Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7710
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7710, 465 aa
1>>>pF1KB7710 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1761+/-0.00104; mu= 5.4663+/- 0.062
mean_var=207.5667+/-43.278, 0's: 0 Z-trim(110.9): 116 B-trim: 79 in 1/52
Lambda= 0.089022
statistics sampled from 11848 (11964) to 11848 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.728), E-opt: 0.2 (0.368), width: 16
Scan time: 2.520
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4677.1 TRIM15 gene_id:89870|Hs108|chr6 ( 465) 3158 418.4 7.7e-117
CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 481) 1190 165.7 9.6e-41
CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 ( 395) 831 119.5 6.3e-27
CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 511) 813 117.3 3.8e-26
CCDS43414.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 329) 637 94.5 1.8e-19
CCDS4463.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 ( 303) 623 92.7 5.7e-19
CCDS4678.1 TRIM26 gene_id:7726|Hs108|chr6 ( 539) 615 91.9 1.8e-18
CCDS32220.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 500) 600 89.9 6.4e-18
CCDS4654.1 TRIM27 gene_id:5987|Hs108|chr6 ( 513) 577 87.0 5.1e-17
CCDS5678.1 TRIM4 gene_id:89122|Hs108|chr7 ( 474) 567 85.7 1.2e-16
CCDS31390.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 488) 547 83.1 7e-16
CCDS31389.1 TRIM6 gene_id:117854|Hs108|chr11 ( 516) 547 83.1 7.3e-16
CCDS4466.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 630) 540 82.3 1.6e-15
CCDS4465.1 TRIM41 gene_id:90933|Hs108|chr5 ( 518) 532 81.2 2.8e-15
CCDS31356.1 TRIM68 gene_id:55128|Hs108|chr11 ( 485) 500 77.1 4.6e-14
CCDS34654.1 TRIM50 gene_id:135892|Hs108|chr7 ( 487) 479 74.4 3e-13
CCDS32437.1 TRIM72 gene_id:493829|Hs108|chr16 ( 477) 458 71.7 1.9e-12
CCDS4614.1 BTN1A1 gene_id:696|Hs108|chr6 ( 526) 431 68.2 2.3e-11
CCDS10114.1 TRIM69 gene_id:140691|Hs108|chr15 ( 341) 418 66.4 5.3e-11
>>CCDS4677.1 TRIM15 gene_id:89870|Hs108|chr6 (465 aa)
initn: 3158 init1: 3158 opt: 3158 Z-score: 2211.1 bits: 418.4 E(32554): 7.7e-117
Smith-Waterman score: 3158; 100.0% identity (100.0% similar) in 465 aa overlap (1-465:1-465)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
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CCDS46 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 QEEEQAETPMAPVPLGPLGETYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QEEEQAETPMAPVPLGPLGETYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 EAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQEL
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CCDS46 EAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQEL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 EQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 EQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 NQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGVITLDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 NQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGVITLDP
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 QTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 QTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 GGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLSEIPRGVRVALD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 GGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLSEIPRGVRVALD
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460
pF1KB7 YEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 YEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
430 440 450 460
>>CCDS34375.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 (481 aa)
initn: 1376 init1: 1190 opt: 1190 Z-score: 844.9 bits: 165.7 E(32554): 9.6e-41
Smith-Waterman score: 1308; 43.1% identity (69.4% similar) in 480 aa overlap (1-463:1-479)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
: .. :. . . : .: : :.. ::: :::.::: :: .. . . . ::::
CCDS34 MASAASVTSLADEVNCPICQGTLREPVTIDCGHNFCRACLTRYCEIPGPDLEESPTCPLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KB7 QEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YCEEHGEKIYFFCENDAEFLCV
.: :. : . :: ::: :.:::::::::::.: :::
CCDS34 KEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVCQEHGEKIYFFCEDDEMQLCV
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 FCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIE
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CCDS34 VCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREEIQEIQSRENKRMQVLLTQVS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKEL
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CCDS34 TKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRDEFDLLVAGEICRFSALIEEL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 EEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSE
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CCDS34 EEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 NLAHHLEIDSGVITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPG
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CCDS34 KLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQNSPDNPQRFDRATCVLAHTG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPG
...::: : :...:. ::.:::::..: :.::::. : :.::::: .. : :
CCDS34 ITGGRHTWVVSIDLAHGGSCTVGVVSEDVQRKGELRLRPEEGVWAVRLAWGFVSALGSFP
360 370 380 390 400 410
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 TDLPLSEIPRGVRVALDYEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTL
: : :.: :: :::.::::.: ::. :: :.:::.::::::. ::.:::..: .:: ..:
CCDS34 TRLTLKEQPRQVRVSLDYEVGWVTFTNAVTREPIYTFTASFTRKVIPFFGLWGRGSSFSL
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KG
CCDS34 SS
480
>>CCDS4676.1 TRIM10 gene_id:10107|Hs108|chr6 (395 aa)
initn: 972 init1: 826 opt: 831 Z-score: 596.9 bits: 119.5 E(32554): 6.3e-27
Smith-Waterman score: 949; 39.4% identity (66.7% similar) in 381 aa overlap (1-363:1-380)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCLPALSQMGAQSSGKILLCPLC
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CCDS46 MASAASVTSLADEVNCPICQGTLREPVTIDCGHNFCRACLTRYCEIPGPDLEESPTCPLC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100
pF1KB7 QEE----------------EQAETPMAPVPLGPLGET-YCEEHGEKIYFFCENDAEFLCV
.: :. : . :: ::: :.:::::::::::.: :::
CCDS46 KEPFRPGSFRPNWQLANVVENIERLQLVSTLG-LGEEDVCQEHGEKIYFFCEDDEMQLCV
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 FCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIE
:::. : .::. ::..: :::..... :. : ::.::.... .:....::::::.
CCDS46 VCREAGEHATHTMRFLEDAAAPYREQIHKCLKCLRKEREEIQEIQSRENKRMQVLLTQVS
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 SKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKEL
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CCDS46 TKRQQVISEFAHLRKFLEEQQSILLAQLESQDGDILRQRDEFDLLVAGEICRFSALIEEL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 EEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSE
::: ..:: ::: :.: . ::: . .: :.::.: ..:::: .. : : . :.:: :
CCDS46 EEKNERPARELLTDIRSTLIRCETRKCRKPVAVSPELGQRIRDFPQQALPLQREMKMFLE
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 NLAHHLEIDSGVITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPG
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CCDS46 KLCFELDYEPAHISLDPQTSHPKLLLSEDHQRAQFSYKWQNSPDNPQRFDRATCVLAHTG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 FSSGRHRWQVDLQL-GDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSP
...::: : .. ::.: :
CCDS46 ITGGRHTWVWMARVPGDSGCCQFCSPPSVLGTEVAA
360 370 380 390
>>CCDS4462.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 (511 aa)
initn: 876 init1: 397 opt: 813 Z-score: 582.9 bits: 117.3 E(32554): 3.8e-26
Smith-Waterman score: 887; 33.2% identity (63.7% similar) in 485 aa overlap (16-463:29-509)
10 20 30 40
pF1KB7 MPATPSLKVVHELPACTLCAGPLEDAVTIPCGHTFCRLCL------P
:..: ... :.. :::.::: :. :
CCDS44 MAAVGPRTGPGTGAEALALAAELQGEATCSICLELFREPVSVECGHSFCRACIGRCWERP
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80
pF1KB7 ALSQMGAQSSGKI--LLCPLCQE-----EEQAETPMAPV---------PLGPLGE-----
. ...:: . . : :: :.: . . . .: : : . ::
CCDS44 GAGSVGAATRAPPFPLPCPQCREPARPSQLRPNRQLAAVATLLRRFSLPAAAPGEHGSQA
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90 100 110 120 130
pF1KB7 -------TYCEEHGEKIYFFCENDAEFLCVFCREGPTHQAHTVGFLDEAIQPYRDRLRSR
. : .::: . ..:..:.. .:: : .. :. :.: ::::.: .. :.::
CCDS44 AAARAAAARCGQHGEPFKLYCQDDGRAICVVCDRAREHREHAVLPLDEAVQEAKELLESR
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 LEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARLRE
:..:. : .. : . : .. . :: :. .....: . :. :. : .:. ::.::.:
CCDS44 LRVLKKELEDCEVFRSTEKKESKELLKQMAAEQEKVGAEFQALRAFLVEQEGRLLGRLEE
190 200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 LEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFVSP
: ... ....: ..... :.:.:. ....: :.: ..::. . . ::: .:
CCDS44 LSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQKPDLDFLQEFKSTLSRCSNVPGPKP
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 EAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGV-ITLDPQTASRSLVLSED
..: .. .:. . : ..: :.. :.:.: .:: . : .::::.::. :.:: :
CCDS44 TTVSSEMKNKVWNVSLKTFVLKGMLKKFKEDLRGELEKEEKVELTLDPDTANPRLILSLD
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 RKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGEGV
:.:: .. ..::. : ::: ::. :::::::.:.:. .:. : . ::: :.:
CCDS44 LKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVE--VGSKDGWAFGVARESV
370 380 390 400 410
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 RRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLS--EIPRGVRVALDYEAGQVTLHN
:::: .. :.::::. .. : :: ::: . ::: .. : :::::: :.: :...
CCDS44 RRKGLTPFTPEEGVWALQLNGGQYWAVTSPERS-PLSCGHLSR-VRVALDLEVGAVSFYA
420 430 440 450 460 470
440 450 460
pF1KB7 AQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
.. .. ..:: ..:. .:::.:.: . :. : .
CCDS44 VEDMRHLYTFRVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
480 490 500 510
>>CCDS43414.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 (329 aa)
initn: 603 init1: 219 opt: 637 Z-score: 463.3 bits: 94.5 E(32554): 1.8e-19
Smith-Waterman score: 637; 36.3% identity (68.0% similar) in 322 aa overlap (149-463:10-327)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LDEAIQPYRDRLRSRLEALSTERDEIEDVKCQEDQ-KLQVLLT---QIESKKHQVETAFE
: . : ::.:: :. .....: . :.
CCDS43 MTQATGQMLCLHVQVPLQLLLLGQKQMAAEQEKVGAEFQ
10 20 30
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 RLQQELEQQRCLLLARLRELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASEL
:. : .:. ::.::.:: ... ....: ..... :.:.:. ....: :.: ..
CCDS43 ALRAFLVEQEGRLLGRLEELSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQKPDLDF
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LQDVRVNQSRCEMKTFVSPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSG
::. . . ::: .: ..: .. .:. . : ..: :.. :.:.: .:: .
CCDS43 LQEFKSTLSRCSNVPGPKPTTVSSEMKNKVWNVSLKTFVLKGMLKKFKEDLRGELEKEEK
100 110 120 130 140 150
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 V-ITLDPQTASRSLVLSEDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQV
: .::::.::. :.:: : :.:: .. ..::. : ::: ::. :::::::.:.:
CCDS43 VELTLDPDTANPRLILSLDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEV
160 170 180 190 200 210
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 DLQLGDGGGCTVGVAGEGVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLS--EI
. .:. : . ::: :.::::: .. :.::::. .. : :: ::: . ::: ..
CCDS43 E--VGSKDGWAFGVARESVRRKGLTPFTPEEGVWALQLNGGQYWAVTSPERS-PLSCGHL
220 230 240 250 260 270
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pF1KB7 PRGVRVALDYEAGQVTLHNAQTQEPIFTFTASFSGKVFPFFAVWKKGSCLTLKG
: :::::: :.: :... .. .. ..:: ..:. .:::.:.: . :. : .
CCDS43 SR-VRVALDLEVGAVSFYAVEDMRHLYTFRVNFQERVFPLFSVCSTGTYLRIWP
280 290 300 310 320
>>CCDS4463.1 TRIM7 gene_id:81786|Hs108|chr5 (303 aa)
initn: 603 init1: 219 opt: 623 Z-score: 454.0 bits: 92.7 E(32554): 5.7e-19
Smith-Waterman score: 623; 36.1% identity (68.9% similar) in 305 aa overlap (162-463:1-301)
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 SRLEALSTERDEIEDVKCQEDQKLQVLLTQIESKKHQVETAFERLQQELEQQRCLLLARL
. .....: . :. :. : .:. ::.::
CCDS44 MAAEQEKVGAEFQALRAFLVEQEGRLLGRL
10 20 30
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 RELEQQIWKERDEYITKVSEEVTRLGAQVKELEEKCQQPASELLQDVRVNQSRCEMKTFV
.:: ... ....: ..... :.:.:. ....: :.: ..::. . . :::
CCDS44 EELSREVAQKQNENLAQLGVEITQLSKLSSQIQETAQKPDLDFLQEFKSTLSRCSNVPGP
40 50 60 70 80 90
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pF1KB7 SPEAISPDLVKKIRDFHRKILTLPEMMRMFSENLAHHLEIDSGV-ITLDPQTASRSLVLS
.: ..: .. .:. . : ..: :.. :.:.: .:: . : .::::.::. :.::
CCDS44 KPTTVSSEMKNKVWNVSLKTFVLKGMLKKFKEDLRGELEKEEKVELTLDPDTANPRLILS
100 110 120 130 140 150
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 EDRKSVRYTRQKKSLPDSPLRFDGLPAVLGFPGFSSGRHRWQVDLQLGDGGGCTVGVAGE
: :.:: .. ..::. : ::: ::. :::::::.:.:.. :. : . ::: :
CCDS44 LDLKGVRLGERAQDLPNHPCRFDTNTRVLASCGFSSGRHHWEVEV--GSKDGWAFGVARE
160 170 180 190 200
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pF1KB7 GVRRKGEMGLSAEDGVWAVIISHQQCWASTSPGTDLPLS--EIPRGVRVALDYEAGQVTL
.::::: .. :.::::. .. : :: ::: . ::: .. : :::::: :.: :..
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CCDS46 LLRP
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:
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465 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]