Result of FASTA (ccds) for
pF1KB7649
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7649, 329 aa
1>>>pF1KB7649 329 - 329 aa - 329 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5590+/-0.000947; mu= 0.1944+/- 0.056
mean_var=181.1142+/-39.693, 0's: 0 Z-trim(110.3): 77 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.095301
statistics sampled from 11426 (11492) to 11426 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.353), width: 16
Scan time: 2.790
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7441.1 PDLIM1 gene_id:9124|Hs108|chr10 ( 329) 2203 315.1 4.9e-86
CCDS4152.1 PDLIM4 gene_id:8572|Hs108|chr5 ( 330) 917 138.3 8.3e-33
CCDS47172.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 ( 316) 610 96.1 4.1e-20
CCDS75218.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 ( 197) 595 93.9 1.2e-19
CCDS3844.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 ( 364) 600 94.7 1.2e-19
CCDS75219.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 ( 276) 594 93.8 1.7e-19
CCDS47261.1 PDLIM4 gene_id:8572|Hs108|chr5 ( 246) 508 82.0 5.5e-16
CCDS41545.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 283) 396 66.6 2.7e-11
CCDS41544.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 ( 617) 396 66.8 5.1e-11
>>CCDS7441.1 PDLIM1 gene_id:9124|Hs108|chr10 (329 aa)
initn: 2203 init1: 2203 opt: 2203 Z-score: 1658.1 bits: 315.1 E(32554): 4.9e-86
Smith-Waterman score: 2203; 100.0% identity (100.0% similar) in 329 aa overlap (1-329:1-329)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
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CCDS74 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS74 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
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CCDS74 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HAQPPSSLVIDKESEVYKMLQEKQELNEPPKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNKPSGFRSV
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CCDS74 HAQPPSSLVIDKESEVYKMLQEKQELNEPPKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNKPSGFRSV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 KAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNLKQKGHFF
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CCDS74 KAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNLKQKGHFF
250 260 270 280 290 300
310 320
pF1KB7 VEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
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CCDS74 VEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
310 320
>>CCDS4152.1 PDLIM4 gene_id:8572|Hs108|chr5 (330 aa)
initn: 935 init1: 485 opt: 917 Z-score: 702.5 bits: 138.3 E(32554): 8.3e-33
Smith-Waterman score: 917; 44.9% identity (67.8% similar) in 332 aa overlap (4-328:3-323)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
... :.::.:::::::::.:: ::.:::: ::::::: :: ::.: ::.::.:
CCDS41 MPHSVTLRGPSPWGFRLVGGRDFSAPLTISRVHAGSKAALAALCPGDLIQAINGESTEL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
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CCDS41 MTHLEAQNRIKGCHDHLTLSVSRPEGRSW-PSAPDDSKAQAHRIHIDPEIQD----GSP-
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
. : : .. . . . :..: . .: :. :. :. . :
CCDS41 TTSRRPSGTGTGPEDGRPSLGSPYGQPPRFPVPHNGSS-----EATLPAQMSTLHVSPPP
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KB7 HAQPPSSLV------IDKESEVYKMLQEKQE-LNEPPKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNK
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CCDS41 SADPARGLPRSRDCRVDLGSEVYRMLREPAEPVAAEPKQSGSFRYLQGMLEAGEGGDWPG
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PSGFRSVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNL
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CCDS41 PGGPRNLKPTASKLGAPLSGLQGLPECTRCGHGIVGTIVKARDKLYHPECFMCSDCGLNL
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB7 KQKGHFFVEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
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CCDS41 KQRGYFFLDERLYCESHAKARVKPPEGYDVVAVYPNAKVELV
290 300 310 320 330
>>CCDS47172.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 (316 aa)
initn: 1182 init1: 610 opt: 610 Z-score: 474.6 bits: 96.1 E(32554): 4.1e-20
Smith-Waterman score: 1175; 53.4% identity (78.4% similar) in 328 aa overlap (4-329:3-315)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
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CCDS47 MPQTVILPGPAPWGFRLSGGIDFNQPLVITRITPGSKAAAANLCPGDVILAIDGFGTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
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CCDS47 MTHADAQDRIKAAAHQLCLKIDRGETHLWSPQVSEDGKAHPFKINLESEPQEFKPIGTAH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
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CCDS47 NRRAQPFVAAANIDDKRQVVSASYNSPIGLYST---SNIQDALHGQL--RGLIPSS-P--
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KB7 HAQPPSSLVIDKESEVYKMLQEKQELNEP--PKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNKPSGFR
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CCDS47 QNEPTAS--VPPESDVYRMLHDNR--NEPTQPRQSGSFRVLQGMVDD---GSDDRPAGTR
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNLKQKGH
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CCDS47 SVRAPVTKVHGGSGGAQRMPLCDKCGSGIVGAVVKARDKYRHPECFVCADCNLNLKQKGY
230 240 250 260 270 280
300 310 320
pF1KB7 FFVEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
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CCDS47 FFIEGELYCETHARARTKPPEGYDTVTLYPKA
290 300 310
>>CCDS75218.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 (197 aa)
initn: 657 init1: 510 opt: 595 Z-score: 466.5 bits: 93.9 E(32554): 1.2e-19
Smith-Waterman score: 595; 48.7% identity (72.8% similar) in 191 aa overlap (147-329:12-196)
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 GSAHNRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEA--
: :. : .: .::. : .. :
CCDS75 MPQTVILPGPAPWGFRLSGGI-DFNQPLVITRDGNYFEHKH
10 20 30 40
180 190 200 210 220
pF1KB7 NSRPLDHAQPPSS----LVIDKESEVYKMLQEKQELNEP--PKQSTSFLVLQEILESEEK
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CCDS75 NIRPKPFVIPGRSSEPTASVPPESDVYRMLHDNR--NEPTQPRQSGSFRVLQGMVDD---
50 60 70 80 90
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 GDPNKPSGFRSVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTD
:. ..:.: :::.:::::: .. :.::..:.:::::.::::. :: ::..:::::.::.:
CCDS75 GSDDRPAGTRSVRAPVTKVHGGSGGAQRMPLCDKCGSGIVGAVVKARDKYRHPECFVCAD
100 110 120 130 140 150
290 300 310 320
pF1KB7 CGTNLKQKGHFFVEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
:. ::::::.::.: ..::: ::: :. :::::..::..::
CCDS75 CNLNLKQKGYFFIEGELYCETHARARTKPPEGYDTVTLYPKA
160 170 180 190
>>CCDS3844.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 (364 aa)
initn: 1115 init1: 510 opt: 600 Z-score: 466.3 bits: 94.7 E(32554): 1.2e-19
Smith-Waterman score: 1033; 44.5% identity (67.2% similar) in 375 aa overlap (4-329:3-363)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
: . : ::.:::::: :: ::.:::.:.:.::::::: :::: :::: :::: .: .
CCDS38 MPQTVILPGPAPWGFRLSGGIDFNQPLVITRITPGSKAAAANLCPGDVILAIDGFGTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
::: .::.:::. . .: : . :.: ..::: :.:.:: ::.:.:: ::::. .. :
CCDS38 MTHADAQDRIKAAAHQLCLKIDRGETHLWSPQVSEDGKAHPFKINLESEPQDGNYFEHKH
60 70 80 90 100 110
130
pF1KB7 NRSAMPFT--------------------ASPASSTTA-----------------------
: ::. ..:.: .:.
CCDS38 NIRPKPFVIPGRSSGCSTPSGIDCGSGRSTPSSVSTVSTICPGDLKVAAKLAPNIPLEME
120 130 140 150 160 170
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 ----RVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLDHAQPPSSLVIDKE
... :.:.: :::..:: .:. . .. . :: ..: .: . :
CCDS38 LPGVKIVHAQFNTPMQLYSDDNI------METLQGQVSTALGETPL-MSEPTAS--VPPE
180 190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 SEVYKMLQEKQELNEP--PKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNKPSGFRSVKAPVTKVAASI
:.::.::.... ::: :.:: :: ::: .... :. ..:.: :::.:::::: ..
CCDS38 SDVYRMLHDNR--NEPTQPRQSGSFRVLQGMVDD---GSDDRPAGTRSVRAPVTKVHGGS
240 250 260 270 280
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 GNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNLKQKGHFFVEDQIYCEKHA
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CCDS38 GGAQRMPLCDKCGSGIVGAVVKARDKYRHPECFVCADCNLNLKQKGYFFIEGELYCETHA
290 300 310 320 330 340
320
pF1KB7 RERVTPPEGYEVVTVFPK
: :. :::::..::..::
CCDS38 RARTKPPEGYDTVTLYPKA
350 360
>>CCDS75219.1 PDLIM3 gene_id:27295|Hs108|chr4 (276 aa)
initn: 1064 init1: 510 opt: 594 Z-score: 463.6 bits: 93.8 E(32554): 1.7e-19
Smith-Waterman score: 981; 48.2% identity (68.6% similar) in 328 aa overlap (4-329:3-275)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
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CCDS75 MPQTVILPGPAPWGFRLSGGIDFNQPLVITRITPGSKAAAANLCPGDVILAIDGFGTES
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
::: .::.:::. . .: : . :.: ..::: :.:.:: ::.:.:: ::::. .. :
CCDS75 MTHADAQDRIKAAAHQLCLKIDRGETHLWSPQVSEDGKAHPFKINLESEPQDGNYFEHKH
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
: :: :: .. ..: ::.
CCDS75 NIRPKPF-----------VIPGRSSEP-------------------TASV----------
120 130
190 200 210 220 230
pF1KB7 HAQPPSSLVIDKESEVYKMLQEKQELNEP--PKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNKPSGFR
:: ::.::.::.... ::: :.:: :: ::: .... :. ..:.: :
CCDS75 ---PP-------ESDVYRMLHDNR--NEPTQPRQSGSFRVLQGMVDD---GSDDRPAGTR
140 150 160 170 180
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 SVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNLKQKGH
::.:::::: .. :.::..:.:::::.::::. :: ::..:::::.::.::. ::::::.
CCDS75 SVRAPVTKVHGGSGGAQRMPLCDKCGSGIVGAVVKARDKYRHPECFVCADCNLNLKQKGY
190 200 210 220 230 240
300 310 320
pF1KB7 FFVEDQIYCEKHARERVTPPEGYEVVTVFPK
::.: ..::: ::: :. :::::..::..::
CCDS75 FFIEGELYCETHARARTKPPEGYDTVTLYPKA
250 260 270
>>CCDS47261.1 PDLIM4 gene_id:8572|Hs108|chr5 (246 aa)
initn: 505 init1: 401 opt: 508 Z-score: 400.4 bits: 82.0 E(32554): 5.5e-16
Smith-Waterman score: 515; 40.2% identity (61.4% similar) in 254 aa overlap (4-250:3-244)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
... :.::.:::::::::.:: ::.:::: ::::::: :: ::.: ::.::.:
CCDS47 MPHSVTLRGPSPWGFRLVGGRDFSAPLTISRVHAGSKAALAALCPGDLIQAINGESTEL
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKVWSPLVTEEGKRHPYKMNLASEPQEVLHIGSAH
::::::::::::: :.:::.:.: : . : : . ...: . ..... : :. ::
CCDS47 MTHLEAQNRIKGCHDHLTLSVSRPEGRSW-PSAPDDSKAQAHRIHIDPEIQD----GSP-
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 NRSAMPFTASPASSTTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKTAASGVEANSRPLD
. : : .. . . . :..: . .: :. :. :. . :
CCDS47 TTSRRPSGTGTGPEDGRPSLGSPYGQPPRFPVPHNGSS-----EATLPAQMSTLHVSPPP
120 130 140 150 160
190 200 210 220 230
pF1KB7 HAQPPSSLV------IDKESEVYKMLQEKQE-LNEPPKQSTSFLVLQEILESEEKGDPNK
:.: .: .: ::::.::.: : . :::: :: :: .::. : : :..
CCDS47 SADPARGLPRSRDCRVDLGSEVYRMLREPAEPVAAEPKQSGSFRYLQGMLEAGEGGAPSS
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 PSGFRSVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDRHRHPECYVCTDCGTNL
: :. : .. :..
CCDS47 RHGTSST-IPSASCAVTAA
230 240
>>CCDS41545.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (283 aa)
initn: 439 init1: 358 opt: 396 Z-score: 316.3 bits: 66.6 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 445; 36.2% identity (62.7% similar) in 260 aa overlap (3-239:2-251)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
. .. : ::::::::: :::::..::.:::.::::::: ..: ::...:::: ::..
CCDS41 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB7 MTHLEAQNRIKGCTDNLTLTVARSEHKV----WSPLVTEEGKRHPYKMNLASEP-----Q
::::::::.::. . ::.::. .:.. . .: : :.. ... : :
CCDS41 MTHLEAQNKIKSASYNLSLTLQKSKRPIPISTTAPPVQTPLPVIPHQKVVVNSPANADYQ
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160
pF1KB7 EVLHIGSAHNRSAMPFTASPAS----STTARVITNQYNNPAGLYSSENISNFNNALESKT
: .. :: . ::. : .: . : .: :::.: ..::.. : .:. ...
CCDS41 ERFN-PSALKDSALS-THKPIEVKGLGGKATIIHAQYNTPISMYSQDAIM---DAIAGQA
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB7 AASGVEANSRPLDHAQPPSSLVIDKESEVYKMLQEKQ-----ELNEPPK-----QSTSFL
:.: . .. . : ..:..:. : ::. . ..: : .: . :: ::
CCDS41 QAQGSD-----FSGSLPIKDLAVDSASPVYQAVIKSQNKPEDEADEWARRSSNLQSRSFR
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 VLQEILESEEKGDPNKPSGFRSVKAPVTKVAASIGNAQKLPMCDKCGTGIVGVFVKLRDR
.: .. .: ::.. . ::
CCDS41 ILAQMTGTEFMQDPDEEALRRSRERFETERNSPRFAKLRNWHHGLSAQILNVKS
230 240 250 260 270 280
>>CCDS41544.1 LDB3 gene_id:11155|Hs108|chr10 (617 aa)
initn: 543 init1: 358 opt: 396 Z-score: 311.4 bits: 66.8 E(32554): 5.1e-11
Smith-Waterman score: 445; 36.2% identity (62.7% similar) in 260 aa overlap (3-239:2-251)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MTTQQIDLQGPGPWGFRLVGGKDFEQPLAISRVTPGSKAALANLCIGDVITAIDGENTSN
. .. : ::::::::: :::::..::.:::.::::::: ..: ::...:::: ::..
CCDS41 MSYSVTLTGPGPWGFRLQGGKDFNMPLTISRITPGSKAAQSQLSQGDLVVAIDGVNTDT
10 20 30 40 50
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