seq1 = pF1KB8227.tfa, 555 bp
seq2 = pF1KB8227/gi568815574f_2591361.tfa (gi568815574f:2591361_2838256), 246896 bp

>pF1KB8227 555
>gi568815574f:2591361_2838256 (ChrY)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-100  (123062-123094)   100% ->
101-148  (126245-126292)   100% ->
149-193  (128301-128345)   100% ->
194-262  (128996-129064)   100% ->
263-310  (131267-131314)   100% ->
311-361  (131954-132004)   100% ->
362-475  (134900-135013)   100% ->
476-537  (146840-146901)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGCGGGGCTGCGCTGGCGCTGCTGCTCTTCGGCCTGCTGGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGCGGGGCTGCGCTGGCGCTGCTGCTCTTCGGCCTGCTGGGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGGTCGCCGCCCCGG         ATGGTGGTTTCGATTTATCCGATG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGGTCGCCGCCCCGGGTG...TAGATGGTGGTTTCGATTTATCCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCTTCCTG         ACAATGAAAACAAGAAACCCACTGCAATCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123086 CCCTTCCTGGTG...TAGACAATGAAAACAAGAAACCCACTGCAATCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGAAACCCAGTGCTG         GGGATGACTTTGACTTAGGAGATGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126277 AAGAAACCCAGTGCTGGTG...TAGGGGATGACTTTGACTTAGGAGATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 TGTTGTTGATGGAGAAAATG         ACGACCCACGACCACCGAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128326 TGTTGTTGATGGAGAAAATGGTG...CAGACGACCCACGACCACCGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 CACCCAAACCGATGCCAAATCCAAACCCCAACCACCCTAGTTCCTCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 129017 CACCCAAACCGATGCCAAATCCAAACCCCAACCACCCTAGTTCCTCCGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    263        GTAGCTTTTCAGATGCTGACCTTGCGGATGGCGTTTCAGGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129067 A...TAGGTAGCTTTTCAGATGCTGACCTTGCGGATGGCGTTTCAGGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 AGAAG         GAAAAGGAGGCAGTGATGGTGGAGGCAGCCACAGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131310 AGAAGGTA...CAGGAAAAGGAGGCAGTGATGGTGGAGGCAGCCACAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347 AAGAAGGGGAAGAGG         CCGACGCCCCAGGCGTGATCCCCGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131990 AAGAAGGGGAAGAGGGTA...CAGCCGACGCCCCAGGCGTGATCCCCGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 ATTGTGGGGGCTGTCGTGGTCGCCGTGGCTGGAGCCATCTCTAGCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134926 ATTGTGGGGGCTGTCGTGGTCGCCGTGGCTGGAGCCATCTCTAGCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438 TGCTTACCAGAAAAAGAAGCTATGCTTCAAAGAAAATG         CAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134976 TGCTTACCAGAAAAAGAAGCTATGCTTCAAAGAAAATGGTA...CAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    479 AACAAGGGGAGGTGGACATGGAGAGCCACCGGAATGCCAACGCAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146843 AACAAGGGGAGGTGGACATGGAGAGCCACCGGAATGCCAACGCAGAGCCA

    600     .
    529 GCTGTTCAG
        |||| | ||
 146893 GCTGGTAAG