLVPDYNDEIRQEQLRELSYLNG
              130       140       150       160       170       180

        180       190        200        210           220       230
pF1KB8 GSENADVPVVRGKPTLRTRGVP-AP-AITRGRGGVTARPV----GVVVPRGTPTPRGVLS
        ::..     ::.  .: ::.  :: : .:::::.   :     ::..:::. . ::.: 
CCDS49 -SEDSG----RGRG-IRGRGIRIAPTAPSRGRGGAIPPPPPPGRGVLTPRGSTVTRGALP
                    190       200       210       220       230    

              240       250        260       270       280         
pF1KB8 TRGPVSRGRGLLTPRARGVPPT-GYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDN
       .  ::.:  :. ::::::.: . ::: :::: ..:.: :: ::::::  ::.:.:..:::
CCDS49 V-PPVAR--GVPTPRARGAPTVPGYRAPPPP-AHEAYEEYGYDDGYGGEYDDQTYETYDN
           240         250       260        270       280       290

     290       300       310       320         330       340      
pF1KB8 SYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
       ::.: .::  .:::::::.::..::::. :::...:   :::  :.:.: ::..:::::
CCDS49 SYATQTQSVPEYYDYGHGVSEDAYDSYAPEEWATTRSSLKAPPQRSARGGYREHPYGRY
              300       310       320       330       340         

>>CCDS350.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1              (443 aa)
 initn: 1201 init1: 709 opt: 1273  Z-score: 924.4  bits: 179.9 E(32554): 3.6e-45
Smith-Waterman score: 1273; 57.8% identity (78.5% similar) in 358 aa overlap (2-346:100-443)

                                            10        20        30 
pF1KB8                              MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEI
                                     :.::::::::::::::::::::..:.. ::
CCDS35 SATGPDATVGGPAPTPLLPPSATASVKMEPENKYLPELMAEKDSLDPSFTHAMQLLTAEI
      70        80        90       100       110       120         

              40          50        60        70        80         
pF1KB8 EKFQKGEGK--DEEKYIDVVINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQE
       ::.:::..:  :::.:.:.  .::::: ..:::::::.::::::::.:::.::..:::::
CCDS35 EKIQKGDSKKDDEENYLDLFSHKNMKLKERVLIPVKQYPKFNFVGKILGPQGNTIKRLQE
     130       140       150       160       170       180         

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB8 ETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALE
       :: .:.:.:::::::::::::::::.:. :: ::: ::::.::::.:: :::: :.::.:
CCDS35 ETGAKISVLGKGSMRDKAKEEELRKGGDPKYAHLNMDLHVFIEVFGPPCEAYALMAHAME
     190       200       210       220       230       240         

     150       160       170       180       190         200       
pF1KB8 EIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGV--PAPAITRGRG
       :.::::.::. :.: : :. ::.::::  : .     :: : .: ::.  : : . ::::
CCDS35 EVKKFLVPDMMDDICQEQFLELSYLNGVPEPSRG---RGVP-VRGRGAAPPPPPVPRGRG
     250       260       270       280           290       300     

       210       220       230              240       250       260
pF1KB8 GVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRG-------RGLLTPRARGVPPTGYRPPPPP
         .. : :..: ::::. ::...  . :.::       ::  .:::: .      : :::
CCDS35 --VGPPRGALV-RGTPV-RGAITRGATVTRGVPPPPTVRGAPAPRAR-TAGIQRIPLPPP
           310         320       330       340        350       360

              270       280       290       300       310       320
pF1KB8 PTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEE
       :. ::: :: ::: :.    ::::..:.. ::  .:. ..:::::::  ...:..:::..
CCDS35 PAPETYEEYGYDDTYA----EQSYEGYEGYYSQ-SQGDSEYYDYGHGEVQDSYEAYGQDD
              370           380        390       400       410     

                330       340      
pF1KB8 WTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
       :...:   ::: :: .::.::..:::::
CCDS35 WNGTRPSLKAPPARPVKGAYREHPYGRY
         420       430       440   

>>CCDS60067.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1            (404 aa)
 initn: 855 init1: 369 opt: 748  Z-score: 550.6  bits: 110.6 E(32554): 2.4e-24
Smith-Waterman score: 972; 49.2% identity (67.9% similar) in 358 aa overlap (2-346:100-404)

                                            10        20        30 
pF1KB8                              MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEI
                                     :.::::::::::::::::::::..:.. ::
CCDS60 SATGPDATVGGPAPTPLLPPSATASVKMEPENKYLPELMAEKDSLDPSFTHAMQLLTAEI
      70        80        90       100       110       120         

              40          50        60        70        80         
pF1KB8 EKFQKGEGK--DEEKYIDVVINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQE
       ::.:::..:  :::.:.:.  .::::: ..:::::::.::                    
CCDS60 EKIQKGDSKKDDEENYLDLFSHKNMKLKERVLIPVKQYPK--------------------
     130       140       150       160                             

      90       100       110       120       130       140         
pF1KB8 ETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALE
                          ::::::.:. :: ::: ::::.::::.:: :::: :.::.:
CCDS60 -------------------EEELRKGGDPKYAHLNMDLHVFIEVFGPPCEAYALMAHAME
                        170       180       190       200       210

     150       160       170       180       190         200       
pF1KB8 EIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGV--PAPAITRGRG
       :.::::.::. :.: : :. ::.::::  : .     :: : .: ::.  : : . ::::
CCDS60 EVKKFLVPDMMDDICQEQFLELSYLNGVPEPSRG---RGVP-VRGRGAAPPPPPVPRGRG
              220       230       240           250       260      

       210       220       230              240       250       260
pF1KB8 GVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRG-------RGLLTPRARGVPPTGYRPPPPP
         .. : :..: ::::. ::...  . :.::       ::  .:::: .      : :::
CCDS60 --VGPPRGALV-RGTPV-RGAITRGATVTRGVPPPPTVRGAPAPRAR-TAGIQRIPLPPP
          270        280        290       300        310       320 

              270       280       290       300       310       320
pF1KB8 PTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEE
       :. ::: :: ::: :.    ::::..:.. ::  .:. ..:::::::  ...:..:::..
CCDS60 PAPETYEEYGYDDTYA----EQSYEGYEGYYSQ-SQGDSEYYDYGHGEVQDSYEAYGQDD
             330           340       350        360       370      

                330       340      
pF1KB8 WTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
       :...:   ::: :: .::.::..:::::
CCDS60 WNGTRPSLKAPPARPVKGAYREHPYGRY
        380       390       400    

>>CCDS43525.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6                 (319 aa)
 initn: 300 init1: 280 opt: 479  Z-score: 360.2  bits: 75.0 E(32554): 9.7e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)

                           10          20            30            
pF1KB8             MEEKYLPELMAEKDSLD--PSF----THALRLVNQEIEKFQKG-----
                       :: .:: .:  ..  :.:    .:  ::...:: . .:      
CCDS43 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
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>>CCDS5286.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6                  (319 aa)
 initn: 300 init1: 280 opt: 479  Z-score: 360.2  bits: 75.0 E(32554): 9.7e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)

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>>CCDS5287.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6                  (325 aa)
 initn: 300 init1: 280 opt: 479  Z-score: 360.1  bits: 75.0 E(32554): 9.8e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)

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>>CCDS5285.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6                  (341 aa)
 initn: 300 init1: 280 opt: 479  Z-score: 359.8  bits: 75.0 E(32554): 1e-13
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)

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pF1KB8 LIP--DYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTAR
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>>CCDS75546.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6                 (333 aa)
 initn: 341 init1: 279 opt: 465  Z-score: 349.9  bits: 73.1 E(32554): 3.6e-13
Smith-Waterman score: 488; 35.3% identity (61.9% similar) in 289 aa overlap (5-262:17-300)

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CCDS75 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
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CCDS75 LNGSTEKRSAELPDAVGPIVQLQEKLYVPVKEYPDFNFVGRILGPRGLTAKQLEAETGCK
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pF1KB8 MSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKF
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CCDS75 IMVRGKGSMRDKKKEEQNR--GKPNWEHLNEDLHVLITVEDAQNRAEIKLKRAVEEVKKL
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