Result of FASTA (ccds) for pF1KB8220
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB8220, 432 aa
  1>>>pF1KB8220 432 - 432 aa - 432 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9089+/-0.00131; mu= -3.3364+/- 0.077
 mean_var=312.4235+/-65.287, 0's: 0 Z-trim(109.7): 159  B-trim: 76 in 1/52
 Lambda= 0.072561
 statistics sampled from 10928 (11077) to 10928 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.34), width:  16
 Scan time:  2.640

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17          ( 432) 2701 296.7 2.9e-80
CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17          ( 431) 2450 270.4 2.4e-72
CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17          ( 438) 2447 270.1   3e-72
CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10            ( 466) 1608 182.3 8.6e-46
CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2            ( 470) 1580 179.4 6.6e-45
CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12           ( 470) 1438 164.5   2e-40
CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10            ( 499) 1097 128.8 1.1e-29
CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8           ( 543) 1045 123.4 5.3e-28
CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8            ( 916) 1024 121.5 3.5e-27
CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22          (1020)  881 106.5 1.2e-22
CCDS8841.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12           ( 483)  754 92.9 7.2e-19
CCDS58234.1 KRT8 gene_id:3856|Hs108|chr12          ( 511)  754 93.0 7.5e-19
CCDS8822.1 KRT7 gene_id:3855|Hs108|chr12           ( 469)  751 92.6 8.8e-19
CCDS8827.1 KRT75 gene_id:9119|Hs108|chr12          ( 551)  725 89.9 6.5e-18
CCDS8830.1 KRT5 gene_id:3852|Hs108|chr12           ( 590)  708 88.2 2.3e-17
CCDS41785.1 KRT86 gene_id:3892|Hs108|chr12         ( 486)  703 87.6 2.9e-17
CCDS8829.1 KRT6C gene_id:286887|Hs108|chr12        ( 564)  704 87.8   3e-17
CCDS8823.1 KRT83 gene_id:3889|Hs108|chr12          ( 493)  701 87.4 3.4e-17
CCDS8828.1 KRT6B gene_id:3854|Hs108|chr12          ( 564)  700 87.3 4.1e-17
CCDS44895.1 KRT3 gene_id:3850|Hs108|chr12          ( 628)  700 87.4 4.4e-17
CCDS8825.1 KRT84 gene_id:3890|Hs108|chr12          ( 600)  696 86.9 5.7e-17
CCDS31805.1 KRT81 gene_id:3887|Hs108|chr12         ( 505)  692 86.5 6.7e-17
CCDS11402.1 KRT17 gene_id:3872|Hs108|chr17         ( 432)  689 86.1 7.4e-17
CCDS8838.1 KRT76 gene_id:51350|Hs108|chr12         ( 638)  691 86.4 8.5e-17
CCDS41786.1 KRT6A gene_id:3853|Hs108|chr12         ( 564)  688 86.1 9.7e-17
CCDS11400.1 KRT14 gene_id:3861|Hs108|chr17         ( 472)  686 85.8 9.8e-17
CCDS8824.1 KRT85 gene_id:3891|Hs108|chr12          ( 507)  685 85.7 1.1e-16
CCDS8835.1 KRT2 gene_id:3849|Hs108|chr12           ( 639)  687 86.0 1.1e-16
CCDS8826.1 KRT82 gene_id:3888|Hs108|chr12          ( 513)  681 85.3 1.5e-16
CCDS41787.2 KRT4 gene_id:3851|Hs108|chr12          ( 520)  676 84.8 2.2e-16
CCDS8836.1 KRT1 gene_id:3848|Hs108|chr12           ( 644)  677 85.0 2.4e-16
CCDS8834.1 KRT73 gene_id:319101|Hs108|chr12        ( 540)  669 84.1 3.7e-16
CCDS11396.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17         ( 458)  667 83.8 3.8e-16
CCDS8831.1 KRT71 gene_id:112802|Hs108|chr12        ( 523)  667 83.9 4.2e-16
CCDS11398.1 KRT15 gene_id:3866|Hs108|chr17         ( 456)  664 83.5 4.7e-16
CCDS11397.1 KRT13 gene_id:3860|Hs108|chr17         ( 420)  657 82.7 7.4e-16
CCDS11401.1 KRT16 gene_id:3868|Hs108|chr17         ( 473)  657 82.8 8.1e-16
CCDS8832.1 KRT74 gene_id:121391|Hs108|chr12        ( 529)  658 82.9 8.2e-16
CCDS8839.1 KRT79 gene_id:338785|Hs108|chr12        ( 535)  654 82.5 1.1e-15
CCDS8837.1 KRT77 gene_id:374454|Hs108|chr12        ( 578)  651 82.2 1.4e-15
CCDS11378.1 KRT12 gene_id:3859|Hs108|chr17         ( 494)  642 81.2 2.5e-15
CCDS11399.1 KRT19 gene_id:3880|Hs108|chr17         ( 400)  628 79.7 5.9e-15
CCDS8833.1 KRT72 gene_id:140807|Hs108|chr12        ( 511)  625 79.4 8.7e-15
CCDS31809.1 KRT18 gene_id:3875|Hs108|chr12         ( 430)  620 78.9 1.1e-14
CCDS11395.1 KRT36 gene_id:8689|Hs108|chr17         ( 467)  612 78.1 2.1e-14
CCDS11379.1 KRT20 gene_id:54474|Hs108|chr17        ( 424)  611 77.9 2.1e-14
CCDS8840.1 KRT78 gene_id:196374|Hs108|chr12        ( 520)  611 78.0 2.4e-14
CCDS11393.1 KRT32 gene_id:3882|Hs108|chr17         ( 448)  608 77.6 2.7e-14
CCDS8821.2 KRT80 gene_id:144501|Hs108|chr12        ( 452)  603 77.1 3.9e-14
CCDS11377.1 KRT10 gene_id:3858|Hs108|chr17         ( 584)  600 76.9 5.9e-14


>>CCDS11491.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17               (432 aa)
 initn: 2701 init1: 2701 opt: 2701  Z-score: 1554.4  bits: 296.7 E(32554): 2.9e-80
Smith-Waterman score: 2701; 100.0% identity (100.0% similar) in 432 aa overlap (1-432:1-432)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEV
              370       380       390       400       410       420

              430  
pF1KB8 IKESKQEHKDVM
       ::::::::::::
CCDS11 IKESKQEHKDVM
              430  

>>CCDS45708.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17               (431 aa)
 initn: 2442 init1: 2442 opt: 2450  Z-score: 1412.4  bits: 270.4 E(32554): 2.4e-72
Smith-Waterman score: 2450; 92.4% identity (97.2% similar) in 423 aa overlap (1-421:1-423)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390         400       410        
pF1KB8 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIR--ETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::  ... : .. .  .  ........ ..  
CCDS45 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRGGKSTKDGENHKVTRYLKSLTIRVIPIQAH
              370       380       390       400       410       420

      420       430  
pF1KB8 EVIKESKQEHKDVM
       ...           
CCDS45 QIVNGTPPARG   
              430    

>>CCDS59296.1 GFAP gene_id:2670|Hs108|chr17               (438 aa)
 initn: 2442 init1: 2442 opt: 2447  Z-score: 1410.6  bits: 270.1 E(32554): 3e-72
Smith-Waterman score: 2447; 97.5% identity (98.5% similar) in 403 aa overlap (1-403:1-401)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB8 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNA
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB8 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAEL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB8 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 RELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEAT
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB8 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB8 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 QYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLR
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB8 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALD
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB8 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEV
       ::::::::::::::::::::::::::::::  .  ...  :::                 
CCDS59 IEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIR--GQYSRASWEGHWSPAPSSRACRLLQTGT
              370       380       390         400       410        

              430          
pF1KB8 IKESKQEHKDVM        
                           
CCDS59 EDQGKGIQLSLGAFVTLQRS
      420       430        

>>CCDS7120.1 VIM gene_id:7431|Hs108|chr10                 (466 aa)
 initn: 1693 init1: 1598 opt: 1608  Z-score: 935.6  bits: 182.3 E(32554): 8.6e-46
Smith-Waterman score: 1608; 58.1% identity (85.9% similar) in 427 aa overlap (8-431:47-465)

                                      10        20        30       
pF1KB8                        MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLG---PG
                                     :..:  :.::   . .  . . ::    ::
CCDS71 GPGTASRPSSSRSYVTTSTRTYSLGSALRPSTSRSLYASSPGGVYATRSSAVRLRSSVPG
         20        30        40        50        60        70      

           40        50        60        70        80        90    
pF1KB8 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
       .::        :   :::::: :.:. ::.::..:..:..:::::::.::.:::::::::
CCDS71 VRL--------LQDSVDFSLADAINTEFKNTRTNEKVELQELNDRFANYIDKVRFLEQQN
                 80        90       100       110       120        

          100       110       120       130       140       150    
pF1KB8 KALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQK
       : : :::.::...  ..:.:.:. :.:::: ..:::: ..::.::::::::.:.  .:.:
CCDS71 KILLAELEQLKGQGKSRLGDLYEEEMRELRRQVDQLTNDKARVEVERDNLAEDIMRLREK
      130       140       150       160       170       180        

          160       170       180       190       200       210    
pF1KB8 LQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQ
       ::.:   : ::::.: ..::..:.:.:::::::::.:::.::: ::.:.::::..::: :
CCDS71 LQEEMLQREEAENTLQSFRQDVDNASLARLDLERKVESLQEEIAFLKKLHEEEIQELQAQ
      190       200       210       220       230       240        

          220       230       240       250       260       270    
pF1KB8 LARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAEL
       . .:.:....::.::::::::...: :::..:..:..::::::.::::::..:: :: . 
CCDS71 IQEQHVQIDVDVSKPDLTAALRDVRQQYESVAAKNLQEAEEWYKSKFADLSEAANRNNDA
      250       260       270       280       290       300        

          280       290       300       310       320       330    
pF1KB8 LRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEE
       :::::.:...::::.:::::....:.::::::::::::.::  . :::.::....::..:
CCDS71 LRQAKQESTEYRRQVQSLTCEVDALKGTNESLERQMREMEENFAVEAANYQDTIGRLQDE
      310       320       330       340       350       360        

          340       350       360       370       380       390    
pF1KB8 GQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSL
        :..:.::::::.:::::::::.:::::::::::::::::.::..:. .::.:..:::.:
CCDS71 IQNMKEEMARHLREYQDLLNVKMALDIEIATYRKLLEGEESRISLPLPNFSSLNLRETNL
      370       380       390       400       410       420        

          400       410       420       430  
pF1KB8 DTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
       :.  . . : ::....:::: :::.::.:..:.: :. 
CCDS71 DSLPLVDTHSKRTLLIKTVETRDGQVINETSQHHDDLE
      430       440       450       460      

>>CCDS33383.1 DES gene_id:1674|Hs108|chr2                 (470 aa)
 initn: 1559 init1: 1455 opt: 1580  Z-score: 919.7  bits: 179.4 E(32554): 6.6e-45
Smith-Waterman score: 1580; 58.0% identity (84.1% similar) in 429 aa overlap (7-432:47-470)

                                       10         20        30     
pF1KB8                         MERRRITSAARRSY-VSSGEMMVGGLAPGRRLGPGT
                                     .:.. : : ::     .:::.  :    ..
CCDS33 TFGGAPGFPLGSPLSSPVFPRAGFGSKGSSSSVTSRVYQVSRTSGGAGGLGSLR----AS
         20        30        40        50        60        70      

          40          50        60        70        80        90   
pF1KB8 RLSLARMPPPLPTR--VDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQ
       ::. .: :    .   .::::: :.:  :  ::..:..:..:::::::.:::::::::::
CCDS33 RLGTTRTPSSYGAGELLDFSLADAVNQEFLTTRTNEKVELQELNDRFANYIEKVRFLEQQ
             80        90       100       110       120       130  

           100       110       120       130       140       150   
pF1KB8 NKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQ
       : :::::.:.:...:::..:..:. :::::: ... :: . ::..:::::: .::  .. 
CCDS33 NAALAAEVNRLKGREPTRVAELYEEELRELRRQVEVLTNQRARVDVERDNLLDDLQRLKA
            140       150       160       170       180       190  

           160       170       180       190       200       210   
pF1KB8 KLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQE
       :::.: .:. ::::::::.: ..: :::::.::::.::::.::: ::.:.::::.:::: 
CCDS33 KLQEEIQLKEEAENNLAAFRADVDAATLARIDLERRIESLNEEIAFLKKVHEEEIRELQA
            200       210       220       230       240       250  

           220       230       240       250       260       270   
pF1KB8 QLARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAE
       :: .:::.::.:..::::::::..::.:::..:..:. ::::::.:: .:::.:: .: .
CCDS33 QLQEQQVQVEMDMSKPDLTAALRDIRAQYETIAAKNISEAEEWYKSKVSDLTQAANKNND
            260       270       280       290       300       310  

           280       290       300       310       320       330   
pF1KB8 LLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEE
        :::::.:  .::.:.:: ::....:.:::.:: ::::: :.: . ::..::. .:::::
CCDS33 ALRQAKQEMMEYRHQIQSYTCEIDALKGTNDSLMRQMRELEDRFASEASGYQDNIARLEE
            320       330       340       350       360       370  

           340       350       360       370       380       390   
pF1KB8 EGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETS
       : . :::::::::.:::::::::.:::.:::::::::::::.::..:.::.: :..::::
CCDS33 EIRHLKDEMARHLREYQDLLNVKMALDVEIATYRKLLEGEESRINLPIQTYSALNFRETS
            380       390       400       410       420       430  

           400       410       420       430  
pF1KB8 LDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM
        . .. :: : :.....::.: :::::..:. :....:.
CCDS33 PEQRG-SEVHTKKTVMIKTIETRDGEVVSEATQQQHEVL
             440       450       460       470

>>CCDS8783.1 PRPH gene_id:5630|Hs108|chr12                (470 aa)
 initn: 1497 init1: 823 opt: 1438  Z-score: 839.4  bits: 164.5 E(32554): 2e-40
Smith-Waterman score: 1438; 56.2% identity (85.1% similar) in 402 aa overlap (30-429:64-459)

                10        20        30        40        50         
pF1KB8  MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALN
                                     : : :   .: :.:     :.:::.: :::
CCDS87 YSSSSRFSSSRLLGSASPSSSVRLGSFRSPRAGAG---ALLRLPS---ERLDFSMAEALN
            40        50        60           70           80       

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB8 AGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPTKLADVYQAE
         :  ::..:. :..:::::::..::::::::::: :: .::.: :..::..  .. : :
CCDS87 QEFLATRSNEKQELQELNDRFANFIEKVRFLEQQNAALRGELSQARGQEPARADQLCQQE
        90       100       110       120       130       140       

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB8 LRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEA
       ::::: .:. :  .  :..::::.::.:::...:.:..::  : .::.::. .:...:.:
CCDS87 LRELRRELELLGRERDRVQVERDGLAEDLAALKQRLEEETRKREDAEHNLVLFRKDVDDA
       150       160       170       180       190       200       

     180       190       200       210       220         230       
pF1KB8 TLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVH-VELDVA-KPDLTAALKE
       ::.::.:::::::: .::.::.:.::::.:.:: ..  :::. ::.... ::.:::::..
CCDS87 TLSRLELERKIESLMDEIEFLKKLHEEELRDLQVSVESQQVQQVEVEATVKPELTAALRD
       210       220       230       240       250       260       

       240       250       260       270       280       290       
pF1KB8 IRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLE
       ::.:::..:..:..::::::.::.:::.::: :: : :::::.: :. :::.:::::...
CCDS87 IRAQYESIAAKNLQEAEEWYKSKYADLSDAANRNHEALRQAKQEMNESRRQIQSLTCEVD
       270       280       290       300       310       320       

       300       310       320       330       340       350       
pF1KB8 SLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKL
       .::::::.: ::.:: ::. . ::..:: . :::::: ..::.::::::.:::.:::::.
CCDS87 GLRGTNEALLRQLRELEEQFALEAGGYQAGAARLEEELRQLKEEMARHLREYQELLNVKM
       330       340       350       360       370       380       

       360       370       380       390       400       410       
pF1KB8 ALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRD
       :::::::::::::::::.::..::..:..:.:. :  ...  ...: ......::.: :.
CCDS87 ALDIEIATYRKLLEGEESRISVPVHSFASLNIKTTVPEVEPPQDSHSRKTVLIKTIETRN
       390       400       410       420       430       440       

       420       430          
pF1KB8 GEVIKESKQEHKDVM        
       :::. ::..:..           
CCDS87 GEVVTESQKEQRSELDKSSAHSY
       450       460       470

>>CCDS7545.1 INA gene_id:9118|Hs108|chr10                 (499 aa)
 initn: 1108 init1: 631 opt: 1097  Z-score: 646.1  bits: 128.8 E(32554): 1.1e-29
Smith-Waterman score: 1097; 50.3% identity (79.8% similar) in 356 aa overlap (37-387:62-417)

         10        20        30        40        50        60      
pF1KB8 TSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETR
                                     :.::   ::    .:.: :.: .  .:  :
CCDS75 AGGAGGFRSQSLSRSNVASSAACSSASSLGLGLAYRRPPASDGLDLSQAAARTNEYKIIR
              40        50        60        70        80        90 

         70        80        90       100         110       120    
pF1KB8 ASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAK--EPTKLADVYQAELRELR
       ..:. ... :::::: .::::. :: ::.:: :::  :: .  ::.......: :::.::
CCDS75 TNEKEQLQGLNDRFAVFIEKVHQLETQNRALEAELAALRQRHAEPSRVGELFQRELRDLR
             100       110       120       130       140       150 

          130       140       150       160       170       180    
pF1KB8 LRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARL
        .:.. ..  ..  .:::.::...  .: . ..:.  :  ::  : : ....: ::::::
CCDS75 AQLEEASSARSQALLERDGLAEEVQRLRARCEEESRGREGAERALKAQQRDVDGATLARL
             160       170       180       190       200       210 

          190       200       210        220         230       240 
pF1KB8 DLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQL-ARQQVHVELDV--AKPDLTAALKEIRTQ
       :::.:.::: .:. :.:..:.::: ::   : : .:. .:.::  ::::::.::.:::.:
CCDS75 DLEKKVESLLDELAFVRQVHDEEVAELLATLQASSQAAAEVDVTVAKPDLTSALREIRAQ
             220       230       240       250       260       270 

             250       260       270       280       290       300 
pF1KB8 YEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRG
       ::..:..:.. :::::.::::.:.. :::..: .: ...: ..::::::. : ..:.:::
CCDS75 YESLAAKNLQSAEEWYKSKFANLNEQAARSTEAIRASREEIHEYRRQLQARTIEIEGLRG
             280       290       300       310       320       330 

             310       320       330       340       350       360 
pF1KB8 TNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDI
       .:::::::. : ::::  :.:.::.....::.. .. :.::::::.:::::::::.::::
CCDS75 ANESLERQILELEERHSAEVAGYQDSIGQLENDLRNTKSEMARHLREYQDLLNVKMALDI
             340       350       360       370       380       390 

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pF1KB8 EIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVI
       :::.:::::::::.:..    ..:.:                                  
CCDS75 EIAAYRKLLEGEETRFSTSGLSISGLNPLPNPSYLLPPRILSATTSKVSSTGLSLKKEEE
             400       410       420       430       440       450 

>>CCDS75712.1 NEFL gene_id:4747|Hs108|chr8                (543 aa)
 initn: 1085 init1: 864 opt: 1045  Z-score: 616.2  bits: 123.4 E(32554): 5.3e-28
Smith-Waterman score: 1045; 46.4% identity (78.0% similar) in 373 aa overlap (8-378:34-401)

                                      10        20        30       
pF1KB8                        MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRL
                                     :.:: .: : .  . ..:.  ::   ..  
CCDS75 FSYEPYYSTSYKRRYVETPRVHISSVRSGYSTARSAYSSYSAPVSSSLSV-RRSYSSSSG
            10        20        30        40        50         60  

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pF1KB8 SLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKAL
       ::    : : . .:.: ..:..  .:  :..:.:....:::::::.::.:. ::::::.:
CCDS75 SLM---PSLEN-LDLSQVAAISNDLKSIRTQEKAQLQDLNDRFASFIERVHELEQQNKVL
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pF1KB8 AAELNQLRAK--EPTKLADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKL
        :::  :: :  ::...  .:. :.:.:::  .. : ..  :. ::..: . : ... . 
CCDS75 EAELLVLRQKHSEPSRFRALYEQEIRDLRLAAEDATNEKQALQGEREGLEETLRNLQARY
      120       130       140       150       160       170        

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pF1KB8 QDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQL
       ..:.  : .::. :   :. ::::.::: .::..:.:: .:: ::.:.::::. ::: :.
CCDS75 EEEVLSREDAEGRLMEARKGADEAALARAELEKRIDSLMDEISFLKKVHEEEIAELQAQI
      180       190       200       210       220       230        

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pF1KB8 ARQQVHVELDVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELL
          :. ::.::.::::.::::.::.::: .:..::..::::..:.:. ::..::.:.. .
CCDS75 QYAQISVEMDVTKPDLSAALKDIRAQYEKLAAKNMQNAEEWFKSRFTVLTESAAKNTDAV
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pF1KB8 RQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEG
       : :: :... :: :.. : ..:. :: ::.::.:..: :...  . ...:... .::.: 
CCDS75 RAAKDEVSESRRLLKAKTLEIEACRGMNEALEKQLQELEDKQNADISAMQDTINKLENEL
      300       310       320       330       340       350        

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pF1KB8 QSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRITIPVQTFSNLQIRETSLD
       .. :.::::.:.:::::::::.:::::::.:::::::::.:..                 
CCDS75 RTTKSEMARYLKEYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRLSFTSVGSITSGYSQSSQV
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pF1KB8 TKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM                       
                                                                   
CCDS75 FGRSAYGGLQTSSYLMSTRSFPSYYTSHVQEEQIEVEETIEAAKAEEAKDEPPSEGEAEE
      420       430       440       450       460       470        

>>CCDS6046.1 NEFM gene_id:4741|Hs108|chr8                 (916 aa)
 initn: 875 init1: 572 opt: 1024  Z-score: 601.4  bits: 121.5 E(32554): 3.5e-27
Smith-Waterman score: 1032; 43.7% identity (73.7% similar) in 414 aa overlap (31-427:57-463)

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pF1KB8 MERRRITSAARRSYVSSGEMMVGGLAPGRRLGPGTRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGAL-N
                                     :.:    : : :     . .::: ...: :
CCDS60 VSGSPSSGFRSQSWSRGSPSTVSSSYKRSMLAPRLAYSSA-MLSSAESSLDFSQSSSLLN
         30        40        50        60         70        80     

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pF1KB8 AG------FKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQNKALAAELNQLRAKEPT--K
       .:      .: .:..:. ... ::::::.:::::..:::::: . ::.. :: :. .  .
CCDS60 GGSGPGGDYKLSRSNEKEQLQGLNDRFAGYIEKVHYLEQQNKEIEAEIQALRQKQASHAQ
          90       100       110       120       130       140     

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pF1KB8 LADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVRQKLQDETNLRLEAENNLAA
       :.:.:. :.::::  :.... ..:..... :.: .:.  .......:. :: ..:  . :
CCDS60 LGDAYDQEIRELRATLEMVNHEKAQVQLDSDHLEEDIHRLKERFEEEARLRDDTEAAIRA
         150       160       170       180       190       200     

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pF1KB8 YRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQEQLARQQVHVEL-DVAKPD
        :.. .::.:....:..:..::..:. :::. ::::: .:  :.  ... ::  :  : :
CCDS60 LRKDIEEASLVKVELDKKVQSLQDEVAFLRSNHEEEVADLLAQIQASHITVERKDYLKTD
         210       220       230       240       250       260     

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pF1KB8 LTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTDAAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQ
       ...::::::.: :. ...:::.::::.. ..: ::.:: .: : .:.::.:  .::::::
CCDS60 ISTALKEIRSQLESHSDQNMHQAEEWFKCRYAKLTEAAEQNKEAIRSAKEEIAEYRRQLQ
         270       280       290       300       310       320     

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pF1KB8 SLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQEALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQ
       : . .:::.:::.::::::. . :::: .. .:::... .::.: .. : ::::::.:::
CCDS60 SKSIELESVRGTKESLERQLSDIEERHNHDLSSYQDTIQQLENELRGTKWEMARHLREYQ
         330       340       350       360       370       380     

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pF1KB8 DLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENR-------ITIPVQTFSNLQIRETSLDTKSVSEGH
       ::::::.:::::::.:::::::::.:       :: :. :        ....  .:   .
CCDS60 DLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEETRFSTFAGSITGPLYTHRPPITISSKIQKPKVEAPK
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pF1KB8 LKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM                               
       ::  .  : ::    :.:.:.: :                                    
CCDS60 LK--VQHKFVE----EIIEETKVEDEKSEMEEALTAITEELAVSMKEEKKEAAEEKEEEP
           450           460       470       480       490         

>>CCDS13858.1 NEFH gene_id:4744|Hs108|chr22               (1020 aa)
 initn: 831 init1: 513 opt: 881  Z-score: 519.9  bits: 106.5 E(32554): 1.2e-22
Smith-Waterman score: 881; 43.7% identity (71.7% similar) in 375 aa overlap (65-427:93-463)

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pF1KB8 TRLSLARMPPPLPTRVDFSLAGALNAGFKETRASERAEMMELNDRFASYIEKVRFLEQQN
                                     :  ::. ... ::::::.::.::: :: .:
CCDS13 SRFRGAGAASSTDSLDTLSNGPEGCMVAVATSRSEKEQLQALNDRFAGYIDKVRQLEAHN
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pF1KB8 KALAAELNQLRAKEPTK--LADVYQAELRELRLRLDQLTANSARLEVERDNLAQDLATVR
       ..: .:   :: ..  .  ....:. :.::.:  . .: :  ..:..:...: .:.: ::
CCDS13 RSLEGEAAALRQQQAGRSAMGELYEREVREMRGAVLRLGAARGQLRLEQEHLLEDIAHVR
            130       140       150       160       170       180  

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pF1KB8 QKLQDETNLRLEAENNLAAYRQEADEATLARLDLERKIESLEEEIRFLRKIHEEEVRELQ
       :.:.::.  : :::    :  . :.::  ::.::..: ..:.::  .::. :.::: :: 
CCDS13 QRLDDEARQREEAEAAARALARFAQEAEAARVDLQKKAQALQEECGYLRRHHQEEVGELL
            190       200       210       220       230       240  

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pF1KB8 EQL-----ARQQVHVEL-DVAKPDLTAALKEIRTQYEAMASSNMHEAEEWYRSKFADLTD
        :.     :. :...:  :. : :.:.::.:::.: :. : ..  ..:::.: ..  :..
CCDS13 GQIQGSGAAQAQMQAETRDALKCDVTSALREIRAQLEGHAVQSTLQSEEWFRVRLDRLSE
            250       260       270       280       290       300  

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pF1KB8 AAARNAELLRQAKHEANDYRRQLQSLTCDLESLRGTNESLERQMREQEERHVREAASYQE
       ::  :.. .:.:..: ..::::::. : .::.:..:..:::::  : :.::  . :::::
CCDS13 AAKVNTDAMRSAQEEITEYRRQLQARTTELEALKSTKDSLERQRSELEDRHQADIASYQE
            310       320       330       340       350       360  

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pF1KB8 ALARLEEEGQSLKDEMARHLQEYQDLLNVKLALDIEIATYRKLLEGEENRI---TIPVQT
       :. .:. : .. : ::: .:.:::::::::.:::::::.::::::::: ::    :: . 
CCDS13 AIQQLDAELRNTKWEMAAQLREYQDLLNVKMALDIEIAAYRKLLEGEECRIGFGPIPFSL
            370       380       390       400       410       420  

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pF1KB8 FSNL-QIRETSLDTKSVSEGHLKRNIVVKTVEMRDGEVIKESKQEHKDVM          
         .: .:  .:   :  :: ..:   ::.  : ..  ...:. .:               
CCDS13 PEGLPKIPSVSTHIKVKSEEKIK---VVEKSE-KETVIVEEQTEETQVTEEVTEEEEKEA
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CCDS13 KEEEGKEEEGGEEEEAEGGEEETKSPPAEEAASPEKEAKSPVKEEAKSPAEAKSPEKEEA
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432 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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