Result of FASTA (omim) for
pF1KB7747
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7747, 442 aa
1>>>pF1KB7747 442 - 442 aa - 442 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6224+/-0.00038; mu= 11.4347+/- 0.024
mean_var=97.4967+/-20.375, 0's: 0 Z-trim(114.0): 17 B-trim: 995 in 1/56
Lambda= 0.129891
statistics sampled from 23533 (23550) to 23533 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.648), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 5.390
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_003315 (OMIM: 604730) tubby-related protein 3 i ( 442) 2943 562.1 1.1e-159
NP_001153880 (OMIM: 604730) tubby-related protein ( 501) 2903 554.6 2.1e-157
NP_813977 (OMIM: 601197,616188) tubby protein homo ( 506) 1400 272.9 1.3e-72
XP_011518646 (OMIM: 601197,616188) PREDICTED: tubb ( 518) 1400 272.9 1.3e-72
XP_005253166 (OMIM: 601197,616188) PREDICTED: tubb ( 548) 1400 273.0 1.4e-72
NP_003311 (OMIM: 601197,616188) tubby protein homo ( 561) 1400 273.0 1.4e-72
NP_001276324 (OMIM: 600132,602280,613843) tubby-re ( 489) 1227 240.5 7.3e-63
NP_003313 (OMIM: 600132,602280,613843) tubby-relat ( 542) 1227 240.5 8e-63
NP_003314 (OMIM: 602309) tubby-related protein 2 [ ( 520) 907 180.6 8.7e-45
XP_011525557 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 487) 771 155.1 3.8e-37
XP_011525558 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 487) 771 155.1 3.8e-37
XP_011525555 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 528) 771 155.1 4.1e-37
XP_006723410 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 531) 771 155.1 4.1e-37
XP_011525554 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 531) 771 155.1 4.1e-37
XP_006723411 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 531) 771 155.1 4.1e-37
XP_011525556 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-relat ( 498) 469 98.5 4.3e-20
>>NP_003315 (OMIM: 604730) tubby-related protein 3 isofo (442 aa)
initn: 2943 init1: 2943 opt: 2943 Z-score: 2988.1 bits: 562.1 E(85289): 1.1e-159
Smith-Waterman score: 2943; 100.0% identity (100.0% similar) in 442 aa overlap (1-442:1-442)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
::::::::::::::::::::::
NP_003 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
430 440
>>NP_001153880 (OMIM: 604730) tubby-related protein 3 is (501 aa)
initn: 2903 init1: 2903 opt: 2903 Z-score: 2946.8 bits: 554.6 E(85289): 2.1e-157
Smith-Waterman score: 2903; 100.0% identity (100.0% similar) in 436 aa overlap (1-436:1-436)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MEASRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVDTAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KPGLQERLQKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARK
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNY
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 PLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
::::::::::::::::
NP_001 PLCAVQAFGIGLSSFDKCIQTLRMQELCELHRQHHSAASLVHRTVCQRWVGHPWRLLPQT
430 440 450 460 470 480
>>NP_813977 (OMIM: 601197,616188) tubby protein homolog (506 aa)
initn: 1557 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1424.6 bits: 272.9 E(85289): 1.3e-72
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:33-506)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
NP_813 SKPHSDWIPYSVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
10 20 30 40 50 60
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
NP_813 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
70 80 90 100 110 120
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
NP_813 ARKEKKGKHKGTSGPAALAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLR
130 140 150 160 170 180
130 140 150 160 170
pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
.:.. :: :..::: : .. :.:. :. ::.::.:..:. ..:. . .: :
NP_813 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
190 200 210 220 230 240
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
:.: ...:::.:. :::::.:..::: :::.:::::..:::...:..:...:.:::
NP_813 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
250 260 270 280 290
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
:.::::::::.:::::.::.:::: :.::.:::::::::::::::: :. :.:. . .
NP_813 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
300 310 320 330 340 350
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
. : ::::::. :::::::::::::::::.:::.. :... .:.:.:..::.::::..
NP_813 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
360 370 380 390 400 410
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
:...::.::.::::.:::::::::.:::::::::::::.: ::::::::::::::.::::
NP_813 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
420 430 440 450 460 470
420 430 440
pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
NP_813 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
480 490 500
>>XP_011518646 (OMIM: 601197,616188) PREDICTED: tubby pr (518 aa)
initn: 1557 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1424.4 bits: 272.9 E(85289): 1.3e-72
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:45-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
XP_011 CARQTSRLGHSVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
20 30 40 50 60 70
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
XP_011 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
80 90 100 110 120 130
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
XP_011 ARKEKKGKHKGTSGPAALAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLR
140 150 160 170 180 190
130 140 150 160 170
pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
.:.. :: :..::: : .. :.:. :. ::.::.:..:. ..:. . .: :
XP_011 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
:.: ...:::.:. :::::.:..::: :::.:::::..:::...:..:...:.:::
XP_011 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
:.::::::::.:::::.::.:::: :.::.:::::::::::::::: :. :.:. . .
XP_011 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
. : ::::::. :::::::::::::::::.:::.. :... .:.:.:..::.::::..
XP_011 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
:...::.::.::::.:::::::::.:::::::::::::.: ::::::::::::::.::::
XP_011 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
440 450 460 470 480 490
420 430 440
pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
XP_011 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
500 510
>>XP_005253166 (OMIM: 601197,616188) PREDICTED: tubby pr (548 aa)
initn: 1565 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1424.0 bits: 273.0 E(85289): 1.4e-72
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:75-548)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
XP_005 TLSYSRWSYDSVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
50 60 70 80 90 100
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
XP_005 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
110 120 130 140 150 160
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
XP_005 ARKEKKGKHKGTSGPAALAEDKSEAQGPVQILTVGQSDHAQDAGETAAGGGERPSGQDLR
170 180 190 200 210 220
130 140 150 160 170
pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
.:.. :: :..::: : .. :.:. :. ::.::.:..:. ..:. . .: :
XP_005 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
230 240 250 260 270 280
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
:.: ...:::.:. :::::.:..::: :::.:::::..:::...:..:...:.:::
XP_005 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
290 300 310 320 330 340
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
:.::::::::.:::::.::.:::: :.::.:::::::::::::::: :. :.:. . .
XP_005 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
350 360 370 380 390 400
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
. : ::::::. :::::::::::::::::.:::.. :... .:.:.:..::.::::..
XP_005 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
410 420 430 440 450 460
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
:...::.::.::::.:::::::::.:::::::::::::.: ::::::::::::::.::::
XP_005 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
470 480 490 500 510 520
420 430 440
pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
XP_005 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
530 540
>>NP_003311 (OMIM: 601197,616188) tubby protein homolog (561 aa)
initn: 1541 init1: 789 opt: 1400 Z-score: 1423.9 bits: 273.0 E(85289): 1.4e-72
Smith-Waterman score: 1458; 51.2% identity (73.8% similar) in 477 aa overlap (34-442:88-561)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 SRCRLSPSGDSVFHEEMMKMRQAKLDYQRLLLEKRQRKKRLEPFMVQPNPEARLRRAKPR
:::..:.::: ::.::: : ..: : . :
NP_003 KYWKEGREIARVLDDEGRNLRQQKLDRQRALLEQKQKKKRQEPLMVQANADGRPRSRRAR
60 70 80 90 100 110
70 80
pF1KB7 ASDEQTPLVNCHTPHS--------------NVIL--------------------------
:.::.:::. . : .: :
NP_003 QSEEQAPLVESYLSSSGSTSYQVQEADSLASVQLGATRPTAPASAKRTKAAATAGGQGGA
120 130 140 150 160 170
90 100 110 120
pF1KB7 --------H-GIDGPAAVLKP-DEVHAPSVSSSVVEED-AENTVDTASKPG-------LQ
: : .::::. . .:...: .: . : :... .::. : :.
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pF1KB7 ERLQKHDISESVNFDE----ETDGISQSACLE---RPNSASSQNSTDTGTSGSATAA--Q
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NP_003 ATMQRKGISSSMSFDEDEEDEEENSSSSSQLNSNTRPSSATSRKSVREAASAPSPTAPEQ
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180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLL
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NP_003 PVDV---EVQDLEEFALRPAPQGITIKCRITRDKKGMDRGMYPTYFLHLDREDGKKVFLL
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pF1KB7 AARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGA
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NP_003 AGRKRKKSKTSNYLISVDPTDLSRGGDSYIGKLRSNLMGTKFTVYDNGVNPQKASSSTLE
360 370 380 390 400 410
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pF1KB7 AHT-RQELAAISYETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTM
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NP_003 SGTLRQELAAVCYETNVLGFKGPRKMSVIVPGMNMVHERVSIRPRNEHETLLARWQNKNT
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pF1KB7 ENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFT
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NP_003 ESIIELQNKTPVWNDDTQSYVLNFHGRVTQASVKNFQIIHGNDPDYIVMQFGRVAEDVFT
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pF1KB7 LDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
.::::::::.:::.:.:::::::::::
NP_003 MDYNYPLCALQAFAIALSSFDSKLACE
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>>NP_001276324 (OMIM: 600132,602280,613843) tubby-relate (489 aa)
initn: 1237 init1: 754 opt: 1227 Z-score: 1249.6 bits: 240.5 E(85289): 7.3e-63
Smith-Waterman score: 1227; 61.6% identity (86.3% similar) in 284 aa overlap (159-442:209-489)
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pF1KB7 QKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDL
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pF1KB7 EDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTAN
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pF1KB7 YLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISY
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NP_001 YLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIY
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pF1KB7 ETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVW
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pF1KB7 NSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAF
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NP_001 NDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAF
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pF1KB7 GIGLSSFDSKLACE
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NP_001 AIALSSFDGKLACE
480
>>NP_003313 (OMIM: 600132,602280,613843) tubby-related p (542 aa)
initn: 1238 init1: 754 opt: 1227 Z-score: 1248.9 bits: 240.5 E(85289): 8e-63
Smith-Waterman score: 1227; 61.6% identity (86.3% similar) in 284 aa overlap (159-442:262-542)
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 QKHDISESVNFDEETDGISQSACLERPNSASSQNSTDTGTSGSATAAQPADNLLGDIDDL
:.:.. : . . . . : . ..:.
NP_003 DKKALKKKGTPKGARKEEEEEEEAATVIKKSNQKGKAKGKGKKKAKEERAPSPPVEVDEP
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pF1KB7 EDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKEENQKIFLLAARKRKKSKTAN
..:: ::::: :::::. :::.:::::..:.:...:. : .:.::::.::::.:::::
NP_003 REFVLRPAPQGRTVRCRLTRDKKGMDRGMYPSYFLHLDTE--KKVFLLAGRKRKRSKTAN
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pF1KB7 YLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPMKGRGLVGAAHTRQELAAISY
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NP_003 YLISIDPTNLSRGGENFIGKLRSNLLGNRFTVFDNGQNPQRGYS-TNVASLRQELAAVIY
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310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ETNVLGFKGPRKMSVIIPGMTLNHKQIPYQPQNNHDSLLSRWQNRTMENLVELHNKAPVW
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NP_003 ETNVLGFRGPRRMTVIIPGMSAENERVPIRPRNASDGLLVRWQNKTLESLIELHNKPPVW
410 420 430 440 450 460
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 NSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIVHKNDPDYIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAF
:.:. ::.:::.::::::::::::::: .::::::.::::::.:.::::: :::::.:::
NP_003 NDDSGSYTLNFQGRVTQASVKNFQIVHADDPDYIVLQFGRVAEDAFTLDYRYPLCALQAF
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pF1KB7 GIGLSSFDSKLACE
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NP_003 AIALSSFDGKLACE
530 540
>>NP_003314 (OMIM: 602309) tubby-related protein 2 [Homo (520 aa)
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pF1KB7 SGSATAAQPADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKE
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pF1KB7 ENQKIFLLAARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPM
.. . ::::.:::..:::.:::::.::. :::.:...:::.:::...::::..: :. :
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NP_003 VGPDTFTMDFCFPFSPLQAFSICLSSFN
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>>XP_011525557 (OMIM: 602309) PREDICTED: tubby-related p (487 aa)
initn: 906 init1: 763 opt: 771 Z-score: 787.8 bits: 155.1 E(85289): 3.8e-37
Smith-Waterman score: 890; 41.7% identity (70.5% similar) in 369 aa overlap (88-436:120-487)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRAKPRASDEQTPLVNCHTPHSNVILHGIDGPAAVLKPDEVHAPSVSSSVVEEDAENTVD
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XP_011 NSDAELEEVSVENGSVSPPPFKQSPRIRRKGWQAHQRPG-TRAEGESDSQDMGDAHKSPN
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XP_011 MGPNPGMDGDCVYENLAFQKEEDLEKKREASESTGTNSSAAHNEELSKALKGEGGTDSDH
150 160 170 180 190 200
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pF1KB7 SGSATAAQPADNLLGDIDDLEDFVYSPAPQGVTVRCRIIRDKRGMDRGLFPTYYMYLEKE
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XP_011 MRHEASLAIRSPCPGLEEDMEAYVLRPALPGTMMQCYLTRDKHGVDKGLFPLYYLYLETS
210 220 230 240 250 260
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pF1KB7 ENQKIFLLAARKRKKSKTANYLISIDPVDLSREGESYVGKLRSNLMGTKFTVYDRGICPM
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XP_011 DSLQRFLLAGRKRRRSKTSNYLISLDPTHLSRDGDNFVGKVRSNVFSTKFTIFDNGVNPD
270 280 290 300 310 320
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XP_011 REHLTRNTARIRQELGAVCYEPNVLGYLGPRKMTVILPGTNSQNQRINVQPLNEQESLLS
330 340 350 360 370 380
350 360 370 380 390
pF1KB7 RWQNRTMENLVELHNKAPVWNSDTQSYVLNFRGRVTQASVKNFQIV---HKN-------D
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390 400 410 420 430 440
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pF1KB7 PD-YIVMQFGRVADDVFTLDYNYPLCAVQAFGIGLSSFDSKLACE
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XP_011 PEEHLVLQFGRVGPDTFTMDFCFPFSPLQAFSICLSSFN
450 460 470 480
442 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 09:22:19 2016 done: Fri Nov 4 09:22:20 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]