Result of FASTA (ccds) for pF1KB7736
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7736, 482 aa
  1>>>pF1KB7736 482 - 482 aa - 482 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7712+/-0.000974; mu= 6.6450+/- 0.059
 mean_var=148.4140+/-29.125, 0's: 0 Z-trim(109.2): 36  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.105278
 statistics sampled from 10700 (10730) to 10700 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.681), E-opt: 0.2 (0.33), width:  16
 Scan time:  2.250

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS360.1 HDAC1 gene_id:3065|Hs108|chr1            ( 482) 3277 509.7 2.8e-144
CCDS43493.2 HDAC2 gene_id:3066|Hs108|chr6          ( 488) 2880 449.4  4e-126
CCDS4264.1 HDAC3 gene_id:8841|Hs108|chr5           ( 428) 1833 290.3 2.7e-78
CCDS14420.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX         ( 377) 1083 176.4 4.7e-44
CCDS55449.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX         ( 286)  813 135.3 8.4e-32
CCDS55451.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX         ( 256)  717 120.7 1.9e-27
CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX         (1215)  387 71.0 8.2e-12
CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7          (1025)  367 67.9 5.8e-11
CCDS47554.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7          (1066)  367 67.9   6e-11
CCDS47553.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7          (1069)  367 67.9 6.1e-11


>>CCDS360.1 HDAC1 gene_id:3065|Hs108|chr1                 (482 aa)
 initn: 3277 init1: 3277 opt: 3277  Z-score: 2703.7  bits: 509.7 E(32554): 2.8e-144
Smith-Waterman score: 3277; 100.0% identity (100.0% similar) in 482 aa overlap (1-482:1-482)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKAN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKAN
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAS
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 AVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHG
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB7 DGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 DGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGG
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 GGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 GGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 KIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 KIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEF
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB7 SDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS36 SDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGVKEEVK
              430       440       450       460       470       480

         
pF1KB7 LA
       ::
CCDS36 LA
         

>>CCDS43493.2 HDAC2 gene_id:3066|Hs108|chr6               (488 aa)
 initn: 2951 init1: 2811 opt: 2880  Z-score: 2377.8  bits: 449.4 E(32554): 4e-126
Smith-Waterman score: 2880; 85.9% identity (95.0% similar) in 483 aa overlap (1-478:1-483)

                10        20        30        40        50         
pF1KB7 MAQTQGT-RRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKA
       :: .::  ..:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MAYSQGGGKKKVCYYYDGDIGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKA
               10        20        30        40        50        60

      60        70        80        90       100       110         
pF1KB7 NAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVA
       .::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 TAEEMTKYHSDEYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVA
               70        80        90       100       110       120

     120       130       140       150       160       170         
pF1KB7 SAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHH
       .:::::.::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 GAVKLNRQQTDMAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHH
              130       140       150       160       170       180

     180       190       200       210       220       230         
pF1KB7 GDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:::::::::  
CCDS43 GDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNFPMRDGIDDESYGQ
              190       200       210       220       230       240

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 IFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLG
       ::::..::::::.::::::::::.::::::::::::::.:::::::: ::.::::.::::
CCDS43 IFKPIISKVMEMYQPSAVVLQCGADSLSGDRLGCFNLTVKGHAKCVEVVKTFNLPLLMLG
              250       260       270       280       290       300

     300       310       320       330       340       350         
pF1KB7 GGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYL
       :::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::: ::.
CCDS43 GGGYTIRNVARCWTYETAVALDCEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTPEYM
              310       320       330       340       350       360

     360       370       380       390       400       410         
pF1KB7 EKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEE
       :::::::::::::::::::::::::::::. :.::::: .:::::::: .:::::::.::
CCDS43 EKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAVHEDSGDEDGEDPDKRISIRASDKRIACDEE
              370       380       390       400       410       420

     420       430        440       450       460          470     
pF1KB7 FSDSEEEGEGGRKNSSNFKK-AKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKE---EKPEAKGV
       :::::.::::::.: .. :: ::... :..:..  ..: .: ::.:.:.   :: ..::.
CCDS43 FSDSEDEGEGGRRNVADHKKGAKKARIEEDKKETEDKKTDVKEEDKSKDNSGEKTDTKGT
              430       440       450       460       470       480

         480   
pF1KB7 KEEVKLA 
       : :     
CCDS43 KSEQLSNP
               

>>CCDS4264.1 HDAC3 gene_id:8841|Hs108|chr5                (428 aa)
 initn: 1130 init1: 977 opt: 1833  Z-score: 1519.2  bits: 290.3 E(32554): 2.7e-78
Smith-Waterman score: 1833; 58.8% identity (84.0% similar) in 425 aa overlap (9-428:3-421)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB7 MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKAN
               . : :.:: ::::..:: ::::::::. .::.:.:.::::.:: ...:..:.
CCDS42       MAKTVAYFYDPDVGNFHYGAGHPMKPHRLALTHSLVLHYGLYKKMIVFKPYQAS
                     10        20        30        40        50    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB7 AEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVAS
        ..: ..::.::: ::. . : ::. ..:... ::::.::::: ::::::.  ::.:. .
CCDS42 QHDMCRFHSEDYIDFLQRVSPTNMQGFTKSLNAFNVGDDCPVFPGLFEFCSRYTGASLQG
           60        70        80        90       100       110    

              130       140       150       160       170       180
pF1KB7 AVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHG
       :..::..  :::.::::::::::: ::::::::::::..:::::::: ::::::::::::
CCDS42 ATQLNNKICDIAINWAGGLHHAKKFEASGFCYVNDIVIGILELLKYHPRVLYIDIDIHHG
          120       130       140       150       160       170    

              190       200        210       220       230         
pF1KB7 DGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGEYF-PGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEA
       :::.:::: :::::::::::::.:: :::::. ..:: .:.:: .: ::::::::.::. 
CCDS42 DGVQEAFYLTDRVMTVSFHKYGNYFFPGTGDMYEVGAESGRYYCLNVPLRDGIDDQSYKH
          180       190       200       210       220       230    

     240       250       260       270       280       290         
pF1KB7 IFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLG
       .:.::...:....::. .:::::.:::. ::::::::.:.::..:::.:::::.:.:.::
CCDS42 LFQPVINQVVDFYQPTCIVLQCGADSLGCDRLGCFNLSIRGHGECVEYVKSFNIPLLVLG
          240       250       260       270       280       290    

     300       310       320       330       340        350        
pF1KB7 GGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSN-MTNQNTNEY
       :::::.:::::::::::.. ..  : .::::..:::::.::: :: . :. . :::. .:
CCDS42 GGGYTVRNVARCWTYETSLLVEEAISEELPYSEYFEYFAPDFTLHPDVSTRIENQNSRQY
          300       310       320       330       340       350    

      360       370       380       390          400       410     
pF1KB7 LEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDE---DEDDPDKRISICSSDKRIA
       :..:.: .::::.:: :::.::.. .: : .  .  ::   .:  :..  :      :  
CCDS42 LDQIRQTIFENLKMLNHAPSVQIHDVPADLLTYDRTDEADAEERGPEENYS------RPE
          360       370       380       390       400              

         420       430       440       450       460       470     
pF1KB7 CEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEKEKDPEEKKEVTEEEKTKEEKPEAKGV
         .:: :......                                               
CCDS42 APNEFYDGDHDNDKESDVEI                                        
      410       420                                                

>>CCDS14420.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX              (377 aa)
 initn: 949 init1: 542 opt: 1083  Z-score: 904.3  bits: 176.4 E(32554): 4.7e-44
Smith-Waterman score: 1083; 43.1% identity (77.1% similar) in 341 aa overlap (32-371:35-374)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 AQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANA
                                     :.:  :.:.:.  :.:...:.: .:. :. 
CCDS14 EEPADSGQSLVPVYIYSPEYVSMCDSLAKIPKRASMVHSLIEAYALHKQMRIVKPKVASM
           10        20        30        40        50        60    

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB7 EEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASA
       :::. .:.: :.. :...  .. ...  ... ...: :::. .:.:..     :.....:
CCDS14 EEMATFHTDAYLQHLQKVSQEGDDDHPDSIE-YGLGYDCPATEGIFDYAAAIGGATITAA
           70        80        90        100       110       120   

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB7 VKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGD
         :   .  .:.::.:: :::::.:::::::.:: ::.::.: .  .:.::.:.:.::::
CCDS14 QCLIDGMCKVAINWSGGWHHAKKDEASGFCYLNDAVLGILRLRRKFERILYVDLDLHHGD
           130       140       150       160       170       180   

             190       200        210       220       230       240
pF1KB7 GVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGE-YFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI
       :::.::  :..:::::.::..  .::::::. :.: :::.::.:: :..:::.::.:  :
CCDS14 GVEDAFSFTSKVMTVSLHKFSPGFFPGTGDVSDVGLGKGRYYSVNVPIQDGIQDEKYYQI
           190       200       210       220       230       240   

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGG
        . :...:.. :.:.::::: :.:...:: .  ::.:  : .::.... ...:  :.:::
CCDS14 CESVLKEVYQAFNPKAVVLQLGADTIAGDPMCSFNMTPVGIGKCLKYILQWQLATLILGG
           250       260       270       280       290       300   

              310       320       330       340       350       360
pF1KB7 GGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNELPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLE
       :::.. :.:::::: :.: :   . .:.: ...:  .:::. :.:.::   ..:  . ..
CCDS14 GGYNLANTARCWTYLTGVILGKTLSSEIPDHEFFTAYGPDYVLEITPSCRPDRNEPHRIQ
           310       320       330       340       350       360   

              370       380       390       400       410       420
pF1KB7 KIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEF
       .: . .  ::.                                                 
CCDS14 QILNYIKGNLKHVV                                              
           370                                                     

>>CCDS55449.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX              (286 aa)
 initn: 811 init1: 542 opt: 813  Z-score: 684.5  bits: 135.3 E(32554): 8.4e-32
Smith-Waterman score: 813; 45.7% identity (77.6% similar) in 254 aa overlap (120-371:30-283)

      90       100       110       120       130        140        
pF1KB7 QMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASAVKLNKQQTDI-AVNWAGGLHHAKKSEAS
                                     : .:. :. . . ..  : .::.  ..:::
CCDS55  MEEPEEPADSGQSLVPVYIYSPEYVSMCDSLAKIPKRASMVHSLIEAYALHKQMRDEAS
                10        20        30        40        50         

      150       160       170       180       190       200        
pF1KB7 GFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGE-YFPG
       ::::.:: ::.::.: .  .:.::.:.:.:::::::.::  :..:::::.::..  .:::
CCDS55 GFCYLNDAVLGILRLRRKFERILYVDLDLHHGDGVEDAFSFTSKVMTVSLHKFSPGFFPG
      60        70        80        90       100       110         

       210       220       230       240       250       260       
pF1KB7 TGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLS
       :::. :.: :::.::.:: :..:::.::.:  : . :...:.. :.:.::::: :.:...
CCDS55 TGDVSDVGLGKGRYYSVNVPIQDGIQDEKYYQICESVLKEVYQAFNPKAVVLQLGADTIA
     120       130       140       150       160       170         

       270       280       290       300       310       320       
pF1KB7 GDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPNE
       :: .  ::.:  : .::.... ...:  :.::::::.. :.:::::: :.: :   . .:
CCDS55 GDPMCSFNMTPVGIGKCLKYILQWQLATLILGGGGYNLANTARCWTYLTGVILGKTLSSE
     180       190       200       210       220       230         

       330       340       350       360       370       380       
pF1KB7 LPYNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPED
       .: ...:  .:::. :.:.::   ..:  . ...: . .  ::.                
CCDS55 IPDHEFFTAYGPDYVLEITPSCRPDRNEPHRIQQILNYIKGNLKHVV             
     240       250       260       270       280                   

       390       400       410       420       430       440       
pF1KB7 AIPEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTED

>>CCDS55451.1 HDAC8 gene_id:55869|Hs108|chrX              (256 aa)
 initn: 572 init1: 410 opt: 717  Z-score: 606.4  bits: 120.7 E(32554): 1.9e-27
Smith-Waterman score: 717; 45.7% identity (79.0% similar) in 210 aa overlap (32-240:35-243)

              10        20        30        40        50        60 
pF1KB7 AQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPHKANA
                                     :.:  :.:.:.  :.:...:.: .:. :. 
CCDS55 EEPADSGQSLVPVYIYSPEYVSMCDSLAKIPKRASMVHSLIEAYALHKQMRIVKPKVASM
           10        20        30        40        50        60    

              70        80        90       100       110       120 
pF1KB7 EEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPVFDGLFEFCQLSTGGSVASA
       :::. .:.: :.. :...  .. ...  ... ...: :::. .:.:..     :.....:
CCDS55 EEMATFHTDAYLQHLQKVSQEGDDDHPDSIE-YGLGYDCPATEGIFDYAAAIGGATITAA
           70        80        90        100       110       120   

             130       140       150       160       170       180 
pF1KB7 VKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAILELLKYHQRVLYIDIDIHHGD
         :   .  .:.::.:: :::::.:::::::.:: ::.::.: .  .:.::.:.:.::::
CCDS55 QCLIDGMCKVAINWSGGWHHAKKDEASGFCYLNDAVLGILRLRRKFERILYVDLDLHHGD
           130       140       150       160       170       180   

             190       200        210       220       230       240
pF1KB7 GVEEAFYTTDRVMTVSFHKYGE-YFPGTGDLRDIGAGKGKYYAVNYPLRDGIDDESYEAI
       :::.::  :..:::::.::..  .::::::. :.: :::.::.:: :..:::.::.:  :
CCDS55 GVEDAFSFTSKVMTVSLHKFSPGFFPGTGDVSDVGLGKGRYYSVNVPIQDGIQDEKYYQI
           190       200       210       220       230       240   

              250       260       270       280       290       300
pF1KB7 FKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRLGCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLPMLMLGG
                                                                   
CCDS55 CERYEPPAPNPGL                                               
           250                                                     

>>CCDS14306.1 HDAC6 gene_id:10013|Hs108|chrX              (1215 aa)
 initn: 168 init1: 102 opt: 387  Z-score: 325.6  bits: 71.0 E(32554): 8.2e-12
Smith-Waterman score: 387; 25.3% identity (52.4% similar) in 391 aa overlap (15-390:485-861)

                               10        20          30        40  
pF1KB7                 MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNY--YYGQGHPMKPHRIRMTHNLL
                                     :: .. :.   . . ::  :.::      :
CCDS14 VEESEEEGPWEPPVLPILTWPVLQSRTGLVYDQNMMNHCNLWDSHHPEVPQRILRIMCRL
          460       470       480       490       500       510    

             50        60        70        80        90       100  
pF1KB7 LNYGLYRKMEIYRPHKANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQMQRFNVGEDCPV
        . ::  .     :. :.  :.   :: .:.  ::. .  .  :  .. . :.    :: 
CCDS14 EELGLAGRCLTLTPRPATEAELLTCHSAEYVGHLRATEKMKTRELHRESSNFDSIYICP-
          520       530       540       550       560       570    

            110         120       130       140       150       160
pF1KB7 FDGLFEFCQLSTGGS--VASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLAI
         . :   ::.::..  .. ::  ..  .  ::    : :::... : :::. :....: 
CCDS14 --STFACAQLATGAACRLVEAVLSGEVLNGAAVVRPPG-HHAEQDAACGFCFFNSVAVAA
             580       590       600        610       620       630

                 170       180       190       200           210   
pF1KB7 --LELLKYHQ-RVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKY--GEYFP--GTGDLRD
          . .. :  :.: .: :.:::.:... :     :. ::.:.:  : .::    :   .
CCDS14 RHAQTISGHALRILIVDWDVHHGNGTQHMFEDDPSVLYVSLHRYDHGTFFPMGDEGASSQ
              640       650       660       670       680       690

           220       230         240       250       260       270 
pF1KB7 IGAGKGKYYAVNYPLRDG--IDDESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDRL
       :: . :  ..::    .:  . : .: : .. ..  .   :.:  :... : :.  :: :
CCDS14 IGRAAGTGFTVNVAW-NGPRMGDADYLAAWHRLVLPIAYEFNPELVLVSAGFDAARGDPL
              700        710       720       730       740         

             280       290        300       310       320          
pF1KB7 GCFNLTIKGHAKCVEFVKSFNLP-MLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIPN-ELP
       :  ... .:.:. .... ..    ....  :::.. ....  .  :   :    :   ::
CCDS14 GGCQVSPEGYAHLTHLLMGLASGRIILILEGGYNLTSISESMAACTRSLLGDPPPLLTLP
     750       760       770       780       790       800         

     330       340       350       360       370       380         
pF1KB7 YNDYFEYFGPDFKLHISPSNMTNQNTNEYLEKIKQRLFENLRMLPHAPGVQMQAIPEDAI
                : ..  ..  . : :   .: ....    :. :  : .  .  .  :. : 
CCDS14 R--------PPLSGALASITETIQVHRRYWRSLRVMKVED-REGPSSSKLVTKKAPQPAK
     810               820       830       840        850       860

     390       400       410       420       430       440         
pF1KB7 PEESGDEDEDDPDKRISICSSDKRIACEEEFSDSEEEGEGGRKNSSNFKKAKRVKTEDEK
       :                                                           
CCDS14 PRLAERMTTREKKVLEAGMGKVTSASFGEESTPGQTNSETAVVALTQDQPSEAATGGATL
              870       880       890       900       910       920

>>CCDS83163.1 HDAC9 gene_id:9734|Hs108|chr7               (1025 aa)
 initn: 225 init1: 101 opt: 367  Z-score: 310.2  bits: 67.9 E(32554): 5.8e-11
Smith-Waterman score: 416; 27.0% identity (56.0% similar) in 411 aa overlap (28-401:613-1006)

                  10        20        30        40        50       
pF1KB7    MAQTQGTRRKVCYYYDGDVGNYYYGQGHPMKPHRIRMTHNLLLNYGLYRKMEIYRPH
                                     :: .  ::.   . : . ::  : :  . .
CCDS83 DRPLQPGSATGIAYDPLMLKHQCVCGNSTTHPEHAGRIQSIWSRLQETGLLNKCERIQGR
            590       600       610       620       630       640  

        60        70        80        90             100           
pF1KB7 KANAEEMTKYHSDDYIKFLRSIRPDNMSEYSKQM------QRFNVGEDCPVF--DGLFEF
       ::. ::.   ::. . ..: .  : . .. . ..      :.:  .  :  .  :.   .
CCDS83 KASLEEIQLVHSEHH-SLLYGTNPLDGQKLDPRILLGDDSQKFFSSLPCGGLGVDSDTIW
            650        660       670       680       690       700 

     110                 120       130       140       150         
pF1KB7 CQLSTGGS----------VASAVKLNKQQTDIAVNWAGGLHHAKKSEASGFCYVNDIVLA
        .: ..:.          .:: :  .. .. .::    : :::..: : :::. :.....
CCDS83 NELHSSGAARMAVGCVIELASKVASGELKNGFAVVRPPG-HHAEESTAMGFCFFNSVAIT
             710       720       730       740        750       760

     160          170       180       190       200         210    
pF1KB7 ILELLKYH---QRVLYIDIDIHHGDGVEEAFYTTDRVMTVSFHKY--GEYFPGTGDLRDI
         . :. .   ...: .:.:.:::.:...:::.   .. .:.:.:  :..:::.:   ..
CCDS83 A-KYLRDQLNISKILIVDLDVHHGNGTQQAFYADPSILYISLHRYDEGNFFPGSGAPNEV
               770       780       790       800       810         

          220       230           240       250       260       270
pF1KB7 GAGKGKYYAVNYPLRDGID----DESYEAIFKPVMSKVMEMFQPSAVVLQCGSDSLSGDR
       :.: :. : .:     :.:    :  :   :. ... : . :.:. :... : :.: :  
CCDS83 GTGLGEGYNINIAWTGGLDPPMGDVEYLEAFRTIVKPVAKEFDPDMVLVSAGFDALEGHT
     820       830       840       850       860       870         

                  280        290       300       310       320     
pF1KB7 --LGCFNLTIK--GH-AKCVEFVKSFNLPMLMLGGGGYTIRNVARCWTYETAVALDTEIP
         :: ...: :  :: .: .  . .  . . . ::   :    : : . :. :  .. . 
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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